Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SNTIRVFLPNKQRTVVNVRNGMSLHDCLMKALKVRGLQPECCAVFRLLHEHKGKKARLDWNTDAASLIGEELQVDFLDHV
PLTTHNFARKTFLKLAFCDICQKFLLNGFRCQTCGYKFHEHCSTKVPTMCVDWS

The query sequence (length=134) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6xgu:B 134 134 1.0000 1.0000 1.0000 1.89e-99 1c1y:B, 1faq:A, 1far:A, 1gua:B, 7jhp:C, 3kuc:B, 6pts:D, 6ptw:D, 8t75:B, 8t75:D, 8t75:F, 8t75:H, 6xgv:B, 6xha:B, 6xhb:B, 6xi7:B
2 8dgt:A 431 129 0.5970 0.1856 0.6202 9.37e-53 9axx:B, 9axy:A, 6b8u:A, 9bfb:A, 3c4c:A, 3c4c:B, 8c7x:A, 8c7x:B, 8c7y:A, 8c7y:B, 5c9c:A, 5csw:A, 5csx:A, 5ct7:A, 5ct7:B, 3d4q:A, 3d4q:B, 4dbn:A, 4dbn:B, 8dgs:A, 4e26:A, 4e26:B, 4e4x:A, 4e4x:B, 4ehe:A, 4ehe:B, 4ehg:A, 4ehg:B, 8f7o:A, 8f7o:B, 8f7p:A, 8f7p:B, 2fb8:A, 2fb8:B, 4fc0:B, 5fd2:A, 4g9c:A, 4g9c:B, 4g9r:A, 4g9r:B, 4h58:A, 5hid:A, 5hid:B, 5hie:A, 5hie:B, 3idp:B, 3idp:A, 3ii5:A, 3ii5:B, 5j18:A, 5j2r:A, 5jrq:A, 5jsm:A, 5jsm:B, 5jsm:C, 5jsm:D, 5jt2:A, 4jvg:B, 4jvg:A, 4jvg:C, 4jvg:D, 7k0v:A, 7k0v:B, 7k0v:C, 7k0v:D, 4ksp:A, 4ksp:B, 4ksq:A, 4ksq:B, 7m0t:A, 7m0u:A, 7m0v:A, 7m0w:A, 7m0x:A, 7m0y:A, 7m0z:A, 4mbj:A, 4mbj:B, 7mfd:A, 7mfe:A, 7mff:A, 7mff:B, 4mnf:A, 4mnf:B, 6n0p:A, 6n0p:B, 6n0q:A, 6nsq:A, 6nyb:A, 6p3d:A, 7p3v:A, 7p3v:B, 6p7g:A, 6p7g:B, 6p7g:C, 6p7g:D, 3ppj:A, 3ppj:B, 3ppk:A, 3ppk:B, 4pp7:A, 4pp7:B, 6pp9:A, 3prf:A, 3prf:B, 3pri:A, 3pri:B, 3psb:A, 3psb:B, 3psd:A, 3psd:B, 3q4c:A, 3q96:B, 8qqg:A, 8qqg:B, 8qqg:C, 4r5y:A, 4r5y:B, 4rzv:A, 4rzv:B, 7shv:A, 7shv:B, 3skc:A, 3skc:B, 3tv4:A, 3tv4:B, 3tv6:A, 3tv6:B, 6u2g:B, 6u2h:C, 6u2h:D, 6uuo:A, 1uwh:A, 1uwh:B, 1uwj:A, 1uwj:B, 6v2u:A, 6v2w:A, 6v34:A, 5vam:A, 5vam:B, 4wo5:A, 4wo5:B, 6xfp:A, 6xlo:A, 4xv9:A, 4yht:A, 4yht:B
3 8jnb:B 81 86 0.5299 0.8765 0.8256 4.17e-46
4 2mse:D 73 76 0.3284 0.6027 0.5789 1.13e-24
5 4l9m:A 522 50 0.1567 0.0402 0.4200 3.37e-05
6 1xa6:A 399 51 0.1493 0.0501 0.3922 6.40e-05
7 2eli:A 85 54 0.1343 0.2118 0.3333 7.67e-05
8 3pfq:A 523 50 0.1269 0.0325 0.3400 1.18e-04 1a25:A, 1a25:B, 2i0e:A, 2i0e:B
