Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SNSITENTSWNKEFSAEAVNGVFVLCKSSSKSCATNDLARASKEYLPASTFKIPNAIIGLETGVIKNEHQVFKWDGKPRA
MKQWERDLTLRGAIQVSAVPVFQQIAREVGEVRMQKYLKKFSYGNQNISGGIDKFWLEDQLRISAVNQVEFLESLYLNKL
SASKENQLIVKEALVTEAAPEYLVHSKTGFSGVGTESNPGVAWWVGWVEKETEVYFFAFNMDIDNESKLPLRKSIPTKIM
ESEGIIG

The query sequence (length=247) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5fq9:B 247 245 0.9879 0.9879 0.9959 0.0 1fof:A, 1fof:B, 5fq9:A, 1h5x:A, 1h5x:B, 1h8y:A, 1h8y:B, 2hp5:A, 2hp5:B, 2hp5:C, 2hp5:D, 1k54:A, 1k54:B, 1k6r:A, 1k6r:B, 1k6s:A, 1k6s:B, 7l5t:A, 7l5t:B, 3lce:A, 3lce:B, 5mmy:B, 5mnu:A, 5mnu:B, 5mox:A, 5mox:B, 5moz:A, 5moz:B, 6rtn:A, 6rtn:B, 4s2o:A, 4s2o:B, 6skp:A, 6skp:B, 6skq:A, 6skq:B, 6skq:C, 6skq:D, 6skr:A, 6skr:B, 2wgi:A, 2wgi:B, 2wgv:A, 2wgv:B, 2wkh:A, 2wkh:B, 4wz5:A, 4wz5:B, 6zrg:A, 6zrh:A, 6zrh:B, 6zrh:C, 6zrh:D, 6zri:A, 6zri:B, 6zri:C, 6zri:D, 6zw2:A
2 6psg:C 249 241 0.4777 0.4739 0.4896 1.89e-85 7ass:C, 7ass:D, 7aux:A, 7aux:B, 7aw5:A, 7aw5:B, 7dml:A, 7dml:B, 7dml:C, 7dml:D, 5dtk:A, 5dtk:B, 5dtk:C, 5dtk:D, 5dts:A, 5dts:B, 5dts:C, 5dts:D, 5dtt:C, 5dtt:D, 5dva:A, 5dva:B, 5dva:C, 5dva:D, 5faq:A, 5faq:B, 5fas:A, 5fas:B, 5fat:A, 5fat:B, 8faj:A, 8faj:B, 7jhq:A, 7jhq:B, 7jhq:C, 7jhq:D, 7k5v:A, 7k5v:B, 7kh9:B, 7kh9:A, 7khq:A, 7khq:B, 7khy:A, 7khz:A, 7l8o:A, 7l8o:B, 7l8o:C, 7l8o:D, 7nrj:AAA, 7nrj:BBB, 7nrj:CCC, 7nrj:DDD, 7o5n:AAA, 7o5n:BBB, 7o5n:CCC, 7o5n:DDD, 7o5q:BBB, 7o5q:CCC, 7o5q:DDD, 7o9n:AAA, 7o9n:DDD, 7o9n:BBB, 7o9n:CCC, 5odz:B, 6p96:A, 6p96:B, 6p97:A, 6p97:B, 6p98:A, 6p98:B, 6p99:A, 6p99:B, 6p9c:A, 6p9c:B, 7peh:AAA, 7peh:CCC, 7peh:DDD, 7pep:AAA, 7pep:BBB, 7pep:CCC, 7pep:DDD, 8pec:A, 8pec:C, 8pec:D, 7pfn:AAA, 7pfn:BBB, 7pgo:AAA, 6pk0:A, 6pk0:C, 6pk0:B, 6pk0:D, 6pqi:A, 6pqi:B, 6pqi:C, 6pqi:D, 6psg:A, 6psg:B, 6psg:D, 7pse:AAA, 7pse:BBB, 7psf:AAA, 7psf:BBB, 7psf:CCC, 6pt1:A, 6pt1:B, 6pt1:C, 6pt1:D, 6pt5:A, 6pt5:B, 6pt5:C, 6pt5:D, 6ptu:A, 6ptu:B, 6ptu:C, 6ptu:D, 6pxx:A, 6pxx:B, 7q14:AAA, 7q14:BBB, 7q14:CCC, 7q14:DDD, 7q14:EEE, 7q14:FFF, 7q14:GGG, 7q14:HHH, 6q5b:A, 6q5b:B, 6q5b:C, 6q5b:D, 6q5f:A, 6q5f:C, 5qa4:A, 5qa4:B, 5qa4:C, 5qa4:D, 5qa5:A, 5qa5:B, 5qa5:C, 5qa5:D, 5qa6:A, 5qa6:B, 5qa6:C, 5qa6:D, 5qa7:A, 5qa7:B, 5qa7:C, 5qa7:D, 5qa8:A, 5qa8:C, 5qa8:D, 5qa9:A, 5qa9:B, 5qa9:C, 5qaa:A, 5qaa:B, 5qaa:C, 