Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SPDMKLLAGASNWVNQSGSVAQFVFTPSPTQPQTYEVSGNYINNAQGTGCKGTPYPLSGAYYSGNQIISFSVVWSNASAN
CQSATGWTGYFDFSGSQAVLKTDWNLAFYSGSTPAIQQGQDDFMQS

The query sequence (length=126) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4z28:A 127 126 1.0000 0.9921 1.0000 4.16e-89 4z28:B, 4z2o:A, 4z2p:A, 4z2p:B, 4z2v:A, 4z2v:B
2 6hdt:A 127 116 0.4603 0.4567 0.5000 1.28e-28 6hdt:B, 6hdt:C, 6hdt:D
3 3ew2:C 124 112 0.4365 0.4435 0.4911 1.26e-27 3ew2:A, 3ew2:B, 3ew2:D, 3ew2:E, 3ew2:F, 3ew2:G
4 4jnj:A 115 113 0.3651 0.4000 0.4071 1.71e-21 4jnj:C, 4jnj:B, 4jnj:D, 6zyt:BBB, 6zyt:AAA, 6zyt:CCC, 6zyt:FFF, 6zyt:DDD, 6zyt:EEE
5 8an6:B 128 124 0.4127 0.4062 0.4194 1.22e-20 8an6:A, 8an6:C, 8an6:D, 8ass:A, 8ass:B, 8ass:C, 8ass:D, 8asu:A, 8asu:B, 8asu:C, 8asu:D, 8avp:A, 8avp:B, 8avp:C, 8avp:D, 8avp:E, 8avp:F, 8avp:G, 8avp:H, 8avp:I, 8avp:J, 8avp:K, 8avp:L, 8avp:M, 8avp:N, 8avp:O, 8avp:P, 8avp:S, 8avp:T, 8avp:Q, 8avp:R
6 3szj:A 120 121 0.3571 0.3750 0.3719 1.10e-16 3szj:B, 3t2w:A
7 7ouq:A 119 117 0.3730 0.3950 0.4017 5.87e-16 7ouq:B, 7p8z:A, 7p8z:B, 7p8z:C, 7p8z:D
8 4ggz:A 106 120 0.2937 0.3491 0.3083 2.08e-04 4ggz:B, 4ggz:C, 4ggz:D
9 6s50:A 248 124 0.2857 0.1452 0.2903 0.017 7alx:AAA, 7alx:BBB, 6anx:A, 8aqd:A, 8aqj:A, 8aqo:A, 8aqo:D, 8aqo:B, 8aqo:C, 8aqx:A, 8aqx:B, 8aqx:C, 8aqx:D, 8aqy:A, 8aqy:C, 8aqy:B, 8aqy:D, 6auc:A, 6aue:A, 6auh:A, 6aul:A, 6auo:A, 6avk:A, 6avk:B, 5b5f:A, 5b5f:B, 5b5f:C, 5b5f:D, 5b5g:A, 5b5g:B, 5b5g:C, 5b5g:D, 7b74:AAA, 7b74:BBB, 7b74:CCC, 7b74:DDD, 4bx7:B, 8by0:A, 8by1:A, 4cpe:A, 4cpe:B, 4cpf:B, 4cph:B, 4cph:C, 4cpi:A, 4cpi:B, 4cpi:C, 4cpi:D, 8crn:A, 8crn:C, 8crn:B, 8crn:D, 8crp:A, 8crp:B, 8crp:D, 8crp:C, 5cse:A, 5cse:B, 1df8:A, 1df8:B, 4dne:A, 4dne:B, 7efc:A, 7efd:A, 4ekv:A, 6ess:A, 6esu:A, 2f01:A, 2f01:B, 6fh8:A, 6fry:A, 2g5l:A, 2g5l:B, 4gd9:A, 4gd9:C, 4gd9:D, 4gda:A, 4gda:B, 2gh7:A, 2gh7:B, 6gh7:A, 6gh7:B, 6gh7:C, 6gh7:D, 4gjs:A, 4gjs:B, 4gjv:A, 6gmi:A, 8gog:A, 8gog:B, 1hqq:A, 1hqq:B, 