Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
TIQPGTGYNNGYFYSYWNDGHGGVTYTNGPGGQFSVNWSNSGNFVGGKGWQPGTKNKVINFSGSYNPNGNSYLSVYGWSR
NPLIEYYIVENFGTYNPSTGATKLGEVTSDGSVYDIYRTQRVNQPSIIGTATFYQYWSVRRNHRSSGSVNTANHFNAWAQ
QGLTLGTMDYQIVAVQGYFSSGSASITVS

The query sequence (length=189) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 2dfb:A 190 189 0.9947 0.9895 0.9947 1.78e-134 4hk8:A, 4hk9:A, 4hkw:A, 6jwb:A, 6jxl:A, 6k9r:A, 6k9x:A, 6kvv:A, 6kwd:A, 6kwf:A, 6kwg:A, 6kwh:A, 3lgr:A, 7mgu:A, 1red:B, 1ree:B, 1ref:B, 5zf3:A, 5zii:A, 5zkz:A
2 5jrn:A 189 187 0.7037 0.7037 0.7112 4.94e-89
3 1h1a:A 191 183 0.6455 0.6387 0.6667 1.33e-88 1h1a:B, 1xnk:A, 1xnk:B
4 3zse:A 187 183 0.5450 0.5508 0.5628 5.43e-73
5 2vgd:A 195 185 0.5556 0.5385 0.5676 3.09e-68
6 7dfn:A 194 185 0.5291 0.5155 0.5405 5.93e-64 7dfn:B, 7dfn:C, 7dfo:A, 7dfo:B, 7dfo:C, 7dfo:E, 7dfo:F, 7dfo:G, 7dfo:I
7 8yyn:A 183 181 0.5185 0.5355 0.5414 2.60e-60 8yyn:B, 8yyo:A, 8yyo:B
8 1f5j:B 199 190 0.5608 0.5327 0.5579 3.81e-60
9 1axk:B 394 182 0.5026 0.2411 0.5220 1.01e-51 1axk:A
10 1h4h:B 209 187 0.4603 0.4163 0.4652 7.11e-51 1h4g:A, 1h4g:B, 1h4h:A, 1h4h:C, 1h4h:D, 2nqy:A, 2nqy:B, 1qh6:A, 1qh6:B, 1qh7:A, 1qh7:B
11 7xn9:A 476 177 0.5026 0.1996 0.5367 2.05e-50 2b46:X, 1bcx:A, 1bvv:A, 1c5i:A, 8qxy:B, 8qxy:A, 8qy0:B, 8qy0:A, 8qy1:A, 8qy1:B, 8qy2:A, 8qy3:A, 2qz3:A, 2qz3:B, 5tzo:A, 5tzo:B, 5tzo:C, 3vzm:A, 3vzn:A, 3vzn:B, 3vzo:A, 7xna:A
12 6kjl:A 328 187 0.4603 0.2652 0.4652 5.48e-49 2dcj:A, 2dcj:B, 2dck:A, 6kjl:B, 6kka:A, 6kka:B
13 1xyn:A 178 157 0.4762 0.5056 0.5732 3.48e-48
14 6qe8:A 183 176 0.4497 0.4645 0.4830 3.41e-47 2qz2:A
15 7l1y:A 244 197 0.3810 0.2951 0.3655 3.28e-26
16 3wp6:A 228 169 0.3016 0.2500 0.3373 1.66e-21
17 7aih:X 468 35 0.0794 0.0321 0.4286 1.4 7ane:X
18 7px0:B 1253 36 0.0741 0.0112 0.3889 3.0 7px0:A, 7px0:C, 7px0:D
19 2vyc:A 755 75 0.0952 0.0238 0.2400 3.5 2vyc:B, 2vyc:C, 2vyc:D, 2vyc:E, 2vyc:F, 2vyc:G, 2vyc:H, 2vyc:I, 2vyc:J
20 1bk4:A 314 33 0.0476 0.0287 0.2727 6.4
