Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SVFSERTEESSAVQYFQFYGYLSQQQNMMQDYVRTGTYQRAILQNHTDFKDKIVLDVGCGSGILSFFAAQAGARKIYAVE
ASTMAQHAEVLVKSNNLTDRIVVIPGKVEEVSLPEQVDIIISEPMGYMLFNERMLESYLHAKKYLKPSGNMFPTIGDVHL
APFTDEQLYMEQFTKANFWYQPSFHGVDLSALRGAAVDEYFRQPVVDTFDIRILMAKSVKYTVNFLEAKEGDLHRIEIPF
KFHMLHSGLVHGLAFWFDVAFIGSIMTVWLSTAPTEPLTHWYQVRCLFQSPLFAKAGDTLSGTCLLIANKRQSYDISIVA
QVDQTGSKSSNLLDLKNPFFR

The query sequence (length=341) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7qrd:C 364 341 1.0000 0.9368 1.0000 0.0 6arj:A, 6arj:B, 6arj:C, 6arj:D, 6arv:A, 6arv:B, 6arv:C, 6arv:D, 3b3f:A, 3b3f:B, 3b3f:C, 3b3f:D, 6d2l:A, 6d2l:B, 6d2l:C, 6d2l:D, 6d2l:E, 6d2l:F, 6dvr:A, 6dvr:B, 5dwq:B, 5dwq:D, 5dwq:A, 5dwq:C, 5dx0:A, 5dx0:B, 5dx0:C, 5dx0:D, 5dx1:A, 5dx1:B, 5dx1:C, 5dx1:D, 5dx8:A, 5dx8:B, 5dx8:C, 5dx8:D, 5dxa:A, 5dxa:B, 5dxa:D, 5dxa:C, 5dxj:A, 5dxj:B, 5dxj:C, 5dxj:D, 7fai:A, 7fai:B, 7fai:C, 7fai:D, 7faj:A, 7faj:B, 7faj:C, 7faj:D, 8g2h:A, 8g2i:A, 5ih3:A, 5ih3:B, 5ih3:C, 5ih3:D, 4ikp:A, 4ikp:B, 4ikp:C, 4ikp:D, 5is6:A, 5is6:B, 5is6:C, 5is6:D, 5is7:A, 5is7:B, 5is7:C, 5is7:D, 5is8:A, 5is8:B, 5is8:D, 5is8:C, 5is9:A, 5is9:B, 5is9:C, 5is9:D, 5isa:C, 5isa:D, 5isa:A, 5isa:B, 5isb:A, 5isb:B, 5isb:C, 5isb:D, 5isc:A, 5isc:B, 5isc:C, 5isc:D, 5isd:A, 5isd:B, 5isd:C, 5isd:D, 5ise:A, 5ise:B, 5ise:C, 5ise:D, 5isf:A, 5isf:B, 5isf:C, 5isf:D, 5isg:A, 5isg:B, 5isg:C, 5isg:D, 5ish:A, 5ish:B, 5ish:C, 5ish:D, 5isi:A, 5isi:B, 5isi:C, 5isi:D, 6izq:A, 5k8v:A, 5k8v:B, 5k8v:C, 5k8v:D, 5k8w:A, 5k8w:B, 5k8w:C, 5k8w:D, 5k8x:A, 5k8x:B, 5k8x:C, 5k8x:D, 5lgp:A, 5lgp:B, 5lgp:C, 5lgp:D, 5lgq:B, 5lgq:A, 5lgq:C, 5lgq:D, 5lgr:A, 5lgr:B, 5lgr:C, 5lgr:D, 5lgs:A, 5lgs:B, 5lgs:C, 5lgs:D, 5lkj:A, 5lkj:B, 5lkj:C, 5lkj:D, 5lv2:A, 5lv2:B, 5lv2:C, 5lv2:D, 5lv2:E, 5lv2:F, 5lv2:G, 5lv2:H, 5lv3:A, 5lv3:B, 5lv3:C, 5lv3:D, 5ntc:A, 5ntc:B, 5ntc:C, 5ntc:D, 7okp:A, 7okp:B, 7okp:C, 7okp:D, 7os4:A, 