Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TRDANGTWEMESNENFEGWMKALDIDFALRKIAVRLTQTLVIDQDGDNFKVKCTSTFWNYDVDFTVGVEFDEYTKSLDNR
HVKALVTWEGDVLVCVQKGEKENRGWKKWIEGDKLYLELTCGDQVCRQVFKKK

The query sequence (length=133) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2rct:A 141 133 0.9398 0.8865 0.9398 5.01e-89 6bth:A, 6bth:B, 6bti:A, 6bti:B, 6c7z:A, 6c7z:B, 8d6h:A, 8d6l:A, 8d6n:A, 8db2:A, 8dn1:A, 6e5s:A, 6e5s:C, 6e5s:G, 6e5s:I, 6e5s:F, 6e5s:H, 6e5s:B, 6e5s:J, 6e5s:D, 6e5s:K, 6e5s:E, 6e5s:L, 6e6l:A, 6e7m:B, 6e7m:D, 4ede:A, 4ede:B, 4eej:A, 4eej:B, 4efg:A, 4efg:B, 4exz:A, 4exz:B, 5f58:A, 5f58:B, 5f6b:A, 5f6b:B, 5f7g:A, 5f7g:B, 5faz:A, 5faz:B, 5fen:A, 5fen:B, 5ffh:A, 5ffh:B, 4gkc:A, 4gkc:B, 7jvy:A, 7jvy:B, 7jwd:A, 7jwd:B, 7jwr:A, 7jwr:B, 7jx2:A, 7jz5:A, 7jz5:B, 7k3i:A, 7lhj:A, 7lhj:B, 7lhm:A, 7lhm:B, 7lhn:A, 7lhn:B, 7lho:A, 7lho:B, 7lsq:A, 7lsq:B, 7lsq:C, 6mcu:F, 6mcu:G, 6mcu:E, 6mcu:H, 6mcu:J, 6mcu:K, 7mfx:A, 7mfx:B, 7mfx:C, 7mfx:D, 7mfy:A, 7mfz:A, 7mfz:B, 7mfz:C, 6mkv:B, 6mkv:D, 6mkv:A, 6mkv:C, 6mlb:A, 6mlb:C, 6mlb:B, 6mlb:D, 6on5:A, 1opb:A, 1opb:B, 1opb:C, 1opb:D, 4qyn:A, 4qyn:B, 4qyp:A, 4qyp:B, 4qyp:C, 4qzt:A, 4qzt:C, 4qzu:A, 4qzu:C, 4qzu:B, 4ruu:A, 5u6g:A, 5u6g:F, 5u6g:B, 5u6g:E, 5u6g:C, 5u6g:G, 5u6g:D, 5u6g:H, 5u6g:I, 5u6g:K, 5u6g:J, 5u6g:L, 8vzx:C, 8vzx:D, 8vzy:A, 8vzz:A, 8vzz:B, 8w00:A, 8w00:B, 8w02:B, 4zj0:A, 4zj0:B
2 1eii:A 134 133 0.8421 0.8358 0.8421 6.10e-80
3 1kqw:A 134 131 0.7068 0.7015 0.7176 2.75e-62
4 6e6k:A 134 130 0.5489 0.5448 0.5615 1.14e-48
5 6e5l:A 140 130 0.5188 0.4929 0.5308 3.65e-42 1crb:A, 6e5t:A, 6e6m:A, 6e6m:B, 6e6m:C, 8gd2:B, 8gdm:A, 8gem:B, 8geu:A, 8gev:B, 8gey:B, 5h8t:A, 5ha1:A, 5hbs:A, 1kgl:A, 5ljb:A, 5ljc:A, 5ljd:A, 5lje:A, 1mx8:A
6 9bcb:A 137 130 0.4812 0.4672 0.4923 1.54e-41 6e5w:A, 6e5w:B, 6e5w:C, 6e5w:D
