Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SSGLVPRGSHMEFVNKQFNYKDPVNGVDIAYIKIPMQPVKAFKIHNKIWVIPERDTFTNPEEGDLNPPVSYYDSTYLSTD
NEKDNYLKGVTKLFERIYSTDLGRMLLTSIVRGIPFWGGSTIDTELKVIDTNCINVIQPDGSYRSEELNLVIIGPSADII
QFECKSFGHEVLNLTRNGYGSTQYIRFSPDFTFGFEESLGAGKFATDPAVTLAHELIHAGHRLYGIAINPNRVFKEVSFE
ELRTFGGHDAKFIDSLQENEFRLYYYNKFKDIASTLNKAKSIVGTTASLQYMKNVFKEKYLLSEDTSGKFSVDKLKFDKL
YKMLTEIYTEDNFVKFFKVLNRKTYLNFDKAVFKINIVPKVNYTIYDGFNLRNTNLAANFNGQNTEINNMNFTKLK

The query sequence (length=396) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2imc:B 405 407 0.9899 0.9679 0.9631 0.0 3dse:A, 4hev:A, 4hev:B, 2ima:A, 2ima:B, 2imb:A, 2imb:B, 2imc:A, 7ky2:A, 7ky2:B, 7kyh:A, 7kyh:B, 7kyh:C, 7kyh:D, 7n18:A, 7n18:B, 3nf3:A, 3qix:A, 3qix:B, 3qiy:A, 3qiz:A, 3qj0:A, 5v8p:A, 5v8p:B, 5v8r:A, 5v8r:B, 5v8u:A, 5v8u:B
2 3v0a:A 1280 417 0.9646 0.2984 0.9161 0.0 8agk:AAA, 3bon:A, 3boo:A, 3bta:A, 3bwi:A, 3c88:A, 3c89:A, 3c8a:A, 3c8b:A, 3dda:A, 3ddb:A, 3ds9:A, 1e1h:A, 1e1h:C, 4ej5:A, 4el4:A, 4elc:A, 2g7n:A, 2g7p:A, 2g7p:B, 2g7q:A, 2g7q:B, 8hkh:A, 8hkh:B, 2ilp:A, 2ilp:B, 2ise:A, 2ise:B, 2isg:A, 2isg:B, 2ish:A, 2ish:B, 3k3q:B, 4ks6:A, 4ktx:A, 4kuf:A, 7kyf:C, 7l6v:A, 7lzp:A, 7lzp:D, 7m1h:A, 2nyy:A, 2nz9:A, 2nz9:B, 7qpt:A, 7qpu:A, 3qw5:A, 3qw6:A, 3qw7:A, 3qw8:A, 5tpb:B, 5tpc:A, 3v0b:A, 3v0c:A, 5vgv:A, 2vu9:A, 2w2d:A, 2w2d:C, 6xcb:A, 6xcc:A, 6xcd:A, 6xce:A, 6xcf:A, 1xtf:A, 1xtf:B, 1xtg:A, 4zjx:A, 3zus:A, 3zus:B, 3zus:C, 3zus:D
3 7dvl:B 407 409 0.7677 0.7469 0.7433 0.0 7dvl:A
4 5bqm:C 443 413 0.3561 0.3183 0.3414 2.06e-63 5bqm:A, 2fpq:A
5 1zb7:A 414 407 0.3838 0.3671 0.3735 2.11e-59
6 1yvg:A 397 397 0.3384 0.3375 0.3375 1.05e-56 4j1l:A
7 1zkx:B 387 379 0.3409 0.3488 0.3562 5.66e-55 1zl6:B, 1zn3:B
8 3fie:A 407 407 0.3561 0.3464 0.3464 5.97e-54 2a8a:A, 2a97:A, 2a97:B, 3fie:B, 3fii:A
9 6bvd:A 429 417 0.3510 0.3240 0.3333 1.52e-52 6bvd:B
10 7k84:A 793 397 0.3535 0.1765 0.3526 3.09e-52
11 2np0:A 1289 419 0.3535 0.1086 0.3341 4.62e-52 1epw:A, 2etf:A, 2etf:B, 1f31:A, 1f82:A, 6g5f:B, 6g5g:B, 6g5k:A, 6g5k:B, 1g9a:A, 1g9b:A, 1g9c:A, 1g9d:A, 1i1e:A, 4kbb:A, 4kbb:B, 7na9:A, 2nm1:A, 6qns:A, 1s0b:A, 1s0c:A, 1s0d:A, 1s0e:A, 1s0f:A, 7t5f:A, 7t5f:D, 2xhl:A, 3zuq:A, 6zvm:AAA
