Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
TIAVTGSIATDHLMRFPGRFSEQVSLSFLVDDLVMHRGGVAGNMAFAIGVLGGEVALVGAAGADFADYRDWLKARGVNCD
HVLISETAHTARFTCTTDVDMAQIASFYPGAMSEARNIKLADVVSAIGKPELVIIGANDPEAMFLHTEECRKLGLAFAAD
PSQQLARLSGEEIRRLVNGAAYLFTNDYEWDLLLSKTGWSEADVMAQIDLRVTTLGPKGVDLVEPDGTTIHVGVVPETSQ
TDPTGVGDAFRAGFLTGRSAGLGLERSAQLGSLVAVLVLESTGTQEWQWDYEAAASRLAGAYGEHAAAEIVAVL

The query sequence (length=314) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 6c9r:A 337 322 1.0000 0.9318 0.9752 0.0 6c67:A, 6c67:B, 6c9n:A, 6c9n:B, 6c9p:A, 6c9p:B, 6c9q:A, 6c9r:B, 6c9s:A, 6c9s:B, 6c9v:A, 6c9v:B, 4o1g:A, 2pkk:A, 2pkm:A, 2pkn:A, 4pvv:A, 4ube:A
2 3b1n:B 320 317 0.3535 0.3469 0.3502 1.69e-52 3b1n:A, 3b1p:A, 3b1q:A, 3b1q:B, 3b1q:C, 3b1q:D, 3b1q:E, 3b1q:F, 3b1r:A, 3b1r:B, 3b1r:C, 3b1r:D, 3b1r:E, 3b1r:F
3 2c49:A 299 289 0.2516 0.2642 0.2734 4.69e-27 2c49:B
4 1v1a:A 301 283 0.2452 0.2558 0.2721 2.23e-07 1v1a:B, 1v1b:A, 1v1b:D, 1v1b:B, 1v1b:C
5 6xk2:A 320 329 0.2484 0.2437 0.2371 1.27e-06 6xk2:B, 6xk2:C, 6xk2:D
6 4k8p:A 332 268 0.2197 0.2078 0.2575 2.68e-05 4e3a:A, 4e3a:B, 4jks:A, 4jks:B, 4jku:A, 4jku:B, 4k8c:A, 4k8c:B, 4k8k:A, 4k8k:B, 4k8p:B, 4k8t:A, 4k8t:B, 4k93:A, 4k93:B, 4k9c:A, 4k9c:B, 4k9i:A, 4k9i:B, 4kad:A, 4kad:B, 4kah:A, 4kah:B, 4kal:A, 4kal:B, 4kan:A, 4kan:B, 4kbe:A, 4kbe:B, 4lbg:A, 4lbg:B, 4lbx:A, 4lbx:B, 4lc4:A, 4lc4:B, 4lca:A, 4lca:B
7 3ubo:A 338 259 0.2134 0.1982 0.2587 5.28e-05 3ubo:B
8 2dcn:A 308 276 0.2134 0.2175 0.2428 1.24e-04 2dcn:B, 2dcn:C, 2dcn:D, 2dcn:E, 2dcn:F, 2dcn:G, 2dcn:H, 2dcn:I, 2dcn:J, 2dcn:K, 2dcn:L
9 5ygg:A 310 237 0.2134 0.2161 0.2827 1.24e-04 5eyn:A, 5f0z:A, 5f11:A
10 3kd6:A 300 279 0.2006 0.2100 0.2258 1.40e-04 3kd6:B
11 6a8a:A 327 280 0.2166 0.2080 0.2429 2.49e-04 6a8a:B, 6a8b:A, 6a8b:B, 6a8c:A, 6a8c:B, 5zwy:A, 5zwy:B
12 8omd:A 296 261 0.1943 0.2061 0.2337 0.008 8omd:C, 8omd:B, 8omd:D, 6p2d:A
13 3ih0:A 304 253 0.2070 0.2138 0.2569 0.011 3gbu:A, 3gbu:B, 3gbu:C, 3gbu:D
14 8cqx:A 300 112 0.1115 0.1167 0.3125 0.019 8cqx:B, 8cqx:C, 8cqx:D, 6znx:A, 6znx:B, 6znx:D
15 8ome:A 298 58 0.0573 0.0604 0.3103 0.033 2hw1:A, 8ome:D, 8ome:B, 8ome:C