1hqq:C, 1hqq:D, 1hxl:A, 1hxl:B, 1hxz:A, 1hxz:B, 1hy2:A, 1hy2:B, 1hy2:C, 1hy2:D, 1i9h:A, 1i9h:B, 4irw:A, 5ira:A, 2izf:B, 2izf:D, 2izg:B, 2izg:D, 2izh:B, 2izh:D, 2izi:A, 2izj:A, 2izk:A, 2izl:B, 2izl:D, 6j6j:A, 6j6j:B, 6j6j:C, 6j6j:D, 5jd2:A, 5jd2:B, 5jd2:C, 5jd2:D, 4jo6:A, 4jo6:C, 4jo6:B, 4jo6:D, 5k67:A, 5k68:A, 7kby:A, 7kbz:A, 7kbz:B, 7kbz:C, 7kbz:D, 1kl3:A, 1kl3:D, 1kl3:B, 1kl3:C, 1kl5:A, 1kl5:B, 1kl5:C, 1kl5:D, 5l3y:A, 1lcv:A, 1lcv:B, 1lcw:A, 1lcw:B, 1lcz:A, 1lcz:B, 1luq:A, 1luq:B, 6m9b:A, 6m9b:B, 6m9b:C, 6m9b:D, 1mep:A, 1mep:B, 1mep:C, 1mep:D, 3mg5:A, 3mg5:B, 3mg5:C, 3mg5:D, 1mk5:A, 1mk5:B, 1n43:A, 1n43:B, 1n43:C, 1n43:D, 5n7x:B, 5n7x:M, 5n7x:A, 5n7x:K, 5n7x:F, 5n7x:H, 5n7x:E, 5n7x:O, 5n89:B, 5n89:D, 5n89:A, 5n89:F, 5n89:H, 5n89:M, 5n89:K, 5n89:O, 5n8b:A, 5n8b:B, 5n8b:D, 5n8b:G, 5n8e:B, 5n8e:D, 5n8e:A, 5n8e:C, 5n8j:D, 5n8j:A, 5n8j:B, 5n8t:A, 5n8w:B, 5n8w:A, 1n9m:A, 1n9m:B, 1n9m:C, 1n9m:D, 5n99:A, 5n99:B, 5n99:D, 5n99:G, 5n99:I, 5n99:K, 5n99:M, 5n99:O, 5n99:Q, 5n99:S, 5n99:U, 5n99:Y, 1nc9:A, 1ndj:A, 1ndj:B, 1ndj:C, 1ndj:D, 7nlv:AAA, 7nlv:BBB, 7nlv:CCC, 7nlv:DDD, 1nqm:A, 1nqm:B, 1nqm:C, 1nqm:D, 8ojw:A, 8ojx:A, 4oka:A, 8p5y:A, 8p5y:B, 8p5y:C, 8p5y:D, 8p5z:A, 8p5z:B, 8p5z:C, 8p5z:D, 3pk2:A, 6qbb:A, 6qbb:B, 2qcb:A, 8qex:A, 8qex:B, 8qq3:A, 8qq3:C, 8qq3:B, 8qq3:D, 6qsy:A, 6qw4:A, 3rdm:A, 3rdq:A, 1rst:B, 1rsu:B, 2rtd:B, 2rtd:D, 2rte:B, 2rte:D, 2rtf:B, 2rtf:D, 2rtg:B, 2rtg:D, 2rth:B, 2rth:D, 2rti:B, 2rti:D, 2rtj:A, 2rtk:A, 2rtl:A, 2rtm:A, 2rtn:B, 2rtn:D, 2rto:B, 2rto:D, 2rtp:B, 2rtp:D, 2rtq:B, 2rtq:D, 2rtr:B, 2rtr:D, 1rxh:A, 1rxh:B, 1rxj:A, 1rxj:B, 1rxj:C, 1rxj:D, 1rxk:A, 1rxk:B, 3ry2:A, 3ry2:B, 6s4q:A, 6s4q:B, 6s50:B, 1sld:B, 1sle:B, 1sle:D, 1slf:B, 1slf:D, 1slg:B, 1slg:D, 6sok:A, 6sok:B, 6sok:C, 6sok:D, 6sos:B, 6sos:C, 6sos:A, 6sos:D, 1sre:A, 1sre:B, 1srf:A, 1srf:B, 1srg:B, 1srg:A, 1srh:B, 1srh:A, 1sri:B, 1sri:A, 1srj:A, 1srj:B, 1stp:A, 1str:B, 1str:D, 1sts:B, 1sts:D, 1swd:A, 1swd:D, 1swe:A, 1swe:B, 1swe:C, 1swe:D, 1swg:A, 1swg:B, 