Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TDKLTSLRQYTTVVADTGDIAAMKLYQPQDATTNPSLILNAAQIPEYRKLIDDAVAWAKQQSNDRAQQIVDATDKLAVNI
GLEILKLVPGRISTEVDARLSYDTEASIAKAKRLIKLYNDAGISNDRILIKLASTWQGIRAAEQLEKEGINCNLTLLFSF
AQARACAEAGVFLISPYVGEILDWYKANTDKKEYAPAEDPGVVSVSEIYQYYKEHGYETVVMGASFRNIGEILELAGCDR
LTIAPTLLKELAESEGAIERKLSYTGEVKARPARITESEFLWQHNQDPMAVDKLAEGIRKFAIDQEKLEKMIGDLL

The query sequence (length=316) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3kof:A 316 316 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 3kof:B, 4s2b:A, 4s2b:B, 4s2c:A, 4s2c:B
2 2e1d:A 321 312 0.5886 0.5794 0.5962 2.11e-132 2e1d:B
3 3tk7:A 320 312 0.4747 0.4688 0.4808 4.01e-102 3te9:A, 3te9:B, 3tk7:B, 3tkf:A, 3tkf:B, 3tno:A, 3tno:B, 3upb:A, 3upb:B
4 3s1u:C 223 173 0.1741 0.2466 0.3179 1.77e-13 3s1u:A, 3s1u:B, 3s1u:D, 3s1u:E, 3s1v:A, 3s1v:B, 3s1v:C, 3s1v:D, 3s1v:E, 3s1x:A, 3s1x:B, 3s1x:C, 3s1x:D, 3s1x:E, 4xz9:B, 4xz9:C, 6yr3:A, 6yr3:B, 6yr3:C, 6yr3:D, 6yr3:E, 6yrh:A, 6yrh:B, 6yrh:C, 6yrh:D, 6yrh:E, 6yrm:A, 6yrm:B, 6yrm:C, 6yrm:D, 6yrm:E, 6yrt:A, 6yrt:B, 6yrt:C, 6yrt:D, 6yrt:E, 6ys0:A, 6ys0:B, 6ys0:C, 6ys0:D, 6ys0:E
5 8bc3:A 217 161 0.1456 0.2120 0.2857 9.69e-11 8bc3:H, 8bc3:B, 8bc3:C, 8bc3:D, 8bc3:E, 8bc3:F, 8bc3:G, 8bc3:I, 8bc3:J, 8bc4:A, 8bc4:B, 8bc4:C, 8bc4:D, 8bc4:E, 8bc4:F, 8bc4:G, 8bc4:H, 8bc4:J
6 5zol:A 222 118 0.1108 0.1577 0.2966 1.37e-07 4s1f:B, 4s1f:G, 4s1f:H, 4s1f:K, 4s1f:P, 5zol:B, 5zol:C, 5zol:D, 5zol:E, 5zol:F, 5zol:G, 5zol:H, 5zol:I, 5zol:J
7 6zwf:A 352 73 0.0949 0.0852 0.4110 7.61e-07
8 7a9f:A 279 50 0.0475 0.0538 0.3000 0.92 7a9k:A, 7a9m:A, 3aj8:A, 3aj9:A, 5avj:A, 5b1d:A, 5b1e:A, 4b5l:A, 1bjr:E, 7c0p:A, 1cnm:A, 5cw1:A, 3d9q:X, 3ddz:X, 3de0:X, 3de1:X, 3de2:X, 3de5:X, 3de6:X, 3de7:X, 2dp4:E, 2dqk:A, 2duj:A, 3dvq:X, 3dvr:X, 3dvs:X, 3dw1:X, 3dw3:X, 3dwe:X, 3dyb:A, 8e52:AAA, 8e53:AAA, 1egq:A, 8f05:A, 8f06:A, 8f07:A, 6fjs:A, 4fon:A, 8fyo:A, 8fyp:A, 8fyq:A, 8fyr:A, 8fys:A, 2g4v:A, 3gt3:A, 3gt4:A, 2hd4:A, 2hpz:A, 1ht3:A, 3i2y:X, 3i30:X, 3i34:X, 3i37:X, 1ic6:A, 2id8:A, 6j43:A, 7jsy:A, 6k2p:A, 6k2r:A, 6k2s:A, 6k2t:A, 6k2v:A, 6k2w:A, 5k7s:A, 6k8m:E, 6kkf:A, 5kxu:A, 5kxv:A, 3l1k:A, 7ln7:A, 7lpt:A, 7lpu:A, 7lpv:A, 7lq8:A, 7lq9:A, 7lqa:A, 7lqb:A, 7lqc:A, 7ltd:A, 7lti:A, 7ltv:A, 7lu0:A, 7lu1:A, 7lu2:A, 7lu3:A, 6mh6:A, 5mjl:A, 6n4u:A, 7nuz:A, 3osz:A, 1oyo:A, 1p7v:A, 1p7w:A, 1pek:E, 1pfg:A, 1pj8:A, 2pq2:A, 6pq0:A, 6pq4:A, 2prk:A, 3prk:E, 1ptk:A, 3ptl:A, 6pu4:A, 6pu5:A, 2pwa:A, 2pwb:A, 2pyz:A, 3q40:A, 3q5g:A, 6qf1:A, 3qmp:A, 6qxv:A, 5rof:A, 5rol:A, 5ron:A, 5rop:A, 5roq:A, 5ror:A, 5row:A, 5rp6:A, 5rp7:A, 5rp9:A, 5rpa:A, 5rpc:A, 5rpd:A, 5rpg:A, 5rph:A, 5rpj:A, 5rpk:A, 5rpm:A, 6rug:A, 6ruh:A, 6ruk:A, 6run:A, 6ruw:A, 6rve:A, 6rvg:A, 6rzp:A, 7s4z:A, 8sdk:A, 7skx:C, 8sog:A, 8sou:A, 8sov:A, 8spl:A, 8sqv:A, 6txg:A, 5uvl:A, 2v8b:A, 6v8r:A, 5whw:A, 5wjg:A, 5wjh:A, 5wrc:A, 4zar:A, 6zet:AAA, 6zeu:AAA, 6zev:AAA
9 8zjf:B 510 119 0.1013 0.0627 0.2689 1.1 3v4p:B, 3v4p:D, 3v4v:B, 3v4v:D
10 7emg:B 243 97 0.0823 0.1070 0.2680 3.5 7emg:A
11 6skf:BD 344 105 0.0886 0.0814 0.2667 9.4 6skg:BD, 6th6:BD
12 4h6q:A 281 95 0.0918 0.1032 0.3053 9.9 4h6q:C, 4h6r:A, 4h6r:C
13 8fmw:AL 145 43 0.0253 0.0552 0.1860 9.9 8fn2:L

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218