Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SYNPEFFLYDIFLKFCLKYIDGEICHDLFLLLGKYNILPYDTSNDSIYACTNIKHLDFINPFGVAAGFDKNGVCIDSILK
LGFSFIEIGTITPRGQTGNAKPRIFRDVESRSIINSCGFNNMGCDKVTENLILFRKRQEEDKLLSKHIVGVSIGKNKDTV
NIVDDLKYCINKIGRYADYIAINVSSPNTPGLRDNQEAGKLKNIILSVKEEIDNLEKNFLWFNTTKKKPLVFVKLAPDLN
QEQKKEIADVLLETNIDGMIISNTTTQINDIKSFENKKGGVSGAKLKDISTKFICEMYNYTNKQIPIIASGGIFSGLDAL
EKIEAGASVCQLYSCLVFNGMKSAVQIKRELNHLLYQRGYYNLKEAIGRKHS

The query sequence (length=372) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7l01:B 385 378 1.0000 0.9662 0.9841 0.0 5boo:A, 5boo:B, 4cq8:A, 4cq8:B, 4cq9:A, 4cq9:B, 4cqa:A, 4cqa:B, 5del:A, 6e0b:A, 5fi8:A, 6gjg:A, 6gjg:B, 6i4b:A, 6i4b:B, 6i55:A, 6i55:B, 3i65:A, 3i68:A, 3i6r:A, 7kyk:A, 7kyk:B, 7kyk:C, 7kyk:D, 7kyv:A, 7kyy:A, 7kyy:B, 7kyy:C, 7kyy:D, 7kz4:A, 7kz4:B, 7kzy:A, 7kzy:B, 7l01:A, 7l0k:A, 7l0k:B, 3o8a:A, 4orm:A, 4rx0:A, 7s87:A, 7s87:B, 3sfk:A, 5tbo:A, 1tv5:A, 6vtn:A, 6vty:A, 6vty:B, 6vty:C, 6vty:D, 7wyf:A
2 6aje:A 378 364 0.4516 0.4444 0.4615 5.12e-109 6aj5:A, 6aj5:B, 6aj5:C, 6aj5:D, 6aje:B, 6aje:C, 6aje:D
3 6et4:A 367 371 0.3925 0.3978 0.3935 1.07e-89 2b0m:A, 9bkm:A, 9bkn:A, 9bko:A, 2bxv:A, 6cjf:A, 6cjf:B, 6cjg:A, 1d3g:A, 1d3h:A, 8dhf:A, 8dhg:A, 8dhh:A, 3f1q:A, 3fj6:A, 3fjl:A, 6fmd:A, 2fpt:A, 2fpv:A, 2fpy:A, 2fqi:A, 3g0u:A, 3g0x:A, 6gk0:A, 5h2z:A, 5h73:A, 5hin:A, 5hqe:A, 6idj:A, 4igh:A, 6j3b:A, 6j3c:A, 4jgd:A, 6jmd:A, 6jme:A, 4js3:A, 4jts:A, 4jtt:A, 4jtu:A, 7k2u:A, 8k4f:A, 5k9c:A, 5k9d:A, 3kvj:A, 3kvk:A, 3kvl:A, 3kvm:A, 6lp6:A, 6lp7:A, 6lp8:A, 4ls0:A, 4ls1:A, 4ls2:A, 6lzl:A, 6m2b:A, 5mut:A, 5mvc:A, 5mvd:A, 6oc0:A, 6oc1:A, 4oqv:A, 2prh:A, 2prl:A, 2prm:A, 6qu7:A, 8rak:A, 4rk8:A, 4rka:A, 4rli:A, 4rr4:A, 6syp:AAA, 3u2o:A, 8vhl:A, 8vhm:A, 6vnd:A, 3w7r:A, 2wv8:A, 8yhr:A, 4ylw:A, 7z6c:A, 5zf4:A, 5zf7:A, 5zf8:A, 5zf9:A, 5zfa:A, 5zfb:A, 4zl1:A, 4zmg:A, 3zws:A, 3zwt:A
4 4ori:A 355 369 0.3925 0.4113 0.3957 2.73e-89 1uum:A, 1uum:B, 1uuo:A
5 6uy4:A 354 370 0.3871 0.4068 0.3892 1.88e-71
6 1f76:A 336 340 0.3710 0.4107 0.4059 9.89e-71 1f76:B, 1f76:D, 1f76:E, 7t5k:A, 7t5k:B, 7t5y:A, 7t5y:B, 7t6c:A, 7t6c:B, 7t6h:A, 7t6h:B
