Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TAKVDFLKKIEKEIQQKWDTERVFEVNASNLEKQTSKGKYFVTFPYPYMNGRLHLGHTFSLSKCEFAVGYQRLKGKCCLF
PFGLHCTGMPIKACADKLKREIELYGCPPDFPYQWGIMKSLGLSDEEIVKFSEAEHWLDYFPPLAIQDLKRMGLKVDWRR
SFITTDVNPYYDSFVRWQFLTLRERNKIKFGKRYTIYSPKDGQPCMDHDRQTGEGVGPQEYTLLKLKVLEPYPSKLSGLK
GKNIFLVAATLRPETMFGQTNCWVRPDMKYIGFETVNGDIFICTQKAARNMSYQGFTKDNGVVPVVKELMGEEILGASLS
APLTSYKVIYVLPMLTIKEDKGTGVVTSVPSDSPDDIAALRDLKKKQALRAKYGIRDDMVLPFEPVPVIEIPGFGNLSAV
TICDELKIQSQNDREKLAEAKEKIYLKGFYEGIMLVDGFKGQKVQDVKKTIQKKMIDAGDALIYMEPEKQVMSRSSDECV
VALCDQWYLDYGEENWKKQTSQCLKNLETFCEETRRNFEATLGWLQEHACSRTYGLGTHLPWDEQWLIESLSDSTIYMAF
YTVAHLLQGGNLHGQAESPLGIRPQQMTKEVWDYVFFKEAPFPKTQIAKEKLDQLKQEFEFWYPVDLRVSGKDLVPNHLS
YYLYNHVAMWPEQSDKWPTAVRANGHLLLNSEKMSKSTGNFLTLTQAIDKFSADGMRLALADAGDTVEDANFVEAMADAG
ILRLYTWVEWVKEMVANWDSLRSGPASTFNDRVFASELNAGIIKTDQNYEKMMFKEALKTGFFEFQAAKDKYRELAVEGM
HRELVFRFIEVQTLLLAPFCPHLCEHIWTLLGKPDSIMNASWPVAGPVNEVLIHSSQYLMEVTHDLRLRLKNYKPSHCTI
YVAKNYPPWQHTTLSVLRKHFEANNGKLPDNKVIASELGSMPELKKYMKKVMPFVAMIKENLEKMGPRILDLQLEFDEKA
VLMENIVYLTNSLELEHIEVKFASEAEDKIREDCCPGKPLNVF

The query sequence (length=1003) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6lpf:B 1006 1005 0.9990 0.9960 0.9970 0.0 6kid:A, 6kie:A, 6kqy:A, 6kr7:A, 6lpf:A, 6lr6:A, 6lr6:B
2 1wz2:A 948 997 0.3151 0.3333 0.3170 1.22e-154 1wz2:B
3 5fog:D 284 287 0.1286 0.4542 0.4495 8.52e-73 5fog:A, 5fog:B, 5fog:C, 5fol:A, 5fom:A
4 5agi:A 252 253 0.1077 0.4286 0.4269 1.20e-54 5agj:A, 2wfg:A
5 1ile:A 821 362 0.0847 0.1035 0.2348 7.93e-13 1jzq:A, 1jzs:A, 1ue0:A, 1wk8:B, 1wnz:A
6 1ile:A 821 223 0.0538 0.0658 0.2422 1.9 1jzq:A, 1jzs:A, 1ue0:A, 1wk8:B, 1wnz:A
7 1ffy:A 917 361 0.0818 0.0894 0.2271 4.31e-12 1qu2:A, 1qu3:A
8 1ffy:A 917 224 0.0489 0.0534 0.2188 0.36 1qu2:A, 1qu3:A
9 4ari:A 821 90 0.0329 0.0402 0.3667 3.88e-10 4arc:A, 4as1:A, 8pot:A, 3zjt:A, 3zju:A, 3zjv:A
10 4ari:A 821 221 0.0528 0.0646 0.2398 7.22e-05 4arc:A, 4as1:A, 8pot:A, 3zjt:A, 3zju:A, 3zjv:A