7os4:B, 7os4:C, 7os4:D, 7ppq:A, 7ppq:B, 7ppq:C, 7ppq:D, 7ppy:A, 7ppy:B, 7ppy:C, 7ppy:D, 7pu8:A, 7pu8:B, 7pu8:C, 7pu8:D, 7puc:A, 7puc:B, 7puc:C, 7puc:D, 7puq:A, 7puq:B, 7puq:C, 7puq:D, 7pv6:A, 7pv6:B, 7pv6:C, 7pv6:D, 7qph:A, 7qph:D, 7qph:C, 7qph:B, 7qrd:A, 7qrd:B, 7qrd:D, 6s70:A, 6s70:B, 6s70:C, 6s70:D, 6s71:A, 6s71:B, 6s71:C, 6s71:D, 6s74:A, 6s74:B, 6s74:C, 6s74:D, 6s77:A, 6s77:B, 6s77:C, 6s77:D, 6s79:A, 6s79:B, 6s79:C, 6s79:D, 6s7a:A, 6s7a:B, 6s7a:C, 6s7a:D, 6s7b:A, 6s7b:B, 6s7b:C, 6s7b:D, 6s7c:A, 6s7c:B, 6s7c:C, 6s7c:D, 8sig:A, 8sih:A, 5tbh:A, 5tbh:B, 5tbh:C, 5tbh:D, 5tbi:A, 5tbi:B, 5tbi:C, 5tbi:D, 5tbj:A, 5tbj:B, 5tbj:C, 5tbj:D, 5u4x:A, 5u4x:B, 5u4x:C, 5u4x:D, 7u9i:A, 7u9i:B, 2v74:B, 2v74:D, 2v74:F, 2v74:H, 2y1w:A, 2y1w:B, 2y1w:C, 2y1w:D, 2y1x:A, 2y1x:D, 2y1x:B, 2y1x:C
2 4y2h:B 352 316 0.3548 0.3438 0.3829 2.32e-59 4c03:A, 4c03:B, 4c04:A, 4c05:A, 4c07:A, 4c08:A, 5e8r:A, 5e8r:B, 5egs:A, 5egs:B, 5egs:C, 5egs:D, 5fqn:A, 5fqo:A, 4hc4:A, 5hzm:A, 5lv4:A, 5lv5:A, 7nr4:A, 7nr4:B, 7nr4:C, 7nr4:D, 7nud:A, 7nud:B, 7nue:A, 7nue:B, 7p2r:A, 7p2r:B, 6p7i:A, 6p7i:B, 6p7i:C, 6p7i:D, 4qpp:B, 4qpp:C, 4qpp:A, 4qqk:A, 6sq3:A, 6sq3:B, 6sq4:A, 6sq4:B, 6sqi:A, 6sqk:B, 6sqk:A, 6w6d:A, 6wad:A, 5wcf:A, 4y2h:A, 4y30:A, 4y30:B
3 6nt2:A 330 326 0.3343 0.3455 0.3497 3.26e-59 6nt2:D, 6nt2:B, 6nt2:C, 1or8:A, 1orh:A, 1ori:A, 3q7e:A
4 5dst:C 317 317 0.3226 0.3470 0.3470 4.16e-57 5dst:A, 5dst:B, 5dst:D, 5dst:E, 5dst:F, 5dst:G, 5dst:H, 5dst:I, 5dst:J, 5dst:K, 5dst:L, 5dst:M, 5dst:N, 5dst:O, 4x41:A
5 3r0q:G 353 324 0.3519 0.3399 0.3704 2.48e-56 3r0q:C, 3r0q:A, 3r0q:E
6 6dnz:A 317 314 0.3578 0.3849 0.3885 2.95e-56 6dnz:C
7 1f3l:A 321 307 0.3372 0.3583 0.3746 3.05e-56 2fyt:A, 8g2f:A, 8g2g:A, 8g2g:B, 4hsg:A, 4qqn:A, 4ryl:A, 8shb:A, 8shr:A, 8sio:A, 8sio:B, 3smq:A
8 8pjd:A 347 306 0.3372 0.3314 0.3758 6.03e-56 8bva:A, 8c1j:A, 5ful:A, 5fwa:A, 5fwd:A, 5jmq:A