7 7ut5:A 324 294 0.3172 0.3642 0.4014 1.14e-54 7ut5:B
8 8ofw:A 350 330 0.2984 0.3171 0.3364 9.84e-54 8ofw:B, 4xq6:A, 4xq6:B
9 6b8s:B 336 317 0.2742 0.3036 0.3218 5.32e-40 6b8s:A
10 3oix:A 310 302 0.2258 0.2710 0.2781 2.57e-14 3oix:B, 3oix:C, 3oix:D
11 2bsl:A 311 337 0.2231 0.2669 0.2463 2.77e-12 2bsl:B, 2bx7:A, 2bx7:B, 1dor:A, 1dor:B, 2dor:A, 2dor:B, 1jqv:A, 1jqv:B, 1jqx:A, 1jqx:B, 1jrb:A, 1jrb:B, 1jrc:A, 1jrc:B, 1jub:A, 1jub:B, 1jue:A, 1jue:B, 1ovd:A, 1ovd:B
12 1ep3:A 311 291 0.2124 0.2540 0.2715 1.24e-08 1ep1:A, 1ep2:A, 5ksw:A, 5ksw:C, 5ue9:A, 5ue9:C
13 1gth:A 1019 308 0.1882 0.0687 0.2273 1.97e-07 8f5w:A, 8f5w:B, 8f5w:C, 8f5w:D, 8f61:A, 8f61:B, 8f61:C, 8f61:D, 8f6n:A, 8f6n:B, 8f6n:C, 8f6n:D, 1gt8:A, 1gt8:B, 1gt8:C, 1gt8:D, 1gte:A, 1gte:B, 1gte:C, 1gte:D, 1gth:B, 1gth:C, 1gth:D, 1h7w:A, 1h7w:B, 1h7w:C, 1h7w:D, 1h7x:A, 1h7x:B, 1h7x:C, 1h7x:D, 7ljs:A, 7ljs:B, 7ljs:C, 7ljs:D, 7ljt:A, 7ljt:B, 7ljt:C, 7ljt:D, 7lju:A, 7lju:C, 7lju:D, 7lju:B, 7m31:A, 7m31:B, 7m31:C, 7m31:D, 7m32:A, 7m32:B, 7m32:C, 7m32:D
14 2b4g:B 313 289 0.1962 0.2332 0.2526 1.10e-06 2b4g:A, 2b4g:C, 2b4g:D, 5xfv:A, 5xfv:B, 5xfv:C, 5xfv:D
15 3w87:A 314 340 0.2204 0.2611 0.2412 6.30e-06 3c3n:A, 3c3n:B, 3c3n:C, 3c3n:D, 2djl:A, 2djl:B, 2djx:A, 2djx:B, 2e68:A, 2e68:B, 2e6a:A, 2e6a:B, 2e6d:A, 2e6d:B, 2e6f:A, 2e6f:B, 5e93:A, 5e93:B, 5ea9:A, 5ea9:B, 4jd4:A, 4jd4:B, 4jdb:A, 4jdb:B, 3w1a:A, 3w1a:B, 3w1l:A, 3w1l:B, 3w1m:A, 3w1m:B, 3w1n:A, 3w1n:B, 3w1p:A, 3w1p:B, 3w1q:A, 3w1q:B, 3w1r:A, 3w1r:B, 3w1t:A, 3w1t:B, 3w1u:A, 3w1u:B, 3w1x:A, 3w1x:B, 3w22:A, 3w22:B, 3w23:A, 3w23:B, 3w2j:A, 3w2j:B, 3w2k:A, 3w2k:B, 3w2l:A, 3w2l:B, 3w2m:A, 3w2m:B, 3w2n:A, 3w2n:B, 3w2u:A, 3w2u:B, 3w3o:A, 3w3o:B, 3w6y:A, 3w6y:B, 3w70:A, 3w70:B, 3w71:A, 3w71:B, 3w72:A, 3w72:B, 3w73:A, 3w73:B, 3w74:A, 3w74:B, 3w75:A, 3w75:B, 3w76:A, 3w76:B, 3w7c:A, 3w7c:B, 3w7d:A, 3w7d:B, 3w7e:A, 3w7e:B, 3w7g:A, 3w7g:B, 3w7h:A, 3w7h:B, 3w7i:A, 3w7i:B, 3w7j:A, 3w7j:B, 3w7k:A, 3w7k:B, 3w7l:A, 3w7l:B, 3w7m:A, 3w7m:B, 3w7n:A, 3w7n:B, 3w7o:A, 3w7o:B, 3w7p:A, 3w7p:B, 3w7q:A, 3w7q:B, 3w83:A, 3w83:B, 3w84:A, 3w84:B, 3w85:A, 3w85:B, 3w86:A, 3w86:B, 3w87:B, 3w88:A, 3w88:B