11 3zgz:D 867 90 0.0329 0.0381 0.3667 4.88e-10 2ajh:A, 2ajh:B, 2aji:A, 2aji:B, 4aq7:A, 4aq7:D, 4cqn:A, 4cqn:D, 5omw:A, 5omw:D, 5on2:A, 5on2:D, 5on3:A, 5on3:D, 5onh:A, 5onh:D, 3zgz:A
12 3zgz:D 867 221 0.0528 0.0611 0.2398 6.50e-05 2ajh:A, 2ajh:B, 2aji:A, 2aji:B, 4aq7:A, 4aq7:D, 4cqn:A, 4cqn:D, 5omw:A, 5omw:D, 5on2:A, 5on2:D, 5on3:A, 5on3:D, 5onh:A, 5onh:D, 3zgz:A
13 3ziu:A 621 255 0.0608 0.0982 0.2392 1.10e-08 3ziu:B
14 3ziu:A 621 89 0.0289 0.0467 0.3258 1.18e-05 3ziu:B
15 7nu2:A 875 415 0.0977 0.1120 0.2361 1.34e-08 7a0p:A, 7ap2:A, 7nty:A, 7nu0:A, 7nu1:A, 7nu4:A, 7nu5:A, 7nu8:A, 7nu9:A, 7nua:A, 7nuc:A, 6q8a:A, 6ykk:A, 6ykl:A, 6ykn:A, 6yko:A, 6ykq:A, 6yks:A, 6ykt:A, 6yku:A, 6ykv:A, 6ykw:A, 6ykx:A, 7yp8:A
16 7nu2:A 875 212 0.0508 0.0583 0.2406 4.05e-04 7a0p:A, 7ap2:A, 7nty:A, 7nu0:A, 7nu1:A, 7nu4:A, 7nu5:A, 7nu8:A, 7nu9:A, 7nua:A, 7nuc:A, 6q8a:A, 6ykk:A, 6ykl:A, 6ykn:A, 6yko:A, 6ykq:A, 6yks:A, 6ykt:A, 6yku:A, 6ykv:A, 6ykw:A, 6ykx:A, 7yp8:A
17 6q89:A 852 193 0.0499 0.0587 0.2591 1.62e-08 7ntz:A, 7nu3:A, 7nu6:A, 7nu7:A, 7nub:A, 6q8b:A, 6q8c:A
18 6q89:A 852 212 0.0508 0.0599 0.2406 4.31e-04 7ntz:A, 7nu3:A, 7nu6:A, 7nu7:A, 7nub:A, 6q8b:A, 6q8c:A
19 8c9e:A 921 350 0.0688 0.0749 0.1971 3.23e-08 8c9f:A, 8c9g:A, 8c9g:B
20 8c9e:A 921 244 0.0538 0.0586 0.2213 7.5 8c9f:A, 8c9g:A, 8c9g:B
21 8c8v:A 1032 719 0.1625 0.1579 0.2267 1.02e-07 8c8u:A, 8c8w:A, 8c9d:A
22 5ah5:A 789 208 0.0558 0.0710 0.2692 6.23e-07 5ah5:B
23 5ah5:A 789 84 0.0279 0.0355 0.3333 9.95e-07 5ah5:B
24 2bte:A 876 236 0.0538 0.0616 0.2288 1.19e-06 2bte:D, 2byt:A, 2byt:D, 1h3n:A, 1obc:A, 2v0c:A, 2v0g:A, 2v0g:D
25 2bte:A 876 420 0.0927 0.1062 0.2214 2.23e-06 2bte:D, 2byt:A, 2byt:D, 1h3n:A, 1obc:A, 2v0c:A, 2v0g:A, 2v0g:D
26 1obh:A 762 395 0.0897 0.1181 0.2278 2.28e-06
27 1obh:A 762 174 0.0439 0.0577 0.2529 3.47e-06
28 1gax:A 862 265 0.0628 0.0731 0.2377 1.21e-05 1gax:B, 1ivs:A, 1ivs:B, 1wk9:A
29 1gax:A 862 265 0.0598 0.0696 0.2264 4.95e-04 1gax:B, 1ivs:A, 1ivs:B, 1wk9:A
30 6ldk:A 813 323 0.0688 0.0849 0.2136 4.29e-05
31 2x1l:C 476 92 0.0299 0.0630 0.3261 1.23e-04 2x1l:B
