Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TGYAKIEITGTITVVTGLHIGAGDGFSAIGAVDKPVVRDPLTKWPMIPGTSLKGKVRTLLSRQYGADTETFYRKPNDDPA
QIRRLFGDTKEYKTGRLVFRDTKLTNKDDLEARGAKTLTEVKFENAINRVTAKANPRQMERVIPGSEFAFSLVYEVSFGS
LPSSDEIIEDFNAIARGLKLLELDYLGGSGTRGYGQVKFSDLKARAAVGTLDRSLLEMLNHELAAV

The query sequence (length=226) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8x5d:K 235 234 0.9248 0.8894 0.8932 8.00e-149 8wfx:I, 8wfx:J, 8wfx:K, 8wfx:L, 8wfx:G, 8wfx:H, 8x5d:L, 8x5d:J, 8x5d:I, 8x5d:H
2 6ifn:F 220 224 0.5133 0.5273 0.5179 2.16e-77 6ifk:G, 6ifk:F, 6ifk:E, 6ifl:D, 6ifl:E, 6ifl:F, 6ifn:E, 6ifn:G, 6ifr:G, 6ifr:F, 6ifr:E, 6ifu:D, 6ifu:E, 6ifu:F, 6ify:G, 6ify:F, 6ify:E, 6ifz:G, 6ifz:F, 6ifz:E, 6ig0:G, 6ig0:F, 6ig0:E, 6nud:C, 6nud:E, 6nud:N, 6nud:O, 6nud:P, 6nue:C, 6nue:E, 6nue:N, 6nue:O, 6nue:P
3 9ash:H 214 223 0.4823 0.5093 0.4888 1.27e-62 9ash:F, 9ash:G, 9ash:I, 9asi:F, 9asi:H, 9asi:G, 9asi:I, 6xn3:F, 6xn3:H, 6xn3:G, 6xn3:I, 6xn4:F, 6xn4:H, 6xn4:G, 6xn5:I, 6xn5:F, 6xn5:H, 6xn5:G, 6xn7:F, 6xn7:H, 6xn7:G, 6xn7:I
4 8do6:E 205 219 0.4336 0.4780 0.4475 3.26e-48 8do6:G, 8do6:F, 7uzw:A, 7uzw:B, 7uzw:C, 7uzw:D, 7uzx:A, 7uzx:B, 7uzx:C, 7uzx:D, 7uzy:D, 7uzy:C, 7uzy:A, 7uzy:B, 7uzz:D, 7uzz:C, 7uzz:A, 7uzz:B, 7v00:A, 7v00:B, 7v00:C, 7v00:D, 7v01:A, 7v01:B, 7v01:C, 7v02:A, 7v02:B, 7v02:C
5 6mur:D 287 238 0.3717 0.2927 0.3529 6.90e-38 6iqw:C, 6iqw:D, 6mur:C, 6mus:C, 6mus:D, 6mus:K, 6mut:C, 6mut:D, 6muu:C, 6muu:D, 6o7e:C, 6o7e:D, 6o7h:C, 6o7h:D, 6o7i:C, 6o7i:D, 6o7i:K
6 7uzw:E 184 218 0.3540 0.4348 0.3670 1.51e-28 7uzx:E
7 4qts:C 186 204 0.3009 0.3656 0.3333 9.70e-21 4qts:D
8 8x5d:G 77 85 0.2035 0.5974 0.5412 3.58e-19
9 8x5d:G 77 51 0.1283 0.3766 0.5686 1.93e-06
10 4n0l:A 335 269 0.3230 0.2179 0.2714 2.14e-14 4n0l:B
11 8s9u:D 518 209 0.2655 0.1158 0.2871 2.49e-07 8s9t:D, 8s9v:D, 8s9x:D
12 8bmw:F 239 212 0.2522 0.2385 0.2689 1.21e-06 8bmw:G
13 6s6b:D 285 67 0.0929 0.0737 0.3134 0.003 6s6b:E, 6s6b:F, 6s6b:G, 6s8b:D, 6s8b:E, 6s8b:F, 6s8b:G, 6s8e:D, 6s8e:E, 6s8e:F, 6s8e:G, 6s91:D, 6s91:E, 6s91:F, 6s91:G, 6sh8:D, 6sh8:E, 6sh8:F, 6sh8:G, 6shb:D, 6shb:E, 6shb:F, 6shb:G, 6sic:D, 6sic:E, 6sic:F, 6sic:G
14 3x1l:D 331 44 0.0796 0.0544 0.4091 0.075 3x1l:C, 3x1l:E
15 6j6g:A 1913 124 0.1460 0.0173 0.2661 0.087 5gmk:A, 6j6h:A, 6j6n:A, 6j6q:A, 5y88:A
