Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SSHHHHHHMSGENLYFQGASAAIVTDTGGVDDKSFNQSAWEGLQAWGKEHNLSKDNGFTYFQSTSEADYANNLQQAAGSY
NLIFGVGFALNNAVKDAAKEHTDLNYVLIDDVIKDQKNVASVTFADNESGYLAGVAAAKTTKTKQVGFVGGIESEVISRF
EAGFKAGVASVDPSIKVQVDYAGSFGDAAKGKTIAAAQYAAGADIVYQVAGGTGAGVFAEAKSLNESRPENEKVWVIGVD
RDQEAEGKYTSKDGKESNFVLVSTLKQVGTTVKDISNKAERGEFPGGQVIVYSLKDKGVDLAVTNLSEEGKKAVEDAKAK
ILDGSVKVPEK

The query sequence (length=331) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6y9u:A 332 331 1.0000 0.9970 1.0000 0.0 6y9u:B, 6y9u:C, 6y9u:D, 6ya3:C, 6ya3:A, 6ya3:B, 6ya3:D, 6ya4:C, 6ya4:A, 6ya4:B, 6ya4:D, 6yab:CCC, 6yab:AAA, 6yab:BBB, 6yab:DDD, 6yag:C, 6yag:A, 6yag:B, 6yag:D
2 2fqw:A 316 315 0.3716 0.3892 0.3905 2.05e-63 2fqx:A, 2fqy:A
3 7x0r:B 313 311 0.3505 0.3706 0.3730 8.42e-54 7x0r:A
4 6shu:A 316 326 0.3112 0.3259 0.3160 1.25e-40
5 4pev:A 370 355 0.2810 0.2514 0.2620 4.99e-18 4pev:B, 4pev:C
6 6pii:A 336 162 0.1571 0.1548 0.3210 3.35e-11 6pi5:A, 6pi5:B, 6pi5:C, 6pi5:D, 6pi6:A, 6pi6:B, 6pi6:C, 6pi6:D, 6pii:B, 6pii:C, 6pii:D
7 4iil:A 314 154 0.1178 0.1242 0.2532 3.92e-11
8 3s99:A 330 280 0.2054 0.2061 0.2429 3.01e-07
9 8rhf:B 327 14 0.0393 0.0398 0.9286 0.026 8rhe:A, 8rhe:B, 8rhf:A, 8rhi:A, 8rhi:B
10 5k1s:A 358 26 0.0453 0.0419 0.5769 0.094 5k1s:C, 5k1s:B, 5k1s:D
11 3gyd:B 180 28 0.0483 0.0889 0.5714 0.14 3gyd:A
12 1oao:C 729 72 0.0665 0.0302 0.3056 0.16 3git:A, 3git:B, 3git:C, 3git:D, 3git:E, 3git:F, 3i01:M, 3i01:N, 3i01:O, 3i01:P, 3i04:M, 3i04:N, 3i04:O, 3i04:P, 1mjg:M, 1mjg:N, 1mjg:O, 1mjg:P, 1oao:D, 6x5k:M, 6x5k:N, 6x5k:O, 6x5k:P, 2z8y:M, 2z8y:N, 2z8y:O, 2z8y:P
13 2ig6:A 143 20 0.0393 0.0909 0.6500 0.18 2ig6:B
14 7qbu:A 418 66 0.0634 0.0502 0.3182 0.27 7qbs:A, 7qbt:A, 7qbt:B, 7qbt:C, 7qbt:D, 7qbu:B, 7qbv:A, 7qbv:B, 7qbv:C, 7qbv:D
15 7xij:A 131 17 0.0393 0.0992 0.7647 0.31
