Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SPEFFEFIEAPSYGPNAYAFDSDGELYASVEDGRIIKYDKPSNKFLTHAVASPIWNNALCENNTNQDLKPLCGRVYDFGF
HYETQRLYIADCYFGLGFVGPDGGHAIQLATSGDGVEFKWLYALAIDQQAGFVYVTDVSTKYDDRGVQDIIRINDTTGRL
IKYDPSTEEVTVLMKGLNIPGGTEVSKDGSFVLVGEFASHRILKYWLKPKANTSEFLLKVRGPGNIKRTKDGDFWVASSD
NNGITVTPRGIRFDEFGNILEVVAIPLPYKGEHIEQVQEHDGALFVGSLFHEFVGILHNY

The query sequence (length=300) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6s5m:A 306 301 1.0000 0.9804 0.9967 0.0 6s5j:A, 6s5q:A, 6s5u:A, 6s5u:C, 6s5u:B, 6s5u:D, 6s5u:E, 6s5u:F
2 8wkl:G 307 297 0.5933 0.5798 0.5993 7.21e-131 2fpb:A, 2fpb:B, 2fpc:A, 2fpc:B, 4imb:A, 4iyg:A, 6n5v:A, 6n5v:B, 7t5i:A, 7t5i:B, 7t5j:A, 3v1s:A, 3v1s:B, 2v91:A, 2v91:B, 2vaq:A, 2vaq:B, 8wkl:A, 8wkl:B, 8wkl:C, 8wkl:D, 8wkl:E, 8wkl:F, 8wkl:H
3 6zea:A 308 297 0.5633 0.5487 0.5690 9.56e-123
4 6h0a:A 339 146 0.1267 0.1121 0.2603 0.46 6g82:A, 6gmu:A, 4hho:A, 4hhq:A, 4q1u:A, 3sre:A, 3srg:A, 1v04:A
5 7riz:A 306 114 0.1033 0.1013 0.2719 0.53 8djf:A, 8djz:A, 8dk0:A, 7ris:A
6 2cbn:A 306 29 0.0400 0.0392 0.4138 1.1
7 7kvj:A 415 91 0.0767 0.0554 0.2527 1.5
8 2j0d:B 445 91 0.0767 0.0517 0.2527 1.5 9bbb:A, 6bdh:A, 6dab:A, 8ewd:A, 8ewm:A, 8ewn:A, 8exb:A, 7ksa:A, 7kvh:B, 7kvs:B, 7uay:A, 7uaz:A, 7uf9:A, 6uni:A, 6unj:A, 6unj:B, 6unl:A, 6unm:A, 6unm:B
9 5te8:B 471 91 0.0767 0.0488 0.2527 1.6 5a1p:A, 5a1r:A, 6bcz:A, 6bd5:A, 6bd6:A, 6bd7:A, 6bd8:A, 6bdi:A, 6bdk:A, 6bdm:A, 4d6z:A, 4d75:A, 4d78:A, 4d7d:A, 6da2:A, 6da3:A, 6da5:A, 6da8:A, 6daa:A, 6dac:A, 6dag:A, 6daj:A, 6dal:A, 8dyc:A, 8ewe:A, 8ewl:A, 8ewp:A, 8ewq:A, 8ewr:A, 8ews:A, 5g5j:A, 4i3q:A, 4i4g:A, 4i4h:A, 2j0d:A, 4k9t:A, 4k9u:A, 4k9v:A, 4k9w:A, 4k9w:B, 4k9w:C, 4k9w:D, 4k9x:A, 7ks8:A, 7kvh:A, 7kvi:A, 7kvk:A, 7kvk:B, 7kvm:A, 7kvn:A, 7kvn:B, 7kvo:A, 7kvo:B, 7kvp:A, 7kvq:A, 7kvq:B, 7kvs:A, 7lxl:A, 6ma6:A, 6ma7:A, 6ma8:A, 3nxu:A, 3nxu:B, 4ny4:A, 6oo9:A, 6ooa:A, 6oob:A, 8so1:A, 8so2:A, 8spd:A, 5te8:A, 5te8:C, 3tjs:A, 1tqn:A, 3ua1:A, 7ufa:A, 7ufb:A, 7ufc:A, 7ufd:A, 7ufe:A, 7ufe:B, 7uff:B, 6une:A, 6ung:A, 6unh:A, 6unk:A, 2v0m:A, 2v0m:B, 2v0m:C, 2v0m:D, 5vc0:A, 5vcc:A, 5vcd:A, 5vce:A, 5vcg:A, 1w0e:A, 1w0f:A, 1w0g:A
10 2hyd:A 578 45 0.0467 0.0242 0.3111 5.2 2hyd:B, 2onj:A, 2onj:B
11 2h6l:A 140 102 0.0900 0.1929 0.2647 5.6 2h6l:B, 2h6l:C
12 7xqs:A 274 69 0.0600 0.0657 0.2609 6.9 7xqt:A
13 5i7i:B 320 91 0.0733 0.0688 0.2418 9.3 5i7i:A, 5izz:A
14 4kn0:A 205 75 0.0733 0.1073 0.2933 9.7 4kmz:A, 4kn1:A, 4kn2:A, 4kn2:B, 4kn2:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218