Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SVALAGNSSLCPISGWAIYSKDNGIRIGSKGDVFVIREPFISCSHLECRTFFLTQGALLNDKHSNGTVKDRSPYRTLMSC
PVGEAPSPYNSRFESVAWSASACHDGISWLTIGISGPDNGAVAVLKYNGIITDTIKSWRSNILRTQESECACINGSCFTI
MTDGPSNGQASYKIFKVEKGKVVKSVELNAPNYHYEECSCYPDASEVMCVCRDNWHGSNRPWVSFNQNLEYQIGYICSGV
FGDNPRPNDGTGSCGPVSSNGAYGVKGFSFKYGNGVWIGRTKSTSSRSGFEMIWDPNGWTETDSSFSVKQEIVAITDWSG
YSGSFVQHPELTGLDCMRPCFWVELIRGRPKENTIWTSGSSISFCGVNSDTVGWSWPDGAELPFTIDK

The query sequence (length=388) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5hug:A 388 388 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 3b7e:A, 3b7e:B, 4b7j:A, 4b7m:A, 4b7m:B, 4b7n:A, 4b7q:A, 4b7q:B, 4b7q:C, 4b7q:D, 4b7r:A, 4b7r:B, 4b7r:C, 4b7r:D, 3beq:A, 3beq:B, 3ckz:A, 3cl0:A, 3cl2:A, 3cl2:B, 3cl2:C, 3cl2:D, 3cl2:E, 3cl2:F, 3cl2:G, 3cl2:H, 3cye:A, 3cye:B, 6d96:A, 6d96:B, 6d96:C, 6d96:D, 6d96:E, 6d96:F, 6d96:G, 6d96:H, 6g01:A, 6g01:B, 6g02:A, 6g02:B, 6hp0:C, 6hp0:A, 6hp0:B, 6hp0:D, 2hty:A, 2hty:B, 2hty:C, 2hty:D, 2hty:E, 2hty:F, 2hty:G, 2hty:H, 2hu0:B, 2hu4:A, 2hu4:B, 2hu4:C, 2hu4:D, 2hu4:E, 2hu4:F, 2hu4:G, 2hu4:H, 6lxi:A, 6lxi:B, 6lxk:A, 6lxk:B, 6lxk:C, 6lxk:D, 3nss:A, 3nss:B, 5nwe:A, 5nwe:B, 5nwe:C, 5nwe:D, 5nz4:A, 5nz4:B, 5nze:A, 5nze:B, 5nzf:A, 5nzf:B, 5nzf:C, 5nzf:D, 5nzn:A, 5nzn:B, 5nzn:C, 5nzn:D, 6q23:C, 6q23:B, 6q23:A, 6q23:D, 4qnp:A, 4qnp:B, 7s0i:A, 3ti3:A, 3ti3:B, 3ti4:A, 3ti4:B, 3ti5:A, 3ti5:B, 3ti6:A, 3ti6:B
2 2htv:A 388 387 0.7062 0.7062 0.7080 0.0 2htv:B, 2htw:A
3 4m3m:A 390 387 0.5747 0.5718 0.5762 3.48e-170 4d8s:A, 4gb1:A, 2ht5:A, 2ht7:A, 2ht8:A, 2htq:A, 2htr:A, 2htu:A, 5hun:A, 4ks1:A, 4ks2:A, 4ks3:A, 4ks4:A, 4ks5:A, 4mju:A, 4mjv:A, 3o9j:A, 3o9k:A
4 4wa3:A 388 386 0.5825 0.5825 0.5855 5.06e-168 4wa4:A, 4wa5:A
5 7e6q:A 394 391 0.5773 0.5685 0.5729 1.07e-160 7e6q:B, 4qn5:A, 4qn5:B, 3sal:A, 3sal:B, 3san:A, 3san:B, 3ti8:A, 3ti8:B