16 3c61:A 314 325 0.2097 0.2484 0.2400 1.13e-04 3c61:B, 3c61:C, 3c61:D, 6dgs:A, 6dgs:B, 6dwg:A, 6dwg:B, 6ebs:A, 6ebs:B, 4ef8:A, 4ef8:B, 4ef9:A, 4ef9:B, 3gye:A, 3gye:B, 3gz3:A, 3gz3:B, 3mhu:A, 3mhu:B, 3mjy:A, 3mjy:B, 7mx6:AAA, 7mx6:BBB, 7myd:AAA, 7myd:BBB, 3tjx:A, 3tjx:B, 3tq0:A, 3tq0:B, 3tro:A, 3tro:B
17 6r9v:A 369 136 0.0887 0.0894 0.2426 0.007 6rhs:A, 6rht:A
18 4wzh:A 304 63 0.0538 0.0658 0.3175 0.049 4wzh:B
19 3b03:B 364 61 0.0538 0.0549 0.3279 0.40 3b03:A, 3b03:C, 3b03:D, 3b04:A, 3b04:B, 3b04:C, 3b04:D, 3b05:A, 3b05:B, 3b05:C, 3b05:D, 3b06:A, 3b06:B, 3b06:C, 3b06:D, 3vkj:A, 3vkj:B, 3vkj:C, 3vkj:D, 2zru:A, 2zru:B, 2zru:C, 2zru:D, 2zrv:A, 2zrv:B, 2zrv:C, 2zrv:D, 2zrw:A, 2zrw:B, 2zrw:C, 2zrw:D, 2zrx:A, 2zrx:B, 2zrx:C, 2zrx:D, 2zry:A, 2zry:B, 2zry:C, 2zry:D, 2zrz:A, 2zrz:B, 2zrz:C, 2zrz:D
20 3dh7:A 318 114 0.0780 0.0912 0.2544 0.89 3dh7:B, 3dh7:C, 3dh7:D, 1vcf:A, 1vcf:B, 1vcg:A, 1vcg:B, 1vcg:C, 1vcg:D
21 4v5o:AC 229 46 0.0484 0.0786 0.3913 0.93 4bts:AC, 4bts:BC, 4bts:CC, 4bts:DC, 4v5o:BC
22 8e3x:R 362 36 0.0349 0.0359 0.3611 1.3 6m1i:A, 6p9y:R
23 4q4k:A 351 46 0.0430 0.0456 0.3478 1.3 4q4k:B, 4qis:A, 4qis:B, 4qit:A, 4qit:B, 4qiu:A, 4qiu:B
24 9c4m:A 335 57 0.0645 0.0716 0.4211 1.4 9c4m:B, 9c4m:C, 9c4m:D, 9c4m:E, 9c4m:F, 9c4m:G, 9c4m:H
25 6lpb:R 331 36 0.0349 0.0393 0.3611 1.4
26 3n94:A 466 27 0.0323 0.0258 0.4444 3.2
27 6jig:A 480 91 0.0645 0.0500 0.2637 4.8 6lk4:A
28 9azb:A 396 63 0.0457 0.0429 0.2698 4.9 9aza:A
29 4dxv:A 291 47 0.0457 0.0584 0.3617 5.4 3pue:B, 3pul:B, 3rk8:A, 3rk8:B, 3tak:A, 3tak:B, 3tce:A, 3tce:B, 3tdf:A, 3tdf:B, 3u8g:A, 3u8g:B
30 8umc:A 322 65 0.0484 0.0559 0.2769 5.6 8umc:C
31 5gvh:A 311 64 0.0484 0.0579 0.2812 6.0
32 7vuk:B 472 51 0.0349 0.0275 0.2549 6.8
33 7vuk:A 421 51 0.0349 0.0309 0.2549 7.7
34 6sqw:A 114 60 0.0403 0.1316 0.2500 8.0 2oig:B, 2oig:A, 2oig:D, 6sqw:D, 6sqy:A, 6sqy:D, 6sqz:A, 6sqz:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218