12 3ffz:A 1246 397 0.3535 0.1124 0.3526 1.67e-51 3d3x:A, 3d3x:B, 3ffz:B, 7ovw:AAA, 7ovw:BBB, 1t3a:A, 1t3a:B, 1t3c:A, 1t3c:B, 7uib:D, 7uib:A, 1zkw:A, 1zkw:B, 1zkx:A, 4zkt:A, 4zkt:C, 4zkt:E, 1zl6:A, 1zn3:A
13 5n0c:A 1293 420 0.3333 0.1021 0.3143 3.14e-50 1dfq:A, 1diw:A, 1dll:A, 1fv2:A, 1fv3:A, 1fv3:B, 3hmy:A, 3hn1:A, 5n0b:A, 5n0c:B, 1yxw:A, 1yyn:A, 1z7h:A
14 2qn0:A 429 416 0.3434 0.3170 0.3269 7.47e-50
15 7kz7:A 424 416 0.3207 0.2995 0.3053 1.33e-40 6f47:A, 6g8u:A, 6g8v:A
16 8ow8:A 401 408 0.3056 0.3017 0.2966 1.55e-35
17 6rim:F 458 377 0.2298 0.1987 0.2414 9.47e-11 6rim:A, 6rim:B, 6rim:C, 6rim:D, 6rim:E, 6rim:G, 6rim:H
18 3tmb:B 318 35 0.0429 0.0535 0.4857 0.26 3tm8:A, 3tm8:B, 3tmb:A, 3tmc:A, 3tmc:B, 3tmd:A
19 8kbc:B 132 15 0.0328 0.0985 0.8667 0.31 8kbc:G, 8kbc:J, 8kbc:A, 8kbc:H, 8kbc:I, 8kbc:L, 8kbc:C, 8kbc:E, 8kbc:K, 8kbc:D, 8kbc:F, 8kbd:A, 8kbd:H, 8kbd:I, 8kbd:B, 8kbd:G, 8kbd:J, 8kbd:L, 8kbd:C, 8kbd:E, 8kbd:K, 8kbd:D, 8kbd:F
20 5ejw:A 80 13 0.0303 0.1500 0.9231 0.38 5epj:A, 2kvm:A, 2l12:A, 2l1b:A, 4mn3:A, 8sii:A, 8sii:B, 6v2r:A, 4x3k:A, 4x3k:B, 4x3s:B, 4x3s:A, 4x3t:A, 4x3t:B, 4x3t:C, 4x3t:D, 4x3t:E, 4x3t:F, 4x3u:A, 4x3u:B
21 2eg5:E 346 84 0.0707 0.0809 0.3333 0.49 2eg5:A, 2eg5:C, 2eg5:G
22 8aq2:A 520 16 0.0278 0.0212 0.6875 0.88
23 4k2r:A 551 118 0.0732 0.0526 0.2458 1.0 2oq1:A, 2ozo:A, 1u59:A, 4xz0:A, 4xz1:A
24 7k5b:B 4524 137 0.0682 0.0060 0.1971 1.1 8bx8:B, 7k58:B, 7kek:B
25 7ag4:D 425 15 0.0303 0.0282 0.8000 1.3 7ag4:A, 7ag4:B, 7ag4:F, 7ag4:C, 7ag4:E, 2zbl:A, 2zbl:B, 2zbl:C, 2zbl:D, 2zbl:E, 2zbl:F
26 6ihr:A 257 12 0.0303 0.0467 1.0000 1.5 5f1m:A, 6ihl:A, 6ihs:A, 6iht:A, 6ihw:A
27 5cio:A 770 36 0.0404 0.0208 0.4444 2.0 5cio:B
28 5f8f:B 361 12 0.0303 0.0332 1.0000 2.3 5f8e:A, 5f8e:B, 5f8f:A, 5f8f:C
29 2f17:A 255 12 0.0303 0.0471 1.0000 2.5 2f17:B, 1ig3:A, 1ig3:B
30 4izt:A 263 30 0.0354 0.0532 0.4667 2.5 4izs:A, 4izu:A, 4izv:A, 4izw:A, 5ny7:A, 5nyb:A, 5nyc:A, 5nye:A
31 1r1z:A 247 23 0.0354 0.0567 0.6087 2.5 1r1z:B, 1r1z:C, 1r1z:D
32 2pyu:A 208 14 0.0303 0.0577 0.8571 3.2 2q16:A, 2q16:B
