Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TAQTVTGAVAAAQLGATLPHEHVIFGLPGYAGDVTLGPFDHAAALASCTETARALLARGIQTVVDATPNNCGRNPAFLRE
VSEATGLQILCATGFYYEGGGATTYFKFRASLGDAESEIYEMMRTEVTEGIAGTGIRAGVIKLASSRDAITPYEQLFFRA
AARVQRETGVPIITHTQDGQQGPQQAELLTSLGADPARIMIGHMDGNTDPAYHRETLRHGVSIAFDRIGLQGMLGTPTDA
ERLSVLTTLLGEGYADRLLLSHDSIWHWMGRPPAIPEAALPAVKDWHPLHISDDILPDLRRRGITEEQVGQMTVGNPARL
FG

The query sequence (length=322) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3gtx:A 333 322 0.9845 0.9520 0.9845 0.0 3fdk:A, 3gtf:A, 3gth:A, 3gti:A, 3gu1:A, 3gu2:A, 3gu9:A, 3htw:A, 4j2m:A, 4j35:A, 4j5n:A, 2zc1:A
2 5ch9:A 328 324 0.5745 0.5640 0.5710 3.00e-130 5ch9:B, 3f4c:A, 3f4c:B, 3f4d:A, 3f4d:B, 4h9t:A, 4h9t:B, 4h9u:A, 4h9u:B, 4h9v:A, 4h9v:B, 4h9x:A, 4h9x:B, 4h9y:A, 4h9y:B, 4h9z:A, 4h9z:B, 4ha0:A, 4ha0:B, 6jss:A, 6jss:B, 6jss:C, 6jss:D, 6jst:A, 6jst:B, 6jst:C, 6jst:D, 6jsu:A, 6jsu:B, 3ojg:A, 3orw:A, 3orw:B, 3tn3:A, 3tn3:B, 3tn4:A, 3tn4:B, 3tn5:A, 3tn5:B, 3tn6:A, 3tn6:B, 3tnb:A, 3tnb:B, 4wvx:A, 4wvx:B
3 4if2:A 324 324 0.3416 0.3395 0.3395 6.93e-50
4 8sfb:D 314 328 0.2950 0.3025 0.2896 2.35e-39 8sfc:D, 8sfd:D, 8sfk:D, 8sfm:D, 3uf9:A, 3uf9:B, 3uf9:C, 3uf9:D, 2vc5:A, 2vc5:B, 2vc5:C, 2vc5:D, 2vc7:A, 2vc7:B, 2vc7:C, 2vc7:D, 5vri:A, 5vri:B, 5vri:C, 5vri:D, 5vrk:A, 5vrk:B, 5vsa:A, 5vsa:B, 5vsa:C, 5vsa:D, 5w3u:B, 5w3w:A, 5w3w:B, 5w3w:C, 5w3w:D, 5w3z:B, 5w3z:C, 5w3z:D
5 4rdz:B 316 323 0.3199 0.3259 0.3189 8.79e-39 4rdy:A, 4rdy:B, 4rdz:A, 4re0:A
6 4g2d:A 314 321 0.2919 0.2994 0.2928 1.58e-36 4ker:A, 4ker:B, 4ker:C, 4ker:D, 4kes:A, 4kes:B, 4kes:C, 4kes:D, 4ket:A, 4ket:B, 4ket:C, 4ket:D, 4keu:A, 4keu:B, 4keu:C, 4keu:D, 4kev:A, 4kev:B, 4kev:C, 4kev:D, 4kez:A, 4kez:B, 4kez:C, 4kez:D, 4kf1:A, 4kf1:B, 4kf1:C, 4kf1:D, 8sf2:D, 8sfa:D, 8sfa:S, 8sfa:b, 8sfa:t
7 3a3w:A 329 334 0.3261 0.3191 0.3144 1.62e-36 3a3x:A, 3a4j:A, 3c86:A, 2d2g:A, 2d2h:A, 2d2j:A, 4np7:A, 3ood:A, 3oqe:A, 2r1k:A, 2r1l:A, 2r1m:A, 2r1n:A, 2r1p:A, 3so7:A, 5vej:A, 5w7h:A, 5w7h:B, 3wml:A