9 5fub:A 337 321 0.3079 0.3116 0.3271 3.00e-50 5g02:A
10 6cu5:A 314 301 0.3021 0.3280 0.3422 3.99e-50 6cu5:B, 8ft7:A, 8ft7:B
11 4lwp:B 342 308 0.2551 0.2544 0.2825 4.84e-27 4lwp:A
12 7rbq:A 614 130 0.1378 0.0765 0.3615 1.24e-13 7t39:A
13 5eku:B 347 147 0.1349 0.1326 0.3129 8.17e-13 5eku:A, 4m37:A, 4m38:A, 4m38:B
14 4c4a:A 641 134 0.1408 0.0749 0.3582 9.27e-13 6ogn:A
15 3wst:I 644 132 0.1232 0.0652 0.3182 7.98e-11 3wst:A, 3wst:D, 3wst:B, 3wst:C, 3wst:F, 3wst:E, 3wst:G, 3wst:H, 3wst:M, 3wst:N, 3wst:O, 3wst:P, 3wst:Q, 3wst:R, 3wst:J, 3wst:K, 3wst:L, 3x0d:A
16 4g56:A 617 155 0.1349 0.0746 0.2968 2.12e-08 4g56:C
17 7bo7:AAA 625 314 0.2082 0.1136 0.2261 5.95e-07 7boc:A, 5c9z:A, 6ckc:A, 8csg:A, 8ctb:A, 8cyi:A, 5emj:A, 5emk:A, 5eml:A, 5emm:A, 9eyu:A, 9eyv:A, 9eyw:A, 9eyx:A, 5fa5:A, 8g1u:A, 8g1u:E, 8g1u:I, 8g1u:M, 4gqb:A, 6k1s:A, 7kib:A, 7kic:A, 7kid:A, 7l1g:A, 7m05:A, 7m05:C, 7m05:E, 7m05:G, 7mx7:A, 7mxa:A, 7mxc:A, 7mxg:A, 7mxg:C, 7mxn:A, 6rll:A, 6rlq:A, 7s0u:A, 7s1p:A, 7s1q:A, 7s1r:A, 7s1s:A, 7ser:A, 7ses:A, 7u30:A, 7uoh:A, 6uxx:A, 6uxy:A, 7uy1:A, 7uyf:A, 6v0n:A, 6v0o:A, 6v0p:A, 8veo:A, 8vet:A, 8veu:A, 8vew:A, 8vex:A, 8vey:A, 4x60:A, 4x61:A, 4x63:A, 7zup:A, 7zuq:A, 7zuu:A, 7zuy:A, 7zv2:A, 7zvl:A, 7zvu:A
18 7wzg:B 243 114 0.0909 0.1276 0.2719 5.74e-06 7wzg:A, 7wzg:C, 7wzg:D, 7wzg:E, 7wzg:F
19 3t7s:A 246 103 0.0909 0.1260 0.3010 3.65e-04 3t7s:B, 3t7s:C, 3t7s:D, 3t7t:A, 3t7t:B, 3t7t:C, 3t7t:D
20 1wy7:D 204 78 0.0762 0.1275 0.3333 4.52e-04 1wy7:A, 1wy7:B, 1wy7:C
21 3sxj:A 245 102 0.0880 0.1224 0.2941 0.005 3sxj:B, 3t0i:A, 3t0i:B
22 3dlc:A 219 100 0.0821 0.1279 0.2800 0.007
23 7cta:A 329 112 0.0821 0.0851 0.2500 0.013 7ct9:A, 7ct9:B, 7cta:B
24 4rfq:A 270 55 0.0587 0.0741 0.3636 0.016
25 4qnu:A 323 137 0.0938 0.0991 0.2336 0.053 4qnu:B, 4qnu:C, 4qnu:D, 4qnu:E, 4qnu:F, 4qnu:G, 4qnu:H, 4qnv:A, 4qnv:B
26 6h2v:A 210 32 0.0411 0.0667 0.4375 0.057 6h2u:A, 6h2v:C
