Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SRRESINPWILTGFADAEGSFGLSILNRRYHTRLSFAIVLHNKDKSILENIQSTWKVGIITNDGDRYVRLRVTRFEDLKV
IIDHFEKYPLVTQKLGDYKLFKQAFSVMENKEHLKENGIKELVRIKAKMNWGLNDELKKAFPEISKERPLINKNIPNFKW
LAGFTSGDGSFFVRLRKRVRVQLVFEISQHIRDKNLMNSLITYLGCGHIYEGNKSERSWLQFRVEKFSDINDKIIPVFQE
NTLIGVKLEDFEDWCKVAKLIEEKKHLLDEIKKIKLNMNKG

The query sequence (length=281) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7rcf:A 290 288 0.9395 0.9103 0.9167 0.0 7rcc:D, 7rcc:A, 7rcc:G, 7rcd:A, 7rce:A, 7rcg:A
2 5t8d:A 292 289 0.8719 0.8390 0.8478 8.12e-172 5v0q:A
3 5t2o:A 293 290 0.8683 0.8328 0.8414 5.07e-169
4 5t2h:A 296 292 0.8683 0.8243 0.8356 3.19e-167
5 6bd0:A 300 296 0.8577 0.8033 0.8142 2.83e-166 6bda:A, 6bdb:A, 3qqy:A, 6uvw:A, 6uvw:D, 6uwg:A, 6uwh:A, 6uwj:A
6 5t2n:A 291 291 0.8577 0.8282 0.8282 9.77e-164
7 5thg:A 294 292 0.8363 0.7993 0.8048 1.96e-160 5thg:D
8 6uw0:B 295 292 0.8114 0.7729 0.7808 2.05e-155 6uw0:A, 6uwk:A
9 4yhx:A 294 292 0.7331 0.7007 0.7055 4.00e-141
10 6bci:A 292 295 0.4875 0.4692 0.4644 3.30e-85 6bce:A, 6bcf:D, 6bcf:A, 6bcf:G, 6bcf:J, 6bcg:D, 6bcg:A, 6bcg:G, 6bcg:J, 6bch:A, 6bch:D, 6bch:H, 6bch:L, 6bcn:A, 6bcn:C, 6bcn:G, 6bcn:J, 6bct:A, 3r7p:A
11 4lox:A 300 295 0.4591 0.4300 0.4373 3.04e-72 5e5o:A, 5e5s:A, 5e63:A, 5e67:A, 4z1z:A, 4z1z:B, 4z20:A, 4z20:D
12 4efj:B 291 288 0.4520 0.4364 0.4410 7.09e-70 4efj:A, 4z1x:B, 4z1x:A
13 4yis:A 295 295 0.4626 0.4407 0.4407 2.78e-69 4yis:B
14 4yit:D 277 286 0.4021 0.4079 0.3951 9.15e-67 4yit:A
15 5esp:A 292 296 0.4413 0.4247 0.4189 6.88e-60 5esp:B
16 4lq0:A 298 290 0.3986 0.3758 0.3862 3.54e-54
17 3e54:A 159 134 0.1352 0.2390 0.2836 8.93e-06 3e54:B
18 3mxa:A 301 216 0.1673 0.1561 0.2176 5.94e-04 4aab:A, 4aab:B, 4aad:A, 4aad:B, 4aae:A, 4aae:B, 4aaf:A, 4aaf:B, 4aag:A, 4aag:B, 4aqu:A, 4aqu:B, 4aqx:A, 4aqx:B, 1bp7:A, 1bp7:B, 1bp7:C, 1bp7:D, 6fb0:A, 6fb0:B, 6fb1:A, 6fb1:B, 6fb2:A, 6fb2:B, 6fb5:A, 6fb5:B, 6fb6:A, 6fb6:B, 6fb7:A, 6fb7:B, 6fb8:A, 6fb8:B, 6fb9:A, 6fb9:B, 1g9y:A, 1g9y:B, 1g9z:A, 1g9z:B, 2i3p:A, 2i3p:B, 2i3q:A, 2i3q:B, 3mx9:A, 3mxb:A, 3mxb:B, 3mxb:R, 3mxb:S, 1n3e:A, 1n3e:B, 1n3e:G, 1n3e:H, 1n3f:A, 1n3f:B, 1n3f:G, 1n3f:H, 1t9i:A, 1t9i:B, 1t9j:A, 1t9j:B, 1u0c:A, 1u0c:B, 1u0d:A, 1u0d:B, 2vbj:A, 2vbj:B, 2vbl:A, 2vbl:B, 2vbn:A, 2vbn:B, 2vbo:A, 2vbo:B, 2xe0:A, 2xe0:B
