Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SSVSALKRLERSQWTDKMDLRFGFERLKEPGEKTGWLINMHPTEILDEDKRLGSAVDYYFIQDDGSRFKVALPYKPYFYI
ATRKGCEREVSSFLSKKFQGKIAKVETVPKEDLDLPNHLVGLKRNYIRLSFHTVEDLVKVRKEISPAVKKNREQDDQLDN
IVDMREYDVPYHIRLSIDLKIHVAHWYNVRYRGNAFPVEITRRDDLVERPDPVVLAFDIETTKLPLKFPDAETDQIMMIS
YMIDGQGYLITNREIVSEDIEDFEFTPKPEYEGPFCVFNEPDEAHLIQRWFEHVQETKPTIMVTYNGDFFDWPFVEARAA
VHGLSMQQEIGFQKDSQGEYKAPQCIHMDCLRWVKRDSYLPVGSHNLKAAAKAKLGYDPVELDPEDMCRMATEQPQTLAT
YSVSDAVATYYLYMKYVHPFIFALCTIIPMEPDEVLRKGSGTLCEALLMVQAFHANIIFPNKQEQEFNKLTDDGHVLDSE
TYVGGHVEALESGVFRSDIPCRFRMNPAAFDFLLQRVEKTLRHALEEEEKVPVEQVTNFEEVCDEIKSKLASLKDVPSRI
ECPLIYHLDVGAMYPNIILTNRLQPSAMVDEATCAACDFNKPGANCQRKMAWQWRGEFMPASRSEYHRIQHQLESEKFPP
LFPEGPARAFHELSREEQAKYEKRRLADYCRKAYKKIHITKVEERLTTICQRENSFYVDTVRAFRDRRYEFKGLHKVWKK
KLSAAVEVGDAAEVKRCKNMEVLYDSLQLAHKCILNSFYGYVMRKGARWYSMEMAGIVCFTGANIITQARELIEQIGRPL
ELDTDGIWCVLPNSFPENFVFKTTNVKKPKVTISYPGAMLNIMVKEGFTNDQYQELAEPSSLTYVTRSENSIFFEVDGPY
LAMILPASKEEGKKLKKRYAVFNEDGSLAELKGFEVKRRGELQLIKIFQSSVFEAFLKGSTLEEVYGSVAKVADYWLDVL
YSKAANMPDSELFELISENRSMSRKLEDYGEQKSTSISTAKRLAEFLGDQMVKDAGLSCRYIISRKPEGSPVTERAIPLA
IFQAEPTVRKHFLRKWLKSSSLQDFDIRAILDWDYYIERLGSAIQKIITIPAALQQVKNPVPRVKHPDWLHKKLLEKN

The query sequence (length=1118) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 9b8t:A 1146 1120 0.9982 0.9738 0.9964 0.0 9b8s:A, 9f6d:A, 9f6e:A, 9f6f:A, 9f6i:A, 9f6j:A, 9f6k:A, 9f6l:A
2 4m8o:A 1126 1142 0.5707 0.5666 0.5587 0.0 8b6k:A, 8b6k:B, 8b76:B, 8b76:A, 8b77:A, 8b79:B, 8b79:A, 8b7e:B, 8b7e:A, 6fwk:A, 6h1v:A, 6i8a:A, 5oki:B, 4ptf:A, 6qib:A, 7r3x:A, 7r3y:A, 8tw9:E, 8twa:E
3 6g0a:A 1104 1131 0.5689 0.5761 0.5623 0.0 8b67:A, 6fwk:B, 6i8a:B, 7r3y:B
4 6s2e:A 1006 633 0.2961 0.3290 0.5229 0.0 6s2f:A
5 6s2e:A 1006 442 0.2478 0.2753 0.6267 1.35e-178 6s2f:A
6 4ail:C 750 456 0.1029 0.1533 0.2522 6.13e-18 2jgu:A
7 4ail:C 750 301 0.0733 0.1093 0.2724 3.15e-09 2jgu:A
8 4k8x:A 759 480 0.1064 0.1568 0.2479 3.82e-16 6is7:A, 6is7:B, 6isf:A, 6isf:B, 6isg:A, 6ish:A, 6isi:A, 4k8z:A, 5omf:A, 5omq:A, 5omv:A, 7om3:A, 7omb:A, 7omg:A, 6q4t:A, 7rsr:A, 7rss:A, 7rsu:A, 8t3x:A, 7tqw:A, 5vu6:A, 5vu7:A, 5vu9:A
9 4k8x:A 759 323 0.0805 0.1186 0.2786 3.92e-10 6is7:A, 6is7:B, 6isf:A, 6isf:B, 6isg:A, 6ish:A, 6isi:A, 4k8z:A, 5omf:A, 5omq:A, 5omv:A, 7om3:A, 7omb:A, 7omg:A, 6q4t:A, 7rsr:A, 7rss:A, 7rsu:A, 8t3x:A, 7tqw:A, 5vu6:A, 5vu7:A, 5vu9:A
10 1d5a:A 733 444 0.1011 0.1542 0.2545 5.31e-16
11 1d5a:A 733 241 0.0626 0.0955 0.2905 0.005
12 6wya:A 756 480 0.1029 0.1521 0.2396 2.57e-14 6wyb:A
13 6wya:A 756 312 0.0733 0.1085 0.2628 1.47e-09 6wyb:A