9 3cxl:A 402 85 0.1940 0.0647 0.3059 2.92e-04
10 1kbe:A 49 45 0.1194 0.3265 0.3556 3.16e-04 1kbf:A
11 2db6:A 74 46 0.1418 0.2568 0.4130 4.99e-04
12 6uwa:A 187 52 0.1269 0.0909 0.3269 8.23e-04 1dsy:A, 3gpe:A, 2nce:A, 3twy:A, 5w4s:A
13 3uej:A 65 55 0.1194 0.2462 0.2909 8.52e-04 7knd:A, 7knj:A, 7ko6:A, 7l92:A, 7l92:D, 7l92:G, 7l92:J, 7l92:M, 7l92:V, 7l92:P, 7l92:S, 7lcb:A, 7leo:A, 7leo:D, 7lf3:A, 1ptq:A, 1ptr:A, 3uej:B, 3uey:A, 3uey:B, 3uff:A, 3uff:B, 3ugd:A, 3ugd:B, 3ugi:A, 3ugi:B, 3ugl:A, 3ugl:B
14 6ra0:A 138 91 0.1716 0.1667 0.2527 0.001
15 5hvq:C 236 90 0.1866 0.1059 0.2778 0.002 5wy5:A
16 4fkd:A 65 55 0.1194 0.2462 0.2909 0.005
17 1tbn:A 66 54 0.1194 0.2424 0.2963 0.005 1tbo:A
18 2ct0:A 74 44 0.1045 0.1892 0.3182 0.006
19 2enz:A 65 50 0.1194 0.2462 0.3200 0.009
20 2enn:A 77 52 0.1119 0.1948 0.2885 0.033
21 2yuu:A 83 67 0.1119 0.1807 0.2239 0.039
22 5ue8:A 847 53 0.1343 0.0213 0.3396 0.22 5ue8:B, 1y8f:A
23 7dg2:A 231 60 0.1119 0.0649 0.2500 0.25
24 6nf1:A 550 56 0.1119 0.0273 0.2679 0.30 3bji:A, 3bji:B, 3ky9:A, 3ky9:B, 6new:A, 6nfa:A, 2vrw:B
25 4b6d:A 60 50 0.1119 0.2500 0.3000 0.37 4b6d:B, 4b6d:C, 4b6d:D, 4b6d:E, 4b6d:F
26 7z6e:C 534 50 0.1194 0.0300 0.3200 0.55 7z6e:A, 7z6e:B, 7z6e:D, 7z6e:E
27 8pbz:A 1003 64 0.1194 0.0160 0.2500 0.64 8pbz:D, 8pc0:A, 6r41:A, 6r43:A
28 2e73:A 77 52 0.1119 0.1948 0.2885 0.86
29 4e54:B 402 52 0.1269 0.0423 0.3269 1.3 4e5z:B, 6r8y:L, 6r8z:L, 6r90:L, 6r91:L, 6r92:L
30 2aqh:A 268 59 0.1194 0.0597 0.2712 3.1 2aq8:A, 2aqi:A, 2aqk:A, 2b35:A, 2b35:E, 2b35:F, 2b36:A, 2b36:B, 2b36:E, 2b36:F, 2b37:C, 2b37:D, 2b37:E, 4bge:A, 4bge:B, 4bge:C, 4bge:D, 4bge:E, 4bge:F, 4bgi:A, 4bgi:B, 4bgi:C, 4bgi:D, 4bgi:E, 4bgi:F, 4bii:A, 4bii:B, 4bii:C, 4bii:D, 4bqp:A, 4bqp:B, 4bqp:C, 4bqp:D, 4bqp:E, 4bqr:A, 4bqr:B, 4bqr:C, 4bqr:D, 1bvr:A, 1bvr:B, 1bvr:C, 1bvr:D, 1bvr:E, 1bvr:F, 4cod:B, 4cod:D, 4cod:F, 4cod:H, 5coq:A, 5coq:B, 5coq:C, 5coq:D, 5cp8:A, 5cpb:A, 5cpb:C, 5cpb:D, 5cpb:E, 5cpb:F, 5cpf:A, 5cpf:B, 5cpf:C, 5cpf:D, 4d0r:A, 4d0s:A, 4d0s:B, 4d0s:C, 4d0s:D, 4dqu:A, 4dre:A, 