27 6mro:A 194 107 0.0762 0.1340 0.2430 0.080 8gdu:A
28 3kkz:A 256 117 0.0850 0.1133 0.2479 0.11 3kkz:B
29 1l3i:A 186 108 0.0850 0.1559 0.2685 0.14 1l3i:B, 1l3i:C, 1l3i:D, 1l3i:E, 1l3i:F
30 5fad:A 160 112 0.0938 0.2000 0.2857 0.14 5fa8:A
31 5z9o:A 373 104 0.0909 0.0831 0.2981 0.22 5z9o:B
32 1qzz:A 340 103 0.0850 0.0853 0.2816 0.26 1r00:A, 1xds:A, 1xds:B, 1xdu:A
33 4qdk:A 219 119 0.1085 0.1689 0.3109 0.33 4qdj:A, 4qdk:B
34 1wzn:A 244 97 0.0792 0.1107 0.2784 0.36 1wzn:B, 1wzn:C
35 3cjt:A 254 60 0.0557 0.0748 0.3167 0.51 3cjq:A, 3cjq:D, 3cjq:G, 3cjr:A, 3cjt:C, 3cjt:E, 3cjt:G, 3cjt:I, 3cjt:K, 3cjt:M, 3cjt:O, 3egv:A, 2nxe:A, 2nxe:B, 2zbp:A, 2zbq:A, 2zbr:A
36 3grr:A 263 31 0.0411 0.0532 0.4516 0.57 3gru:A, 3grv:A, 3gry:A
37 4kdr:A 208 22 0.0411 0.0673 0.6364 0.94 5dpm:A
38 5ikm:A 259 108 0.0850 0.1120 0.2685 1.2
39 4dcm:A 360 111 0.0674 0.0639 0.2072 1.3
40 3gcz:A 259 149 0.1144 0.1506 0.2617 1.5
41 1zpu:A 529 93 0.0792 0.0510 0.2903 1.8 1zpu:B, 1zpu:C, 1zpu:D, 1zpu:E, 1zpu:F
42 2wa2:A 223 94 0.0733 0.1121 0.2660 2.0
43 8pvr:B 509 90 0.0704 0.0472 0.2667 2.0 8pvr:A
44 8gzp:A 854 72 0.0587 0.0234 0.2778 2.4 4c11:A, 5ccv:B, 5ccv:C, 5ccv:D, 5ccv:F, 5ccv:G, 5dto:A, 5f3t:A, 5f3z:A, 5f41:A, 8gzq:A, 4hhj:A, 5hmw:A, 5hmx:A, 5hmy:A, 5hmz:A, 5hn0:A, 5i3p:A, 5i3q:A, 5iq6:A, 6j00:A, 2j7u:A, 2j7w:A, 5jjr:A, 5jjs:A, 4v0q:A, 4v0r:A, 6xd0:A
45 2wa2:B 259 72 0.0587 0.0772 0.2778 2.5
46 5t64:A 406 167 0.1144 0.0961 0.2335 2.6 5t64:B, 5t67:A, 5t67:B, 5t6b:A, 5t6b:B, 5t6b:C, 5t6b:D
47 8gzr:A 880 72 0.0587 0.0227 0.2778 2.7 8bcr:A, 8bcr:B, 4c11:B, 5ccv:E, 4ctj:A, 4ctj:C, 4ctk:A, 4ctk:C, 5cuq:A, 5cuq:B, 5e9q:A, 5e9q:C, 5ec8:A, 5ec8:C, 5ehg:A, 5ehg:C, 5ehi:A, 5ehi:C, 5eif:A, 5eif:C, 5eiw:A, 5eiw:C, 5ekx:A, 5ekx:B, 3p8z:A, 3p8z:C, 3p97:A, 3p97:C, 4r8s:A, 4r8s:B, 3vws:A, 2xbm:B, 2xbm:A, 2xbm:C, 2xbm:D, 6xd1:A
48 8j43:A 285 42 0.0528 0.0632 0.4286 2.7 8j43:B