6 4hzv:A 388 383 0.4871 0.4871 0.4935 9.46e-126 4hzw:A, 4hzx:A, 4hzy:A, 4hzz:A, 4i00:A
7 6crd:B 438 379 0.4794 0.4247 0.4908 1.74e-122 1a14:N, 2b8h:D, 2b8h:A, 2b8h:B, 2b8h:C, 1bji:A, 2c4a:A, 2c4l:A, 6crd:E, 6crd:D, 6crd:G, 6crd:H, 6crd:C, 6crd:F, 6crd:A, 6d3b:A, 4dgr:A, 1f8b:A, 1f8c:A, 1f8d:A, 1f8e:A, 6hcx:A, 6heb:A, 6hfc:A, 6hg0:A, 1iny:A, 5jr5:D, 5jr5:B, 5jyy:A, 5l14:A, 5l15:A, 5l17:A, 5l18:A, 1l7f:A, 1l7g:A, 1l7h:A, 6lxj:B, 6lxj:C, 6lxj:D, 6lxj:A, 6mcx:A, 1mwe:A, 4mwj:A, 4mwl:A, 4mwq:A, 4mwr:A, 4mwu:A, 4mwv:A, 4mww:A, 4mwx:A, 4mwy:A, 4mx0:A, 1nca:N, 1ncb:N, 1ncc:N, 1ncd:N, 1nma:N, 1nmb:N, 1nmc:N, 1nmc:A, 1nna:A, 1nnb:A, 1nnc:A, 3nn9:A, 4nn9:A, 5nn9:A, 6nn9:A, 7nn9:A, 6pzd:A, 6pze:A, 6pzf:B, 6pzf:A, 6pzw:D, 6pzw:C, 6pzw:B, 6pzw:A, 6pzy:B, 6pzy:E, 6pzy:F, 6pzy:A, 6q1z:A, 6q1z:B, 2qwa:A, 2qwb:A, 2qwc:A, 2qwd:A, 2qwe:A, 2qwf:A, 2qwg:A, 2qwh:A, 2qwi:A, 2qwj:A, 2qwk:A, 7r6h:C, 7r6h:D, 6u02:J, 6u02:A, 6u02:B, 6u02:E, 5vh0:A, 5vh0:B, 5vh0:C, 5vh0:D, 3w09:A, 5w26:A, 5w2u:A, 5w2w:A, 5w2y:A, 4weg:A, 1xoe:A, 1xog:A, 1ybk:C
8 2cml:A 389 380 0.4665 0.4653 0.4763 2.46e-121 2cml:C, 2cml:B, 2cml:D, 6hfy:C, 6hfy:A, 6hfy:D, 6hfy:B, 6hg5:C, 6hg5:A, 6hg5:D, 6hg5:B, 6hgb:C, 6hgb:A, 6hgb:D, 6hgb:B, 5hum:A, 5hum:B, 5hum:C, 5hum:D, 4qn4:A, 4qn4:B, 4qn6:A, 4qn6:B, 1v0z:A, 1v0z:C, 1v0z:B, 1v0z:D, 1w1x:A, 1w1x:B, 1w1x:C, 1w1x:D, 1w20:C, 1w20:A, 1w20:B, 1w20:D, 1w21:C, 1w21:A, 1w21:B, 1w21:D
9 4qn3:A 390 387 0.4665 0.4641 0.4677 4.26e-120 4qn3:B, 4qn7:A, 4qn7:B
10 2aep:A 388 379 0.4588 0.4588 0.4697 7.79e-113 6br5:A, 6br6:A, 8dwb:AAA, 8g30:N, 8g30:P, 8g30:M, 8g30:O, 8g3m:J, 8g3m:G, 8g3m:K, 8g3m:L, 8g3n:J, 8g3n:K, 8g3n:L, 8g3n:G, 8g3o:J, 8g3o:G, 8g3o:H, 8g3o:B, 8g3p:E, 8g3p:B, 8g3p:A, 8g3p:D, 8g3q:F, 8g3q:H, 8g3q:E, 8g3q:G, 8g3r:F, 8g3r:E, 8g3r:H, 8g3r:G, 8g3v:J, 8g3v:G, 8g3v:H, 8g3v:I, 8g40:J, 8g40:G, 8g40:H, 8g40:I, 4gzo:A, 4gzp:A, 4gzq:A, 4gzs:D, 4gzs:A, 4gzs:B, 4gzs:C, 4gzt:D, 4gzt:A, 4gzt:B, 4gzt:C, 4gzw:A, 4gzw:B, 4gzw:C, 4gzw:D, 4gzx:A, 4gzx:B, 4gzx:D, 4gzx:C, 6n6b:A, 7u4f:A, 7u4g:A