7 5hz9:A 135 129 0.3910 0.3852 0.4031 6.61e-25 5ce4:A, 7ego:A, 7euv:A, 7euw:A, 7fbf:A, 7fbm:A, 7fc4:A, 7fcg:A, 7fcx:A, 7fd7:A, 7fdt:A, 7fdu:A, 7fdx:A, 7fek:A, 7feu:A, 7fez:A, 7ff6:A, 7ffx:A, 7fg1:A, 8gew:A, 1hmr:A, 5hz9:G, 5hz9:B, 5hz9:C, 5hz9:D, 5hz9:E, 5hz9:F, 5hz9:H, 4tkj:A, 7v5u:A, 7vb1:A, 3wbg:A, 3wbg:B, 3wbg:C, 3wbg:D, 4wbk:A, 7wci:A, 7wd6:A, 7wdj:A, 7wj1:A, 7wkb:A, 7wkg:A, 7wom:A, 7wpg:A, 7wpu:A, 7wpw:A, 7wq7:A, 7x48:A, 7x4j:A, 7x50:A, 7xbc:A, 7xhm:A, 7xhu:A
8 2qm9:A 139 127 0.3534 0.3381 0.3701 1.58e-23
9 7e25:A 139 127 0.3383 0.3237 0.3543 1.33e-22 1fdq:A, 1fdq:B, 1fe3:A, 8ivf:B, 8ivf:A, 8ivl:A, 5ura:A, 5ura:B, 5ura:C, 5ura:D
10 3ppt:A 133 130 0.3459 0.3459 0.3538 1.42e-22 3pp6:A, 3pp6:B, 3pp6:C
11 3p6d:A 139 127 0.3609 0.3453 0.3780 1.45e-22 1adl:A, 2ans:A, 2ans:B, 6ayl:A, 5d45:A, 5d47:A, 5d48:A, 5d4a:A, 5edb:A, 5edc:A, 3fr2:A, 3fr4:A, 3fr5:A, 7fvu:A, 7fvv:A, 7fvw:A, 7fvx:A, 7fvy:A, 7fvz:A, 7fw0:A, 7fw1:A, 7fw2:A, 7fw3:A, 7fw6:A, 7fw7:A, 7fw8:A, 7fw9:A, 7fwa:A, 7fwb:A, 7fwc:A, 7fwd:A, 7fwe:A, 7fwf:A, 7fwg:A, 7fwh:A, 7fwj:A, 7fwk:A, 7fwl:A, 7fwm:A, 7fwn:A, 7fwo:A, 7fwp:A, 7fwq:A, 7fwr:A, 7fws:A, 7fwu:A, 7fwv:A, 7fww:A, 7fwx:A, 7fwy:A, 7fwz:A, 7fx0:A, 7fx1:A, 7fx2:A, 7fx4:A, 7fx5:A, 7fx6:A, 7fx7:A, 7fx8:A, 7fx9:A, 7fxa:A, 7fxb:A, 7fxc:A, 7fxe:A, 7fxf:A, 7fxg:A, 7fxh:A, 7fxi:A, 7fxj:A, 7fxk:A, 7fxm:A, 7fxn:A, 7fxp:A, 7fxq:A, 7fxr:A, 7fxs:A, 7fxt:A, 7fxu:A, 7fxv:A, 7fxw:A, 7fxx:A, 7fxy:A, 7fxz:A, 7fy2:A, 7fy4:A, 7fy5:A, 7fy6:A, 7fy7:A, 7fy9:A, 7fyb:A, 7fyc:A, 7fye:A, 7fyf:A, 7fyg:A, 7fyh:A, 7fyi:A, 7fyj:A, 7fyj:B, 7fyk:A, 7fyl:A, 7fym:A, 7fyo:A, 7fyp:A, 7fyq:A, 7fyr:A, 7fys:A, 7fyt:A, 7fyu:A, 7fyv:A, 7fyx:A, 7fyy:A, 7fyz:A, 7fz0:A, 7fz1:A, 7fz2:A, 7fz3:A, 7fz4:A, 7fz5:A, 7fz6:A, 7fz7:A, 7fz8:A, 7fz9:A, 7fzb:A, 7fzc:A, 7fzd:A, 7fzf:A, 7fzh:A, 7fzi:A, 7fzj:A, 7fzl:A, 7fzm:A, 7fzn:A, 7fzo:A, 7fzp:A, 7fzr:A, 7fzs:A, 7fzt:A, 7fzu:A, 7fzv:A, 7fzv:B, 7fzw:A, 7fzx:A, 7fzy:A, 7fzz:A, 7g02:A, 7g03:A, 7g05:A, 7g06:A, 7g07:A, 7g08:A, 7g09:A, 7g0a:A, 7g0c:A, 7g0f:A, 7g0g:A, 7g0h:A, 7g0i:A, 7g0j:A, 7g0k:A, 7g0l:A, 7g0m:A, 7g0o:A, 7g0p:A, 7g0q:A, 7g0r:A, 7g0s:A, 7g0t:A, 7g0u:A, 7g0v:A, 7g0x:A, 7g0y:A, 7g0z:A, 7g10:A, 7g11:A, 7g12:A, 7g13:A, 7g14:A, 7g15:A, 7g16:A, 7g17:A, 7g18:A, 7g19:A, 7g1a:A, 7g1b:A, 7g1c:A, 