Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SYMLPHLHNGWQVDQAILSEEDRVVVIRFGHDWDPTCMKMDEVLYSIAEKVKNFAVIYLVDITEVPDFNKMYELYDPCTV
MFFFRNKHIMIDLGTGNNNKINWAMEDKQEMVDIIETVYRGARKGRGLVVSPKDYSTKY

The query sequence (length=139) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6ahd:O 141 139 1.0000 0.9858 1.0000 6.48e-104 6ah0:O, 4bwq:A, 4bwq:C, 4bwq:E, 4bwq:G, 4bws:A, 4bws:D, 8h6e:4F, 8h6k:4F, 8h6l:4F, 5o9z:J, 8q7n:D, 8qo9:D, 8qoz:D, 8qp8:D, 8qpa:D, 8qpb:D, 8qpe:D, 8qpk:D, 6qw6:5D, 6qx9:5D, 8qxd:D, 8qzs:D, 8r09:D, 8r0a:D, 8r0b:D, 8rm5:D
2 5nrl:D 142 138 0.6547 0.6408 0.6594 8.04e-66 5gan:D, 5gap:D, 3jcm:L, 5zwm:E, 5zwo:E
3 4pom:A 107 99 0.1871 0.2430 0.2626 0.002 1cqg:A, 1cqh:A, 1mdi:A, 1mdj:A, 1mdk:A, 4pol:A, 4pol:B
4 6z7o:A 110 111 0.2086 0.2636 0.2613 0.005
5 4r43:A 601 68 0.1655 0.0383 0.3382 0.57 5i67:A, 4rcg:A, 4wie:A, 4wiu:A, 4wl8:A, 4wou:A, 4wpt:A, 4wpu:A, 4wpv:A
6 6b7k:A 290 74 0.1295 0.0621 0.2432 1.2 6b7k:B, 6b7k:C, 6b7k:D
7 6j79:A 816 63 0.1223 0.0208 0.2698 1.3 1amo:A, 1amo:B, 1b1c:A, 1dve:A, 1dvg:A, 1dvg:B, 2dy5:A, 2e7e:A, 5emn:A, 5emn:B, 3es9:A, 3es9:B, 3es9:C, 5fa6:A, 5fa6:B, 4g7l:A, 4g7p:A, 4g7t:A, 4g7u:A, 4g8p:A, 4g8u:A, 4g8w:A, 4g98:A, 4g99:A, 3i9t:A, 3i9u:A, 1ivj:A, 1ix3:A, 1ix4:A, 1j02:A, 1j2c:A, 6j79:B, 6j7a:A, 6j7a:B, 6j7i:A, 6j7i:B, 1j9z:A, 1j9z:B, 1ja0:A, 1ja0:B, 1ja1:A, 1ja1:B, 7l18:AAA, 7l18:BBB, 4mec:A, 4mec:B, 4mec:C, 4mec:D, 4mec:E, 6njr:A, 6njr:B, 3ojw:A, 3ojx:A, 3qe2:A, 3qe2:B, 3qfc:A, 3qfc:B, 3qfr:A, 3qfr:B, 1ubb:A, 1ulx:A, 5urd:A, 5urd:B, 5ure:A, 5ure:B, 5urg:A, 5urg:B, 5urh:A, 5urh:B, 5uri:A, 5uri:B, 1vgi:A, 3wkt:A, 3wkt:B, 3wkt:C, 3wkt:D, 4y7c:A, 4y7c:B, 4y9r:A, 4y9r:B, 4y9u:A, 4y9u:B, 4yaf:A, 4yaf:B, 4yal:A, 4yal:B, 4yao:A, 4yao:B, 4yau:A, 4yau:B, 4yaw:A, 4yaw:B, 2zvu:A
8 1u08:A 382 32 0.0863 0.0314 0.3750 3.4 1u08:B
9 6bdq:A 259 17 0.0576 0.0309 0.4706 3.8 6b4x:A, 6b4y:A, 6b4z:A, 6b50:A, 6bdp:A, 6bdr:A, 6bds:A, 5byj:A, 5byk:A, 8e5q:A, 8e5r:A, 6mfe:A, 4mua:A, 4mub:A, 6uux:A
10 8em7:A 4378 51 0.1079 0.0034 0.2941 4.2 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
11 8em4:A 3818 51 0.1079 0.0039 0.2941 4.5 8em4:B
12 8f5o:C 1179 40 0.0647 0.0076 0.2250 5.1 8f5p:C
13 3fjo:A 603 66 0.1151 0.0265 0.2424 6.8 3qfs:A, 3qft:A
14 8jxj:A 570 40 0.0863 0.0211 0.3000 8.3 8jxj:B
15 4xr0:A 308 20 0.0719 0.0325 0.5000 8.7 1ecr:A, 2ewj:A, 2i05:A, 2i06:A, 4xr1:A, 4xr2:A, 4xr3:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218