Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SVRHIAIPAHRGLITDRNGEPLAVSTPVTTLWANPKELMTAKERWPQLAAALGQDTKLFADRIEQNAEREFIYLVRGLTP
EQGEGVIALKVPGVYSIEEFRRFYPAGEVVAHAVGFTDVDDRGREGIELAFDEWLAGVPGKRQVLKDRRGRVIKDVQVTK
NAKPGKTLALSIDLRLQYLAHRELRNALLENGAKAGSLVIMDVKTGEILAMTNQPTYNPNNRRNLQPAAMRNRAMIDVFE
PGSTVKPFSMSAALASGRWKPSDIVDVYPGTLQIGRYTIRDVSRNSRQLDLTGILIKSSNVGISKIAFDIGAESIYSVMQ
QVGLGQDTGLGFPGERVGNLPNHRKWPKAETATLAYGAGLSVTAIQLAHAYAALANDGKSVPLSMTRVDRVPDGVQVISP
EVASTVQGMLQQVVEAQGGVAQVPGYHAAGKSGTAAYRSLFAGFAPATDPRIAMVVVIDEPSKAGLVSAPVFSKVMAGAL
RLMNVPPDNLP

The query sequence (length=491) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4kqq:A 520 510 0.9980 0.9423 0.9608 0.0 7ato:A, 7atw:A, 7atx:A, 7au0:A, 7au1:A, 7au8:A, 7au9:A, 7aub:A, 7auh:A, 5df7:A, 5df7:B, 5df8:A, 5df8:B, 5df9:A, 4fsf:A, 6hr6:A, 6hr9:A, 6i1e:A, 7jwl:A, 7kit:A, 4kqo:A, 4kqo:B, 4kqq:B, 4kqr:A, 4kqr:B, 4l0l:A, 3ocl:A, 3ocn:A, 7onk:A, 7onk:B, 4ool:A, 4oom:A, 3pbq:A, 3pbr:A, 3pbs:A, 3pbt:A, 6r3x:A, 6r42:A, 6un1:A, 6un3:A, 6vje:A, 6vot:A, 4wej:A, 4wek:A, 4wel:A, 6y6u:A, 6y6z:A
2 7atm:A 478 498 0.9470 0.9728 0.9337 0.0 7kiv:A, 7kiw:A, 7lc4:A, 7ly1:A, 3pbo:A
3 7onw:A 485 506 0.4440 0.4495 0.4308 2.48e-126 8gpw:A, 8gpw:B, 6i1i:A, 7onn:A, 8rtz:AAA
4 6syn:A 471 504 0.4216 0.4395 0.4107 2.16e-119
5 8veq:A 325 336 0.2668 0.4031 0.3899 1.61e-66 6vbd:A, 8ven:A, 8vep:A
6 6p55:B 327 336 0.2566 0.3853 0.3750 1.63e-65 6p52:A, 6p53:B, 6p54:A, 6p54:B, 6p55:A, 6xqv:A, 6xqv:B
7 6kgw:A 452 430 0.2933 0.3186 0.3349 1.26e-57 6kgs:A, 6kgt:A, 6kgu:A, 6kgv:A
8 7rcz:A 511 528 0.3136 0.3014 0.2917 2.25e-51 7rcz:B
9 6tix:BBB 533 523 0.3055 0.2814 0.2868 8.58e-42 6tix:AAA
10 7zg8:AAA 525 538 0.3055 0.2857 0.2788 1.74e-41 7zg8:BBB
11 6g9f:A 539 529 0.3014 0.2746 0.2798 9.15e-37 6g9s:A
12 7kis:A 458 464 0.2749 0.2948 0.2909 1.02e-35 7kis:B
13 7ok9:B 525 530 0.2709 0.2533 0.2509 3.41e-34 7o4a:AAA, 7ok9:A, 7ok9:E, 7ok9:C, 7ok9:G, 7ok9:H, 7ok9:I, 7ok9:D, 7ok9:F, 7ok9:J
14 4ovd:A 422 441 0.2464 0.2867 0.2744 4.75e-34
15 8f3i:A 641 477 0.2688 0.2059 0.2767 5.81e-32 8f3g:A, 8f3l:A, 8f3n:A, 8f3p:A, 8f3s:A, 8f3u:A, 8f3w:A, 8f3y:A, 6g88:A, 6mkf:A, 6mkg:A
16 6i1f:A 343 349 0.2016 0.2886 0.2837 7.94e-31 6i1f:B, 6i1g:A, 6i1g:B, 6i1h:A, 6i1h:B
17 8vbu:A 505 531 0.2607 0.2535 0.2411 9.80e-30 7o4a:BBB, 7o4b:A, 7o4b:C, 8vbu:B, 8vbv:A, 8vbv:B, 8vbw:A, 8vbw:B
18 6g88:C 597 496 0.2668 0.2194 0.2641 9.26e-26 6g88:B
19 4r1g:B 419 413 0.2281 0.2673 0.2712 4.17e-22 4n1x:A, 4n1x:B, 4qjg:A, 4qjg:B, 4r0q:A, 4r0q:B, 4r1g:A, 4r23:A, 4r23:B, 4r3j:A, 4r3j:B, 4ra7:A, 4ra7:B
20 5oj1:A 675 409 0.2016 0.1467 0.2421 6.39e-21 5oiz:A, 2z2m:B, 2z2m:E, 2zc3:B, 2zc3:E, 2zc4:B, 2zc4:E
21 8yjx:A 558 561 0.2627 0.2312 0.2299 1.89e-20