1swg:D, 1swk:A, 1swk:B, 1swk:C, 1swk:D, 1swn:A, 1swn:C, 1swn:D, 1swp:A, 1swp:B, 1swp:C, 1swp:D, 1swr:A, 1swr:B, 1swr:C, 1swr:D, 1swt:A, 1swt:B, 3t6f:A, 3t6f:B, 6tip:A, 8ty0:B, 8ty0:C, 8ty0:A, 8ty0:D, 6uc3:A, 6uc3:B, 6udc:A, 6udc:B, 6udc:C, 6udc:D, 6ui0:A, 6uiu:A, 6uiy:A, 6uiz:A, 6us6:A, 5vcq:A, 5vcq:B, 5vcq:C, 5vcq:D, 6vjk:A, 6vjk:B, 6vjk:C, 6vjk:D, 6vjk:E, 6vjk:F, 6vjk:G, 6vjk:H, 6vjk:I, 6vjk:J, 6vjk:K, 6vjk:L, 6vjl:A, 5vkx:A, 5vl5:A, 5vl8:A, 6vo9:A, 6vob:A, 6voz:A, 6vp1:A, 6vp1:B, 6vp1:C, 6vp1:D, 6vp2:A, 6vp2:B, 6vp2:C, 6vp2:D, 6vp3:A, 6vp3:B, 6vp3:C, 6vp3:D, 1vwa:B, 1vwa:D, 1vwb:B, 1vwc:B, 1vwd:B, 1vwe:B, 1vwf:B, 1vwg:B, 1vwh:B, 1vwi:B, 1vwi:D, 1vwj:B, 1vwj:D, 1vwk:B, 1vwk:D, 1vwl:B, 1vwl:D, 1vwm:B, 1vwn:B, 1vwo:B, 1vwp:B, 1vwq:B, 1vwr:B, 5wba:A, 5wbb:A, 5wbc:A, 5wbd:A, 2wpu:A, 3wyp:A, 3wyp:B, 3wyp:D, 3wyp:C, 3wyq:A, 3wyq:B, 3wzp:A, 3wzp:C, 6y25:AAA, 6y2m:AAA, 6y2t:AAA, 2y3f:A, 6y33:AAA, 6y34:AAA, 6y3q:AAA, 4y59:A, 4y59:B, 4y59:C, 4y59:D, 4y5d:A, 4y5d:B, 4y5d:D, 4yvb:A, 4yvb:B, 4yvb:C, 4yvb:D, 7zof:A, 7zof:C, 7zof:B, 7zof:D, 7zx9:A, 7zxz:A, 7zxz:B
10 6s50:A 248 76 0.1746 0.0887 0.2895 0.44 7alx:AAA, 7alx:BBB, 6anx:A, 8aqd:A, 8aqj:A, 8aqo:A, 8aqo:D, 8aqo:B, 8aqo:C, 8aqx:A, 8aqx:B, 8aqx:C, 8aqx:D, 8aqy:A, 8aqy:C, 8aqy:B, 8aqy:D, 6auc:A, 6aue:A, 6auh:A, 6aul:A, 6auo:A, 6avk:A, 6avk:B, 5b5f:A, 5b5f:B, 5b5f:C, 5b5f:D, 5b5g:A, 5b5g:B, 5b5g:C, 5b5g:D, 7b74:AAA, 7b74:BBB, 7b74:CCC, 7b74:DDD, 4bx7:B, 8by0:A, 8by1:A, 4cpe:A, 4cpe:B, 4cpf:B, 4cph:B, 4cph:C, 4cpi:A, 4cpi:B, 4cpi:C, 4cpi:D, 8crn:A, 8crn:C, 8crn:B, 8crn:D, 8crp:A, 8crp:B, 8crp:D, 8crp:C, 5cse:A, 5cse:B, 1df8:A, 1df8:B, 4dne:A, 4dne:B, 7efc:A, 7efd:A, 4ekv:A, 6ess:A, 6esu:A, 2f01:A, 2f01:B, 6fh8:A, 6fry:A, 2g5l:A, 2g5l:B, 4gd9:A, 4gd9:C, 4gd9:D, 4gda:A, 4gda:B, 2gh7:A, 2gh7:B, 6gh7:A, 6gh7:B, 6gh7:C, 6gh7:D, 4gjs:A, 4gjs:B, 4gjv:A, 6gmi:A, 8gog:A, 8gog:B, 1hqq:A, 1hqq:B, 1hqq:C, 1hqq:D, 1hxl:A, 1hxl:B, 1hxz:A, 1hxz:B, 1hy2:A, 1hy2:B, 1hy2:C, 1hy2:D, 1i9h:A, 1i9h:B, 4irw:A, 