Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TLKIAPSILAADYANFASELARIEETDAEYVHIDIMDGQFVPNISFGADVVASMRKHSKLVFDCHLMVVDPERYVEAFAQ
AGADIMTIHTESTRHIHGALQKIKAAGMKAGVVINPGTPATALEPLLDLVDQVLIMTVNPGFGGQAFIPECLEKVATVAK
WRDEKGLSFDIEVDGGVDNKTIRACYEAGANVFVAGSYLFKASDLVSQVQTLRTALN

The query sequence (length=217) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2fli:C 219 217 1.0000 0.9909 1.0000 3.42e-163 2fli:A, 2fli:B, 2fli:D, 2fli:E, 2fli:F, 2fli:G, 2fli:H, 2fli:I, 2fli:J, 2fli:K, 2fli:L
2 1rpx:A 230 214 0.4700 0.4435 0.4766 2.53e-68 1rpx:B, 1rpx:C
3 1h1y:B 219 218 0.4839 0.4795 0.4817 5.95e-66 1h1z:A, 1h1z:B
4 7b1w:F 234 214 0.4470 0.4145 0.4533 3.90e-64 7b1w:J, 7b1w:A, 7b1w:B, 7b1w:C, 7b1w:D, 7b1w:E, 7b1w:G, 7b1w:H, 7b1w:I, 7b1w:K, 7b1w:L
5 5umf:C 224 218 0.4332 0.4196 0.4312 2.54e-62 5umf:A, 5umf:B
6 3qc3:A 225 214 0.4378 0.4222 0.4439 1.02e-59 3ovp:A, 3ovp:B, 3ovq:A, 3ovq:B, 3ovr:A, 3ovr:B, 3qc3:B
7 3ct7:A 219 219 0.3963 0.3927 0.3927 9.32e-55 3ct7:B, 3ct7:C, 3ct7:D, 3ct7:E, 3ct7:F, 3ctl:A, 3ctl:B, 3ctl:C, 3ctl:D, 3ctl:E, 3ctl:F
8 4nu7:C 227 220 0.4378 0.4185 0.4318 7.67e-54 4nu7:A, 4nu7:B, 4nu7:D
9 7u5y:A 227 214 0.4101 0.3921 0.4159 8.62e-53 7u5y:B, 7u5y:C, 7u5y:D, 7u5y:E, 7u5y:F
10 7sbj:A 221 212 0.4240 0.4163 0.4340 1.78e-52 7sbj:B, 7sbj:C
11 1tqx:A 221 220 0.3825 0.3756 0.3773 1.90e-46 1tqx:B
12 4hnn:F 320 143 0.1843 0.1250 0.2797 0.092 4hnn:A, 4hnn:B, 4hnn:C, 4hnn:D, 4hnn:E, 4hnn:G, 4hnn:H
13 5ui3:C 306 75 0.1106 0.0784 0.3200 0.81 5ui3:D, 5ui3:A, 5ui3:B
14 1rm6:A 761 19 0.0461 0.0131 0.5263 0.88 1rm6:D, 1sb3:A, 1sb3:D
15 1cm5:A 759 52 0.0876 0.0250 0.3654 1.0 1cm5:B, 1h16:A, 1h17:A, 1h18:A, 1h18:B, 1mzo:A, 1mzo:B
16 8fve:B 538 53 0.0829 0.0335 0.3396 1.4 2ad5:A, 2ad5:B, 8fv6:AAA, 8fv6:BBB, 8fv7:AAA, 8fv7:BBB, 8fv8:AAA, 8fv8:BBB, 8fv9:AAA, 8fv9:BBB, 8fva:AAA, 8fva:BBB, 8fvb:AAA, 8fvb:BBB, 8fvc:AAA, 8fvc:BBB, 8fvd:A, 8fvd:B, 8fve:A, 8i9o:A, 8i9o:B, 8i9o:D, 8i9o:C, 1s1m:A, 1s1m:B, 8sbr:A, 8sbr:B, 5tkv:A, 5tkv:B, 5u3c:A, 5u3c:B, 5u3c:C, 5u3c:D, 5u6r:A, 5u6r:B, 5u6r:C, 5u6r:D
