Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SVLQVLHIPDERLRKVAKPVEEVNAEIQRIVDDMFETMYAEEGIGLAATQVDIHQRIIVIDVSENRDERLVLINPELLEK
SGETGIEEGCLSIPEQRALVPRAEKVKIRALDRDGKPFELEADGLLAICIQHEMDHLVGKLFMDYLSPLKQQRIRQKVEK
L

The query sequence (length=161) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1bs4:A 168 161 1.0000 0.9583 1.0000 1.42e-114 2ai8:A, 2ai8:B, 2ai8:C, 4al2:B, 4al3:A, 4az4:A, 1bs4:B, 1bs4:C, 1bs5:A, 1bs5:B, 1bs5:C, 1bs6:A, 1bs6:B, 1bs6:C, 1bs8:A, 1bs8:B, 1bs8:C, 1bsj:A, 1bsk:A, 1bsz:A, 1bsz:B, 1bsz:C, 7d6z:g, 1def:A, 2def:A, 1dff:A, 1g27:A, 1g27:B, 1g27:C, 1g2a:A, 1g2a:B, 1g2a:C, 3k6l:A, 3k6l:B, 2kmn:A, 1lru:A, 1lru:B, 1lru:C, 8ofe:A, 8rhr:A, 2w3t:A, 2w3u:A, 1xem:A, 1xen:A, 1xeo:A
2 3fwx:A 165 160 0.7143 0.6970 0.7188 3.13e-84 3fwx:B
3 4wxl:C 165 160 0.6770 0.6606 0.6813 3.80e-74 4wxl:A, 4wxl:B, 4wxl:D
4 6jex:A 172 162 0.6025 0.5640 0.5988 4.98e-65 6jer:A, 6jer:B, 6jet:A, 6jet:B, 6jeu:A, 6jeu:B, 6jev:A, 6jev:B, 6jew:A, 6jew:B, 6jex:B
5 5j46:A 169 162 0.5776 0.5503 0.5741 1.33e-64
6 1ix1:A 169 161 0.5714 0.5444 0.5714 1.48e-61 1ix1:B, 1lry:A, 1n5n:A, 1n5n:B, 1s17:A, 1s17:B
7 6ck7:A 172 161 0.5093 0.4767 0.5093 1.70e-59 6ck7:B, 6ck7:C, 6ck7:D
8 3qu1:A 168 161 0.5155 0.4940 0.5155 2.91e-51 3qu1:B
9 3oca:A 179 172 0.4286 0.3855 0.4012 2.13e-40 3oca:B, 3u04:A
10 2ew5:A 166 166 0.4224 0.4096 0.4096 2.77e-37 4e9a:A, 4e9b:A, 2ew6:A, 2ew7:A
11 4dr8:A 188 146 0.4286 0.3670 0.4726 6.21e-33 4dr8:B, 4dr8:C, 4dr8:D, 4dr9:A, 4dr9:B, 4dr9:C, 4dr9:D
12 3uwb:A 149 148 0.3727 0.4027 0.4054 3.19e-31 3uwa:A
13 1y6h:A 177 162 0.3789 0.3446 0.3765 1.88e-28 1sv2:A, 1sv2:B, 1szz:A, 1szz:B, 1szz:C, 1szz:D, 1szz:E, 1szz:F, 1szz:G, 1szz:H, 1vev:A, 1vev:B, 1vey:A, 1vey:B, 1vez:A, 1vez:B, 1y6h:B
14 1ws1:A 151 147 0.3851 0.4106 0.4218 9.44e-28
15 5cy7:A 171 148 0.3789 0.3567 0.4122 5.96e-27 5cp0:A, 5cpd:A, 5cvk:A, 5cvp:A, 5cvq:A, 5cwx:A, 5cwy:A, 5cx0:A, 5cxj:A, 5cy8:A, 6ikt:A, 6iky:A, 6il0:A, 6il2:A, 4nt8:A
16 6jfc:B 161 144 0.3354 0.3354 0.3750 7.72e-27 6jfa:A, 6jfc:A, 6jfd:C, 6jfe:B, 6jff:B, 6jfn:B
17 5kob:A 171 151 0.3540 0.3333 0.3775 1.47e-26 5kob:B, 5kob:C, 5kob:D, 5vcp:A, 5vcp:B, 5vcp:C, 5vcp:D
18 6jes:A 159 157 0.3727 0.3774 0.3822 1.21e-24 6jes:B, 6jf3:A, 6jf3:B, 6jf4:B, 6jf4:A, 6jf5:B, 6jf5:A, 6jf6:C, 6jf6:A, 6jf6:B, 6jf6:D, 6jf7:A, 6jf7:B, 6jf8:A, 6jf8:B, 6jf8:C, 6jf8:D