16 3ddd:A 281 16 0.0363 0.0427 0.7500 0.63
17 8joj:A 523 15 0.0332 0.0210 0.7333 0.70 4c3x:A, 4c3x:B, 4c3x:C, 4c3x:D, 4c3x:E, 4c3x:F, 4c3x:G, 4c3x:H, 4c3y:A, 4c3y:B, 4c3y:C, 4c3y:D, 4c3y:E, 4c3y:F, 4c3y:G, 4c3y:H, 8jbz:AAA, 8ju4:A, 8kcz:A
18 6vgl:A 305 45 0.0544 0.0590 0.4000 1.0 6aaj:A, 6aaj:B, 5aep:A, 4aqc:A, 4aqc:B, 2b7a:A, 2b7a:B, 4bbe:A, 4bbe:B, 4bbe:C, 4bbe:D, 4bbf:A, 4bbf:B, 4bbf:C, 4bbf:D, 6bbv:A, 8bm2:A, 8bm2:B, 8bpv:A, 8bpw:A, 8bpw:B, 8bx6:A, 8bx9:A, 8bx9:B, 8bxc:A, 8bxc:B, 8bxh:A, 4c61:A, 4c61:B, 4c62:A, 4c62:B, 5cf4:A, 5cf4:B, 5cf5:A, 5cf5:B, 5cf6:A, 5cf6:B, 5cf8:A, 5cf8:B, 4d0w:A, 4d0x:A, 4d1s:A, 6drw:A, 4e4m:A, 4e4m:B, 4e4m:D, 4e4m:E, 3e62:A, 3e63:A, 3e64:A, 4e6d:A, 4e6d:B, 4e6q:A, 4e6q:B, 4f08:A, 4f08:B, 4f09:A, 3fup:A, 3fup:B, 8g6z:A, 8g6z:B, 8g8o:A, 8g8o:B, 8g8x:A, 8g8x:B, 4gfm:A, 4gl9:A, 4gl9:B, 4gl9:C, 4gl9:D, 4gmy:A, 5hez:A, 5hez:C, 5hez:B, 5hez:D, 4hge:A, 4hge:B, 3io7:A, 3iok:A, 4iva:A, 4ji9:A, 4ji9:B, 4jia:A, 3jy9:A, 3kck:A, 3krr:A, 5l3a:A, 7ll4:A, 7ll5:A, 3lpb:A, 3lpb:B, 4p7e:A, 4p7e:B, 3q32:A, 3q32:B, 7q7i:A, 7q7k:A, 7q7l:A, 7q7w:A, 7ree:A, 7rn6:A, 3rvg:A, 7teu:A, 3tjc:A, 3tjc:B, 3tjd:A, 3tjd:B, 6tpd:A, 5tq3:A, 5tq3:B, 5tq4:A, 5tq5:A, 5tq6:A, 5tq6:B, 5tq7:A, 5tq7:B, 5tq8:A, 3ugc:A, 5usy:A, 5usy:B, 7uyw:A, 6vgl:D, 6vgl:B, 6vgl:C, 6vn8:B, 6vn8:A, 6vnb:B, 6vnb:A, 6vnc:B, 6vnc:A, 6vne:B, 6vne:A, 6vnf:B, 6vnf:A, 6vng:B, 6vng:A, 6vnh:B, 6vnh:A, 6vni:B, 6vni:A, 6vnj:B, 6vnj:A, 6vnk:D, 6vnk:B, 6vnk:C, 6vnk:A, 6vnl:D, 6vnl:B, 6vnl:C, 6vnl:A, 6vnm:B, 6vnm:A, 6vs3:A, 6vs3:B, 6vsn:D, 6vsn:B, 6vsn:C, 6vsn:A, 2w1i:A, 5wev:A, 6wtn:A, 6wto:A, 6wtp:A, 6wtq:A, 6x8e:A, 6x8e:B, 2xa4:A, 2xa4:B, 4ytc:A, 4ytf:A, 4yth:A, 4yti:A, 4zim:A, 4zim:B, 3zmm:A, 3zmm:B
19 6aon:A 473 159 0.1118 0.0782 0.2327 1.2 6aon:B