16 8ug1:B 305 58 0.0573 0.0590 0.3103 0.041 9fhd:A, 9fhd:B, 9fhe:A, 9fhe:B, 3nbv:A, 3nbv:B, 3nbw:A, 3nbw:B, 3nc2:A, 3nc2:B, 3nc9:A, 3nc9:B, 3nca:A, 8omf:A, 8omf:B, 8omj:A, 8omj:B, 8omk:A, 8omk:B, 3q92:A, 3q92:B, 3qa2:A, 3qa2:B, 3qai:A, 3qai:B, 3ro4:A, 8ug1:A, 8ug3:A, 8ug3:B, 6ul7:A, 6w0n:A, 6w0n:B, 6w0w:A, 6w0w:B, 6w0x:A, 6w0x:B, 6w0y:A, 6w0y:B, 6w0z:A, 6w0z:B, 5wbm:A, 5wbm:B, 5wbo:A, 5wbo:B, 5wbp:A, 5wbq:A, 5wbq:B, 5wbr:A, 5wbr:B, 5wbz:A, 5wbz:B
17 6wb7:A 296 63 0.0669 0.0709 0.3333 0.053 6wb7:B, 6wb7:C, 6wb7:D
18 4xck:A 306 317 0.2229 0.2288 0.2208 0.066 4xck:B, 4xck:C, 4xck:D, 4xda:A, 4xda:B, 4xda:C, 4xda:D
19 4n09:A 345 53 0.0605 0.0551 0.3585 0.097 4n09:B, 4n09:C, 4n09:D, 3otx:A, 3otx:B, 2xtb:A
20 3in1:A 312 105 0.0955 0.0962 0.2857 0.20 3in1:B
21 3iq0:B 308 57 0.0541 0.0552 0.2982 0.65 3iq0:A
22 6znx:C 265 84 0.0860 0.1019 0.3214 0.84
23 6ils:B 313 72 0.0637 0.0639 0.2778 2.4 6ils:A, 6ilt:A, 6ilt:B
24 3ie7:A 309 229 0.1592 0.1618 0.2183 2.6 3jul:A
25 3cty:B 305 25 0.0382 0.0393 0.4800 2.8 3cty:A
26 3peh:B 262 77 0.0796 0.0954 0.3247 3.8 3peh:A, 3pej:A, 3pej:B
27 8an2:AAA 1040 72 0.0796 0.0240 0.3472 4.2 8an3:AAA, 7zcx:AAA
28 5b7e:A 477 117 0.0955 0.0629 0.2564 5.4 5b7f:A, 5b7m:A, 5b7m:B, 5b7m:C, 4ef3:A, 2fqd:A, 2fqe:A, 2fqf:A, 2fqg:A, 6im7:A, 1kv7:A, 1n68:A, 3nsc:A, 3nsd:A, 3nsy:A, 3nt0:A, 3pau:A, 3pav:A, 1pf3:A, 3qqx:A, 5ys1:A, 5ys5:A
29 3od3:A 488 128 0.1019 0.0656 0.2500 5.7 4e9q:A, 4e9r:A, 4e9s:A, 4e9t:A, 7f0v:A, 7f0v:B, 4hak:A, 4hal:A, 4ner:A, 3uaa:A, 3uab:A, 3uac:A, 3uad:A, 3uae:A
30 3ktn:A 340 36 0.0446 0.0412 0.3889 6.6
31 3whi:A 355 74 0.0701 0.0620 0.2973 7.2 4dww:A, 5gl8:B, 1mee:A, 6o44:A, 6o44:B, 6pak:A, 6pak:B, 1scj:A, 3vyv:A, 3vyv:B, 3whi:B
32 2i6a:A 343 42 0.0446 0.0408 0.3333 8.6 1bx4:A, 2i6a:B, 2i6a:C, 2i6a:D, 2i6b:A, 2i6b:B, 5kb5:A, 5kb6:A, 5kb6:B, 4o1l:A, 4o1l:B
33 2a9y:A 351 42 0.0478 0.0427 0.3571 9.3 2a9z:A, 2aa0:A, 2ab8:A, 2abs:A, 1dgm:A, 1lii:A, 1lij:A, 1lik:A
34 8jjr:C 192 79 0.0764 0.1250 0.3038 9.5

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218