Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SRRILLPKNVIVECMVATNASIWLGCGHTDRGQLSFLDLNTEGYTSEEVADSRILCLALVHLPVEKESWIVSGTQSGTLL
VINTEDGKKRHTLEKMTDSVTCLYCNSFSQKNFLLVGTADGKLAIFEDKTVKLKGAAPLKILNIGNVSTPLMCLSESNVM
WGGCGTKIFSFSNDFTIQKLIETRTSQLFSYAAFSDSNIITVVVDTALYIAKQNSPVVEVWDKKTEKLCGLIDCVHFLRE
KMSYSGRVKTLCLQKNTALWIGTGGGHILLLDLSTRRLIRVIYNFCNSVRVMMTAQLNVMLVLGYNRKEIQSCLTVWDI

The query sequence (length=319) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8fo9:A 1173 345 0.9875 0.2685 0.9130 0.0 8fo9:C
2 6vno:A 1084 325 0.9687 0.2851 0.9508 0.0 6vp6:A
3 8u8b:A 1712 338 0.9749 0.1817 0.9201 0.0 8u7l:B, 8u7l:A, 8u8a:B, 8u8a:C, 8u8b:B, 2zej:A
4 8fo9:F 2289 339 0.9749 0.1359 0.9174 0.0 9c61:A, 9c61:B, 8fo2:E, 8fo7:C, 8fo8:C, 8fo8:E, 8fo9:E, 7lht:A, 7lht:B, 7lhw:A, 7li3:A, 7li4:A, 6oje:A, 6oje:B, 6ojf:A, 6ojf:B, 7thy:A, 7thz:A, 6xaf:A, 6xaf:B, 2zej:B
5 8tyq:A 957 324 0.9655 0.3218 0.9506 0.0 8tze:A
6 8u7h:C 1111 334 0.9561 0.2745 0.9132 0.0
7 8smc:C 1084 334 0.9561 0.2814 0.9132 0.0
8 8tzb:A 920 319 0.9154 0.3174 0.9154 0.0
9 8tzf:A 1589 320 0.7712 0.1548 0.7688 5.96e-136
10 8tzc:A 872 320 0.7618 0.2787 0.7594 4.27e-134
11 8tzh:A 1485 320 0.7555 0.1623 0.7531 4.00e-133 3d6t:B
12 8tzg:A 906 317 0.6646 0.2340 0.6688 1.39e-111
13 8txz:A 858 170 0.4201 0.1562 0.7882 1.33e-75
14 8txz:A 858 44 0.1066 0.0396 0.7727 1.63e-10
15 6y7p:A 319 250 0.1661 0.1661 0.2120 0.011 6y7o:A, 6y7o:B
16 6rxt:UD 772 79 0.0658 0.0272 0.2658 0.025 6rxu:UD, 6rxv:UD, 6rxx:UD, 6rxy:UD, 6rxz:UD
17 2yba:B 382 53 0.0596 0.0497 0.3585 0.10 3c9c:A, 2xyi:A, 2yb8:B
18 6y7o:C 313 250 0.1599 0.1629 0.2040 0.13
19 2ovq:B 444 173 0.1191 0.0856 0.2197 0.13 2ovr:B, 7t1y:B, 7t1z:B, 5v4b:B
20 2ovq:B 444 68 0.0658 0.0473 0.3088 1.2 2ovr:B, 7t1y:B, 7t1z:B, 5v4b:B
21 5tze:C 349 68 0.0596 0.0544 0.2794 0.14 5tze:E, 5tzj:C, 5tzj:A, 5tzk:C
22 5hmc:A 125 76 0.0690 0.1760 0.2895 0.19
23 7mq8:NW 311 64 0.0564 0.0579 0.2812 0.44 7mq9:NW
24 5oql:D 292 79 0.0658 0.0719 0.2658 0.53
25 5f7q:E 396 89 0.0721 0.0581 0.2584 0.93 5f7p:E, 5f7p:A, 5f7q:C, 5f7q:J, 5f7q:L, 5f7r:E, 5f7r:A