20 4yo8:B 242 16 0.0363 0.0496 0.7500 1.7 4bmx:B, 4bmz:A, 4bmz:B, 5ccd:A, 5cce:A, 6dyu:A, 6dyu:B, 6dyv:A, 6dyv:B, 6dyw:A, 6dyw:B, 6dyy:A, 6dyy:B, 6dyy:C, 6dyy:D, 4ffs:A, 5jpc:A, 5k1z:A, 5kb3:A, 3nm5:A, 3nm5:B, 3nm6:B, 4ojt:A, 4oy3:A, 4p54:A, 4wkn:A, 4wko:A, 4wkp:A, 4wkp:B, 4wkp:C, 4wkp:D, 4ynb:A, 4yo8:A
21 5dw8:A 260 167 0.1178 0.1500 0.2335 1.8 5dw8:B, 5j16:A, 5j16:B, 5j16:C, 5j16:D
22 4b9d:B 295 52 0.0544 0.0610 0.3462 2.1 4b9d:A
23 5y5w:B 195 18 0.0332 0.0564 0.6111 2.3 7ea1:C, 6i8b:B, 6i8b:E, 6i8l:B, 6i8y:A, 6qpl:B
24 5d6j:A 630 73 0.0695 0.0365 0.3151 2.5 5ey8:A, 5ey8:B, 5ey8:C, 5ey8:D, 5ey8:E, 5ey8:F, 5ey8:G, 5ey8:H, 5icr:A, 5icr:B, 5icr:C, 5icr:D
25 7ki9:A 166 30 0.0272 0.0542 0.3000 4.8 8f80:A, 8f81:A, 8f82:A, 8f83:A, 8f84:A, 8f85:A, 7k68:A, 7k69:A, 7k6a:A, 7ki8:A, 7km7:A, 7km8:A, 7km8:B, 7km9:A, 8ta0:A, 8ta1:A, 8tbr:A, 6uwq:A, 6uww:A
26 3k6j:A 430 13 0.0302 0.0233 0.7692 4.8
27 7uor:A 379 15 0.0332 0.0290 0.7333 6.6 1f4t:A, 1f4t:B, 1f4u:A, 1f4u:B, 1io7:A, 1io7:B, 1io8:A, 1io8:B, 1io9:A, 1io9:B, 4tt5:A, 4tuv:A, 7uor:B, 7uor:C, 7uor:D, 7uor:E, 7uor:F, 4wpd:A, 4wpd:B, 4wqj:A
28 3rp6:A 392 19 0.0393 0.0332 0.6842 6.9 3rp7:A, 3rp8:A
29 4bo4:C 255 17 0.0332 0.0431 0.6471 7.5 4ag3:A, 4ag3:B, 4ag3:C, 4bnt:B, 4bnt:C, 4bnt:D, 4bnu:A, 4bnu:B, 4bnu:C, 4bnu:D, 4bnv:A, 4bnv:B, 4bnv:C, 4bnv:D, 4bnx:A, 4bnx:B, 4bnx:C, 4bnx:D, 4bny:A, 4bny:B, 4bny:C, 4bny:D, 4bnz:A, 4bnz:B, 4bnz:C, 4bnz:D, 4bo0:A, 4bo0:B, 4bo0:C, 4bo0:D, 4bo1:A, 4bo1:B, 4bo1:C, 4bo1:D, 4bo2:A, 4bo2:B, 4bo2:C, 4bo2:D, 4bo3:A, 4bo3:B, 4bo3:C, 4bo3:D, 4bo4:A, 4bo4:B, 4bo4:D, 4bo5:A, 4bo5:B, 4bo5:C, 4bo5:D, 4bo6:A, 4bo6:B, 4bo6:C, 4bo6:D, 4bo7:A, 4bo7:B, 4bo7:C, 4bo7:D, 4bo8:A, 4bo8:B, 4bo8:C, 4bo8:D, 4bo9:A, 4bo9:B, 4bo9:C, 4bo9:D
30 6top:A 154 18 0.0363 0.0779 0.6667 8.3 6top:B, 6top:C, 6top:D
31 7uof:A 423 77 0.0695 0.0544 0.2987 8.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218