Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SSMSYSWTGALITPCGPEEEKLPINPLSNSLLRYHNKVYCTTSKSASQRAKKVTFDRTQVLDAHYDSVLKDIKLAASKVS
ARLLTLQQACQLTPPHSARSKYGFGAKEVRSLSGRAVNHIKSVWKDLLEDPQTPIPTTIMAKNEVFCVDPAKGGKKPARL
IVYPDLGVRVCEKMALYDITQKLPQAVMGASYGFQYSPAQRVEYLLKAWAEKKDPMGFSYDTRHFDSTVTERDIRTEESI
YQACSLPEEARTAIHSLTERLYVGGPMFNSKGQTCGYRRCRASGVLTTSMGNTITCYVKALAACKAAGIVAPTMLVCGDD
LIVISESQGTEEDERNLRAFTEAMTRYSAPPGDPPRPEYDLELITSCSSNVSVALGPRGRRRYYLTRDPTTPLARAAWET
VRHSPINSWLGNIIQYAPTIWVRMVLMTHFFSILMVQDTLDQNLNFEMYGSVYSVNPLDLPAIIERLHGLDAFSMHTYSH
HELTRVASALRKLGAPPLRVWKSRARAVRASLISRGGKAAVCGRYLFNWAVKTKLKLTPLPEARLLDLSSWFTVG

The query sequence (length=555) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5qj0:A 559 554 0.9694 0.9624 0.9711 0.0 4e78:A, 4e7a:A, 5qj1:A, 5twm:A, 5uj2:A, 4wta:A, 4wtc:A, 4wtd:A, 4wte:A, 4wtf:A, 4wtg:A, 4wti:A, 4wtj:A, 4wtk:A, 4wtl:A, 4wtm:A, 1yvx:A, 1yvz:A
2 3hvo:A 559 554 0.8631 0.8569 0.8646 0.0 3hvo:B
3 4khm:A 562 554 0.7405 0.7313 0.7419 0.0 3hkw:A, 3hkw:B, 3hkw:C, 4khm:B, 4khr:A, 6mvo:A, 6mvo:B, 3qgh:A, 3qgi:A, 2xi3:A, 2xi3:B
4 3gnw:B 568 554 0.7387 0.7218 0.7401 0.0 2awz:A, 2awz:B, 2ax0:A, 2ax0:B, 2ax1:A, 2ax1:B, 2brk:A, 2brl:A, 3br9:A, 3br9:B, 3bsa:A, 3bsa:B, 3bsc:A, 3bsc:B, 3cde:A, 3cde:B, 3ciz:B, 3cj0:A, 3cj0:B, 3cj2:A, 3cj2:B, 3cj3:A, 3cj3:B, 3cj4:A, 3cj4:B, 3cj5:A, 3cj5:B, 3co9:A, 3co9:B, 3cso:A, 3cso:B, 3cvk:A, 3cvk:B, 3cwj:A, 3cwj:B, 5czb:A, 5czb:B, 3d28:A, 3d28:B, 2d3u:A, 2d3u:B, 2d3z:A, 2d3z:B, 2d41:A, 2d41:B, 3d5m:A, 3d5m:B, 4dru:A, 2dxs:A, 2dxs:B, 3e51:A, 3e51:B, 4eaw:A, 4eaw:B, 4eo6:A, 4eo6:B, 4eo8:A, 4eo8:B, 3fqk:A, 3fqk:B, 3fql:A, 3frz:A, 2fvc:A, 2fvc:B, 3g86:A, 3g86:B, 2gc8:A, 2gc8:B, 2giq:A, 2giq:B, 2gir:A, 2gir:B, 4gmc:B, 3gnv:A, 3gnv:B, 3gnw:A, 3gol:A, 3gol:B, 1gx5:A, 1gx6:A, 3gyn:A, 3gyn:B, 3h2l:A, 3h2l:B, 3h59:A, 3h59:B, 3h5s:A, 3h5s:B, 3h5u:A, 3h5u:B, 3h98:A, 3h98:B, 2hai:A, 3hhk:A, 3hhk:B, 3hky:A, 3hky:B, 2hwh:A, 2hwh:B, 2hwi:A, 2hwi:B, 2i1r:A, 2i1r:B, 