Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SSFERKKLPTDFDPSLYDISFQQIDAEQSVLNGIKDENTSTVVRFFGVTSEGHSVLCNVTGFKNYLYVPAPNSSDANDQE
QINKFVHYLNETFDHAIDSIEVVSKQSIWGYSGDTKLPFWKIYVTYPHMVNKLRTAFERGHLSFNSWFSNGTTTYDNIAY
TLRLMVDCGIVGMSWITLPKGKYSMIEPNNRVSSCQLEVSINYRNLIAHPAEGDWSHTAPLRIMSFDIECAGRIGVFPEP
EYDPVIQIANVVSIAGAKKPFIRNVFTLNTCSPITGSMIFSHATEEEMLSNWRNFIIKVDPDVIIGYNTTNFDIPYLLNR
AKALKVNDFPYFGRLKTVKQEIKESVFSSKAYGTRETKNVNIDGRLQLDLLQFIQREYKLRSYTLNAVSAHFLGEQSIIS
DLQNGDSETRRRLAVYCLKDAYLPLRLMEKLMALVNYTEMARVTGVPFSYLLARGQQIKVVSQLFRKCLEIDTVIPNMQS
QASDDQYEGATVIEPIRGYYDVPIATLDFNSLYPSIMMAHNLCYTTLCNKATVERLNLKIDEDYVITPNGDYFVTTKRRR
GILPIILDELISARKRAKKDLRDEKDPFKRDVLNGRQLALKISANSVYGFTGATVGKLPCLAISSSVTAYGRTMILKTKT
AVQEKYCIKNGYKHDAVVVYGDTDSVMVKFGTTDLKEAMDLGTEAAKYVSTLFKHPINLEFEKAYFPYLLINKKRYAGLF
WTNPDKFDKLDQKGLASVRRDSCSLVSIVMNKVLKKILIERNVDGALAFVRETINDILHNRVDISKLIISKTLAPNYTNP
QPHAVLAERMKRREGVGPNVGDRVDYVIIGGNDKLYNRAEDPLFVLENNIQVDSRYYLTNQLQNPIISIVAPIIGDKQAN
GMFVV

The query sequence (length=885) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7kc0:A 1004 891 0.9977 0.8795 0.9910 0.0 3iay:A, 6p1h:A
2 6s1m:A 1010 892 0.5186 0.4545 0.5146 0.0 6s1n:A, 6s1o:A, 6tny:A, 6tnz:A
3 8v1t:A 1064 930 0.2689 0.2237 0.2559 6.95e-75
4 8v1q:A 1097 954 0.2712 0.2188 0.2516 1.67e-71 8exx:A, 7luf:A, 7luf:B, 8oj6:A, 8oj7:A, 8ojb:A, 8ojd:A, 8v1r:A, 8v1s:A, 8vq2:A, 8vq2:B
5 9enp:A 1072 943 0.2667 0.2201 0.2503 5.87e-68 9enq:A, 8oja:A
6 8tlq:A 1283 628 0.1910 0.1317 0.2691 1.71e-60 8tlt:A, 6v93:A
7 8tlq:A 1283 151 0.0407 0.0281 0.2384 0.011 8tlt:A, 6v93:A
8 6wya:A 756 854 0.2475 0.2897 0.2564 3.66e-58 6wyb:A
9 5mdn:A 761 881 0.2746 0.3193 0.2758 6.79e-58 5mdn:B
10 4ail:C 750 605 0.1944 0.2293 0.2843 5.30e-57 2jgu:A
11 7s0t:A 1231 618 0.1876 0.1348 0.2686 8.19e-56
12 7s0t:A 1231 149 0.0407 0.0292 0.2416 0.010
