Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
STQQLPQTIIIGVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWEEHYSQGLGWYLTQMPFSSPHQLTVEKTPAYFTSPKV
PERIHSMNPTIRLLLILRDPSERVLSDYTQVLYNHLQKHKPYPPIEDLLMRRLNLDYKALNRSLYHAHMLNWLRFFPLGH
IHIVDGDRLIRDPFPEIQKVERFLKLSPQINASNFYFNKTKGFYCLRDSGKDRCLHESKGRAHPQVDPKLLDKLHEYFHE
PNKKFFKLVGRTFDWH

The query sequence (length=256) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1zrh:A 263 258 0.9219 0.8973 0.9147 1.75e-179 3uan:A, 3uan:B, 1vkj:A, 1vkj:B, 1vkj:C
2 7scd:A 371 259 0.5391 0.3720 0.5328 2.18e-101 3bd9:A, 7sce:A
3 1t8t:B 271 263 0.4375 0.4133 0.4259 1.67e-71 1t8t:A, 1t8u:B, 1t8u:A, 6xkg:A, 6xkg:B, 6xl8:A, 6xl8:B
4 8ccy:A 754 265 0.2930 0.0995 0.2830 2.69e-26 1nst:A
5 8chs:A 718 269 0.2812 0.1003 0.2677 3.04e-23 8cd0:A
6 3rnl:A 247 201 0.1758 0.1822 0.2239 1.55e-07
7 5evo:A 213 126 0.1211 0.1455 0.2460 0.010
8 5lol:A 207 84 0.1016 0.1256 0.3095 0.64
9 8h4a:B 328 97 0.0859 0.0671 0.2268 1.6 7c8q:A, 7c8q:B, 7c8x:A, 7c8x:B, 7c91:B, 7c91:A, 7cb4:B, 7cb4:A, 7cbr:A, 7cbr:B, 7cbu:A, 7cbu:B, 7cbw:A, 7cbw:B, 8h44:A, 8h44:B, 8h45:A, 8h45:B, 8h46:A, 8h46:B, 8h47:A, 8h47:B, 8h48:A, 8h48:B, 8h49:A, 8h49:B, 8h4a:A, 8h4b:A, 8h4b:B, 8h4c:A, 8h4c:B, 8h4d:A, 8h4d:B, 8h4e:A, 8h4e:B, 8h4f:A, 8h4f:B, 8h4g:A, 8h4g:B
10 7qej:A 204 101 0.1055 0.1324 0.2673 1.9 7qej:B, 7qek:A, 7qek:B
11 7aju:UT 2313 63 0.0859 0.0095 0.3492 2.0 7ajt:UT, 6zqc:UT, 6zqd:UT, 6zqe:UT
12 7suk:SP 2234 63 0.0859 0.0098 0.3492 2.0 6zqb:UT
13 3gpb:A 833 37 0.0586 0.0180 0.4054 2.1 1a8i:A, 1abb:A, 1abb:B, 1abb:C, 1abb:D, 2amv:A, 3amv:A, 1axr:A, 1b4d:A, 3bcr:A, 3bcs:A, 3bd6:A, 3bd7:A, 3bd8:A, 3bda:A, 8bzs:A, 1c50:A, 1c8k:A, 1c8l:A, 4ctm:A, 4ctn:A, 4cto:A, 3cut:A, 3cuu:A, 3cuv:A, 3cuw:A, 3e3n:A, 3e3n:B, 3e3n:D, 3e3n:F, 3e3n:G, 3e3n:H, 3e3o:B, 3ebo:A, 3ebp:A, 4ej2:A, 4eke:A, 4eky:A, 4el0:A, 4el5:A, 2f3p:A, 2f3q:A, 2f3s:A, 2f3u:A, 6f3j:A, 6f3l:A, 6f3r:A, 6f3s:A, 6f3u:A, 2fet:A, 2ff5:A, 2ffr:A, 1fs4:A, 1ftq:A, 1ftw:A, 1fty:A, 1fu4:A, 1fu7:A, 1fu8:A, 3g2h:A, 3g2i:A, 3g2j:A, 3g2k:A, 3g2l:A, 3g2n:A, 2g9r:A, 2g9v:A, 1gfz:A, 1gg8:A, 1ggn:A, 1gpa:A, 1gpa:B, 1gpa:C, 1gpa:D, 1gpb:A, 1gpy:A, 2gpb:A, 4gpb:A, 5gpb:A, 