Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TLWFRDTYPFEVLKQRVLPELIKANGGQRLRIWSAACSSGQEPYSLSMAIDEFEKTNLGQLKAGVQIVATDLSGSMLTAA
KAGEYDTLAMGRGLSPERLQRYFDAKGPGRWAVKPAIRSRVEFRALNLLDSYASLGKFDMVFCRNVLIYFSAEVKRDILL
RIHGTLKPGGYLFLGASEALNNLPDHYQMVQCSPGIIYRAK

The query sequence (length=201) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5xlx:A 201 201 1.0000 1.0000 1.0000 5.49e-151 5xlx:B, 5xlx:C, 5xlx:D
2 1af7:A 274 193 0.3582 0.2628 0.3731 1.35e-30 1bc5:A
3 5ftw:A 255 190 0.3483 0.2745 0.3684 1.73e-30
4 5dpl:A 520 76 0.1343 0.0519 0.3553 2.81e-06 5doo:A, 5dpl:B
5 4iv8:A 245 73 0.0846 0.0694 0.2329 0.002 4iv8:B
6 4mwz:B 265 57 0.0746 0.0566 0.2632 0.012 4iv0:A, 4iv0:B, 4mwz:A
7 3uj7:A 259 57 0.0697 0.0541 0.2456 0.11 4fgz:A, 4fgz:B, 4r6w:A, 4r6w:B, 4r6x:A, 4r6x:B, 3uj6:A, 3uj7:B, 3uj8:A, 3uj9:A, 3uja:A, 3ujb:A, 3ujb:B, 3ujc:A, 3ujd:A
8 5wp5:A 463 61 0.0995 0.0432 0.3279 0.14 5wp5:B
9 1af6:A 421 91 0.1393 0.0665 0.3077 0.29 1af6:B, 1af6:C, 1mpm:A, 1mpm:B, 1mpm:C, 1mpn:A, 1mpn:B, 1mpn:C, 1mpo:A, 1mpo:B, 1mpo:C, 1mpq:A, 1mpq:B, 1mpq:C
10 9fce:B 209 49 0.0846 0.0813 0.3469 0.43 9fce:A
11 5bxc:A 297 88 0.1244 0.0842 0.2841 0.43 5c1g:A, 5c1h:A, 5c1l:A, 4c2s:A, 4c2s:B, 5c36:A, 5c38:A, 5c3a:A, 5c3b:A, 5c3d:A, 5c47:A, 5c48:A, 5c49:A, 5c4b:A, 5c4c:A, 5c4d:A, 5c4e:A, 5c4f:A, 5c8r:A, 4fqw:A, 4fra:A, 4frb:A, 4frd:A, 4fre:A, 4frh:A, 4frl:A, 4frm:A, 4fro:A, 4frp:A, 4frq:A, 4gbp:A, 6gx0:A, 6gx1:A, 6gx2:A, 3i0d:A, 3i0e:A, 3i0f:A, 3i0g:A, 3i0i:X, 3i0j:A, 3i0k:A, 3i0l:A, 3ioi:A, 3ioj:A, 3ioj:B, 4kc1:A, 4kc2:A, 4kc4:A, 1lzi:A, 5m79:A, 5m7a:A, 5m7b:A, 5m7c:A, 5m7c:B, 5m7d:A, 2pgv:A, 1r7u:A, 1r7y:A, 1r80:A, 1r81:A, 2rix:A, 2riy:A, 2rj0:A, 2rj1:A, 2rj4:A, 2rj5:A, 2rj6:A, 2rj7:A, 2rj8:A, 2rj9:A, 3sx3:A, 3sx5:A, 3sx7:A, 3sx8:A, 3sxa:A, 3sxb:A, 3sxc:A, 3sxd:A, 3sxe:A, 3sxg:A, 3u0x:A, 3u0x:B, 3u0y:A, 3u0y:B, 3v0l:A, 3v0m:A, 3v0m:B, 3v0n:A, 3v0n:B, 3v0o:A, 3v0o:B, 3v0p:A, 3v0p:B, 3v0q:A, 3v0q:B, 4y62:A, 4y63:A, 4y64:A, 2y7a:A, 3zgf:A, 3zgf:B, 3zgg:A, 1zhj:A, 1zj0:A
12 9fcx:A 214 62 0.0896 0.0841 0.2903 0.44 9fcd:A, 9fcl:A, 9fcq:A, 9fcs:A, 9fcs:B, 9fcu:A, 9fcu:B, 9fcu:C, 9fcu:D, 9fcx:B, 9fcy:A, 9fcy:B, 9fcy:C, 9fcy:D, 9fd3:A, 9g0k:A, 9g0k:B
13 2yln:A 240 39 0.0896 0.0750 0.4615 0.52
14 5wp4:A 485 61 0.0945 0.0392 0.3115 1.6
15 5dpd:A 511 65 0.0846 0.0333 0.2615 1.9 5dnk:A, 5dnk:B, 5dpd:B
16 6wlf:B 434 39 0.0697 0.0323 0.3590 2.0 6wlf:A
17 1zi4:A 264 62 0.1045 0.0795 0.3387 2.2 2a8u:A, 2a8w:A, 1lzj:A, 2o1h:A, 1r7t:A, 1r7v:A, 1r7x:A, 1r82:A, 5tjo:A, 1wt1:A, 1wt2:A, 1wt3:A, 1zi1:A, 1zi3:A, 1zi5:A, 1ziz:A, 1zj1:A, 1zj2:A, 1zj3:A, 1zjo:A, 1zjp:A
18 8f3i:A 641 65 0.0995 0.0312 0.3077 2.2 8f3g:A, 8f3l:A, 8f3n:A, 8f3p:A, 8f3s:A, 8f3u:A, 8f3w:A, 8f3y:A, 6g88:A, 6mkf:A, 6mkg:A
19 2gs9:A 211 44 0.0896 0.0853 0.4091 2.4 2gs9:B
20 4asm:B 357 54 0.0945 0.0532 0.3519 2.7
21 3e23:A 198 70 0.0945 0.0960 0.2714 4.2
22 7pd7:B 250 57 0.0945 0.0760 0.3333 5.6 7pd7:A, 7pd7:C, 7pd7:D
23 3h3j:B 314 96 0.1294 0.0828 0.2708 6.5 3d4p:A, 3d4p:B, 3h3j:A
24 6g88:C 597 65 0.0995 0.0335 0.3077 7.3 6g88:B
25 4nsy:B 265 89 0.1443 0.1094 0.3258 8.9 4nsv:A, 4nsv:B, 4nsy:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218