17 8b9n:A 239 24 0.0507 0.0460 0.4583 1.8 8b9n:C
18 3tm2:A 367 63 0.1014 0.0599 0.3492 2.0 3tm2:B
19 5hrf:A 178 37 0.0507 0.0618 0.2973 2.1 7cpw:A, 7cpw:B, 8e9a:A, 8e9a:B, 5hr9:A, 5hr9:B, 5hrb:A, 5hrd:A, 5hrd:B, 5hrd:C, 5hrd:D, 5hre:A, 5hrf:B, 5hrg:A, 5hrg:B, 5hrh:A, 5hrh:B, 5hri:A, 5hri:B, 5hrk:A, 5hrk:B, 5hrl:A, 5hrl:B, 8ild:A, 8ild:B, 8ile:B, 8ile:A, 8ilf:B, 8ilf:A, 8ilg:A, 8ilg:B, 8ilh:B, 8ilh:A, 8ilh:C, 8ilh:D, 8ili:A, 8ili:B, 8ili:C, 8ili:D, 2m2u:A, 2m2w:A, 5xm8:A, 5xm8:B, 5xm8:C, 5xm8:D, 5xm9:A, 5xm9:B, 5xm9:C, 5xm9:D, 5xma:A, 5xma:B
20 7n4y:B 2455 56 0.0829 0.0073 0.3214 2.9 7n4y:A
21 8ptk:f 4502 25 0.0415 0.0020 0.3600 3.0 8ptk:e
22 8pqw:A 2892 25 0.0415 0.0031 0.3600 3.5 8pqy:A, 8pqz:A, 8pqz:J
23 5nug:A 2920 25 0.0415 0.0031 0.3600 3.5 5nug:B
24 8dyu:A 2562 25 0.0415 0.0035 0.3600 3.6 8dyv:A
25 4cc5:A 308 51 0.0737 0.0519 0.3137 3.8 4cc6:A, 5fpo:A, 5fpr:A
26 2bhr:B 439 33 0.0599 0.0296 0.3939 3.8 2bhr:A
27 1lpa:B 449 34 0.0645 0.0312 0.4118 4.2 1lpb:B
28 4w8f:B 2609 39 0.0599 0.0050 0.3333 5.5 220l:A, 223l:A, 225l:A, 227l:A, 148l:E, 258l:A, 259l:A, 260l:A, 182l:A, 183l:A, 184l:A, 185l:A, 186l:A, 187l:A, 188l:A, 2a4t:A, 1c61:A, 1c62:A, 1c65:A, 1c66:A, 1c67:A, 1c68:A, 1c6a:A, 1c6b:A, 1c6d:A, 1c6e:A, 1c6g:A, 1c6h:A, 1c6j:A, 1c6k:A, 1c6m:A, 1c6n:A, 1c6q:A, 1c6t:A, 2cuu:A, 3dmx:A, 3dmz:A, 3dn0:A, 3dn1:A, 3dn2:A, 3dn3:A, 3dn4:A, 3dn6:A, 3dn8:A, 3dna:A, 1epy:A, 5g27:A, 3g3v:A, 3g3w:A, 3g3x:A, 3guj:A, 3guk:A, 3gul:A, 3gul:B, 3gum:A, 3gum:B, 3gun:A, 3gun:B, 3guo:A, 3guo:B, 3gup:A, 3gup:B, 3hh3:A, 3hh5:A, 3hh6:A, 3ht6:A, 3ht7:A, 3ht8:A, 3ht9:A, 3htb:A, 3htd:A, 3htf:A, 3htg:A, 3hu8:A, 3hu9:A, 3hua:A, 3huk:A, 3huq:A, 3hwl:A, 2igc:A, 5jdt:A, 5jgn:A, 5jgr:A, 5jgv:A, 5jgz:A, 5jws:A, 5jwt:A, 5jwu:A, 5jwv:A, 5jww:A, 3k2r:A, 3l2x:A, 7l3b:A, 7l3c:A, 7l3d:A, 7l3e:A, 