13 4k8x:A 759 842 0.2350 0.2740 0.2470 6.95e-54 6is7:A, 6is7:B, 6isf:A, 6isf:B, 6isg:A, 6ish:A, 6isi:A, 4k8z:A, 5omf:A, 5omq:A, 5omv:A, 7om3:A, 7omb:A, 7omg:A, 6q4t:A, 7rsr:A, 7rss:A, 7rsu:A, 8t3x:A, 7tqw:A, 5vu6:A, 5vu7:A, 5vu9:A
14 7b0h:F 762 601 0.1932 0.2244 0.2845 1.46e-53 7b07:A, 7b08:A, 7b0f:A, 7b0g:A, 7b0h:E, 1qqc:A, 5vu8:A, 2vwj:A, 2xhb:A
15 7lxd:A 1190 623 0.1898 0.1412 0.2697 3.33e-53 6v8p:A
16 7lxd:A 1190 151 0.0407 0.0303 0.2384 0.010 6v8p:A
17 4flu:A 758 843 0.2463 0.2876 0.2586 4.05e-52 4flt:A, 4flv:A, 4flw:A, 4flx:A, 4fly:A, 4flz:A, 4fm0:A, 4fm1:A, 4fm2:A
18 7opl:A 1070 617 0.1955 0.1617 0.2804 3.47e-48 6as7:A, 9c8v:C, 8d96:C, 8d9d:C, 5exr:C, 5exr:G, 5iud:A, 5iud:D, 5iud:G, 5iud:J, 7n2m:A, 4q5v:A, 4q5v:E, 4qcl:A, 8qj7:A, 7u5c:C, 8vy3:C, 4y97:B, 4y97:D, 4y97:F, 4y97:H
19 8v6g:A 1050 618 0.1910 0.1610 0.2735 1.90e-46 8v6h:A, 8v6i:A, 8v6j:A
20 1d5a:A 733 761 0.2226 0.2688 0.2589 2.43e-45
21 8g99:A 1063 618 0.1853 0.1543 0.2654 3.03e-43 8g9f:A, 8g9l:A, 8g9n:A, 8g9o:A, 8ucu:A, 8ucv:A, 8ucw:A, 8v5m:A, 8v5n:A, 8v5o:A
22 8d0b:F 915 418 0.1299 0.1257 0.2751 3.87e-35 8d0k:F
23 3k57:A 782 700 0.1977 0.2238 0.2500 3.60e-30 3k58:A, 3k59:A, 3k5l:A, 3k5m:A, 3maq:A
24 3k5n:A 759 680 0.1887 0.2200 0.2456 1.26e-29
25 8fok:1 1046 405 0.1345 0.1138 0.2938 1.38e-29 3flo:B, 3flo:D, 3flo:F, 3flo:H, 4fxd:A, 4fxd:B, 4fyd:A, 4fyd:B
26 8fok:1 1046 50 0.0203 0.0172 0.3600 2.5 3flo:B, 3flo:D, 3flo:F, 3flo:H, 4fxd:A, 4fxd:B, 4fyd:A, 4fyd:B
27 7uy7:E 783 415 0.1220 0.1379 0.2602 6.06e-23
28 1s5j:A 727 784 0.2181 0.2655 0.2462 1.46e-21
29 8wpe:A 1006 383 0.1017 0.0895 0.2350 6.97e-16 8hg1:A, 8hpa:A, 8j86:A, 8j8f:A, 8j8g:A, 8k8s:A, 8k8u:A, 5n2g:A, 8wpf:A, 8wpk:A, 8wpp:A
30 2oyq:A 848 401 0.1130 0.1179 0.2494 3.74e-15 4i9q:A, 2oyq:B, 2p5g:B, 2p5o:B
31 4i9q:B 873 422 0.1141 0.1157 0.2393 5.53e-12 4khn:B, 2p5o:A, 2p5o:C
32 8ojc:A 395 261 0.0723 0.1620 0.2452 1.24e-11