5ira:A, 2izf:B, 2izf:D, 2izg:B, 2izg:D, 2izh:B, 2izh:D, 2izi:A, 2izj:A, 2izk:A, 2izl:B, 2izl:D, 6j6j:A, 6j6j:B, 6j6j:C, 6j6j:D, 5jd2:A, 5jd2:B, 5jd2:C, 5jd2:D, 4jo6:A, 4jo6:C, 4jo6:B, 4jo6:D, 5k67:A, 5k68:A, 7kby:A, 7kbz:A, 7kbz:B, 7kbz:C, 7kbz:D, 1kl3:A, 1kl3:D, 1kl3:B, 1kl3:C, 1kl5:A, 1kl5:B, 1kl5:C, 1kl5:D, 5l3y:A, 1lcv:A, 1lcv:B, 1lcw:A, 1lcw:B, 1lcz:A, 1lcz:B, 1luq:A, 1luq:B, 6m9b:A, 6m9b:B, 6m9b:C, 6m9b:D, 1mep:A, 1mep:B, 1mep:C, 1mep:D, 3mg5:A, 3mg5:B, 3mg5:C, 3mg5:D, 1mk5:A, 1mk5:B, 1n43:A, 1n43:B, 1n43:C, 1n43:D, 5n7x:B, 5n7x:M, 5n7x:A, 5n7x:K, 5n7x:F, 5n7x:H, 5n7x:E, 5n7x:O, 5n89:B, 5n89:D, 5n89:A, 5n89:F, 5n89:H, 5n89:M, 5n89:K, 5n89:O, 5n8b:A, 5n8b:B, 5n8b:D, 5n8b:G, 5n8e:B, 5n8e:D, 5n8e:A, 5n8e:C, 5n8j:D, 5n8j:A, 5n8j:B, 5n8t:A, 5n8w:B, 5n8w:A, 1n9m:A, 1n9m:B, 1n9m:C, 1n9m:D, 5n99:A, 5n99:B, 5n99:D, 5n99:G, 5n99:I, 5n99:K, 5n99:M, 5n99:O, 5n99:Q, 5n99:S, 5n99:U, 5n99:Y, 1nc9:A, 1ndj:A, 1ndj:B, 1ndj:C, 1ndj:D, 7nlv:AAA, 7nlv:BBB, 7nlv:CCC, 7nlv:DDD, 1nqm:A, 1nqm:B, 1nqm:C, 1nqm:D, 8ojw:A, 8ojx:A, 4oka:A, 8p5y:A, 8p5y:B, 8p5y:C, 8p5y:D, 8p5z:A, 8p5z:B, 8p5z:C, 8p5z:D, 3pk2:A, 6qbb:A, 6qbb:B, 2qcb:A, 8qex:A, 8qex:B, 8qq3:A, 8qq3:C, 8qq3:B, 8qq3:D, 6qsy:A, 6qw4:A, 3rdm:A, 3rdq:A, 1rst:B, 1rsu:B, 2rtd:B, 2rtd:D, 2rte:B, 2rte:D, 2rtf:B, 2rtf:D, 2rtg:B, 2rtg:D, 2rth:B, 2rth:D, 2rti:B, 2rti:D, 2rtj:A, 2rtk:A, 2rtl:A, 2rtm:A, 2rtn:B, 2rtn:D, 2rto:B, 2rto:D, 2rtp:B, 2rtp:D, 2rtq:B, 2rtq:D, 2rtr:B, 2rtr:D, 1rxh:A, 1rxh:B, 1rxj:A, 1rxj:B, 1rxj:C, 1rxj:D, 1rxk:A, 1rxk:B, 3ry2:A, 3ry2:B, 6s4q:A, 6s4q:B, 6s50:B, 1sld:B, 1sle:B, 1sle:D, 1slf:B, 1slf:D, 1slg:B, 1slg:D, 6sok:A, 6sok:B, 6sok:C, 6sok:D, 6sos:B, 6sos:C, 6sos:A, 6sos:D, 1sre:A, 1sre:B, 1srf:A, 1srf:B, 1srg:B, 1srg:A, 1srh:B, 1srh:A, 1sri:B, 1sri:A, 1srj:A, 1srj:B, 1stp:A, 1str:B, 1str:D, 1sts:B, 1sts:D, 1swd:A, 1swd:D, 1swe:A, 1swe:B, 1swe:C, 1swe:D, 1swg:A, 1swg:B, 1swg:D, 1swk:A, 1swk:B, 1swk:C, 1swk:D, 1swn:A, 1swn:C, 1swn:D, 1swp:A, 1swp:B, 1swp:C, 1swp:D, 1swr:A, 