7l3f:A, 7l3g:A, 7l3h:A, 7l3i:A, 7l3j:A, 7l3k:A, 1l83:A, 1l84:A, 1lgw:A, 1lgx:A, 1li3:A, 1li6:A, 7loa:A, 7lob:A, 7loc:A, 7lod:A, 7loe:A, 7lof:A, 7log:A, 7loj:A, 5lwo:A, 7lx6:A, 7lx7:A, 7lx8:A, 7lx9:A, 7lxa:A, 4lzm:A, 5lzm:A, 6lzm:A, 7lzm:A, 1nhb:A, 2ntg:A, 2nth:A, 2oty:X, 2otz:X, 2ou0:X, 2ou8:A, 2ou9:A, 1ov5:A, 1ov7:A, 1ovh:A, 1ovj:A, 1ovk:A, 1owy:A, 1owz:A, 6pgy:A, 6pgz:A, 6pgz:B, 4pjz:A, 4pk0:A, 2q9d:A, 2q9e:B, 2q9e:C, 2ray:X, 2raz:X, 2rb0:X, 2rb1:X, 2rb2:X, 2rbn:A, 2rbo:A, 2rbp:A, 2rbq:A, 2rbr:A, 2rbs:A, 3run:A, 3sb5:B, 3sb5:A, 3sb5:C, 3sb5:D, 3sb6:A, 3sb6:B, 3sb8:A, 3sb8:B, 3sb9:A, 3sb9:B, 3sba:B, 3sba:C, 3sba:F, 8tat:A, 6v51:A, 4w52:A, 4w53:A, 4w54:A, 4w55:A, 4w56:A, 4w57:A, 4w58:A, 4w59:A, 4w8f:A, 1xep:A, 1zur:A, 1zwn:A, 1zyt:A
29 8dzz:A 2363 39 0.0599 0.0055 0.3333 5.8 8dzz:D, 8e00:A
30 6ttb:A 331 34 0.0645 0.0423 0.4118 5.9
31 6l5s:A 454 32 0.0507 0.0242 0.3438 6.1 6l5p:A, 6l5q:A, 6l5r:A, 6l7h:A
32 8hz4:A 456 55 0.0599 0.0285 0.2364 6.1 8hz4:B, 8hz4:C, 8hz4:D
33 5dx6:B 557 75 0.0737 0.0287 0.2133 6.1 5d6r:B, 5d6r:M, 5dx6:A, 1ozf:A, 1ozf:B, 1ozg:A, 1ozg:B, 1ozh:A, 1ozh:B, 1ozh:C, 1ozh:D, 5wdg:A, 5wdg:B
34 7mgm:A 2274 39 0.0599 0.0057 0.3333 6.2
35 4ai6:A 2650 39 0.0599 0.0049 0.3333 6.4 4ai6:B, 4akg:A, 4akg:B, 4akh:A, 4akh:B, 4aki:A, 4aki:B, 3crt:A, 3cru:A, 3d0z:A, 1dug:A, 1dug:B, 1gne:A, 1gtb:A, 8gyd:A, 8gyd:B, 5gzz:B, 5gzz:C, 5gzz:D, 5gzz:E, 5gzz:F, 5gzz:G, 6ji6:A, 1m99:A, 1m9a:A, 1m9b:A, 7mi3:A, 7mi6:A, 6rwd:A, 6rwd:B, 1u87:A, 1u88:A, 1ua5:A, 4wr4:A, 4wr5:A
36 2i1o:A 389 84 0.1060 0.0591 0.2738 6.6 1yte:A, 1ytk:A
37 7us3:A 428 61 0.0922 0.0467 0.3279 8.2 7us3:B, 7us3:C, 7us3:D
38 3vkh:B 2908 25 0.0415 0.0031 0.3600 8.4
39 6hbv:A 414 27 0.0461 0.0242 0.3704 8.4 6hbs:A, 6hbs:B, 6hbv:B
40 3vkg:A 2954 25 0.0415 0.0030 0.3600 8.5
41 3vkg:B 2853 25 0.0415 0.0032 0.3600 8.6
42 3vkh:A 3042 25 0.0415 0.0030 0.3600 8.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218