49 3per:A 477 66 0.0587 0.0419 0.3030 2.7 3per:B, 3pf7:A, 3pf7:B, 3pm5:A, 3pm5:B, 3pm5:C, 3pm5:D, 3q1g:A, 3q1g:B, 3q1g:C, 3q1g:D
50 5ccv:H 767 72 0.0587 0.0261 0.2778 3.0
51 5ccv:A 849 72 0.0587 0.0236 0.2778 3.0 6h80:A, 6h9r:A, 6izz:A
52 7pd7:B 250 111 0.0821 0.1120 0.2523 4.1 7pd7:A, 7pd7:C, 7pd7:D
53 1ve3:B 226 128 0.0909 0.1372 0.2422 4.6 1ve3:A
54 7qcb:A 240 119 0.0821 0.1167 0.2353 4.6
55 7crc:B 1112 98 0.0850 0.0261 0.2959 4.8 7crc:A, 7crc:C, 7crc:D, 7xoz:A, 7xoz:B
56 6i7p:A 883 44 0.0557 0.0215 0.4318 4.9 5goz:A, 5goz:B, 5goz:C, 5gp1:A, 5gp1:B, 5gp1:C, 6i7p:B, 6i7p:C, 6i7p:D, 6i7p:E, 6i7p:F, 5kqr:A, 5kqs:A, 5m2x:A, 5m2x:B, 5m2x:C, 5m2x:D, 5m2x:E, 5m2x:F, 5m2z:A, 5m2z:C, 5m2z:B, 5m2z:D, 5m2z:E, 5m2z:F, 5m5b:A, 5m5b:B, 5mrk:A, 5mrk:B, 5nju:A, 5nju:B, 5njv:A, 5njv:B, 5njv:C, 5njv:D, 8pem:A, 5tfr:A, 5tfr:B, 5tmh:A, 5tmh:B, 5u0b:A, 5u0b:B, 5u0c:A, 5u0c:B, 5u0c:C, 5u0c:D, 5u0c:E, 5u0c:F, 5u0c:G, 5u0c:H, 5ulp:A, 5ulp:B, 6ux2:B, 5vim:A, 5vim:B, 6wcz:B, 5wxb:A, 5wz1:A, 5wz1:B, 5wz1:C, 5wz1:D, 5wz1:E, 5wz1:F, 5wz1:G, 5wz1:H, 5wz2:A, 5wz2:B, 5wz2:C
57 5djs:A 520 35 0.0352 0.0231 0.3429 5.2 5djs:B, 5djs:C, 5djs:D
58 4qpn:A 203 28 0.0323 0.0542 0.3929 5.3
59 6gkv:A 351 71 0.0674 0.0655 0.3239 5.6 6gkv:B, 6gky:A, 6gky:B, 6gkz:A, 6gkz:B, 6gkz:C, 6gkz:D
60 3gwz:A 339 68 0.0587 0.0590 0.2941 5.9 3gwz:D, 3gwz:C, 3gwz:B, 3gxo:A, 3gxo:D, 3gxo:C, 3gxo:B
61 3njr:A 184 72 0.0499 0.0924 0.2361 6.1 3njr:B
62 3dtn:A 220 134 0.0968 0.1500 0.2463 6.3 3dtn:B
63 2avn:A 247 180 0.1026 0.1417 0.1944 6.6 2avn:B
64 4lms:A 80 25 0.0323 0.1375 0.4400 7.7
65 3eld:A 277 32 0.0352 0.0433 0.3750 7.9 3elu:A, 3elw:A, 3ely:A, 3emb:A, 3emd:A
66 6sg9:F4 541 28 0.0323 0.0203 0.3929 8.0 6sgb:F4
67 4xhf:B 225 84 0.0557 0.0844 0.2262 8.8 4xhf:A, 4xhf:C, 4xhf:D
68 4mtl:B 219 27 0.0293 0.0457 0.3704 8.9 4mtl:A
69 5iky:A 1048 41 0.0469 0.0153 0.3902 9.3 5ikz:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218