4dti:A, 7e48:A, 7e48:B, 7e48:C, 7e48:D, 1eny:A, 1enz:A, 6ep8:A, 3fne:A, 3fne:B, 3fne:C, 3fne:D, 3fnf:A, 3fnf:B, 3fnf:C, 3fnf:D, 3fng:A, 3fnh:A, 5g0s:A, 5g0s:B, 5g0s:C, 5g0s:D, 5g0t:A, 5g0t:B, 5g0t:C, 5g0t:D, 5g0u:A, 5g0u:B, 5g0u:C, 5g0u:D, 5g0v:A, 5g0v:B, 5g0v:D, 5g0w:A, 5g0w:B, 5g0w:C, 5g0w:D, 2h9i:A, 2idz:A, 2ie0:A, 2ieb:A, 5jfo:A, 5jfo:B, 5jfo:C, 5jfo:D, 7kxa:A, 5mtp:A, 5mtp:B, 5mtp:E, 5mtp:G, 5mtp:C, 5mtp:D, 5mtp:F, 5mtp:H, 5mtq:A, 5mtq:B, 5mtq:E, 5mtq:G, 5mtq:C, 5mtq:D, 5mtq:F, 5mtq:H, 5mtr:A, 5mtr:B, 5mtr:E, 5mtr:G, 5mtr:C, 5mtr:D, 5mtr:F, 5mtr:H, 2nsd:A, 2nsd:B, 2ntj:A, 2ntj:B, 2nv6:A, 3oew:A, 3oey:A, 3of2:A, 4ohu:A, 4ohu:B, 4ohu:C, 4ohu:D, 4oim:A, 5oic:A, 5oif:A, 5oif:B, 5oil:A, 5oim:A, 5oin:A, 5oin:B, 5oin:C, 5oin:D, 5oio:A, 5oio:B, 5oip:A, 5oiq:A, 5oiq:B, 5oiq:D, 5oir:A, 5ois:B, 5ois:D, 5ois:F, 5ois:H, 5oit:B, 5oit:D, 5oit:F, 5oit:H, 8otl:A, 8otl:B, 8otl:C, 8otl:D, 8otl:E, 8otl:F, 8otm:A, 8otm:C, 8otm:B, 8otm:D, 8otn:A, 8otn:B, 8otn:C, 8otn:D, 4oxk:A, 4oxk:B, 4oxk:C, 4oxk:D, 4oxn:A, 4oxn:B, 4oxy:A, 4oxy:B, 4oxy:C, 4oxy:D, 4oyr:A, 4oyr:B, 4oyr:C, 4oyr:D, 1p44:A, 1p44:B, 1p44:C, 1p44:D, 1p44:E, 1p44:F, 1p45:A, 1p45:B, 2pr2:A, 4qxm:A, 4qxm:C, 4qxm:E, 4r9r:A, 4r9r:C, 4r9r:E, 4r9r:G, 4r9s:A, 4r9s:C, 4r9s:E, 4r9s:G, 6r9w:A, 6r9w:B, 6r9w:C, 6r9w:D, 6r9w:E, 6sq5:A, 6sq7:A, 6sq9:A, 6sqb:A, 6sqd:A, 6sql:A, 4trj:A, 4trn:A, 4tro:A, 4tzk:A, 4tzt:A, 4u0j:A, 4u0k:A, 5ugs:A, 5ugs:B, 5ugs:E, 5ugs:G, 5ugs:C, 5ugs:D, 5ugt:A, 5ugt:B, 5ugt:E, 5ugt:G, 5ugu:A, 4uvd:A, 4uve:A, 4uvg:A, 4uvh:A, 4uvh:B, 4uvh:C, 4uvh:D, 4uvi:A, 4uvi:B, 4uvi:C, 4uvi:D, 5vrl:A, 5vrm:A, 5vrm:B, 5vrm:C, 5vrm:D, 5vrn:A, 5vrn:B, 5vrn:C, 5vrn:D, 5vrn:E, 5vrn:F, 5w07:A, 2x22:A, 2x22:B, 2x23:A, 2x23:B, 2x23:E, 2x23:G, 6yuu:A, 1zid:A
31 8hg7:A 590 26 0.0821 0.0186 0.4231 5.1 8hb0:A, 8hdh:A, 8hez:A, 8hin:A, 7vsi:A, 7ynj:A, 7ynk:A
32 7aih:Ah 452 83 0.1567 0.0465 0.2530 5.8 7ane:Ah