21 7ezf:D 329 33 0.0476 0.0274 0.2727 7.1 3a29:A, 3a29:B, 3a29:C, 3a29:D, 7c9q:C, 7cvh:A, 7cvh:C, 7cvh:B, 7cvh:D, 7cvn:A, 7cvn:C, 7cvn:B, 7cvn:D, 7cwe:A, 7cwe:B, 7ezf:A, 7ezf:B, 7ezf:C, 7ezp:A, 7ezp:B, 7ezp:C, 7ezp:D, 7ezr:A, 7ezr:B, 7ezr:C, 7ezr:D, 2fie:A, 2fie:L, 2fie:D, 2fie:H, 2fix:A, 2fix:L, 2fix:D, 2fix:H, 1fta:A, 1fta:B, 1fta:C, 1fta:D, 2jjk:A, 2jjk:C, 2jjk:B, 2jjk:D, 3kbz:A, 3kbz:B, 3kbz:C, 3kbz:D, 3kc0:A, 3kc0:B, 3kc0:C, 3kc0:D, 3kc1:A, 3kc1:B, 3kc1:C, 3kc1:D, 5ldz:A, 5ldz:B, 5ldz:C, 5ldz:D, 5ldz:E, 5ldz:F, 6ls5:C, 6lw2:A, 6lw2:B, 6lw2:C, 6lw2:D, 4mjo:A, 4mjo:B, 4mjo:C, 4mjo:D, 4mjo:E, 4mjo:F, 4mjo:G, 4mjo:H, 5pzq:A, 5pzq:B, 5pzq:C, 5pzq:D, 5pzr:A, 5pzr:C, 5pzr:B, 5pzr:D, 5pzs:A, 5pzs:C, 5pzs:B, 5pzs:D, 5pzt:A, 5pzt:B, 5pzt:C, 5pzt:D, 5pzt:E, 5pzt:F, 5pzt:G, 5pzt:H, 5pzu:A, 5pzu:B, 5pzu:C, 5pzu:D, 5pzv:A, 5pzv:B, 5pzv:C, 5pzv:D, 5pzw:A, 5pzw:C, 5pzw:B, 5pzw:D, 5pzx:A, 5pzx:B, 5pzx:C, 5pzx:D, 5pzx:E, 5pzx:F, 5pzx:G, 5pzx:H, 5pzy:A, 5pzy:B, 5pzy:C, 5pzy:D, 5pzy:E, 5pzy:F, 5pzy:G, 5pzy:H, 5pzz:A, 5pzz:B, 5pzz:C, 5pzz:D, 5pzz:E, 5pzz:F, 5pzz:G, 5pzz:H, 5q00:A, 5q00:B, 5q00:C, 5q00:D, 5q00:E, 5q00:F, 5q00:G, 5q00:H, 5q01:A, 5q01:B, 5q01:C, 5q01:D, 5q01:E, 5q01:F, 5q01:G, 5q01:H, 5q02:A, 5q02:B, 5q02:C, 5q02:D, 5q03:A, 5q03:B, 5q03:C, 5q03:D, 5q03:E, 5q03:F, 5q03:G, 5q03:H, 5q04:A, 5q04:B, 5q04:C, 5q04:D, 5q04:E, 5q04:F, 5q04:G, 5q04:H, 5q05:A, 5q05:B, 5q05:C, 5q05:D, 5q05:E, 5q05:F, 5q05:G, 5q05:H, 5q06:A, 5q06:B, 5q06:C, 5q06:D, 5q07:A, 5q07:C, 5q07:B, 5q07:D, 5q07:E, 5q07:F, 5q07:G, 5q07:H, 5q08:A, 5q08:B, 5q08:C, 5q08:D, 5q08:E, 5q08:F, 5q08:G, 5q08:H, 5q09:A, 5q09:B, 5q09:D, 5q09:C, 5q09:E, 5q09:F, 5q09:G, 5q09:H, 5q0a:A, 5q0a:C, 5q0a:B, 5q0a:D, 5q0b:B, 5q0b:C, 5q0b:D, 2vt5:A, 2vt5:B, 2vt5:C, 2vt5:D, 2vt5:E, 2vt5:F, 2vt5:G, 2vt5:H, 2wbb:A, 2wbb:H, 2wbb:B, 2wbb:C, 2wbb:D, 2wbb:E, 2wbb:F, 2wbb:G, 2wbd:A, 2wbd:B, 2wbd:C, 2wbd:D, 2wbd:E, 2wbd:F, 2wbd:G, 2wbd:H, 7wjv:D, 2y5k:A, 2y5k:C, 2y5k:B, 2y5k:D, 2y5l:A, 2y5l:B, 2y5l:C, 2y5l:D, 2y5l:E, 2y5l:F, 2y5l:G, 2y5l:H, 5zwk:A, 5zwk:B, 5zwk:C, 5zwk:D

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218