19 3cpm:A 184 162 0.3602 0.3152 0.3580 1.96e-24 3m6o:A, 3m6o:B, 3m6p:A, 3m6p:B, 3m6q:A, 3m6r:A, 3m6r:B, 3m6r:C, 3m6r:D, 3o3j:A, 3pn2:A, 3pn3:A, 3pn3:B, 3pn4:A, 3pn5:A, 3pn6:A, 3pn6:B
20 5hgw:A 174 149 0.3789 0.3506 0.4094 3.68e-23 5hgw:B, 5i2b:A, 5t8z:A
21 3e3u:A 196 162 0.3478 0.2857 0.3457 4.45e-22
22 1jym:A 179 163 0.3478 0.3128 0.3436 6.23e-21 1jym:B, 1jym:C, 1jym:D, 1jym:E, 1jym:F, 1jym:G, 1jym:H, 1jym:I, 1jym:J, 1rl4:A, 1rl4:B, 1rqc:A, 1rqc:B, 1rqc:C, 1rqc:D, 1rqc:E, 1rqc:F, 1rqc:G, 1rqc:H, 1rqc:I, 1rqc:J
23 5mtc:A 137 115 0.2733 0.3212 0.3826 5.72e-19 5mtc:B, 5mtd:A, 5mtd:B, 5mte:A, 5mte:B
24 4je6:A 193 161 0.3665 0.3057 0.3665 6.16e-19 4je6:B, 4je7:A, 4je7:B, 4je8:A, 4je8:B, 1zxz:A, 1zxz:B, 1zy0:A, 1zy0:B, 1zy1:A, 1zy1:B
25 3g5k:A 183 166 0.3354 0.2951 0.3253 3.56e-18 3g5k:B, 3g5k:C, 3g5k:D, 3g5p:A, 3g5p:B, 3g5p:C, 3g5p:D
26 1lm4:A 190 114 0.2609 0.2211 0.3684 7.96e-16 6jfg:A, 6jfo:A, 6jfq:A, 6jfr:A, 6jfs:A, 1lm4:B, 1lmh:A, 1lqw:A, 1lqw:B, 1q1y:A, 3u7k:A, 3u7l:A, 3u7m:A, 3u7n:A
27 2okl:A 185 122 0.2733 0.2378 0.3607 3.09e-15 2okl:B
28 1lqy:A 184 157 0.3106 0.2717 0.3185 1.01e-14
29 6ow7:P 196 123 0.2609 0.2143 0.3415 1.05e-14 2ai7:A, 2aia:A, 2aie:P, 4eox:P, 1lm6:A, 6ow2:P, 6ow7:Q, 3str:P, 3svj:P, 3sw8:P
30 3cmd:B 188 116 0.2422 0.2074 0.3362 7.51e-14 3cmd:A, 3g6n:A, 3g6n:B
31 2os1:A 179 109 0.2360 0.2123 0.3486 9.28e-13
32 2os3:A 205 129 0.2547 0.2000 0.3178 3.06e-12
33 5jex:A 203 129 0.2609 0.2069 0.3256 5.28e-12 5jez:A, 5jf0:A, 5jf1:A, 5jf2:A, 5jf3:A, 5jf4:A, 5jf5:A, 5jf6:A, 5jf7:A, 5jf8:A
34 3l87:A 200 123 0.2422 0.1950 0.3171 5.87e-11
35 8p4a:M 507 53 0.0994 0.0316 0.3019 0.17 8p4b:M, 8w8e:a
36 4dff:B 277 44 0.1056 0.0614 0.3864 0.50
37 8ab3:A 330 56 0.1304 0.0636 0.3750 0.56 8ab3:B, 8ab3:C, 8ab3:D
38 4std:A 164 40 0.0807 0.0793 0.3250 2.6 1std:A, 2std:A, 3std:A, 3std:B, 3std:C, 4std:B, 4std:C, 5std:A, 5std:B, 5std:C, 6std:A, 6std:B, 6std:C, 7std:A, 7std:B, 7std:C
39 8jxu:A 1410 51 0.1242 0.0142 0.3922 3.5 8jxq:A
40 4jay:A 338 49 0.1056 0.0503 0.3469 6.2 4jay:B, 4jay:C, 4jay:D, 4jb1:A, 7or2:A, 7orz:A, 7osq:A
41 2cgj:A 479 28 0.0621 0.0209 0.3571 6.2 2cgl:A, 2uyt:A
42 7a3z:A 307 23 0.0683 0.0358 0.4783 7.5
43 1olt:A 434 53 0.0807 0.0300 0.2453 7.5
44 7a5e:A 338 23 0.0683 0.0325 0.4783 7.8 7a5e:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218