14 7b0h:F 762 359 0.0823 0.1207 0.2563 2.85e-13 7b07:A, 7b08:A, 7b0f:A, 7b0g:A, 7b0h:E, 1qqc:A, 5vu8:A, 2vwj:A, 2xhb:A
15 7b0h:F 762 303 0.0751 0.1102 0.2772 1.11e-09 7b07:A, 7b08:A, 7b0f:A, 7b0g:A, 7b0h:E, 1qqc:A, 5vu8:A, 2vwj:A, 2xhb:A
16 5mdn:A 761 435 0.0939 0.1380 0.2414 1.34e-11 5mdn:B
17 5mdn:A 761 357 0.0742 0.1091 0.2325 0.004 5mdn:B
18 4flu:A 758 435 0.0921 0.1359 0.2368 2.79e-11 4flt:A, 4flv:A, 4flw:A, 4flx:A, 4fly:A, 4flz:A, 4fm0:A, 4fm1:A, 4fm2:A
19 4flu:A 758 301 0.0689 0.1016 0.2558 2.02e-06 4flt:A, 4flv:A, 4flw:A, 4flx:A, 4fly:A, 4flz:A, 4fm0:A, 4fm1:A, 4fm2:A
20 7opl:A 1070 297 0.0626 0.0654 0.2357 2.89e-04 6as7:A, 9c8v:C, 8d96:C, 8d9d:C, 5exr:C, 5exr:G, 5iud:A, 5iud:D, 5iud:G, 5iud:J, 7n2m:A, 4q5v:A, 4q5v:E, 4qcl:A, 8qj7:A, 7u5c:C, 8vy3:C, 4y97:B, 4y97:D, 4y97:F, 4y97:H
21 7opl:A 1070 227 0.0456 0.0477 0.2247 0.72 6as7:A, 9c8v:C, 8d96:C, 8d9d:C, 5exr:C, 5exr:G, 5iud:A, 5iud:D, 5iud:G, 5iud:J, 7n2m:A, 4q5v:A, 4q5v:E, 4qcl:A, 8qj7:A, 7u5c:C, 8vy3:C, 4y97:B, 4y97:D, 4y97:F, 4y97:H
22 8v6g:A 1050 302 0.0617 0.0657 0.2285 0.001 8v6h:A, 8v6i:A, 8v6j:A
23 8g99:A 1063 302 0.0617 0.0649 0.2285 0.001 8g9f:A, 8g9l:A, 8g9n:A, 8g9o:A, 8ucu:A, 8ucv:A, 8ucw:A, 8v5m:A, 8v5n:A, 8v5o:A
24 1s5j:A 727 178 0.0429 0.0660 0.2697 0.002
25 1s5j:A 727 150 0.0340 0.0523 0.2533 9.2
26 3k57:A 782 245 0.0519 0.0742 0.2367 0.002 3k58:A, 3k59:A, 3k5l:A, 3k5m:A, 3maq:A
27 6s1m:A 1010 345 0.0698 0.0772 0.2261 0.003 6s1n:A, 6s1o:A, 6tny:A, 6tnz:A
28 7kc0:A 1004 346 0.0635 0.0707 0.2052 0.005 3iay:A, 6p1h:A
29 8d0b:F 915 95 0.0277 0.0339 0.3263 0.006 8d0k:F
30 8d0b:F 915 234 0.0456 0.0557 0.2179 6.5 8d0k:F
31 7uy7:E 783 101 0.0277 0.0396 0.3069 0.031
32 3k5n:A 759 86 0.0233 0.0343 0.3023 0.17
33 8fok:1 1046 65 0.0188 0.0201 0.3231 0.39 3flo:B, 3flo:D, 3flo:F, 3flo:H, 4fxd:A, 4fxd:B, 4fyd:A, 4fyd:B
34 8vl7:C 224 48 0.0143 0.0714 0.3333 0.49 9ava:A, 9ava:B, 9ava:C, 9ava:D, 9ava:E, 9ava:F, 9ava:G, 9ava:H, 9ava:I, 9ava:J, 9ava:K, 9ava:L, 7tqq:A, 7tqq:B, 7tqq:E, 7tqq:F, 8vl7:A, 8vl7:B, 8vl7:D, 8vl7:E, 8vl7:F, 8vl7:G, 8vl7:H
35 7edb:A 350 138 0.0277 0.0886 0.2246 1.4 7edb:B
36 5wtb:C 323 68 0.0170 0.0588 0.2794 1.7 5wtb:A, 5wtb:B, 5wtb:D
37 5gl5:A 431 69 0.0233 0.0603 0.3768 2.2 5gl5:B
38 6jre:B 167 52 0.0179 0.1198 0.3846 2.2
39 8un9:A 229 28 0.0116 0.0568 0.4643 2.3 8un9:B
40 6sc2:B 3930 101 0.0233 0.0066 0.2574 6.1 6rla:A, 6rla:B, 6sc2:A
41 8wpe:A 1006 99 0.0188 0.0209 0.2121 7.3 8hg1:A, 8hpa:A, 8j86:A, 8j8f:A, 8j8g:A, 8k8s:A, 8k8u:A, 5n2g:A, 8wpf:A, 8wpk:A, 8wpp:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218