33 3hlf:A 425 33 0.0379 0.0353 0.4545 3.2 3hld:A, 3hle:A, 3hlg:A
34 3a15:B 362 12 0.0303 0.0331 1.0000 3.2 3a15:A, 3a15:C, 3a15:D, 3a16:A, 3a16:B, 3a16:C, 3a16:D, 3a17:A, 3a17:B, 3a17:C, 3a17:D, 3a17:E, 3a17:F, 3a17:G, 3a17:H, 3a18:A, 3a18:B, 3a18:C, 3a18:D
35 4irx:A 296 12 0.0278 0.0372 0.9167 3.3 4irx:B
36 4m0x:A 369 42 0.0328 0.0352 0.3095 3.6 4m0x:B
37 3im9:A 313 14 0.0278 0.0351 0.7857 3.9
38 5nbw:H 216 79 0.0505 0.0926 0.2532 4.1 5nbw:B
39 4nex:A 157 22 0.0354 0.0892 0.6364 4.5 4nex:B, 4nf1:A, 4nf1:B, 4nf1:C, 4nf1:D, 4nf1:E, 4nf1:F, 4nf1:G, 4nf1:H
40 4d8f:B 334 12 0.0278 0.0329 0.9167 4.8 2ani:A, 4d8f:A, 4d8f:C, 4d8f:D, 4d8g:A, 4d8g:B, 4d8g:C, 4d8g:D, 4m1i:A, 4m1i:B, 4m1i:C, 4m1i:D, 1syy:A
41 4qqq:A 483 19 0.0354 0.0290 0.7368 5.2
42 7l00:C 315 28 0.0328 0.0413 0.4643 5.5 7l00:A, 7l00:B, 7l00:D
43 5ejl:A 235 11 0.0278 0.0468 1.0000 5.7 5kgo:D, 5kgo:A
44 5bxp:A 636 13 0.0278 0.0173 0.8462 5.8 5bxp:B, 5bxr:A, 5bxr:B, 5bxs:A, 5bxs:B, 5bxt:A, 5bxt:B, 4h04:A, 4h04:B, 4jaw:A, 4jaw:B
45 5gv2:C 307 12 0.0278 0.0358 0.9167 5.8 5gs9:B, 5gs9:C, 5gs9:D, 5gt7:B, 5gv2:A, 5i2c:B, 5i2c:C, 5i2c:D
46 7rm7:A 222 11 0.0278 0.0495 1.0000 6.3 7rzk:A, 7snb:A, 7uq1:A
47 3wnb:A 361 14 0.0303 0.0332 0.8571 6.6 3wnc:A
48 3esw:A 333 11 0.0278 0.0330 1.0000 6.9 1x3w:A, 1x3z:A
49 3aek:A 415 82 0.0505 0.0482 0.2439 6.9 3aek:C, 3aeq:A, 3aeq:C, 3aer:A, 3aer:C, 3aes:A, 3aes:C, 3aet:A, 3aet:C, 3aeu:A, 3aeu:C
50 8jw0:F 176 29 0.0278 0.0625 0.3793 7.3 8jze:F, 8jzf:F
51 7y5f:B 341 23 0.0303 0.0352 0.5217 7.3 7vgn:A, 7y5f:A, 7y5i:A, 7y5i:B, 7y5p:A, 7y5p:B, 7yhe:A, 7yhe:B, 7yw9:A
52 8c6v:D 167 60 0.0505 0.1198 0.3333 7.3
53 7dwa:B 327 11 0.0278 0.0336 1.0000 7.6 7dvj:B, 7dvj:A, 7dw8:A, 7dw8:B, 7dwa:A
54 3r4c:A 268 11 0.0278 0.0410 1.0000 7.8
55 3wnk:A 712 79 0.0530 0.0295 0.2658 8.1 3wnl:A, 3wnm:A, 3wnn:A, 3wnn:B, 3wno:A, 3wno:B, 3wnp:A, 3wnp:B
56 5zcm:A 329 24 0.0303 0.0365 0.5000 8.7
57 3wxb:A 269 11 0.0278 0.0409 1.0000 9.1 3wxb:B
58 4hac:A 312 11 0.0278 0.0353 1.0000 9.2 4hac:B, 6mde:A, 6mdf:A, 6mdf:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218