32 2x1l:C 476 106 0.0199 0.0420 0.1887 6.4 2x1l:B
33 2x1l:A 511 92 0.0299 0.0587 0.3261 1.36e-04 2x1m:A
34 2x1l:A 511 106 0.0199 0.0391 0.1887 5.8 2x1m:A
35 1pg0:A 492 60 0.0219 0.0447 0.3667 0.001 1pg2:A
36 1pg0:A 492 71 0.0239 0.0488 0.3380 0.011 1pg2:A
37 7d5c:A 919 363 0.0778 0.0849 0.2149 0.002
38 1pfu:A 547 60 0.0219 0.0402 0.3667 0.003 8bru:A, 8brv:A, 8brw:A, 8brx:A, 1f4l:A, 3h97:A, 3h99:A, 3h9b:A, 3h9c:A, 1p7p:A, 1pfv:A, 1pfw:A, 1pfy:A, 1qqt:A, 6spn:A, 6spo:A, 6spp:A, 6spq:A, 6spr:A
39 1pfu:A 547 71 0.0239 0.0439 0.3380 0.010 8bru:A, 8brv:A, 8brw:A, 8brx:A, 1f4l:A, 3h97:A, 3h99:A, 3h9b:A, 3h9c:A, 1p7p:A, 1pfv:A, 1pfw:A, 1pfy:A, 1qqt:A, 6spn:A, 6spo:A, 6spp:A, 6spq:A, 6spr:A
40 7wpi:A 520 70 0.0219 0.0423 0.3143 0.004 4qrd:A, 4qre:A, 7wpk:A, 7wpl:A, 7wpm:A, 7wpx:A, 7wq0:A
41 7wpi:A 520 269 0.0638 0.1231 0.2379 0.029 4qrd:A, 4qre:A, 7wpk:A, 7wpl:A, 7wpm:A, 7wpx:A, 7wq0:A
42 2ct8:A 465 105 0.0269 0.0581 0.2571 0.004 2csx:A, 2csx:B, 2ct8:B
43 2ct8:A 465 60 0.0189 0.0409 0.3167 0.049 2csx:A, 2csx:B, 2ct8:B
44 7wpt:A 483 104 0.0279 0.0580 0.2692 0.004 7wpn:A
45 7wpt:A 483 273 0.0658 0.1366 0.2418 0.048 7wpn:A
46 5k0t:B 468 62 0.0199 0.0427 0.3226 0.004
47 5urb:A 546 87 0.0269 0.0495 0.3103 0.004 5urb:B
48 5urb:A 546 68 0.0179 0.0330 0.2647 7.7 5urb:B
49 8wnf:A 918 86 0.0239 0.0261 0.2791 0.005 8wng:A, 8wni:A, 8wnj:A, 8wo2:A, 8wo3:A
50 7ulz:A 521 80 0.0269 0.0518 0.3375 0.009
51 7ulz:A 521 102 0.0249 0.0480 0.2451 0.068
52 5k0s:C 497 59 0.0189 0.0382 0.3220 0.011 5k0s:A, 5k0s:B, 5k0t:A, 5k0t:C, 4py2:A, 4py2:B, 4py2:C
53 6ax8:A 509 92 0.0269 0.0530 0.2935 0.019 5xet:C
54 1u0b:B 461 115 0.0329 0.0716 0.2870 0.019 1li5:A, 1li7:A
55 1rqg:A 606 63 0.0239 0.0396 0.3810 0.045
56 6wq6:A 547 57 0.0209 0.0384 0.3684 0.064 6wqi:A, 6wqi:B, 6wqs:A, 6wqt:A
57 6wq6:A 547 59 0.0189 0.0347 0.3220 1.5 6wqi:A, 6wqi:B, 6wqs:A, 6wqt:A
58 1a8h:A 500 99 0.0229 0.0460 0.2323 0.12 2d54:A, 2d5b:A, 3vu8:A, 1woy:A
59 8qhp:A 410 74 0.0199 0.0488 0.2703 0.28 8qhp:B
