Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TLENCVFCKIIKRELPSTIYYEDERVIAIKDINPAAPVHVLIIPKEHIANVKEINESNAQILIDIHKAANKVAEDLGIAE
KGYRLITNCGVAAGQTVFHLHYHLLGGVDMGPKIL

The query sequence (length=115) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5uvm:A 115 115 1.0000 1.0000 1.0000 3.74e-81 5uvm:B
2 6d6j:B 113 107 0.4348 0.4425 0.4673 2.30e-36 6d6j:A
3 4egu:A 118 104 0.4261 0.4153 0.4712 1.65e-33 4egu:B
4 3oxk:A 115 107 0.4696 0.4696 0.5047 2.83e-32 3oj7:A, 3omf:A
5 3n1s:J 119 112 0.4696 0.4538 0.4821 6.91e-29 3n1s:A, 3n1s:B, 3n1s:E, 3n1s:F, 3n1s:I, 3n1s:M, 3n1s:N, 3n1t:A, 3n1t:B, 3n1t:E, 3n1t:F
6 6yqm:AAA 117 107 0.3913 0.3846 0.4206 1.24e-28 1av5:B, 6b42:A, 5ed3:B, 5ed6:B, 5emt:A, 5emt:B, 4eqe:B, 4eqg:B, 4eqh:B, 5i2e:A, 5i2e:B, 5i2f:A, 5ipc:A, 5ipd:A, 5ipe:A, 6j53:B, 6j58:B, 6j5s:B, 6j5z:A, 6j5z:D, 6j64:B, 6j65:B, 6j65:E, 5kly:A, 5kly:B, 5klz:B, 5km0:A, 5km0:D, 5km1:A, 5km2:A, 5km3:A, 5km4:A, 5km6:A, 5kma:A, 5kmb:A, 5kmb:B, 5kmc:A, 1kpe:B, 1kpf:A, 6n3v:A, 6n3w:A, 6n3x:A, 6n3y:A, 6n3y:B, 3o1c:A, 3o1x:A, 5o8i:B, 8p8p:A, 8pa6:A, 8pa6:B, 8pa9:A, 8paf:A, 8paf:B, 8pai:A, 8pwk:A, 3qgz:A, 3rhn:A, 4rhn:A, 5rhn:A, 1rzy:A, 3tw2:A, 5wa8:A, 5wa9:A, 4zkl:B, 4zkl:D
7 4zgl:F 102 102 0.3913 0.4412 0.4412 2.38e-25 4zgl:B, 4zgl:C, 4zgl:H, 4zgl:I
8 4ini:B 112 106 0.3478 0.3571 0.3774 1.55e-24 4ini:A, 5km5:B, 5km8:B, 5km9:B, 6yvp:AAA, 6yvp:BBB
9 3l7x:A 157 107 0.3826 0.2803 0.4112 3.20e-21
10 2eo4:A 149 101 0.3652 0.2819 0.4158 2.05e-20
11 1y23:B 141 104 0.3739 0.3050 0.4135 1.97e-19 1y23:A, 1y23:C, 1y23:D, 1y23:E
12 3imi:A 143 106 0.3565 0.2867 0.3868 8.80e-18 3imi:B, 3imi:C, 3imi:D
13 3ksv:A 141 107 0.3478 0.2837 0.3738 2.49e-17
14 3o0m:A 139 102 0.2957 0.2446 0.3333 1.38e-16 3o0m:B
15 6iq1:B 145 112 0.3739 0.2966 0.3839 1.46e-15 6iq1:A, 6iq1:C, 6iq1:D
16 3r6f:A 130 113 0.2522 0.2231 0.2566 1.29e-07
17 6cvq:A 180 97 0.2435 0.1556 0.2887 8.22e-07 6cvo:A, 6cvo:B, 6cvp:A, 6cvp:B, 6cvq:B, 6cvr:A, 6cvr:B, 6cvs:A, 6cvs:B, 6cvt:A, 6cvt:B, 4ndf:A, 4ndf:B, 4ndg:A, 4ndg:B, 4ndh:A, 4ndh:B, 4ndi:A, 4ndi:B
