Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TAKKSTNFADWYTQVIVRGELVEYYDISGCYIIRPWAYRIWEAVQKFFDDGIKRLGVENCYFPMFVSQAKLEKPEVAWVT
HYGDSELPEKVAIRPTSETIMYPAYAKWIRSHRDLPLKLNQWNNVVRWEFKQPTPFLRTREFLWQEGHTAHATEEEAYTL
VLEILELYRQWYEDYLAVPVIKGEKSENEKFAGGKKTTTIEGIIPDTGRGIQAATSHLLGQNFSRMFSIEFEDEKGAKQL
VHQTSWGCTTRSLGVMIMTHGDDKGLVLPPRVVAVQAVIIPIIFMEIVAKCRELERLLNAAGVRVKVDDRTNYTPGWKFN
DWELKGVPLRLEIGPRDVESCQTRVVRRDTSEARNVPWAEAASTIPAMLETMQKDLFNKAKAKFEASIEQITTFDEVMPA
LNRRHVVLAPWCEDPETETQIKRETQRLGAMKPLCIPFDQPPMCFFTGRWCLFGRSY

The query sequence (length=457) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5xip:B 475 474 1.0000 0.9621 0.9641 0.0 5xip:A, 5xip:C, 5xip:D
2 7evv:A 489 485 0.7659 0.7157 0.7216 0.0 6a88:A, 6a88:B, 6a88:C, 6a88:D, 7evu:A, 7evu:B, 7f9p:A, 7f9q:A, 7f9q:B, 7f9r:A, 7f9s:A, 7f9t:A, 7f9t:B, 7f9u:A, 7f9u:B, 7f9u:C, 7f9u:D, 7f9v:A, 7f9v:B, 7fak:A, 7fal:A, 7fal:B, 7fam:A, 7fan:A, 7v8j:A, 7v8j:B, 7v8k:A, 7v8k:B, 7vc1:A, 7vc2:A, 7vc2:B, 7vc3:A, 7vc5:A, 5xig:A, 5xig:B, 5xig:C, 5xig:D, 5xih:A, 5xih:B, 5xih:C, 5xih:D, 5xii:A, 5xii:B, 5xii:C, 5xii:D, 5xij:A, 5xij:B, 5xij:C, 5xij:D, 5xik:A, 5xik:B, 5xik:C, 5xik:D, 5xiq:A, 5xiq:B, 5xiq:C, 5xiq:D
3 6t7k:A 494 489 0.6586 0.6093 0.6155 0.0 7f96:A, 7f97:A, 7f97:B, 7f97:C, 7f97:D, 4olf:A, 4q15:A, 4q15:B, 7qb7:A, 7qc1:A, 7qc1:D, 7qc1:I, 7qc2:A, 7v9d:A, 4ydq:A, 4ydq:B
4 5f9z:A 493 477 0.6411 0.5943 0.6143 0.0 5f9y:A, 5f9y:B, 5f9z:B, 5xio:A, 5xio:B
5 5ifu:B 445 469 0.6018 0.6180 0.5864 0.0 5ifu:A, 4wi1:A, 4wi1:B
6 7f9a:A 499 496 0.6039 0.5531 0.5565 0.0 7bbu:A, 7f98:A, 7f98:B, 7f99:A, 7f99:B, 7f9a:B, 7f9b:A, 7f9b:B, 7f9c:A, 7f9c:B, 7f9d:A, 7f9d:B, 4hvc:A, 4hvc:B, 4k86:A, 4k87:A, 4k88:A, 7osy:A, 7osy:B, 7osz:A, 7osz:B, 7ot0:A, 7ot0:B, 7ot1:A, 7ot1:B, 7ot2:A, 7ot2:B, 7ot3:A, 7ot3:B, 5v58:A, 5vad:A, 5vad:B, 7x09:A, 7x09:B, 7x1o:A, 7x1o:B, 7y1h:A, 7y1h:B, 7y1w:A, 7y1w:B, 7y28:A, 7y28:B, 7y3s:A, 7y3s:B
7 6nab:B 497 492 0.5558 0.5111 0.5163 2.72e-179 6nab:A, 6uyh:A, 6uyh:B
8 6mn8:A 399 386 0.4639 0.5313 0.5492 2.55e-158
9 5xil:A 445 487 0.4858 0.4989 0.4559 7.83e-144
10 1h4s:A 473 468 0.4464 0.4313 0.4359 5.92e-128 1h4q:A, 1h4q:B, 1h4s:B, 1h4t:A, 1h4t:B, 1h4t:C, 1h4t:D, 1hc7:A, 1hc7:B, 1hc7:C, 1hc7:D
11 1nj1:A 463 459 0.3501 0.3456 0.3486 2.88e-88 1nj2:A, 1nj5:A, 1nj6:A
12 3ial:B 505 442 0.2976 0.2693 0.3077 5.42e-66 3ial:A