7g1d:A, 7g1e:A, 7g1f:A, 7g1g:A, 7g1h:A, 7g1i:A, 7g1j:A, 7g1k:A, 7g1l:A, 7g1m:A, 7g1n:A, 7g1o:A, 7g1p:A, 7g1r:A, 7g1s:A, 7g1t:A, 7g1u:A, 7g1v:A, 7g1w:A, 7g1y:A, 7g1z:A, 7g20:A, 7g21:A, 1g74:A, 3hk1:A, 5hz6:A, 5hz8:A, 3jsq:A, 1lic:A, 1lid:A, 1lif:A, 6ljs:A, 6ljt:A, 6lju:A, 6ljv:A, 6ljw:A, 6ljx:A, 2nnq:A, 4nnt:A, 3p6e:A, 3p6f:A, 3p6g:A, 3p6h:A, 2q9s:A, 2qm9:B, 8s1k:A, 1tou:A, 1tow:A, 7wc3:A, 8wdx:A, 8we3:A, 5y0f:A, 5y0g:A, 5y0x:A, 5y12:A, 5y13:A
12 7ry5:BBB 143 133 0.3759 0.3497 0.3759 3.63e-20 7aa0:BBB, 7aa0:AAA, 7aa1:AAA, 1cbq:A, 1cbs:A, 2cbs:A, 3cbs:A, 3cr6:A, 3cwk:A, 3f8a:A, 3f9d:A, 3f9d:B, 3fa6:A, 3fa6:B, 3fep:A, 2fr3:A, 2g78:A, 2g79:A, 2g7b:A, 6hkr:A, 5hzq:A, 5hzq:B, 4i9r:A, 4i9s:A, 4m6s:A, 4m7m:A, 6mop:A, 6moq:A, 6mor:A, 6mov:A, 6mox:A, 6mpk:A, 6mqi:A, 6mqj:A, 6mqw:A, 6mqx:A, 6mqy:A, 6mqz:A, 6mr0:A, 6nnx:A, 6nny:A, 6noe:A, 5ogb:A, 4qgv:A, 4qgw:A, 4qgx:A, 7ry5:AAA, 4ybp:A, 4ybu:A, 4yce:A, 4ych:A, 4yda:A, 4ydb:A, 4yfp:A, 4yfq:A, 4yfr:A, 4ygg:A, 4ygh:A, 4ygz:A, 4yh0:A, 4ykm:A, 4ykm:B, 4yko:A, 4yko:B, 6z2z:A, 6zsw:A, 6zsx:A
13 1yiv:A 131 127 0.3308 0.3359 0.3465 1.38e-19
14 4bvm:A 133 127 0.3233 0.3233 0.3386 2.82e-19 5n4m:A, 5n4p:A, 5n4q:A, 7nrw:A, 7nsr:A, 1pmp:A, 1pmp:B, 1pmp:C, 6s2m:A, 6s2s:A
15 7a9y:AAA 137 134 0.3383 0.3285 0.3358 1.71e-18 7a9z:AAA, 1cbr:A, 1cbr:B, 2cbr:A
16 5bvs:A 132 127 0.3383 0.3409 0.3543 8.12e-18 5bvs:B
17 1o8v:A 133 128 0.2932 0.2932 0.3047 3.58e-14
18 4i3b:A 139 131 0.3383 0.3237 0.3435 3.33e-13 4i3b:B, 4i3b:C, 4i3b:D, 4i3b:E, 4i3b:F, 4i3c:A, 4i3c:B, 4i3d:A, 4i3d:B, 4i3d:C, 4i3d:D
19 1vyf:A 135 128 0.2932 0.2889 0.3047 7.18e-13 1vyg:A
20 3akn:A 130 132 0.3233 0.3308 0.3258 1.38e-11
21 4azq:A 136 131 0.2707 0.2647 0.2748 1.48e-11 4azp:A
22 1mdc:A 131 126 0.2707 0.2748 0.2857 5.62e-09
23 5ur9:F 138 127 0.2406 0.2319 0.2520 8.00e-09 4azm:A, 4azm:B, 4azr:A, 4azr:B, 7fwi:A, 7fwi:C, 7fxd:A, 7fy0:A, 7fyd:A, 7g01:A, 7g04:B, 7g0b:A, 7g0e:A, 7g1q:A, 5hz5:A, 4lkt:A, 4lkt:B, 4lkt:C, 4lkt:D, 5ur9:A, 5ur9:B, 5ur9:G, 5ur9:C, 5ur9:E, 5ur9:D, 5ur9:H