3igv:A, 3igv:B, 4ih5:A, 4ih5:B, 4ih6:A, 4ih6:B, 4ih7:A, 4ih7:B, 2ijn:A, 2ijn:B, 4iz0:A, 4j02:A, 4j02:B, 4j04:A, 4j04:B, 4j06:A, 4j06:B, 4j08:A, 4j0a:A, 2jc0:A, 2jc0:B, 2jc1:A, 2jc1:B, 4jjs:A, 4jjs:B, 4jju:A, 4jju:B, 4jtw:A, 4jtw:B, 4jty:A, 4jty:B, 4jtz:A, 4jtz:B, 4ju1:A, 4ju1:B, 4ju2:A, 4ju2:B, 4ju3:A, 4ju3:B, 4ju4:A, 4ju4:B, 4ju6:A, 4ju7:A, 4jvq:A, 4jvq:B, 4jy0:A, 4jy0:B, 4jy1:A, 4kai:A, 4kai:B, 4kb7:A, 4kb7:B, 4kbi:A, 4kbi:B, 4ke5:A, 4ke5:B, 3lkh:A, 3lkh:B, 3mf5:A, 3mf5:B, 4mia:A, 4mia:B, 4mib:A, 4mib:B, 4mk7:A, 4mk7:B, 4mk8:A, 4mk8:B, 4mk9:A, 4mk9:B, 4mka:A, 4mka:B, 4mkb:A, 4mkb:B, 6mvk:A, 6mvk:B, 6mvp:A, 6mvp:B, 6mvq:A, 6mvq:B, 3mww:B, 4mz4:A, 4mz4:B, 1nb6:A, 1nb6:B, 1nb7:A, 1nb7:B, 1nhu:A, 1nhu:B, 1nhv:A, 1nhv:B, 4nld:A, 2o5d:A, 2o5d:B, 4oow:A, 1os5:A, 3phe:A, 3phe:B, 3phe:C, 3phe:D, 5pzk:A, 5pzk:B, 5pzl:A, 5pzl:B, 5pzm:A, 5pzm:B, 5pzn:A, 5pzn:B, 5pzo:A, 5pzo:B, 5pzp:A, 5pzp:B, 3q0z:A, 3q0z:B, 2qe2:A, 2qe2:B, 2qe5:A, 3qgd:A, 3qgd:B, 3qge:A, 3qge:B, 3qgf:A, 3qgf:B, 3qgg:A, 3qgg:B, 4ry5:A, 4ry5:B, 3ska:A, 3ska:B, 3ske:A, 3ske:B, 3skh:A, 3skh:B, 4tlr:A, 4tn2:A, 5trh:A, 5trh:B, 5tri:A, 5tri:B, 5trj:A, 5trj:B, 5trk:A, 5trk:B, 5twn:A, 5twn:B, 4txs:C, 3tyq:A, 3tyq:B, 3tyv:A, 3tyv:B, 4ty8:A, 4ty8:B, 4ty9:A, 4tya:A, 4tya:B, 4tya:C, 4tya:D, 4tyb:A, 4tyb:B, 4tyb:C, 4tyb:D, 3u4o:A, 3u4o:B, 3u4r:A, 3u4r:B, 3udl:A, 3udl:B, 3udl:C, 3udl:D, 3uph:A, 3uph:B, 3upi:A, 3upi:B, 3vqs:A, 3vqs:B, 3vqs:C, 3vqs:D, 5w2e:A, 5w2e:B, 6w4g:A, 6w4g:B, 2wcx:A, 2who:A, 2who:B, 2wrm:A, 2xhv:A, 2xwy:A, 2yoj:A, 2yoj:B, 1yvf:A, 1z4u:A
5 1s49:A 588 374 0.1441 0.1361 0.2139 6.34e-10
6 8gzr:A 880 108 0.0541 0.0341 0.2778 0.27 8bcr:A, 8bcr:B, 4c11:B, 5ccv:E, 4ctj:A, 4ctj:C, 4ctk:A, 4ctk:C, 5cuq:A, 5cuq:B, 5e9q:A, 5e9q:C, 5ec8:A, 5ec8:C, 5ehg:A, 5ehg:C, 5ehi:A, 5ehi:C, 5eif:A, 5eif:C, 5eiw:A, 5eiw:C, 5ekx:A, 5ekx:B, 3p8z:A, 3p8z:C, 3p97:A, 3p97:C, 4r8s:A, 4r8s:B, 3vws:A, 2xbm:B, 2xbm:A, 2xbm:C, 2xbm:D, 6xd1:A