6gpb:A, 7gpb:A, 7gpb:B, 7gpb:C, 7gpb:D, 8gpb:A, 9gpb:A, 9gpb:B, 9gpb:C, 9gpb:D, 1h5u:A, 1hlf:A, 5jtt:A, 5jtu:A, 1k06:A, 1k08:A, 1kti:A, 3l79:A, 3l7a:A, 3l7b:A, 3l7c:A, 3l7d:A, 5lrc:A, 5lrd:A, 5lre:A, 5lrf:A, 1lwn:A, 1lwo:A, 5mcb:A, 5mem:A, 4mho:A, 4mhs:A, 4mi3:A, 4mi6:A, 4mi9:A, 4mic:A, 3mqf:A, 3mrt:A, 3mrv:A, 3mrx:A, 4mra:A, 3ms2:A, 3ms4:A, 3ms7:A, 3msc:A, 3mt7:A, 3mt8:A, 3mt9:A, 3mta:A, 3mtb:A, 3mtd:A, 3nc4:A, 1noi:A, 1noi:B, 1noi:C, 1noi:D, 1noj:A, 1nok:A, 3np7:A, 3np9:A, 3npa:A, 5o50:A, 5o52:A, 5o54:A, 5o56:A, 2off:A, 7onf:A, 5owy:A, 5owz:A, 5ox0:A, 5ox1:A, 5ox3:A, 5ox4:A, 1p29:A, 1p2b:A, 1p2d:A, 1p2g:A, 1p4g:A, 1p4h:A, 1p4j:A, 2pri:A, 2prj:A, 2pyd:A, 2pyi:A, 7q5i:AAA, 6qa6:A, 6qa7:A, 6qa8:A, 2qlm:A, 2qln:A, 2qn1:A, 2qn2:A, 2qn3:A, 2qn7:A, 2qn8:A, 2qn9:A, 2qnb:A, 2qrg:A, 2qrh:A, 2qrm:A, 2qrp:A, 2qrq:A, 6r0h:A, 6r0i:A, 3s0j:A, 6s4h:A, 6s4k:A, 6s4o:A, 6s4p:A, 6s4r:A, 6s51:A, 6s52:A, 2skc:A, 2skd:A, 2ske:A, 3sym:A, 3syr:A, 3t3d:A, 3t3e:A, 3t3g:A, 3t3h:A, 3t3i:A, 1uzu:A, 1wut:A, 1wuy:A, 1wv0:A, 1wv1:A, 1ww2:A, 1ww3:A, 1xc7:A, 1xkx:A, 1xl0:A, 1xl1:A, 6y55:A, 6y5c:A, 6y5o:A, 4yi3:A, 4yi5:A, 4yua:A, 6yve:AAA, 4z5x:A, 1z62:A, 1z6p:A, 1z6q:A, 1z8d:A, 3zcp:A, 3zcq:A, 3zcr:A, 3zcs:A, 3zct:A, 3zcu:A, 3zcv:A
14 1e1y:A 813 37 0.0586 0.0185 0.4054 2.1 1bx3:A, 3e3n:C, 3e3n:E, 3e3o:A, 3e3o:C, 3e3o:D, 2g9q:A, 2g9u:A, 2gj4:A, 2gm9:A, 2gpa:A, 2ieg:A, 2ieg:B, 2iei:A, 2iei:B, 1pyg:A, 1pyg:B, 1pyg:C, 1pyg:D
15 5er0:A 450 116 0.1016 0.0578 0.2241 2.9 5er0:B, 5er0:C, 5er0:D, 5vn0:A, 5vn0:B, 5vn0:C, 5vn0:D, 5vn0:E, 5vn0:F, 5vn0:G, 5vn0:H, 5voh:A, 5voh:B, 5voh:C, 5voh:D
16 5mye:A 212 128 0.1172 0.1415 0.2344 3.0 5n9u:A
17 5d9v:A 211 117 0.1016 0.1232 0.2222 3.6 5d9w:A, 5d9x:A
18 1f8w:A 447 52 0.0664 0.0380 0.3269 4.3 1joa:A, 1nhp:A, 1nhq:A, 1nhr:A, 1nhs:A, 1npx:A, 2npx:A
19 7xog:B 348 117 0.1211 0.0891 0.2650 4.5
20 3nj3:A 327 103 0.1094 0.0856 0.2718 5.0 3nj3:B, 1vbr:A, 1vbr:B
21 5wrj:A 275 33 0.0469 0.0436 0.3636 5.4 5wri:A, 5wri:B, 5wrj:B, 5wrj:C, 5wrj:D
22 6jp4:A 770 51 0.0703 0.0234 0.3529 6.6 6jp4:B, 6jp4:C, 6jph:A, 6jpn:A
23 5e34:A 323 51 0.0508 0.0402 0.2549 9.7 5e35:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218