11 2bat:A 388 381 0.4485 0.4485 0.4567 5.63e-111 4h52:A, 4h52:B, 4h53:B, 4h53:A, 4h53:D, 4h53:C, 5huk:D, 5huk:A, 5huk:B, 5huk:C, 1ing:B, 1ing:A, 1inh:A, 1inh:B, 1inw:A, 1inx:A, 1ivc:B, 1ivc:A, 1ivd:B, 1ivd:A, 1ive:B, 1ive:A, 1ivf:B, 1ivf:A, 1ivg:B, 1ivg:A, 4k1h:B, 4k1h:A, 4k1i:B, 4k1i:A, 4k1j:A, 4k1j:B, 4k1k:B, 4k1k:A, 1nn2:A, 6q20:A, 3tia:D, 3tia:A, 3tia:B, 3tia:C, 3tib:C, 3tib:D, 3tib:B, 3tib:A, 3tic:D, 3tic:A, 3tic:B, 3tic:C, 7u4e:B, 7u4e:D, 7u4e:A, 7u4e:C
12 6n4d:D 388 381 0.4562 0.4562 0.4646 6.14e-111 6n4d:C, 6n4d:A, 6n4d:B
13 6v4n:M 391 362 0.3273 0.3248 0.3508 9.42e-69 1a4g:A, 1a4g:B, 1a4q:A, 1a4q:B, 1b9s:A, 1b9t:A, 1b9v:A, 4cpl:A, 4cpl:B, 4cpm:A, 4cpm:B, 4cpn:A, 4cpn:B, 4cpo:A, 4cpo:B, 4cpy:A, 4cpy:B, 4cpz:A, 4cpz:B, 4cpz:C, 4cpz:D, 4cpz:E, 4cpz:F, 4cpz:G, 4cpz:H, 8g3z:A, 8g3z:B, 8g3z:C, 8g3z:D, 1inf:A, 1inv:A, 1ivb:A, 3k36:A, 3k36:B, 3k37:A, 3k37:B, 3k38:A, 3k38:B, 3k38:C, 3k38:D, 3k38:E, 3k38:F, 3k38:G, 3k38:H, 3k38:I, 3k38:J, 3k38:K, 3k38:L, 3k38:M, 3k38:N, 3k38:O, 3k38:P, 3k39:A, 3k39:B, 3k39:C, 3k39:D, 3k39:E, 3k39:F, 3k39:G, 3k39:H, 3k39:I, 3k39:J, 3k39:K, 3k39:L, 3k39:M, 3k39:N, 3k39:O, 3k39:P, 3k3a:A, 3k3a:B, 3k3a:C, 3k3a:D, 3k3a:E, 3k3a:F, 3k3a:G, 3k3a:H, 3k3a:I, 3k3a:J, 3k3a:K, 3k3a:L, 3k3a:M, 3k3a:N, 3k3a:O, 3k3a:P, 1nsb:A, 1nsb:B, 1nsc:A, 1nsc:B, 1nsd:A, 1nsd:B, 6v4n:I, 6v4n:N, 6v4n:W, 6v4o:I, 6v4o:M, 6v4o:N, 6v4o:W, 1vcj:A
14 4mc7:A 363 378 0.3015 0.3223 0.3095 5.67e-57 4k3y:A, 4k3y:B, 4k3y:C, 4k3y:D, 4mc7:B, 4mc7:C, 4mc7:D
15 7xvr:A 389 359 0.3299 0.3290 0.3565 1.49e-54 7xvr:B, 7xvu:A, 7xvu:B, 7xvv:A, 7xvv:B, 7xvw:A, 7xvw:B