13 2i4n:B 442 160 0.0963 0.0995 0.2750 1.41e-11 2i4m:B, 2i4m:C, 2i4n:A, 2i4n:C, 2i4o:A, 2i4o:B, 2i4o:C
14 2i4n:B 442 142 0.0722 0.0747 0.2324 0.15 2i4m:B, 2i4m:C, 2i4n:A, 2i4n:C, 2i4o:A, 2i4o:B, 2i4o:C
15 8w8j:A 572 190 0.1204 0.0962 0.2895 5.87e-11 8w8j:B, 8w8l:A, 8w8l:B, 8w9i:A, 8w9i:B
16 8w8j:A 572 148 0.0700 0.0559 0.2162 0.034 8w8j:B, 8w8l:A, 8w8l:B, 8w9i:A, 8w9i:B
17 2j3l:B 570 166 0.0985 0.0789 0.2711 1.65e-08 2j3l:A, 2j3m:A, 2j3m:B
18 2j3l:B 570 152 0.0853 0.0684 0.2566 6.60e-04 2j3l:A, 2j3m:A, 2j3m:B
19 5znj:A 563 168 0.1028 0.0835 0.2798 1.32e-06 5znk:A
20 5znj:A 563 156 0.0810 0.0657 0.2372 6.69e-04 5znk:A
21 6vu9:A 631 358 0.1663 0.1204 0.2123 2.58e-05
22 1qf6:A 641 327 0.1532 0.1092 0.2141 7.16e-05 7cbg:A, 7cbg:B, 7cbh:A, 7cbh:B, 7cbi:A, 7cbi:B, 1evk:A, 1evk:B, 1evl:A, 1evl:B, 1evl:C, 1evl:D, 1fyf:A, 1fyf:B, 8h98:B, 8h98:A, 8h99:A, 8h99:B, 8h9a:A, 8h9b:A, 8h9c:A, 4hwo:A, 4hwo:B, 4hwp:A, 4hwp:B, 4hwr:A, 4hwr:B, 4hws:A, 4hws:B, 1kog:A, 1kog:B, 1kog:C, 1kog:D, 1kog:E, 1kog:F, 1kog:G, 1kog:H, 6l2p:A, 6l2p:B, 6l2q:A, 6l2q:B, 8ou8:D, 8ou8:A, 4p3o:A, 4p3o:B, 4p3p:A, 4p3p:B, 8qic:A, 8qic:D, 1tke:A, 1tkg:A, 1tky:A, 8wia:A, 8wia:B, 8wig:A, 8wig:B, 8wih:A, 8wih:B, 8wii:A, 8wii:B, 8wij:B, 8wij:A, 7wm7:A, 7wm7:B, 7wmf:A, 7wmf:B, 7wmi:A, 7wmi:B
23 1nyq:B 645 85 0.0547 0.0388 0.2941 1.12e-04 1nyq:A, 1nyr:A, 1nyr:B
24 1nyq:B 645 153 0.0766 0.0543 0.2288 0.036 1nyq:A, 1nyr:A, 1nyr:B
25 7x8k:B 367 70 0.0460 0.0572 0.3000 1.5 7x8k:A, 7x8k:D
26 8il5:B 595 149 0.0788 0.0605 0.2416 1.7
27 4ttv:A 403 400 0.1816 0.2060 0.2075 1.9 4hwt:A, 4hwt:B, 4p3n:A, 4p3n:B, 4p3n:C, 4p3n:D, 4ttv:B, 4ttv:C, 4ttv:D
28 5llw:B 673 67 0.0350 0.0238 0.2388 3.5 5llw:A, 5llx:A, 5llx:B, 5lly:D, 5lly:A, 5lly:C, 5lly:B, 6saw:A, 6saw:B, 6saw:C, 6saw:D, 6saw:E, 6saw:F, 6saw:G, 6saw:H, 6sax:B, 6sax:A
29 2heo:A 59 46 0.0306 0.2373 0.3043 4.1 2heo:D, 1j75:A
30 6et7:A 646 67 0.0350 0.0248 0.2388 5.1 6et7:B
31 2e9h:A 157 32 0.0241 0.0701 0.3438 5.1 8oz0:H, 8pj2:z, 8pj3:z
32 7mq8:L8 180 25 0.0284 0.0722 0.5200 5.3 7mq9:L8, 7mqa:L8
33 7p1k:B 433 36 0.0284 0.0300 0.3611 7.5 7p1k:A
34 6yxx:ED 598 72 0.0438 0.0334 0.2778 8.8 7aoi:XC, 6yxy:ED
35 4zno:A 318 28 0.0241 0.0346 0.3929 9.5 4zno:B, 4znq:A, 4znq:B, 4znr:A, 4znr:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218