Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TKYAEGTQPFTVLIEGNIGSGKTTYLNHFEKYKNDICLLTEPVEKWRNVNGVNLLELMYKDPKKWAMPFQSYVTLTMLQS
HTAPTNKKLKIMERSIFSARYCFVENMRRNGSLEQGMYNTLEEWYKFIEESIHVQADLIIYLRTSPEVAYERIRQRARSE
ESCVPLKYLQELHELHEDWLIHQRRPQSCKVLVLDADL

The query sequence (length=198) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6ybh:D 219 197 0.9091 0.8219 0.9137 1.34e-137 1j90:A, 1j90:B, 2jcs:A, 2jcs:B, 2jj8:A, 2jj8:B, 2jj8:C, 2jj8:D, 1oe0:A, 1oe0:B, 1oe0:C, 1oe0:D, 1ot3:A, 1ot3:B, 1ot3:C, 1ot3:D, 1ot3:E, 1ot3:F, 1ot3:G, 1ot3:H, 2vp0:A, 2vp0:B, 2vp2:A, 2vp2:B, 2vp4:A, 2vp4:B, 2vp4:C, 2vp4:D, 2vp5:A, 2vp5:B, 2vp6:A, 2vp6:B, 2vp6:C, 2vp6:D, 2vp6:E, 2vp6:F, 2vp6:G, 2vp6:H, 2vp9:A, 2vp9:B, 2vp9:C, 2vp9:D, 2vp9:E, 2vp9:F, 2vp9:G, 2vp9:H, 2vpp:A, 2vpp:B, 2vqs:A, 2vqs:B, 2vqs:C, 2vqs:D, 6ybh:A, 6ybh:B, 6ybh:C, 6ybh:E, 6ybh:F, 1zm7:A, 1zm7:B, 1zm7:C, 1zm7:D, 1zmx:A, 1zmx:B, 1zmx:C, 1zmx:D, 1zmx:E, 1zmx:F, 1zmx:G, 1zmx:H
2 2ocp:A 229 204 0.3788 0.3275 0.3676 2.91e-40 2ocp:B, 2ocp:C, 2ocp:D, 2ocp:E, 2ocp:F, 2ocp:G, 2ocp:H
3 2a2z:B 221 196 0.3333 0.2986 0.3367 6.78e-39 2a2z:D, 2a30:B, 2a30:D, 3mjr:D, 2zi5:A, 2zi5:C, 2zi5:D, 2zi6:A, 2zi6:C, 2zi6:D, 2zi7:B, 2zi7:A, 2zia:A, 2zia:B
4 2no0:A 242 216 0.3586 0.2934 0.3287 7.26e-39 2a2z:A, 2a2z:C, 2a30:A, 2a30:C, 2a7q:A, 3hp1:A, 3ipx:A, 3ipy:A, 3ipy:B, 4jlj:A, 4jlj:B, 4jlk:A, 4jlk:B, 4jlm:A, 4jlm:B, 4jln:A, 4jln:B, 4kcg:A, 4kcg:B, 3kfx:A, 3kfx:B, 4l5b:A, 4l5b:B, 3mjr:A, 3mjr:B, 3mjr:C, 5mqj:A, 5mqj:B, 5mqj:C, 5mqj:D, 5mql:A, 5mql:B, 5mql:C, 5mql:D, 5mqt:A, 5mqt:B, 5mqt:C, 5mqt:D, 2no0:B, 2no1:A, 2no1:B, 2no6:A, 2no6:B, 2no7:A, 2no7:B, 2no9:A, 2no9:B, 2noa:A, 2noa:B, 8ooj:A, 8ooj:B, 8ooj:C, 8ooj:D, 1p5z:B, 1p60:A, 1p60:B, 1p61:B, 1p62:B, 4q18:A, 4q18:B, 4q19:A, 4q19:B, 4q1a:A, 4q1a:B, 4q1b:A, 4q1b:B, 4q1c:A, 4q1c:B, 4q1d:A, 4q1d:B, 4q1e:A, 4q1e:B, 4q1f:A, 4q1f:B, 3qej:A, 3qej:B, 3qen:A, 3qen:B, 3qeo:A, 3qeo:B, 2qrn:A, 2qrn:B, 2qrn:C, 2qrn:D, 2qro:A, 2qro:B, 2qro:C, 2qro:D, 2zi3:A, 2zi3:B, 2zi4:A, 2zi5:B, 2zi6:B, 2zi9:A, 2zi9:B, 7zi1:A, 7zi2:A, 7zi3:A, 7zi5:A, 7zi6:A, 7zi7:A, 7zi8:A, 7zi9:A, 7zia:A, 7zib:A
5 2jas:C 195 187 0.2576 0.2615 0.2727 1.06e-10 2jaq:A, 2jaq:B, 2jas:A, 2jas:B, 2jas:D, 2jas:E, 2jas:F, 2jat:A, 2jat:B
6 1osn:A 325 44 0.0909 0.0554 0.4091 0.002 1osn:B, 1osn:C, 1osn:D
7 8j5f:A 238 161 0.2071 0.1723 0.2547 0.14 8j5e:A, 8j5g:A, 8j5h:A