16 4fvk:A 367 372 0.2887 0.3052 0.3011 1.33e-51 4fvk:B, 4gdi:A, 4gdi:B, 4gdi:C, 4gdi:D, 4gdi:E, 4gdi:F, 4gdj:A, 4gez:A, 4gez:B, 4gez:C, 4gez:D, 4gez:E, 4gez:F, 4gez:G, 4gez:H, 4gez:I, 4gez:J, 4gez:K, 4gez:L
17 4gdj:B 321 360 0.2732 0.3302 0.2944 6.43e-47 4gdj:C, 4gdj:D
18 7cm1:B 387 287 0.2680 0.2687 0.3624 5.43e-40 7cm1:A, 7fgb:A, 7fgb:B, 7fgc:A, 7fgc:B, 7fgd:A, 7fgd:B, 7fge:A, 7fge:B, 7fge:C, 7fge:D, 7fge:E, 7fge:F, 7fge:G, 7fge:H
19 1ahp:A 796 22 0.0284 0.0138 0.5000 0.83 1ahp:B, 2asv:A, 2asv:B, 2av6:A, 2av6:B, 2aw3:A, 2aw3:B, 2azd:A, 2azd:B, 1e4o:A, 1e4o:B, 2ecp:A, 2ecp:B, 1l5v:A, 1l5v:B, 1l5w:A, 1l5w:B, 1l6i:A, 1l6i:B, 1qm5:A, 1qm5:B, 8rvk:A
20 8gsm:G 439 60 0.0490 0.0433 0.3167 1.0 8gsm:I
21 3gju:A 458 66 0.0490 0.0415 0.2879 1.6
22 6psg:C 249 62 0.0335 0.0522 0.2097 2.1 7ass:C, 7ass:D, 7aux:A, 7aux:B, 7aw5:A, 7aw5:B, 7dml:A, 7dml:B, 7dml:C, 7dml:D, 5dtk:A, 5dtk:B, 5dtk:C, 5dtk:D, 5dts:A, 5dts:B, 5dts:C, 5dts:D, 5dtt:C, 5dtt:D, 5dva:A, 5dva:B, 5dva:C, 5dva:D, 5faq:A, 5faq:B, 5fas:A, 5fas:B, 5fat:A, 5fat:B, 8faj:A, 8faj:B, 7jhq:A, 7jhq:B, 7jhq:C, 7jhq:D, 7k5v:A, 7k5v:B, 7kh9:B, 7kh9:A, 7khq:A, 7khq:B, 7khy:A, 7khz:A, 7l8o:A, 7l8o:B, 7l8o:C, 7l8o:D, 7nrj:AAA, 7nrj:BBB, 7nrj:CCC, 7nrj:DDD, 7o5n:AAA, 7o5n:BBB, 7o5n:CCC, 7o5n:DDD, 7o5q:BBB, 7o5q:CCC, 7o5q:DDD, 7o9n:AAA, 7o9n:DDD, 7o9n:BBB, 7o9n:CCC, 5odz:B, 6p96:A, 6p96:B, 6p97:A, 6p97:B, 6p98:A, 6p98:B, 6p99:A, 6p99:B, 6p9c:A, 6p9c:B, 7peh:AAA, 7peh:CCC, 7peh:DDD, 7pep:AAA, 7pep:BBB, 7pep:CCC, 7pep:DDD, 8pec:A, 8pec:C, 8pec:D, 7pfn:AAA, 7pfn:BBB, 7pgo:AAA, 6pk0:A, 6pk0:C, 6pk0:B, 6pk0:D, 6pqi:A, 6pqi:B, 6pqi:C, 6pqi:D, 6psg:A, 6psg:B, 6psg:D, 7pse:AAA, 7pse:BBB, 7psf:AAA, 7psf:BBB, 7psf:CCC, 6pt1:A, 6pt1:B, 6pt1:C, 6pt1:D, 6pt5:A, 6pt5:B, 6pt5:C, 6pt5:D, 6ptu:A, 6ptu:B, 6ptu:C, 6ptu:D, 