24 3akm:A 131 65 0.1729 0.1756 0.3538 1.12e-08 3akm:B, 3akm:C, 3akm:D, 2mji:A
25 7o0k:B 126 118 0.2481 0.2619 0.2797 5.51e-07 2jn3:A, 2k62:A, 2lfo:A, 7o0k:A, 1tw4:A, 1tw4:B
26 6mp4:E 137 129 0.2857 0.2774 0.2946 1.45e-06 6drg:A, 7fy8:A, 7fy8:B, 7fy8:C, 7fy8:D, 7fy8:E, 7fy8:F, 7fy8:G, 7fy8:H, 7g00:A, 7g00:B, 7g00:C, 7g00:D, 7g00:E, 7g00:F, 7g00:G, 7g00:H, 7g00:I, 7g00:J, 7g00:K, 7g00:L, 7g00:M, 7g00:N, 7g00:O, 7g00:P, 2lkk:A, 6mp4:A, 6mp4:H, 3stk:A, 3stm:X
27 1lfo:A 127 131 0.3008 0.3150 0.3053 1.01e-05
28 2mm3:A 127 128 0.2857 0.2992 0.2969 0.002 5l8n:A, 5l8n:C, 1o1v:A
29 3elz:B 135 96 0.2256 0.2222 0.3125 0.077 3elz:A, 3elz:C, 3em0:A, 3em0:B
30 1eio:A 127 94 0.2030 0.2126 0.2872 0.086
31 5ib0:A 137 54 0.1053 0.1022 0.2593 1.3 5ib0:B, 5ib0:C, 5ib0:G
32 8ckb:E066 503 24 0.0827 0.0219 0.4583 3.7 8ckb:E494, 8ckb:E264, 8ckb:E265, 8ckb:E506, 8ckb:E277, 8ckb:E009, 8ckb:E021, 8ckb:E030, 8ckb:E044, 8ckb:E053, 8ckb:E062, 8ckb:E071, 8ckb:E080, 8ckb:E088, 8ckb:E097, 8ckb:E106, 8ckb:E120, 8ckb:E129, 8ckb:E138, 8ckb:E142, 8ckb:E151, 8ckb:E160, 8ckb:E173, 8ckb:E182, 8ckb:E191, 8ckb:E195, 8ckb:E204, 8ckb:E213, 8ckb:E221, 8ckb:E230, 8ckb:E236, 8ckb:E245, 8ckb:E254, 8ckb:E269, 8ckb:E281, 8ckb:E292, 8ckb:E301, 8ckb:E310, 8ckb:E314, 8ckb:E323, 8ckb:E332, 8ckb:E345, 8ckb:E354, 8ckb:E363, 8ckb:E369, 8ckb:E378, 8ckb:E386, 8ckb:E395, 8ckb:E404, 8ckb:E418, 8ckb:E427, 8ckb:E436, 8ckb:E440, 8ckb:E449, 8ckb:E458, 8ckb:E471, 8ckb:E480, 8ckb:E489, 8ckb:E491, 8ckb:E492, 8ckb:E493, 8ckb:E497, 8ckb:E499, 8ckb:E503, 8ckb:E505, 8ckb:E507, 8ckb:E508, 8ckb:E509, 8ckb:E512, 8ckb:E513, 8ckb:E515, 8ckb:E517, 8ckb:E530, 7qof:D, 7qoh:B, 7qoh:C, 7qoh:D, 7qoh:A, 7qoh:E, 7qoh:F, 7qoi:AB, 7qoi:AC, 7qoi:AD, 7qoi:AE, 7qoi:BB, 7qoi:BD, 7qoi:CB, 7qoi:CD, 7qoi:CE, 7qoi:CF, 7qoi:DB, 7qoi:DE, 7qoi:DF, 7qoi:EB, 7qoi:ED
33 3fcc:A 500 60 0.1429 0.0380 0.3167 4.0 3dhv:A, 3fce:A
34 2fio:A 123 46 0.1128 0.1220 0.3261 4.6 2fio:B
35 7vu0:A 435 29 0.0752 0.0230 0.3448 6.1 7vu0:B, 7vu1:A, 7vu1:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218