8 3pnz:A 329 338 0.3075 0.3009 0.2929 1.28e-34 3pnz:B, 3pnz:C, 3pnz:D, 3pnz:E, 3pnz:F
9 6bh7:A 308 323 0.3106 0.3247 0.3096 1.63e-34 6fee:A, 8p7f:A
10 5w3u:D 294 318 0.2764 0.3027 0.2799 1.69e-34 8sf9:D, 5w3u:A, 5w3u:C, 5w3z:A
11 6fqe:B 340 334 0.3199 0.3029 0.3084 2.44e-34 6aml:A, 6aml:G, 6b2f:A, 6b2f:G, 6bh7:G, 6bhk:A, 6bhk:G, 6bhk:B, 6bhk:E, 6bhl:A, 6bhl:G, 3cak:A, 3cak:B, 3cs2:A, 3cs2:B, 3cs2:K, 3cs2:P, 1dpm:A, 1dpm:B, 3e3h:A, 3e3h:B, 4e3t:A, 4e3t:B, 1eyw:A, 1ez2:A, 1ez2:B, 6fef:A, 6fei:A, 6fei:B, 6ffw:A, 6ffw:B, 6for:A, 6fqe:A, 6frz:A, 6frz:B, 6fs3:A, 6fs3:B, 6fu0:A, 6fu0:B, 6fu0:C, 6fu0:D, 6fu6:A, 6fu6:B, 6fvk:A, 6fvp:A, 6fw1:A, 6fwe:A, 6g0m:A, 6g1j:A, 6g23:A, 6g3l:A, 6g3m:A, 6gbj:A, 6gbk:A, 6gbk:B, 6gbl:A, 6gbl:B, 4gy0:A, 4gy0:B, 4gy1:A, 4gy1:B, 1hzy:A, 1hzy:B, 1i0b:A, 1i0b:B, 1i0d:A, 1i0d:B, 1jgm:A, 1jgm:B, 2o4m:A, 2o4m:B, 2o4m:C, 2o4m:P, 2o4q:A, 2o4q:B, 2o4q:K, 2o4q:P, 2ob3:A, 2ob3:B, 2oql:A, 2oql:B, 1p6b:A, 1p6b:B, 1p6c:A, 1p6c:B, 8p7h:A, 8p7i:A, 8p7i:B, 8p7k:A, 8p7k:B, 8p7m:A, 8p7n:A, 8p7n:B, 8p7n:C, 8p7n:D, 8p7q:A, 8p7r:A, 8p7s:A, 8p7t:A, 8p7u:A, 8p7v:A, 7p85:A, 4pbe:A, 4pbe:G, 4pbf:A, 4pbf:B, 4pcn:A, 4pcn:B, 4pcp:A, 4pcp:G, 1psc:A, 1psc:B, 1qw7:A, 1qw7:B, 3upm:A, 3upm:B, 8uqy:A, 8uqz:A, 3ur2:A, 3ur2:B, 3ur5:A, 3ur5:B, 3ura:A, 3ura:B, 3urb:A, 3urb:B, 3urn:A, 3urn:B, 3urq:A, 3urq:B, 5w6b:A, 5w6b:G, 5wcp:A, 5wcp:G, 5wcq:A, 5wcq:G, 5wcr:A, 5wcr:G, 5wcw:A, 5wcw:G, 5wiz:A, 5wiz:G, 5wj0:A, 5wj0:G, 5wms:A, 5wms:G, 5wms:Q, 5wms:S, 4xaf:A, 4xaf:G, 4xag:A, 4xag:G, 4xay:A, 4xay:G, 4xaz:A, 4xaz:G, 4xd3:A, 4xd3:G, 4xd4:A, 4xd4:G, 4xd5:A, 4xd5:G, 4xd6:A, 4xd6:G, 4zst:A, 4zst:B, 4zsu:A, 4zsu:B
12 1bf6:A 291 308 0.2795 0.3093 0.2922 4.82e-33 1bf6:B, 4lef:C, 4lef:D, 4lef:A, 4lef:B, 4lef:E, 4lef:F, 4lef:G, 4lef:H
13 3rhg:A 363 356 0.3168 0.2810 0.2865 5.49e-27 4qsf:A
14 3k2g:B 358 352 0.2950 0.2654 0.2699 3.73e-24 3k2g:A, 3k2g:C, 3k2g:D
15 3ovg:A 351 337 0.2919 0.2678 0.2789 2.97e-23 3ovg:B, 3ovg:C, 3ovg:D, 3ovg:E, 3ovg:F
16 4pfy:A 539 98 0.0870 0.0519 0.2857 0.004 4pft:A, 4pft:B, 4pfy:B