19 3mxa:A 301 56 0.0534 0.0498 0.2679 0.083 4aab:A, 4aab:B, 4aad:A, 4aad:B, 4aae:A, 4aae:B, 4aaf:A, 4aaf:B, 4aag:A, 4aag:B, 4aqu:A, 4aqu:B, 4aqx:A, 4aqx:B, 1bp7:A, 1bp7:B, 1bp7:C, 1bp7:D, 6fb0:A, 6fb0:B, 6fb1:A, 6fb1:B, 6fb2:A, 6fb2:B, 6fb5:A, 6fb5:B, 6fb6:A, 6fb6:B, 6fb7:A, 6fb7:B, 6fb8:A, 6fb8:B, 6fb9:A, 6fb9:B, 1g9y:A, 1g9y:B, 1g9z:A, 1g9z:B, 2i3p:A, 2i3p:B, 2i3q:A, 2i3q:B, 3mx9:A, 3mxb:A, 3mxb:B, 3mxb:R, 3mxb:S, 1n3e:A, 1n3e:B, 1n3e:G, 1n3e:H, 1n3f:A, 1n3f:B, 1n3f:G, 1n3f:H, 1t9i:A, 1t9i:B, 1t9j:A, 1t9j:B, 1u0c:A, 1u0c:B, 1u0d:A, 1u0d:B, 2vbj:A, 2vbj:B, 2vbl:A, 2vbl:B, 2vbn:A, 2vbn:B, 2vbo:A, 2vbo:B, 2xe0:A, 2xe0:B
20 3eh8:A 254 197 0.1779 0.1969 0.2538 0.018 3eh8:D, 3eh8:G, 1p8k:Z, 2qoj:Z
21 3eh8:A 254 96 0.0854 0.0945 0.2500 0.021 3eh8:D, 3eh8:G, 1p8k:Z, 2qoj:Z
22 3uvf:A 255 96 0.0819 0.0902 0.2396 0.084 3uvf:B
23 3uvf:A 255 171 0.1637 0.1804 0.2690 0.22 3uvf:B
24 5a72:B 158 61 0.0676 0.1203 0.3115 0.25 5a72:A, 5a74:A, 5a74:B, 5a77:A, 5a77:B, 5a78:A, 5a78:B
25 5a72:B 158 89 0.0854 0.1519 0.2697 0.40 5a72:A, 5a74:A, 5a74:B, 5a77:A, 5a77:B, 5a78:A, 5a78:B
26 1mow:A 248 56 0.0463 0.0524 0.2321 0.66 1mow:D, 1mow:G, 1mow:J
27 8yhd:G 234 68 0.0605 0.0726 0.2500 1.2 8yhe:G, 8z4j:G, 8z4l:G, 8z99:G, 8z9c:G
28 7mqa:NS 914 73 0.0783 0.0241 0.3014 1.9 6o16:A, 6o16:B
29 5xzr:A 519 65 0.0605 0.0328 0.2615 2.4 1aya:A, 1aya:B, 1ayb:A, 1ayc:A, 8b5y:A, 8b5y:B, 9blg:A, 9blg:B, 6bmr:A, 6cmr:A, 6cms:A, 5df6:A, 5ehp:A, 6md7:A, 6md7:B, 3mow:A, 3o5x:A, 7ppl:A, 7ppm:A, 7ppn:A, 4pvg:A, 4qsy:A, 6r5g:A, 7r75:A, 7r7d:A, 7r7d:B, 7r7i:A, 7rct:B, 7rct:A, 4rdd:A, 6roy:A, 6roy:B, 6roz:A, 6roz:C, 8rzw:A, 8rzw:B, 8rzy:A, 8rzy:B, 8s01:A, 8s01:B, 8s04:A, 8s04:B, 8s06:A, 8s06:B, 8s07:A, 8s07:B, 8s0h:A, 8s0h:B, 8s0i:A, 8s0i:B, 8s0j:A, 8s0j:B, 8s0k:A, 8s0k:B, 8s0o:A, 8s0o:B, 8s0p:A, 8s0p:B, 8s0q:A, 8s0q:B, 8s0s:A, 2shp:A, 2shp:B, 8t6d:A, 8t6d:B, 8t6g:A, 8t6g:B, 8t7q:A, 8t8q:A, 8t8q:B, 3tkz:A, 3tl0:A, 8u7w:A, 8u7w:B, 8u7x:A, 8u7x:B, 8wfy:A, 8wfy:B, 6wu8:A, 6wu8:B, 8wx7:B, 5x7b:A, 5x94:A, 5x94:B
30 8z9e:G 175 55 0.0463 0.0743 0.2364 4.1
31 8bmw:L 201 33 0.0427 0.0597 0.3636 6.6

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218