7 1cf3:A 581 103 0.0595 0.0568 0.3204 0.28 1gal:A, 8jpz:A, 8jpz:B, 5nit:A, 5niw:A, 3qvp:A, 3qvr:A
8 1bzw:A 232 58 0.0342 0.0819 0.3276 0.28 1bzw:B, 1bzw:C, 1bzw:D, 1ciw:A, 1ciw:B, 1ciw:C, 1ciw:D, 1cq9:A, 1cq9:B, 1cq9:C, 1cq9:D, 1cr7:A, 1cr7:B, 1cr7:E, 1cr7:C, 1cr7:D, 1cr7:F, 1cr7:G, 1cr7:H, 2dv9:A, 2dv9:B, 2dv9:C, 2dv9:D, 2dva:A, 2dva:B, 2dva:C, 2dva:D, 2dvb:A, 2dvb:B, 2dvb:C, 2dvb:D, 2dvd:A, 2dvd:B, 2dvd:C, 2dvd:D, 2dvf:A, 2dvf:B, 2dvf:C, 2dvf:D, 2dvg:D, 2dvg:A, 2dvg:B, 2dvg:C, 2pel:A, 2pel:B, 2pel:C, 2pel:D, 1qf3:A, 1qf3:B, 1qf3:C, 1qf3:D, 1rir:A, 1rir:B, 1rir:C, 1rir:D, 1rit:C, 1rit:D, 1rit:A, 1rit:B, 2tep:A, 2tep:B, 2tep:C, 2tep:D, 1v6i:A, 1v6i:B, 1v6i:C, 1v6i:D, 1v6j:A, 1v6j:B, 1v6j:C, 1v6j:D, 1v6k:A, 1v6k:B, 1v6k:C, 1v6k:D, 1v6l:A, 1v6l:B, 1v6l:C, 1v6l:D, 1v6m:A, 1v6m:B, 1v6m:C, 1v6m:D, 1v6m:E, 1v6m:F, 1v6m:G, 1v6m:H, 1v6n:A, 1v6n:B, 1v6n:C, 1v6n:D, 1v6n:E, 1v6n:F, 1v6n:G, 1v6n:H, 1v6o:A, 1v6o:B, 1v6o:C, 1v6o:D, 1v6o:E, 1v6o:F, 1v6o:G, 1v6o:H, 6v95:A, 6v95:B, 6v95:C, 6v95:D, 6vav:A, 6vav:B, 6vav:C, 6vav:D, 6vaw:A, 6vaw:B, 6vaw:C, 6vaw:D, 6vc3:A, 6vc3:B, 6vc3:C, 6vc3:D, 6vc4:A, 6vc4:B, 6vc4:C, 6vc4:D, 6vgf:A, 6vgf:B, 6vgf:C, 6vgf:D
9 8gzp:A 854 102 0.0505 0.0328 0.2745 1.9 4c11:A, 5ccv:B, 5ccv:C, 5ccv:D, 5ccv:F, 5ccv:G, 5dto:A, 5f3t:A, 5f3z:A, 5f41:A, 8gzq:A, 4hhj:A, 5hmw:A, 5hmx:A, 5hmy:A, 5hmz:A, 5hn0:A, 5i3p:A, 5i3q:A, 5iq6:A, 6j00:A, 2j7u:A, 2j7w:A, 5jjr:A, 5jjs:A, 4v0q:A, 4v0r:A, 6xd0:A
10 4nwo:A 171 88 0.0468 0.1520 0.2955 2.6
11 5ccv:A 849 99 0.0486 0.0318 0.2727 2.6 6h80:A, 6h9r:A, 6izz:A
12 5djs:A 520 78 0.0360 0.0385 0.2564 4.6 5djs:B, 5djs:C, 5djs:D
13 5liv:A 397 70 0.0342 0.0479 0.2714 7.1 6f85:A, 6f85:B, 6f88:A, 6f88:B, 6f8a:A, 6f8a:B, 6f8c:A, 6f8c:B, 5liv:B, 5liv:C, 5liv:D
14 8b9d:4 677 32 0.0270 0.0222 0.4688 7.1 7pfo:4, 7plo:4
15 8t56:A 617 53 0.0324 0.0292 0.3396 7.1 8t56:B
16 7w1y:4 653 32 0.0270 0.0230 0.4688 7.4 7w1y:C, 6xtx:4, 6xty:4

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218