60 3kfl:A 530 129 0.0329 0.0623 0.2558 0.33 6swx:A
61 3kfl:A 530 58 0.0169 0.0321 0.2931 0.81 6swx:A
62 4eg6:B 515 94 0.0229 0.0447 0.2447 0.44 4eg4:B, 4eg5:B, 5tqu:B
63 4eg6:B 515 58 0.0169 0.0330 0.2931 0.62 4eg4:B, 4eg5:B, 5tqu:B
64 3tqo:A 387 139 0.0359 0.0930 0.2590 0.45
65 4eg7:B 536 94 0.0229 0.0429 0.2447 0.51 6cml:A, 6cml:B, 4eg1:A, 4eg1:B, 4eg3:A, 4eg3:B, 4eg4:A, 4eg5:A, 4eg6:A, 4eg7:A, 4eg8:A, 4eg8:B, 4ega:A, 4ega:B, 5j58:A, 5j58:B, 5j59:A, 5j59:B, 5j5a:A, 5j5a:B, 6mes:A, 6mes:B, 4mvw:A, 4mvw:B, 4mvx:A, 4mvx:B, 4mvy:A, 4mvy:B, 4mw0:A, 4mw0:B, 4mw1:A, 4mw1:B, 4mw2:A, 4mw2:B, 4mw4:A, 4mw4:B, 4mw5:A, 4mw5:B, 4mw6:A, 4mw6:B, 4mw7:A, 4mw7:B, 4mw9:A, 4mw9:B, 4mwb:A, 4mwb:B, 4mwc:A, 4mwc:B, 4mwd:A, 4mwd:B, 4mwe:A, 4mwe:B, 5nfh:A, 5nfh:B, 5tqu:A, 5v49:A, 5v49:B, 4zt2:A, 4zt2:B, 4zt3:A, 4zt3:B, 4zt4:A, 4zt4:B, 4zt5:A, 4zt5:B, 4zt6:A, 4zt6:B, 4zt7:A, 4zt7:B
66 4eg7:B 536 56 0.0169 0.0317 0.3036 0.64 6cml:A, 6cml:B, 4eg1:A, 4eg1:B, 4eg3:A, 4eg3:B, 4eg4:A, 4eg5:A, 4eg6:A, 4eg7:A, 4eg8:A, 4eg8:B, 4ega:A, 4ega:B, 5j58:A, 5j58:B, 5j59:A, 5j59:B, 5j5a:A, 5j5a:B, 6mes:A, 6mes:B, 4mvw:A, 4mvw:B, 4mvx:A, 4mvx:B, 4mvy:A, 4mvy:B, 4mw0:A, 4mw0:B, 4mw1:A, 4mw1:B, 4mw2:A, 4mw2:B, 4mw4:A, 4mw4:B, 4mw5:A, 4mw5:B, 4mw6:A, 4mw6:B, 4mw7:A, 4mw7:B, 4mw9:A, 4mw9:B, 4mwb:A, 4mwb:B, 4mwc:A, 4mwc:B, 4mwd:A, 4mwd:B, 4mwe:A, 4mwe:B, 5nfh:A, 5nfh:B, 5tqu:A, 5v49:A, 5v49:B, 4zt2:A, 4zt2:B, 4zt3:A, 4zt3:B, 4zt4:A, 4zt4:B, 4zt5:A, 4zt5:B, 4zt6:A, 4zt6:B, 4zt7:A, 4zt7:B
67 6f0e:A 300 179 0.0439 0.1467 0.2458 3.2 7zg9:A, 7zg9:B, 7zga:A, 7zgb:A, 7zgc:A, 7zgd:A
68 1joc:A 123 53 0.0130 0.1057 0.2453 6.7 1hyi:A, 1hyj:A, 1joc:B
69 7sqr:A 522 59 0.0169 0.0326 0.2881 6.8 7sqr:D, 7sqr:G, 7sqr:J, 7sqs:A
70 7aat:A 401 100 0.0219 0.0549 0.2200 9.4 7aat:B, 8aat:A, 8aat:B, 9aat:A, 9aat:B, 1aka:A, 1aka:B, 1akb:A, 1akc:A, 1ama:A, 1ivr:A, 1map:A, 1maq:A, 1oxo:A, 1oxo:B, 1oxp:A, 1tar:A, 1tar:B, 1tas:A, 1tas:B, 1tat:A, 1tat:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218