18 2fit:A 130 92 0.2174 0.1923 0.2717 4.77e-04 1fhi:A, 2fhi:A, 1fit:A, 3fit:A, 5fit:A, 6fit:A, 7p8p:A, 7p8p:C
19 3ano:A 158 81 0.1565 0.1139 0.2222 0.006
20 7p8p:B 147 92 0.2087 0.1633 0.2609 0.007 7p8p:D
21 3ano:B 175 81 0.1565 0.1029 0.2222 0.009
22 4nqg:A 197 51 0.1565 0.0914 0.3529 0.69 4nqg:B
23 5cs2:A 147 74 0.1739 0.1361 0.2703 1.00
24 3ial:B 505 44 0.1478 0.0337 0.3864 1.1 3ial:A
25 3sp4:B 204 34 0.0957 0.0539 0.3235 1.1 3sp4:A, 3spd:A, 3spd:B, 3spd:C, 3spd:D, 3spl:A, 3spl:B, 3spl:C, 3spl:D, 3szq:A, 4xba:A, 4xba:B, 4ykl:B
26 4zas:A 369 26 0.0870 0.0271 0.3846 3.0 4zas:B, 4zas:D, 4zas:E, 4zas:F
27 2i2a:A 264 24 0.0696 0.0303 0.3333 3.9 8a9v:A, 8b47:A, 8b47:B, 5dhp:A, 5dhp:C, 5dhp:B, 5dhp:D, 5dhq:A, 5dhq:C, 5dhq:B, 5dhq:D, 5dhr:A, 5dhr:C, 5dhr:B, 5dhr:D, 5dhs:A, 5dhs:C, 5dhs:B, 5dhs:D, 5dht:A, 5dht:C, 5dht:B, 5dht:D, 5dhu:A, 5dhu:C, 5dhu:B, 5dhu:D, 4dy6:A, 5ejh:A, 5eji:A, 2i29:A, 2i2b:A, 2i2c:A, 2i2d:A, 2i2f:A, 2q5f:A, 6rbo:A, 6rbp:A, 6rbq:A, 6rbr:A, 6rbs:A, 6rbt:A, 6rbu:A, 6rbv:A, 6rbw:A, 6rbx:A, 6rby:A, 6rbz:A, 6rc0:A, 6rc1:A, 6rc2:A, 6rc3:A, 6rc4:A, 6rc5:A, 6rc6:A, 6rg6:A, 6rg7:A, 6rg8:A, 6rg9:A, 6rga:A, 6rgb:A, 6rgc:A, 6rgd:A, 6rge:A, 6rgf:A, 6rr2:A, 3v7u:A, 3v7w:A, 3v7y:A, 3v80:A, 3v8m:A, 3v8n:A, 3v8p:A, 3v8q:A, 3v8r:A, 6z61:A, 6z64:A, 6z65:A, 7zz7:A, 7zz9:A, 7zza:A, 7zzb:A, 7zzc:A, 7zzd:A, 7zze:A, 7zzf:A, 7zzg:A, 7zzh:A, 7zzj:A
28 7p6u:A 772 30 0.1130 0.0168 0.4333 6.5 7p6u:B, 7p6u:C, 7p6u:D, 7p6u:E
29 1gup:A 347 49 0.1130 0.0375 0.2653 8.1 1gup:B, 1gup:C, 1gup:D, 1guq:A, 1guq:B, 1guq:C, 1guq:D, 1hxp:A, 1hxp:B, 1hxq:A, 1hxq:B
30 3q2v:A 532 50 0.1826 0.0395 0.4200 9.2 1edh:A, 1edh:B, 1ff5:B, 1ff5:A, 3lne:A, 3lnf:A, 3lnf:B, 3lng:A, 3lng:B, 3lnh:A, 3lnh:B, 3lni:A, 3lni:B, 1q1p:A, 3q2l:A, 3q2l:B, 3q2n:A, 3q2n:B, 3q2v:B, 4qd2:E, 4qd2:J, 3qrb:A, 3qrb:B, 2qvf:B
31 4v5z:Bl 122 32 0.0957 0.0902 0.3438 9.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218