8 5fhd:B 400 59 0.0909 0.0450 0.3051 0.75
9 5ftc:A 431 59 0.0909 0.0418 0.3051 0.81 5fhd:A, 5fhe:A, 5fhf:A, 5ftb:A, 5fte:A, 5ftf:A, 6l3g:A, 6l3g:B
10 4dwj:B 203 165 0.2424 0.2365 0.2909 1.4 2ccg:A, 2ccg:B, 2ccj:A, 2ccj:B, 4dwj:A, 4dwj:C, 4dwj:D, 4dwj:F, 4dwj:G, 4dwj:H, 4eaq:A, 4eaq:B, 4gfd:A, 4gfd:B, 4gsy:A, 4gsy:B, 4hdc:A, 4hdc:B, 4hej:A, 4hlc:A, 4hlc:B, 4hld:A, 4hld:B, 4qg7:A, 4qg7:B, 4qga:A, 4qga:B, 4qgf:A, 4qgf:B, 4qgg:A, 4qgg:B, 4qgh:A, 4qgh:B, 4xwa:A, 4xwa:B
11 4cw7:A 181 28 0.0556 0.0608 0.3929 1.7 4cvn:A, 4cvn:B, 4cvn:C, 4cvn:D, 4cw7:C, 4cw7:E, 4cw7:G
12 2glu:A 234 90 0.0909 0.0769 0.2000 2.0 2glu:B
13 5tsh:E 387 71 0.1061 0.0543 0.2958 2.5 5tsg:B, 5tsg:C, 5tsg:D, 5tsh:A, 5tsh:B, 5tsh:C, 5tsh:D, 5tsh:F, 5zfr:A, 5zfr:B, 5zfr:C
14 8u94:A 201 20 0.0505 0.0498 0.5000 3.5 9bkz:A, 9bkz:B, 8u96:A, 8u97:A
15 7qoe:A 187 31 0.0556 0.0588 0.3548 4.1
16 6skz:A 2638 100 0.1313 0.0099 0.2600 4.8 6sl0:A, 6sl0:B
17 6sl1:A 2652 100 0.1313 0.0098 0.2600 4.8 6sky:A, 6sky:B
18 7m6a:A 4306 41 0.0707 0.0033 0.3415 5.0 7m6a:G, 7m6a:B, 7m6a:I, 7m6l:A, 7m6l:G, 7m6l:B, 7m6l:I
19 6cvd:B 303 38 0.0707 0.0462 0.3684 6.3 4c7o:B, 4c7o:D, 6cs8:A, 6cs8:B, 6cvd:A, 6dlx:A, 6dlx:B, 6fqd:A, 6fqd:B, 5gad:l, 6n6n:B, 5nco:l, 6nc1:A, 6nc4:A, 6nc4:B, 5niy:A, 7o9h:A, 7o9h:B, 2xxa:D, 2xxa:B, 3zn8:D
20 8u8b:A 1712 23 0.0606 0.0070 0.5217 7.1 8u7l:B, 8u7l:A, 8u8a:B, 8u8a:C, 8u8b:B, 2zej:A
21 8vk4:D 4379 100 0.1364 0.0062 0.2700 7.6 8vjj:A, 8vjj:D, 8vjj:B, 8vjj:C, 8vjk:A, 8vjk:B, 8vjk:C, 8vjk:D, 8vk3:A, 8vk3:D, 8vk3:B, 8vk3:C, 8vk4:A, 8vk4:B, 8vk4:C
22 1yra:B 261 30 0.0606 0.0460 0.4000 8.0 2oxr:A, 1yr7:A, 1yr8:A, 1yr9:A, 1yra:A, 1yrb:A, 1yrb:B
23 3kb2:A 171 36 0.0657 0.0760 0.3611 8.2 3kb2:B
24 8tzf:A 1589 25 0.0606 0.0076 0.4800 8.4
25 8wa1:c 1176 82 0.1061 0.0179 0.2561 8.7
26 8fo9:F 2289 22 0.0606 0.0052 0.5455 9.0 9c61:A, 9c61:B, 8fo2:E, 8fo7:C, 8fo8:C, 8fo8:E, 8fo9:E, 7lht:A, 7lht:B, 7lhw:A, 7li3:A, 7li4:A, 6oje:A, 6oje:B, 6ojf:A, 6ojf:B, 7thy:A, 7thz:A, 6xaf:A, 6xaf:B, 2zej:B
27 8bns:A 433 42 0.0808 0.0370 0.3810 9.2 8bns:B, 8bns:C, 8bns:D
28 2bme:A 176 28 0.0606 0.0682 0.4286 9.4 2bmd:A, 2bme:B, 2bme:C, 2bme:D, 1yu9:A, 1z0k:A, 1z0k:C
29 5tth:B 621 30 0.0606 0.0193 0.4000 9.9 6d14:B, 7exp:B, 4ipe:B, 4iyn:B, 4j0b:B, 5tvu:B, 5tvw:B, 5tvx:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218