17 6jig:A 480 95 0.0932 0.0625 0.3158 0.56 6lk4:A
18 5ot1:A 572 22 0.0373 0.0210 0.5455 2.5
19 6e4v:A 672 56 0.0652 0.0312 0.3750 3.2
20 8ug1:B 305 29 0.0342 0.0361 0.3793 5.8 9fhd:A, 9fhd:B, 9fhe:A, 9fhe:B, 3nbv:A, 3nbv:B, 3nbw:A, 3nbw:B, 3nc2:A, 3nc2:B, 3nc9:A, 3nc9:B, 3nca:A, 8omf:A, 8omf:B, 8omj:A, 8omj:B, 8omk:A, 8omk:B, 3q92:A, 3q92:B, 3qa2:A, 3qa2:B, 3qai:A, 3qai:B, 3ro4:A, 8ug1:A, 8ug3:A, 8ug3:B, 6ul7:A, 6w0n:A, 6w0n:B, 6w0w:A, 6w0w:B, 6w0x:A, 6w0x:B, 6w0y:A, 6w0y:B, 6w0z:A, 6w0z:B, 5wbm:A, 5wbm:B, 5wbo:A, 5wbo:B, 5wbp:A, 5wbq:A, 5wbq:B, 5wbr:A, 5wbr:B, 5wbz:A, 5wbz:B
21 3kol:A 146 68 0.0590 0.1301 0.2794 5.9
22 3cv0:A 300 83 0.0839 0.0900 0.3253 6.2 3cvl:A, 3cvn:A, 3cvp:A, 3cvq:A
23 4aj9:C 682 108 0.0901 0.0425 0.2685 6.2 4aj9:A, 4aj9:B, 4aj9:D, 4bim:A, 4bim:B, 4bim:C, 4bim:D, 3ej6:A, 3ej6:B, 3ej6:C, 3ej6:D, 6nsw:A, 6nsw:B, 6nsw:C, 6nsw:D, 6nsy:A, 6nsy:B, 6nsy:C, 6nsy:D, 6nsz:A, 6nsz:B, 6nsz:C, 6nsz:D, 6nt0:A, 6nt0:B, 6nt0:C, 6nt0:D, 6nt1:A, 6nt1:B, 6nt1:C, 6nt1:D, 3zj4:A, 3zj4:B, 3zj4:C, 3zj4:D, 3zj5:A, 3zj5:B, 3zj5:C, 3zj5:D
24 6opc:B 741 46 0.0528 0.0229 0.3696 6.2 8dar:A, 8dar:B, 8dar:C, 8dar:D, 8dar:E, 8dar:F, 8das:A, 8das:B, 8das:C, 8das:D, 8das:E, 8das:F, 8dat:A, 8dat:B, 8dat:C, 8dat:D, 8dat:E, 8dat:F, 8dau:A, 8dau:B, 8dau:C, 8dau:D, 8dau:E, 8dau:F, 8dav:A, 8dav:B, 8dav:C, 8dav:D, 8dav:E, 8dav:F, 8daw:A, 8daw:B, 8daw:C, 8daw:D, 8daw:E, 8daw:F, 6oa9:A, 6oa9:B, 6oa9:C, 6oa9:E, 6oa9:F, 6oaa:B, 6oaa:C, 6oaa:D, 6oab:D, 6oab:B, 6oab:C, 6oab:A, 6omb:A, 6omb:B, 6omb:C, 6omb:D, 6omb:E, 6opc:A, 6opc:C, 6opc:D, 6opc:E
25 1p99:A 255 51 0.0466 0.0588 0.2941 6.3
26 7lsu:A 765 50 0.0435 0.0183 0.2800 6.9 7lsa:A, 7lsr:A, 7lst:A
27 7ned:A 545 96 0.0932 0.0550 0.3125 7.1
28 7dsn:A 471 75 0.0590 0.0403 0.2533 7.8 2dh3:A, 6jmq:B
29 8cs9:g 832 126 0.0901 0.0349 0.2302 8.3 8cs9:V, 8cs9:e, 8cs9:Y, 8cs9:f, 8cs9:Z, 8cte:P, 8cte:T, 7v0k:O, 7v0k:P
30 4bs9:A 691 34 0.0435 0.0203 0.4118 9.0
31 1ze1:D 284 45 0.0559 0.0634 0.4000 9.9

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218