1swr:B, 1swr:C, 1swr:D, 1swt:A, 1swt:B, 3t6f:A, 3t6f:B, 6tip:A, 8ty0:B, 8ty0:C, 8ty0:A, 8ty0:D, 6uc3:A, 6uc3:B, 6udc:A, 6udc:B, 6udc:C, 6udc:D, 6ui0:A, 6uiu:A, 6uiy:A, 6uiz:A, 6us6:A, 5vcq:A, 5vcq:B, 5vcq:C, 5vcq:D, 6vjk:A, 6vjk:B, 6vjk:C, 6vjk:D, 6vjk:E, 6vjk:F, 6vjk:G, 6vjk:H, 6vjk:I, 6vjk:J, 6vjk:K, 6vjk:L, 6vjl:A, 5vkx:A, 5vl5:A, 5vl8:A, 6vo9:A, 6vob:A, 6voz:A, 6vp1:A, 6vp1:B, 6vp1:C, 6vp1:D, 6vp2:A, 6vp2:B, 6vp2:C, 6vp2:D, 6vp3:A, 6vp3:B, 6vp3:C, 6vp3:D, 1vwa:B, 1vwa:D, 1vwb:B, 1vwc:B, 1vwd:B, 1vwe:B, 1vwf:B, 1vwg:B, 1vwh:B, 1vwi:B, 1vwi:D, 1vwj:B, 1vwj:D, 1vwk:B, 1vwk:D, 1vwl:B, 1vwl:D, 1vwm:B, 1vwn:B, 1vwo:B, 1vwp:B, 1vwq:B, 1vwr:B, 5wba:A, 5wbb:A, 5wbc:A, 5wbd:A, 2wpu:A, 3wyp:A, 3wyp:B, 3wyp:D, 3wyp:C, 3wyq:A, 3wyq:B, 3wzp:A, 3wzp:C, 6y25:AAA, 6y2m:AAA, 6y2t:AAA, 2y3f:A, 6y33:AAA, 6y34:AAA, 6y3q:AAA, 4y59:A, 4y59:B, 4y59:C, 4y59:D, 4y5d:A, 4y5d:B, 4y5d:D, 4yvb:A, 4yvb:B, 4yvb:C, 4yvb:D, 7zof:A, 7zof:C, 7zof:B, 7zof:D, 7zx9:A, 7zxz:A, 7zxz:B
11 6t1g:A 133 124 0.2857 0.2707 0.2903 0.026 5f2b:A, 6t1e:A, 6t1g:B, 6t1k:A, 6t2l:A, 6t2y:A, 6t2y:B, 6t2z:A, 6t2z:B, 6t30:B, 6t30:A, 6t31:A, 6t31:B, 6t32:A, 6t32:B
12 3wzo:A 127 82 0.2143 0.2126 0.3293 0.045 3wzn:A, 3wzn:B, 3wzo:B, 3wzo:C, 3wzo:D, 3wzp:B, 3wzp:D, 3wzq:A, 3wzq:B, 3wzq:C, 3wzq:D, 3x00:A, 3x00:B, 3x00:C, 3x00:D
13 4gd9:B 131 82 0.2063 0.1985 0.3171 0.086 1swg:C
14 3rdo:A 129 124 0.2698 0.2636 0.2742 0.20
15 4bbo:A 113 82 0.2143 0.2389 0.3293 0.47 4bbo:B, 4bbo:C, 4bbo:D
16 4k49:C 136 53 0.1270 0.1176 0.3019 2.0 4k49:B, 4k49:D, 4k49:A, 4k4a:A, 4k4a:B, 4k4a:D, 4k4a:C, 4k4b:A, 4k4b:B, 4k4b:C, 4k4b:D, 4k4b:E, 4k4b:F, 4k4b:G, 4k4b:H
17 7ueh:F 386 44 0.1111 0.0363 0.3182 6.2 7ueh:E
18 7ueh:G 473 44 0.1111 0.0296 0.3182 6.4 7ueh:A, 7ueh:B, 7ueh:H, 7ueh:C, 7ueh:D
19 4zic:C 357 33 0.0952 0.0336 0.3636 7.0 4zic:A
20 6c8w:A 357 33 0.0873 0.0308 0.3333 7.6 6c85:A, 6c85:B, 6c8w:B
21 4q95:A 141 72 0.1349 0.1206 0.2361 9.4 4q95:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218