26 8q1n:A 320 63 0.0627 0.0625 0.3175 1.6 4a7j:A, 7axp:A, 7axq:A, 7axs:A, 7axx:A, 8bb2:B, 8bb3:B, 8bb4:Q, 8bb5:D, 7bcy:A, 7bcy:B, 7bed:A, 7cfp:A, 7cfq:A, 2cnx:A, 2co0:A, 2co0:C, 4cy1:B, 4cy1:A, 4cy2:A, 4cy3:A, 4cy5:A, 6d9x:A, 6dai:A, 6dak:A, 6dar:A, 6das:A, 6das:B, 7dno:A, 7dno:B, 6dy7:A, 6dya:A, 6e1y:A, 6e1y:B, 6e1z:A, 6e1z:B, 6e22:A, 6e22:B, 6e23:A, 6e23:B, 8e9f:A, 5eal:A, 5eal:B, 5eam:A, 5eam:B, 5eap:A, 5ear:A, 5ear:B, 3eg6:A, 3emh:A, 4erq:A, 4erq:B, 4erq:C, 4ery:A, 4erz:C, 4erz:A, 4erz:B, 4es0:A, 4esg:B, 4esg:A, 4ewr:A, 8f1g:A, 8f1g:B, 8f93:A, 8f93:B, 8g3c:A, 8g3e:A, 8g3e:B, 2g99:B, 2g99:A, 2g9a:A, 4gm3:A, 4gm3:B, 4gm3:C, 4gm3:D, 4gm3:E, 4gm3:F, 4gm3:G, 4gm3:H, 4gm8:A, 4gm8:B, 4gm8:C, 4gm8:D, 4gm9:A, 4gm9:B, 4gmb:A, 2h13:A, 2h6k:A, 2h6k:B, 2h6n:A, 2h6n:B, 2h6q:A, 2h6q:B, 2h9m:A, 2h9m:C, 2h9n:A, 2h9n:C, 2h9p:A, 8hmx:A, 4ia9:A, 6iam:A, 7jto:B, 7jtp:A, 5m23:A, 5m25:A, 4o45:A, 2o9k:A, 2o9k:C, 6oi0:A, 6oi1:A, 6oi2:A, 6oi3:A, 8okf:A, 3p4f:A, 6pg3:A, 6pg3:B, 6pg4:A, 6pg5:A, 6pg6:A, 6pg6:B, 6pg7:A, 6pg8:A, 6pg8:B, 6pg8:C, 6pg8:D, 6pg9:A, 6pg9:B, 6pga:A, 6pgb:A, 6pgc:A, 6pgd:A, 6pge:A, 6pgf:A, 3psl:A, 3psl:B, 8q1n:B, 7q2j:D, 4ql1:A, 4ql1:B, 4qqe:A, 3smr:A, 3smr:B, 3smr:C, 3smr:D, 5sxm:B, 5sxm:A, 8t5i:A, 8t5i:B, 6u5m:A, 6u5m:B, 6u5y:A, 6u5y:B, 6u6w:A, 6u6w:B, 6u80:A, 6u80:B, 6u8b:A, 6u8b:B, 6u8l:A, 6u8l:B, 6u8o:A, 7u9y:A, 7uas:A, 7uas:B, 6ucs:A, 6ucs:B, 6ufx:A, 6uhy:A, 6uhy:B, 6uhz:A, 6uhz:B, 6uif:A, 6uif:B, 6uik:A, 6uik:B, 6uj4:A, 6uj4:B, 6ujh:A, 6ujh:B, 6ujj:A, 6ujl:A, 8ujy:A, 8ujy:B, 6uoz:A, 6uoz:B, 3ur4:A, 3ur4:B, 3uvk:A, 3uvl:A, 3uvm:A, 3uvn:A, 3uvn:C, 3uvo:A, 5vfc:A, 6wjq:A, 6wjq:B, 7wvk:A, 8wxq:A, 8wxq:B, 8wxr:A, 8wxr:B, 8wxt:A, 8wxu:B, 8wxv:A, 8wxv:C, 8wxx:B, 8wxx:A, 8x3r:A, 8x3s:A, 2xl2:A, 2xl2:B, 2xl3:A, 2xl3:B, 4y7r:A
27 2ynp:A 601 69 0.0596 0.0316 0.2754 2.4 8ens:A, 8enw:A, 8enw:B, 8enx:A, 8hqt:A, 8hqv:A, 8hqx:A, 4j73:A, 4j77:A, 4j77:B, 4j78:A, 4j79:A, 4j81:B, 4j81:A, 4j82:A, 4j82:B, 4j84:A, 4j84:B, 4j86:A, 4j86:B, 2ynn:A
28 8fgw:C 1342 58 0.0533 0.0127 0.2931 4.3 8fh3:C
29 8ro0:W 496 73 0.0690 0.0444 0.3014 4.9 8ro1:W
30 8d41:A 307 64 0.0408 0.0423 0.2031 5.4 8d41:B
31 3tdh:C 316 44 0.0502 0.0506 0.3636 6.5 3t4n:C, 3te5:C
32 6ox1:B 484 64 0.0627 0.0413 0.3125 6.8 6ict:A, 6ict:B, 6ict:C, 6ict:D, 6icv:A, 6icv:B, 6jat:A, 6jat:C, 7lms:A, 6mbj:A, 6mbj:B, 6mbk:A, 6mbk:B, 6mbl:A, 6ox0:A, 6ox0:B, 6ox1:A, 6ox2:A, 6ox2:B, 6ox3:A, 6ox3:B, 6ox4:A, 6ox4:B, 6ox5:A, 3smt:A, 6v62:A, 6v63:A, 6v63:B, 7w28:A, 7w29:A, 6wk1:A, 6wk1:B, 6wk2:A, 6wk2:D, 8x77:B
33 6l7c:A 253 56 0.0564 0.0711 0.3214 7.3 6l7c:B, 6l7c:C, 6l7c:D, 6l7c:E, 6l7c:F, 6l7c:G, 6l7c:H, 6l7c:I
34 3sfz:A 1133 64 0.0627 0.0177 0.3125 8.0 3shf:A
35 7dvq:3 1193 158 0.0972 0.0260 0.1962 8.4

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218