33 4ptb:A 178 40 0.1119 0.0843 0.3750 9.0 5fb0:A, 5fb0:C, 5fb1:A, 6g5n:A, 6g5n:B, 6g5p:A, 6g5p:B, 4ptb:B, 5pwc:A, 5pwc:B, 5pwd:A, 5pwd:B, 5pwe:A, 5pwe:B, 5pwf:A, 5pwf:B, 5pwg:A, 5pwg:B, 5pwh:A, 5pwh:B, 5pwi:A, 5pwi:B, 5pwj:A, 5pwj:B, 5pwk:A, 5pwk:B, 5pwl:A, 5pwl:B, 5pwm:A, 5pwm:B, 5pwn:A, 5pwn:B, 5pwo:A, 5pwo:B, 5pwp:A, 5pwp:B, 5pwq:A, 5pwq:B, 5pwr:A, 5pwr:B, 5pws:A, 5pws:B, 5pwt:A, 5pwt:B, 5pwu:A, 5pwu:B, 5pwv:A, 5pwv:B, 5pww:A, 5pww:B, 5pwx:A, 5pwx:B, 5pwy:A, 5pwy:B, 5pwz:A, 5pwz:B, 5px0:A, 5px0:B, 5px1:A, 5px1:B, 5px2:A, 5px2:B, 5px3:A, 5px3:B, 5px4:A, 5px4:B, 5px5:A, 5px5:B, 5px6:A, 5px6:B, 5px7:A, 5px7:B, 5px8:A, 5px8:B, 5px9:A, 5px9:B, 5pxa:A, 5pxa:B, 5pxb:A, 5pxb:B, 5pxc:A, 5pxc:B, 5pxd:A, 5pxd:B, 5pxe:A, 5pxe:B, 5pxf:A, 5pxf:B, 5pxg:A, 5pxg:B, 5pxh:A, 5pxh:B, 5pxi:A, 5pxi:B, 5pxj:A, 5pxj:B, 5pxk:A, 5pxk:B, 5pxl:A, 5pxl:B, 5pxm:A, 5pxm:B, 5pxn:A, 5pxn:B, 5pxo:A, 5pxo:B, 5pxp:A, 5pxp:B, 5pxq:A, 5pxq:B, 5pxr:A, 5pxr:B, 5pxs:A, 5pxs:B, 5pxt:A, 5pxt:B, 5pxu:A, 5pxu:B, 5pxv:A, 5pxv:B, 5pxw:A, 5pxw:B, 5pxx:A, 5pxx:B, 5pxy:A, 5pxy:B, 5pxz:A, 5pxz:B, 5py0:A, 5py0:B, 5py1:A, 5py1:B, 5py2:A, 5py2:B, 5py3:A, 5py3:B, 5py4:A, 5py4:B, 5py5:A, 5py5:B, 5py6:A, 5py6:B, 5py7:A, 5py7:B, 5py8:A, 5py8:B, 5py9:A, 5py9:B, 5pya:A, 5pya:B, 5pyb:A, 5pyb:B, 5pyc:A, 5pyc:B, 5pyd:A, 5pyd:B, 5pye:A, 5pye:B, 5pyf:A, 5pyf:B, 5pyg:A, 5pyg:B, 5pyh:A, 5pyh:B, 5pyi:A, 5pyi:B, 5pyj:A, 5pyj:B, 5pyk:A, 5pyk:B, 5pyl:A, 5pyl:B, 5pym:A, 5pym:B, 5pyn:A, 5pyn:B, 5pyo:A, 5pyo:B, 5pyp:A, 5pyp:B, 5pyq:A, 5pyq:B, 5pyr:A, 5pyr:B, 5pys:A, 5pys:B, 5pyt:A, 5pyt:B, 5pyu:A, 5pyu:B, 5pyv:A, 5pyv:B, 5pyw:A, 5pyw:B, 5pyx:A, 5pyx:B, 5pyy:A, 5pyy:B, 5pyz:A, 5pyz:B, 5pz0:A, 5pz0:B, 5pz1:A, 5pz1:B, 5pz2:A, 5pz2:B, 5pz3:A, 5pz3:B, 5pz4:A, 5pz4:B, 5pz5:A, 5pz5:B, 5pz6:A, 5pz6:B, 5pz7:A, 5pz7:B, 5pz8:A, 5pz8:B, 5pz9:A, 5pz9:B, 5pza:A, 5pza:B, 5pzb:A, 5pzb:B, 5pzc:A, 5pzc:B, 5pzd:A, 5pzd:B, 5pze:A, 5pze:B, 5pzf:A, 5pzf:B, 5pzg:A, 5pzg:B, 5pzh:A, 5pzh:B, 5pzi:A, 5pzi:B, 5pzj:A, 5pzj:B
34 6gys:B 579 52 0.1194 0.0276 0.3077 9.4 6f07:B, 6gyp:B, 6gys:C, 6gys:J, 6gys:I, 6gyu:B, 7k7g:M, 8ow1:CE

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218