Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TGDLINTVRGPIPVSEAGFTLTHEHICGSSAGFLRAWPEFFGSRKALAEKAVRGLRHARAAGVQTIVDVSTFDIGRDVRL
LAEVSRAADVHIVAATGLWFDPPLSMRMRSVEELTQFFLREIQHGIEDTGIRAGIIKVATTGKATPFQELVLKAAARASL
ATGVPVTTHTSASQRDGEQQAAIFESEGLSPSRVCIGHSDDTDDLSYLTGLAARGYLVGLDRMPYSAIGLEGNASALALF
GTRSWQTRALLIKALIDRGYKDRILVSHDWLFGFSSYVTNIMDVMDRINPDGMAFVPLRVIPFLREKGVPPETLAGVTVA
NPARFLSPT

The query sequence (length=329) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3a3w:A 329 329 0.9757 0.9757 0.9757 0.0 3a3x:A, 3a4j:A, 3c86:A, 2d2g:A, 2d2h:A, 2d2j:A, 4np7:A, 3ood:A, 3oqe:A, 2r1k:A, 2r1l:A, 2r1m:A, 2r1n:A, 2r1p:A, 3so7:A, 5vej:A, 5w7h:A, 5w7h:B, 3wml:A
2 6fqe:B 340 329 0.8906 0.8618 0.8906 0.0 6aml:A, 6aml:G, 6b2f:A, 6b2f:G, 6bh7:G, 6bhk:A, 6bhk:G, 6bhk:B, 6bhk:E, 6bhl:A, 6bhl:G, 3cak:A, 3cak:B, 3cs2:A, 3cs2:B, 3cs2:K, 3cs2:P, 1dpm:A, 1dpm:B, 3e3h:A, 3e3h:B, 4e3t:A, 4e3t:B, 1eyw:A, 1ez2:A, 1ez2:B, 6fef:A, 6fei:A, 6fei:B, 6ffw:A, 6ffw:B, 6for:A, 6fqe:A, 6frz:A, 6frz:B, 6fs3:A, 6fs3:B, 6fu0:A, 6fu0:B, 6fu0:C, 6fu0:D, 6fu6:A, 6fu6:B, 6fvk:A, 6fvp:A, 6fw1:A, 6fwe:A, 6g0m:A, 6g1j:A, 6g23:A, 6g3l:A, 6g3m:A, 6gbj:A, 6gbk:A, 6gbk:B, 6gbl:A, 6gbl:B, 4gy0:A, 4gy0:B, 4gy1:A, 4gy1:B, 1hzy:A, 1hzy:B, 1i0b:A, 1i0b:B, 1i0d:A, 1i0d:B, 1jgm:A, 1jgm:B, 2o4m:A, 2o4m:B, 2o4m:C, 2o4m:P, 2o4q:A, 2o4q:B, 2o4q:K, 2o4q:P, 2ob3:A, 2ob3:B, 2oql:A, 2oql:B, 1p6b:A, 1p6b:B, 1p6c:A, 1p6c:B, 8p7h:A, 8p7i:A, 8p7i:B, 8p7k:A, 8p7k:B, 8p7m:A, 8p7n:A, 8p7n:B, 8p7n:C, 8p7n:D, 8p7q:A, 8p7r:A, 8p7s:A, 8p7t:A, 8p7u:A, 8p7v:A, 7p85:A, 4pbe:A, 4pbe:G, 4pbf:A, 4pbf:B, 4pcn:A, 4pcn:B, 4pcp:A, 4pcp:G, 1psc:A, 1psc:B, 1qw7:A, 1qw7:B, 3upm:A, 3upm:B, 8uqy:A, 8uqz:A, 3ur2:A, 3ur2:B, 3ur5:A, 3ur5:B, 3ura:A, 3ura:B, 3urb:A, 3urb:B, 3urn:A, 3urn:B, 3urq:A, 3urq:B, 5w6b:A, 5w6b:G, 5wcp:A, 5wcp:G, 5wcq:A, 5wcq:G, 5wcr:A, 5wcr:G, 5wcw:A, 5wcw:G, 5wiz:A, 5wiz:G, 5wj0:A, 5wj0:G, 5wms:A, 5wms:G, 5wms:Q, 5wms:S, 4xaf:A, 4xaf:G, 4xag:A, 4xag:G, 4xay:A, 4xay:G, 4xaz:A, 4xaz:G, 4xd3:A, 4xd3:G, 4xd4:A, 4xd4:G, 4xd5:A, 4xd5:G, 4xd6:A, 4xd6:G, 4zst:A, 4zst:B, 4zsu:A, 4zsu:B
3 6bh7:A 308 325 0.8116 0.8669 0.8215 0.0 6fee:A, 8p7f:A
4 4if2:A 324 334 0.3556 0.3611 0.3503 1.12e-53
5 8sfb:D 314 323 0.3191 0.3344 0.3251 1.04e-51 8sfc:D, 8sfd:D, 8sfk:D, 8sfm:D, 3uf9:A, 3uf9:B, 3uf9:C, 3uf9:D, 2vc5:A, 2vc5:B, 2vc5:C, 2vc5:D, 2vc7:A, 2vc7:B, 2vc7:C, 2vc7:D, 5vri:A, 5vri:B, 5vri:C, 5vri:D, 5vrk:A, 5vrk:B, 5vsa:A, 5vsa:B, 5vsa:C, 5vsa:D, 5w3u:B, 5w3w:A, 5w3w:B, 5w3w:C, 5w3w:D, 5w3z:B, 5w3z:C, 5w3z:D
6 5w3u:D 294 322 0.3070 0.3435 0.3137 1.15e-51 8sf9:D, 5w3u:A, 5w3u:C, 5w3z:A