33 3cfo:A 906 308 0.0881 0.0861 0.2532 4.29e-10 2atq:A, 3cfp:A, 3cfr:A, 1clq:A, 3cq8:A, 2dtu:A, 2dtu:B, 2dtu:C, 2dtu:D, 4dtj:A, 4dtm:A, 4dtn:A, 4dto:A, 4dtp:A, 4dtr:A, 4dts:A, 4dtu:A, 4dtx:A, 4du1:A, 4du3:A, 4du4:A, 2dy4:A, 2dy4:B, 2dy4:C, 2dy4:D, 4e3s:A, 7f4y:A, 7f4y:B, 4fj5:A, 4fj7:A, 4fj8:A, 4fj9:A, 4fjg:A, 4fjh:A, 4fji:A, 4fjj:A, 4fjk:A, 4fjl:A, 4fjm:A, 4fjn:A, 4fjx:A, 4fk0:A, 4fk2:A, 4fk4:A, 4i9l:A, 1ig9:A, 1ih7:A, 4j2a:A, 4j2b:A, 4j2d:A, 4j2e:A, 3kd1:E, 3kd5:E, 4khn:A, 4khq:A, 4khs:A, 4khu:A, 4khw:A, 4khy:A, 4ki4:A, 4ki6:A, 3l8b:A, 3l8b:B, 3lds:A, 3lzi:A, 3lzj:A, 4m3r:A, 4m3t:A, 4m3u:A, 4m3w:A, 4m3x:A, 4m3y:A, 4m3z:A, 4m41:A, 4m42:A, 4m45:A, 3nae:A, 3nci:A, 3ndk:A, 3ne6:A, 3ngi:A, 3nhg:A, 2oyq:C, 2oyq:D, 2ozm:A, 2ozs:A, 2p5g:A, 2p5g:C, 2p5g:D, 1q9x:A, 1q9x:B, 1q9x:C, 1q9x:D, 1q9y:A, 3qei:A, 3qep:A, 3qer:A, 3qes:A, 3qet:A, 3qev:A, 3qew:A, 3qex:A, 3qnn:A, 3qno:A, 3rma:A, 3rma:B, 3rma:C, 3rma:D, 3rmb:A, 3rmb:B, 3rmb:C, 3rmb:D, 3rmc:A, 3rmc:B, 3rmc:C, 3rmc:D, 3rmd:A, 3rmd:B, 3rmd:C, 3rmd:D, 3rwu:A, 3s9h:A, 3scx:A, 3si6:A, 3sjj:A, 3snn:A, 3spy:A, 3spz:A, 3sq0:A, 3sq1:A, 3sq2:A, 3sq4:A, 3sun:A, 3suo:A, 3sup:A, 3suq:A, 3tab:A, 3tab:B, 3tab:C, 3tab:D, 3tae:A, 3tae:C, 3tae:B, 3tae:D, 3taf:A, 3taf:B, 3taf:C, 3taf:D, 3tag:A, 3tag:C, 3tag:B, 3tag:D, 3uiq:A, 1waf:A, 1waf:B, 1waj:A
34 1noy:B 346 110 0.0339 0.0867 0.2727 0.002
35 9b8t:A 1146 343 0.0802 0.0620 0.2070 0.005 9b8s:A, 9f6d:A, 9f6e:A, 9f6f:A, 9f6i:A, 9f6j:A, 9f6k:A, 9f6l:A
36 6s24:A 537 92 0.0260 0.0428 0.2500 1.0 6s22:A
37 6s2e:A 1006 148 0.0429 0.0378 0.2568 1.4 6s2f:A
38 6g0a:A 1104 144 0.0395 0.0317 0.2431 1.4 8b67:A, 6fwk:B, 6i8a:B, 7r3y:B
39 4m8o:A 1126 70 0.0249 0.0195 0.3143 1.7 8b6k:A, 8b6k:B, 8b76:B, 8b76:A, 8b77:A, 8b79:B, 8b79:A, 8b7e:B, 8b7e:A, 6fwk:A, 6h1v:A, 6i8a:A, 5oki:B, 4ptf:A, 6qib:A, 7r3x:A, 7r3y:A, 8tw9:E, 8twa:E
40 5iic:A 472 88 0.0237 0.0445 0.2386 4.2 5iib:B, 5iic:B
41 6o43:A 199 25 0.0147 0.0653 0.5200 4.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218