6pxx:A, 6pxx:B, 7q14:AAA, 7q14:BBB, 7q14:CCC, 7q14:DDD, 7q14:EEE, 7q14:FFF, 7q14:GGG, 7q14:HHH, 6q5b:A, 6q5b:B, 6q5b:C, 6q5b:D, 6q5f:A, 6q5f:C, 5qa4:A, 5qa4:B, 5qa4:C, 5qa4:D, 5qa5:A, 5qa5:B, 5qa5:C, 5qa5:D, 5qa6:A, 5qa6:B, 5qa6:C, 5qa6:D, 5qa7:A, 5qa7:B, 5qa7:C, 5qa7:D, 5qa8:A, 5qa8:C, 5qa8:D, 5qa9:A, 5qa9:B, 5qa9:C, 5qaa:A, 5qaa:B, 5qaa:C, 5qaa:D, 5qab:A, 5qab:B, 5qab:D, 5qac:A, 5qac:B, 5qac:C, 5qac:D, 5qad:A, 5qad:B, 5qad:C, 5qad:D, 5qae:A, 5qae:B, 5qae:C, 5qae:D, 5qaf:A, 5qaf:B, 5qaf:D, 5qag:A, 5qag:B, 5qag:C, 5qag:D, 5qah:A, 5qah:B, 5qah:C, 5qah:D, 5qai:A, 5qai:C, 5qaj:A, 5qaj:B, 5qaj:C, 5qaj:D, 5qak:A, 5qak:B, 5qak:C, 5qak:D, 5qal:A, 5qal:B, 5qal:C, 5qal:D, 5qam:A, 5qam:B, 5qam:C, 5qam:D, 5qan:A, 5qan:B, 5qan:C, 5qan:D, 5qao:A, 5qao:B, 5qao:C, 5qao:D, 5qap:B, 5qap:C, 5qap:D, 5qaq:B, 5qaq:C, 5qaq:D, 5qar:A, 5qar:B, 5qar:C, 5qar:D, 5qas:A, 5qas:B, 5qas:C, 5qas:D, 5qat:A, 5qat:B, 5qat:C, 5qat:D, 5qau:C, 5qau:D, 5qav:C, 5qav:D, 5qaw:A, 5qaw:C, 5qaw:D, 5qax:A, 5qax:B, 5qax:C, 5qax:D, 5qay:A, 5qay:B, 5qay:C, 5qay:D, 5qaz:A, 5qaz:B, 5qaz:C, 5qaz:D, 5qb0:A, 5qb0:B, 5qb0:D, 5qb1:B, 5qb1:D, 5qb2:A, 5qb2:B, 5qb3:A, 5qb3:B, 5qb3:C, 5qb3:D, 5qb4:A, 5qb4:B, 5qb4:C, 5qb4:D, 8qnz:AAA, 8qnz:BBB, 8qnz:DDD, 7r6z:A, 7r6z:B, 6rj7:A, 4s2j:A, 4s2j:B, 4s2j:C, 4s2j:D, 4s2k:A, 4s2k:B, 4s2k:C, 4s2k:D, 4s2n:A, 4s2n:B, 4s2n:C, 4s2n:D, 8sqf:B, 8sqf:A, 8sqg:B, 8sqg:A, 6uvk:A, 6uvk:B, 6uvk:C, 6uvk:D, 6v1o:A, 6v1o:B, 6v1o:C, 6v1o:D, 4wmc:A, 4wmc:B, 4wmc:C, 4wmc:D, 4wmc:E, 4wmc:F, 4wmc:G, 4wmc:H, 6xqr:A, 6xqr:B, 6zrj:A, 6zrj:B, 6zrj:C, 6zrj:D, 6zrj:E, 6zrj:F, 6zrj:G, 6zrj:H, 6zrp:A, 6zrp:B, 6zrp:C, 6zrp:D, 6zxi:A, 6zxi:B
23 6bbx:A 121 93 0.0644 0.2066 0.2688 3.4 6bbx:B, 5ujp:A, 5ujp:B, 5umx:A, 5umx:B, 5umy:A, 5umy:B, 5w27:A, 5w27:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218