22 5oj0:A 658 408 0.1976 0.1474 0.2377 2.26e-20 1qmf:A
23 8yjx:B 490 525 0.2403 0.2408 0.2248 8.72e-18
24 7rcy:A 828 378 0.2057 0.1220 0.2672 9.64e-18 7rcw:A
25 6pl6:B 577 452 0.2322 0.1976 0.2522 1.05e-17
26 7rd0:A 482 508 0.2240 0.2282 0.2165 1.18e-17
27 7rcx:A 811 374 0.2057 0.1245 0.2701 2.77e-17
28 4cjn:A 642 521 0.2301 0.1760 0.2169 4.96e-16 4bl3:A, 4bl3:B, 4cjn:B, 4cpk:A, 4cpk:B, 4dki:A, 4dki:B, 6h5o:B, 5m18:A, 5m18:B, 5m19:A, 5m19:B, 5m1a:A, 5m1a:B, 1mwt:A, 1mwt:B, 1mwu:A, 1mwu:B, 6q9n:A, 3zfz:A, 3zfz:B, 3zg0:A, 3zg0:B, 3zg5:A, 3zg5:B
29 1pyy:A 607 385 0.1772 0.1433 0.2260 6.42e-16
30 3upp:A 445 435 0.2179 0.2404 0.2460 3.52e-14 3upn:A, 3upn:B, 3upo:A, 3upo:B, 3upp:B
31 6h5o:A 598 492 0.2138 0.1756 0.2134 5.35e-14
32 3vsl:A 631 446 0.2200 0.1712 0.2422 2.15e-13 3vsl:B
33 6mkh:A 445 419 0.1996 0.2202 0.2339 2.52e-13 6bsr:A, 6mki:A
34 8c5w:A 634 445 0.2159 0.1672 0.2382 1.37e-12 8c5o:A
35 2wad:C 607 307 0.1589 0.1285 0.2541 1.89e-09 2wad:A, 2wae:A
36 7u4h:A 576 269 0.1548 0.1319 0.2825 1.97e-07 7u4h:B
37 4oon:A 502 317 0.1548 0.1514 0.2397 6.20e-05
38 2y2l:B 476 296 0.1303 0.1345 0.2162 5.64e-04 2fff:B, 2jch:A, 2je5:A, 2je5:B, 2xd1:A, 2xd1:B, 2xd5:A, 2xd5:B, 2y2g:A, 2y2g:B, 2y2h:A, 2y2h:B, 2y2i:A, 2y2j:A, 2y2k:A, 2y2l:A, 2y2m:A, 2y2n:A, 2y2o:A, 2y2p:A, 2y2q:A, 2y2q:B, 7zui:AAA, 7zuj:AAA, 7zuk:AAA, 7zul:AAA
39 3ue1:A 604 284 0.1446 0.1175 0.2500 7.87e-04 3udi:A, 3udi:B, 3udx:A, 3udx:B, 3ue0:A, 3ue0:B, 3ue1:B
40 3zg8:B 458 308 0.1690 0.1812 0.2695 0.001 3zg9:B, 3zga:B
41 5hlb:A 733 276 0.1263 0.0846 0.2246 0.004
42 3vma:A 708 276 0.1263 0.0876 0.2246 0.004 5fgz:A, 3fwl:A, 5hl9:A, 5hla:A, 6yn0:A
43 5hld:A 649 276 0.1263 0.0955 0.2246 0.005
44 9buj:A 434 86 0.0489 0.0553 0.2791 0.037
45 2olv:B 618 305 0.1283 0.1019 0.2066 0.10 2olv:A
46 4icq:A 413 27 0.0285 0.0339 0.5185 2.6 4icq:B, 4icr:A, 4icr:B, 4ics:A, 4ics:B
47 2z2w:A 261 162 0.0835 0.1571 0.2531 2.9 3bi6:A, 3biz:A, 3cqe:A, 3cr0:A, 2in6:A, 2io6:A, 5vc6:A, 5vda:A, 1x8b:A
48 6sao:A 438 79 0.0428 0.0479 0.2658 5.2
49 9em0:A 376 65 0.0407 0.0532 0.3077 5.3 8aua:A, 8aua:B, 8aub:A, 8aub:B, 8aue:A, 8aue:B, 8auj:A, 8auj:B, 8aul:A, 8aul:B, 8aum:A, 8aum:B, 8aun:A, 8aun:B, 8auo:B, 8auo:A, 8auq:A, 8auq:B, 9em0:B, 9em2:B, 9em2:A, 9em3:A, 9em4:B, 9em4:A, 9em5:A, 9em6:B, 9em6:A, 3hgo:A, 3hgo:B, 3hgs:A, 3hgs:B, 2hs6:A, 2hs6:B, 2hs8:A, 2hs8:B, 2hsa:B, 2hsa:A, 8qmx:A, 8qmx:B, 8qn1:A, 8qn1:B, 8qn1:C, 8qn1:D, 8qn3:A, 8qn3:B, 8qn9:B, 8s8v:A, 8s8v:B, 8s8y:B, 8s8y:A
50 2ovq:B 444 68 0.0346 0.0383 0.2500 6.0 2ovr:B, 7t1y:B, 7t1z:B, 5v4b:B
51 4q7z:A 233 134 0.0692 0.1459 0.2537 6.0 4q80:A, 4q80:B
52 8qeo:A 2146 75 0.0387 0.0089 0.2533 9.5
53 7u5d:I 387 34 0.0244 0.0310 0.3529 9.8 7u5e:I

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218