5qaa:D, 5qab:A, 5qab:B, 5qab:D, 5qac:A, 5qac:B, 5qac:C, 5qac:D, 5qad:A, 5qad:B, 5qad:C, 5qad:D, 5qae:A, 5qae:B, 5qae:C, 5qae:D, 5qaf:A, 5qaf:B, 5qaf:D, 5qag:A, 5qag:B, 5qag:C, 5qag:D, 5qah:A, 5qah:B, 5qah:C, 5qah:D, 5qai:A, 5qai:C, 5qaj:A, 5qaj:B, 5qaj:C, 5qaj:D, 5qak:A, 5qak:B, 5qak:C, 5qak:D, 5qal:A, 5qal:B, 5qal:C, 5qal:D, 5qam:A, 5qam:B, 5qam:C, 5qam:D, 5qan:A, 5qan:B, 5qan:C, 5qan:D, 5qao:A, 5qao:B, 5qao:C, 5qao:D, 5qap:B, 5qap:C, 5qap:D, 5qaq:B, 5qaq:C, 5qaq:D, 5qar:A, 5qar:B, 5qar:C, 5qar:D, 5qas:A, 5qas:B, 5qas:C, 5qas:D, 5qat:A, 5qat:B, 5qat:C, 5qat:D, 5qau:C, 5qau:D, 5qav:C, 5qav:D, 5qaw:A, 5qaw:C, 5qaw:D, 5qax:A, 5qax:B, 5qax:C, 5qax:D, 5qay:A, 5qay:B, 5qay:C, 5qay:D, 5qaz:A, 5qaz:B, 5qaz:C, 5qaz:D, 5qb0:A, 5qb0:B, 5qb0:D, 5qb1:B, 5qb1:D, 5qb2:A, 5qb2:B, 5qb3:A, 5qb3:B, 5qb3:C, 5qb3:D, 5qb4:A, 5qb4:B, 5qb4:C, 5qb4:D, 8qnz:AAA, 8qnz:BBB, 8qnz:DDD, 7r6z:A, 7r6z:B, 6rj7:A, 4s2j:A, 4s2j:B, 4s2j:C, 4s2j:D, 4s2k:A, 4s2k:B, 4s2k:C, 4s2k:D, 4s2n:A, 4s2n:B, 4s2n:C, 4s2n:D, 8sqf:B, 8sqf:A, 8sqg:B, 8sqg:A, 6uvk:A, 6uvk:B, 6uvk:C, 6uvk:D, 6v1o:A, 6v1o:B, 6v1o:C, 6v1o:D, 4wmc:A, 4wmc:B, 4wmc:C, 4wmc:D, 4wmc:E, 4wmc:F, 4wmc:G, 4wmc:H, 6xqr:A, 6xqr:B, 6zrj:A, 6zrj:B, 6zrj:C, 6zrj:D, 6zrj:E, 6zrj:F, 6zrj:G, 6zrj:H, 6zrp:A, 6zrp:B, 6zrp:C, 6zrp:D, 6zxi:A, 6zxi:B
3 4ied:C 247 243 0.3765 0.3765 0.3827 1.21e-53 4ied:B
4 8ep6:A 245 221 0.3563 0.3592 0.3982 1.38e-51
5 6xj3:A 241 240 0.3563 0.3651 0.3667 2.06e-50 6xj3:B, 6xj3:C, 6xj3:D
6 4y0u:A 243 235 0.3725 0.3786 0.3915 2.45e-49 7vvi:A, 7vx3:A, 7vx6:A, 4y0u:B, 4y0u:C, 4y0u:D
7 4f94:A 245 234 0.3644 0.3673 0.3846 3.05e-47 6b22:A, 8cul:A, 8cum:A, 8cuo:A, 3fv7:A, 3fyz:A, 3fzc:A, 3mbz:A, 6mpq:A, 3pae:A, 3pae:B, 3pag:A, 3pag:B, 7rp8:A, 7rp9:A, 7rpa:A, 7rpb:A, 7rpc:A, 7rpd:A, 7rpe:A, 7rpf:A, 7rpg:A, 5tg4:A, 5tg5:A, 5tg6:A, 5tg7:A, 5vfd:A, 4wm9:A, 4x53:A, 4x56:A, 3znt:A
8 5ctn:A 233 201 0.3158 0.3348 0.3881 4.93e-47 5ctn:B
9 5e2f:A 237 228 0.3401 0.3544 0.3684 5.01e-47
10 4k0x:A 243 242 0.3482 0.3539 0.3554 8.38e-47 4jf4:A, 4jf4:B, 4k0w:A, 6n6u:A, 6n6v:A, 6n6x:A, 6n6y:A, 7t7d:A, 7t7e:A, 7t7f:A, 7t7g:A, 5wi3:B, 5wi3:A, 5wi7:A, 5wi7:B, 5wib:A, 5wib:B, 4x55:A, 4x55:B
11 8sq7:A 241 234 0.3441 0.3527 0.3632 8.23e-45 5l2f:A, 5l2f:B, 5l2f:C, 5l2f:D, 8sq7:B, 8sq7:C, 8sq7:D, 8sq7:E, 8sq7:F, 8sq7:G, 8sq7:H, 8sq8:A, 8sq8:B, 8sq8:C, 8sq8:D