7 4g2d:A 314 323 0.3131 0.3280 0.3189 2.76e-50 4ker:A, 4ker:B, 4ker:C, 4ker:D, 4kes:A, 4kes:B, 4kes:C, 4kes:D, 4ket:A, 4ket:B, 4ket:C, 4ket:D, 4keu:A, 4keu:B, 4keu:C, 4keu:D, 4kev:A, 4kev:B, 4kev:C, 4kev:D, 4kez:A, 4kez:B, 4kez:C, 4kez:D, 4kf1:A, 4kf1:B, 4kf1:C, 4kf1:D, 8sf2:D, 8sfa:D, 8sfa:S, 8sfa:b, 8sfa:t
8 3gtx:A 333 337 0.3343 0.3303 0.3264 1.21e-41 3fdk:A, 3gtf:A, 3gth:A, 3gti:A, 3gu1:A, 3gu2:A, 3gu9:A, 3htw:A, 4j2m:A, 4j35:A, 4j5n:A, 2zc1:A
9 5ch9:A 328 345 0.3252 0.3262 0.3101 1.26e-40 5ch9:B, 3f4c:A, 3f4c:B, 3f4d:A, 3f4d:B, 4h9t:A, 4h9t:B, 4h9u:A, 4h9u:B, 4h9v:A, 4h9v:B, 4h9x:A, 4h9x:B, 4h9y:A, 4h9y:B, 4h9z:A, 4h9z:B, 4ha0:A, 4ha0:B, 6jss:A, 6jss:B, 6jss:C, 6jss:D, 6jst:A, 6jst:B, 6jst:C, 6jst:D, 6jsu:A, 6jsu:B, 3ojg:A, 3orw:A, 3orw:B, 3tn3:A, 3tn3:B, 3tn4:A, 3tn4:B, 3tn5:A, 3tn5:B, 3tn6:A, 3tn6:B, 3tnb:A, 3tnb:B, 4wvx:A, 4wvx:B
10 4rdz:B 316 314 0.2948 0.3070 0.3089 1.87e-40 4rdy:A, 4rdy:B, 4rdz:A, 4re0:A
11 1bf6:A 291 322 0.2766 0.3127 0.2826 4.48e-31 1bf6:B, 4lef:C, 4lef:D, 4lef:A, 4lef:B, 4lef:E, 4lef:F, 4lef:G, 4lef:H
12 3rhg:A 363 357 0.2705 0.2452 0.2493 5.82e-23 4qsf:A
13 3pnz:A 329 352 0.2888 0.2888 0.2699 1.43e-21 3pnz:B, 3pnz:C, 3pnz:D, 3pnz:E, 3pnz:F
14 3k2g:B 358 356 0.3009 0.2765 0.2781 5.54e-21 3k2g:A, 3k2g:C, 3k2g:D
15 3ovg:A 351 344 0.2614 0.2450 0.2500 7.21e-15 3ovg:B, 3ovg:C, 3ovg:D, 3ovg:E, 3ovg:F
16 5y2f:A 297 61 0.0699 0.0774 0.3770 0.58 8ak5:A, 8ak5:B, 8ak6:A, 8ak6:B, 8ak7:A, 8ak7:B, 8ak8:A, 8ak8:B, 8ak9:A, 8ak9:B, 8aka:A, 8aka:B, 8akb:A, 8akb:B, 8akc:A, 8akc:B, 8akd:A, 8akd:B, 8ake:A, 8ake:B, 8akf:A, 8akf:B, 8akg:A, 8akg:B, 8bl0:A, 8bl0:B, 8bl1:A, 8bl1:B, 7cl0:A, 7cl1:A, 8cnm:A, 8cnm:B, 8cno:A, 8cno:B, 8f86:K, 8g57:K, 9g7h:A, 9g7h:B, 6hoy:A, 6hoy:B, 8i2b:A, 8i2b:B, 3k35:A, 3k35:B, 3k35:C, 3k35:D, 3k35:E, 3k35:F, 5mf6:A, 5mf6:B, 5mfp:A, 5mfp:B, 5mfz:A, 5mfz:B, 5mgn:A, 5mgn:B, 3pki:A, 3pki:B, 3pki:C, 3pki:D, 3pki:E, 3pki:F, 3pkj:A, 3pkj:B, 3pkj:C, 3pkj:D, 3pkj:E, 3pkj:F, 6qcd:A, 6qcd:B, 6qce:A, 6qce:B, 6qch:A, 6qch:B, 6qcj:A, 6qcj:B, 5x16:A, 6xuy:A, 6xuy:B, 6xv1:A, 6xv1:B, 6xv6:A, 6xv6:B, 6xv6:C, 6xv6:D, 6xv6:E, 6xv6:F, 6xvg:A, 6xvg:B, 6xvg:C, 6xvg:D, 6xvg:E, 6xvg:F, 3zg6:A, 6zu4:A, 6zu4:B
17 8of4:L 237 61 0.0699 0.0970 0.3770 0.76
18 4m8b:R 181 42 0.0456 0.0829 0.3571 0.85
19 4rl6:A 414 64 0.0547 0.0435 0.2812 2.3 4rl6:B
20 3e5z:A 290 41 0.0365 0.0414 0.2927 3.0 3e5z:B
21 4by6:A 508 62 0.0547 0.0354 0.2903 4.4 4by6:D
22 2o01:2 166 44 0.0486 0.0964 0.3636 5.2
23 8h1c:B 983 93 0.0638 0.0214 0.2258 6.1 8h1c:A, 7xjz:A, 7xk0:A, 7xk1:A, 7xk1:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218