16 5nrl:A 2216 124 0.1460 0.0149 0.2661 0.092 6bk8:A, 6exn:A, 7fju:A, 7fjv:A, 7fjw:A, 7fjy:A, 7fjz:A, 7fk1:A, 7fk2:A, 7fk3:A, 7fk4:A, 7fk6:A, 7fka:A, 7fkh:A, 7fkj:A, 7fkk:A, 7fkl:A, 7fkn:A, 7fko:A, 7fkp:A, 7fkr:A, 7fkt:A, 7fkv:A, 7fkw:A, 7fkx:A, 7fl1:A, 7fl3:A, 7fl6:A, 7fl9:A, 7fla:A, 7fld:A, 7fle:A, 7flf:A, 7flg:A, 7fli:A, 7flk:A, 7fll:A, 7flm:A, 7flp:A, 7flr:A, 7flu:A, 7flx:A, 7fly:A, 7fm7:A, 7fmb:A, 7fmf:A, 7fmg:A, 7fmi:A, 7fmk:A, 7fml:A, 7fmo:A, 7fmq:A, 7fms:A, 7fmx:A, 7fmy:A, 7fn1:A, 7fn2:A, 7fn4:A, 7fne:A, 7fno:A, 7fnq:A, 7fns:A, 7fnu:A, 7fny:A, 7fo3:A, 7fo4:A, 7fo6:A, 7fo8:A, 7fok:A, 7fol:A, 7fon:A, 7foo:A, 7foq:A, 7for:A, 7foy:A, 7fp0:A, 7fp1:A, 7fp2:A, 7fp3:A, 7fp8:A, 7fpb:A, 7fpd:A, 7fpj:A, 5gap:A, 5lj3:A, 5qy4:A, 5qy6:A, 5qy8:A, 5qy9:A, 5qya:A, 5qyb:A, 5qyc:A, 5qyd:A, 5qye:A, 5qyg:A, 5qyh:A, 5r0b:A, 5r0d:A, 5r0e:A, 5r0f:A, 5r0g:A, 5r0h:A, 5r0i:A, 5r0j:A, 5r0l:A, 5r0m:A, 5st1:A, 5st3:A, 5st9:A, 5stb:A, 5stc:A, 5stn:A, 5stq:A, 5str:A, 5stu:A, 5stz:A, 5su4:A, 5su6:A, 5su8:A, 5sub:A, 5suc:A, 5sue:A, 5sug:A, 5wsg:A, 5ylz:A
17 5lqw:A 2130 124 0.1460 0.0155 0.2661 0.096
18 5gan:A 2196 124 0.1460 0.0150 0.2661 0.097 5gam:A, 5mps:A, 5mq0:A
19 7dco:A 2205 124 0.1460 0.0150 0.2661 0.098 7b9v:A, 5gm6:A, 3jcm:A, 5lj5:A, 5zwm:A, 5zwo:A
20 6ifr:H 353 33 0.0752 0.0482 0.5152 0.34 6ifk:H, 6ifl:H, 6ifn:H, 6ifu:H, 6ify:H, 6ifz:H, 6ig0:H
21 9ash:J 311 117 0.1283 0.0932 0.2479 0.40 9asi:J, 6xn3:J, 6xn4:J, 6xn5:J, 6xn7:J
22 8yhd:B 199 60 0.0796 0.0905 0.3000 2.2 8yhd:C, 8yhd:D, 8yhd:E, 8yhd:F, 8yhd:J, 8yhd:O, 8yhe:B, 8yhe:C, 8yhe:D, 8yhe:E, 8yhe:F, 8yhe:J, 8z4j:C, 8z4j:D, 8z4j:E, 8z4j:F, 8z4j:J, 8z4l:B, 8z4l:C, 8z4l:D, 8z4l:E, 8z4l:F, 8z4l:J, 8z99:B, 8z99:C, 8z99:D, 8z99:E, 8z99:F, 8z99:J, 8z99:P, 8z9c:B, 8z9c:C, 8z9c:D, 8z9c:E, 8z9c:F, 8z9c:J, 8z9e:C, 8z9e:D, 8z9e:E, 8z9e:F, 8z9e:J
23 3j6b:5 326 86 0.0929 0.0644 0.2442 2.3 5mrc:5, 5mre:5, 5mrf:5
24 8z9e:B 170 60 0.0796 0.1059 0.3000 2.5 8yhd:A, 8z4j:B, 8z4l:A, 8z99:A, 8z9c:A
25 8bmw:H 275 52 0.0796 0.0655 0.3462 2.6 8bmw:I
26 7ncf:A 355 92 0.1018 0.0648 0.2500 2.7 6p5s:A
27 8wmc:A 1249 183 0.2212 0.0400 0.2732 2.9
28 7y9x:A 1458 183 0.2257 0.0350 0.2787 3.0 8gs2:A
29 7wah:A 1473 157 0.2080 0.0319 0.2994 3.3
30 8wmi:A 1237 157 0.2035 0.0372 0.2930 3.5
31 8eex:A 1284 157 0.2035 0.0358 0.2930 3.6
32 8d1v:A 1229 157 0.2035 0.0374 0.2930 4.0
33 8wm4:A 1331 157 0.2035 0.0346 0.2930 4.3
34 8eey:A 1544 157 0.2035 0.0298 0.2930 5.3 7yna:A, 7ynb:A, 7ync:A
35 7ynd:A 1567 182 0.2257 0.0325 0.2802 5.6
36 7yn9:A 1514 182 0.2257 0.0337 0.2802 5.9
37 8s9x:A 770 67 0.0796 0.0234 0.2687 6.6 8s9t:A, 8s9u:A, 8s9v:A
38 8vdk:A 432 85 0.1018 0.0532 0.2706 8.1
39 8esi:A 316 24 0.0487 0.0348 0.4583 8.5 8esi:B, 8esi:C, 8esi:D, 8esi:E, 8esi:F, 8esi:G, 8esi:H, 8ete:A, 8ete:B
40 6tzk:A 451 32 0.0708 0.0355 0.5000 9.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218