12 6pqc:A 252 237 0.2794 0.2738 0.2911 2.28e-26 7kep:A, 7keq:A, 7ker:A, 7lnq:A, 7lnr:A, 7mea:A, 7meb:A, 7mec:A, 7med:A, 7mee:A, 7mef:A, 7meg:A, 7meh:A
13 4mll:B 251 146 0.1943 0.1912 0.3288 2.37e-21 3isg:A, 3isg:B, 4mll:A, 4mll:C, 4mll:D
14 2iwc:A 255 229 0.2186 0.2118 0.2358 3.77e-21 2iwb:A, 2iwd:A, 6o9s:A
15 8exs:A 556 200 0.2389 0.1061 0.2950 1.13e-20 8c0p:A, 8c0p:B, 8c0s:A, 8c0s:B, 8cf3:C, 8cf3:E, 8exp:A, 8exp:B, 8exq:B, 8exq:A, 8exr:B, 8exr:A, 8exs:B, 8ext:A, 8ext:B, 6o9w:B, 3q7z:A, 3q7z:B, 3q81:A, 3q81:B, 3q82:A, 3q82:B, 1xa1:A, 1xa1:B, 1xa1:C, 1xa1:D, 1xa7:A, 1xa7:B, 1xkz:A, 1xkz:B, 1xkz:C, 1xkz:D
16 6o9w:A 227 228 0.2470 0.2687 0.2675 1.41e-15
17 6tix:BBB 533 95 0.1255 0.0582 0.3263 1.61e-04 6tix:AAA
18 6g9f:A 539 98 0.1174 0.0538 0.2959 0.003 6g9s:A
19 6g88:C 597 109 0.1174 0.0486 0.2661 0.005 6g88:B
20 7rcz:A 511 101 0.1255 0.0607 0.3069 0.005 7rcz:B
21 7kis:A 458 112 0.1296 0.0699 0.2857 0.009 7kis:B
22 6mkh:A 445 98 0.1215 0.0674 0.3061 0.015 6bsr:A, 6mki:A
23 8f3i:A 641 116 0.1174 0.0452 0.2500 0.029 8f3g:A, 8f3l:A, 8f3n:A, 8f3p:A, 8f3s:A, 8f3u:A, 8f3w:A, 8f3y:A, 6g88:A, 6mkf:A, 6mkg:A
24 4cjn:A 642 95 0.1093 0.0421 0.2842 0.040 4bl3:A, 4bl3:B, 4cjn:B, 4cpk:A, 4cpk:B, 4dki:A, 4dki:B, 6h5o:B, 5m18:A, 5m18:B, 5m19:A, 5m19:B, 5m1a:A, 5m1a:B, 1mwt:A, 1mwt:B, 1mwu:A, 1mwu:B, 6q9n:A, 3zfz:A, 3zfz:B, 3zg0:A, 3zg0:B, 3zg5:A, 3zg5:B
25 7rd0:A 482 87 0.1053 0.0539 0.2989 0.35
26 8xgc:I 745 92 0.1134 0.0376 0.3043 0.47
27 1xx4:A 254 108 0.1215 0.1181 0.2778 0.67
28 3n9s:A 307 95 0.1053 0.0847 0.2737 1.3 3c4u:A, 3c4u:B, 3c52:A, 3c52:B, 3c56:A, 3c56:B, 3n9r:A, 3n9r:B, 3n9r:K, 3n9r:P, 3n9r:U, 3n9r:Z, 3n9r:e, 3n9r:j, 3n9s:B, 5uck:A, 5uck:B, 5ucn:A, 5ucn:B, 5ucp:A, 5ucp:B, 5ucs:A, 5ucs:B, 5ucz:A, 5ucz:B, 5ud0:B, 5ud2:A, 5ud2:B, 5ud3:A, 5ud3:B, 5ud4:A, 5ud4:B, 5vjf:A, 5vjf:B
29 3lez:A 260 118 0.1093 0.1038 0.2288 2.4
30 6lqc:A 450 89 0.0972 0.0533 0.2697 3.5 6lql:A
31 3hnm:A 167 34 0.0607 0.0898 0.4412 4.0 3hnm:B, 3hnm:C, 3hnm:D
32 6myv:C 526 61 0.0810 0.0380 0.3279 4.7 6mrv:B, 6mrv:A, 6myv:A, 6myv:B, 6myv:D
33 8irv:R 279 54 0.0486 0.0430 0.2222 6.3
34 5bvs:A 132 68 0.0850 0.1591 0.3088 7.7 5bvs:B
35 8i6i:A 448 80 0.0850 0.0469 0.2625 8.2 8i6i:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218