Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SNDPSGYNPAKNNYHPVEDACWKPGQKVPYLAVARTFEKIEEVSARLRMVETLSNLLRSVVALSPPDLLPVLYLSLNHLG
PPQQGLELGVGDGVLLKAVAQATGRQLESVRAEAAEKGDVGLVAENSRSTQRLMLPPPPLTASGVFSKFRDIARLTGSAS
TAKKIDIIKGLFVACRHSEARFIARSLSGRLRLGLAEQSVLAALSQAVSLTPPGQEFPPAMVDAGKGKTAEARKTWLEEQ
GMILKQTFCEVPDLDRIIPVLLEHGLERLPEHCKLSPGIPLKPMLAHPTRGISEVLKRFEEAAFTCEYKYDGQRAQIHAL
EGGEVKIFSRNQEDNTGKYPDIISRIPKIKLPSVTSFILDTEAVAWDREKKQIQPFQVLTTRKRKEVDASEIQVQVCLYA
FDLIYLNGESLVREPLSRRRQLLRENFVETEGEFVFATSLDTKDIEQIAEFLEQSVKDSCEGLMVKTLDVDATYEIAKRS
HNWLKLKKDYLDGVGDTLDLVVIGAYLGRGKRAGRYGGFLLASYDEDSEELQAICKLGTGFSDEELEEHHQSLKALVLPS
PRPYVRIDGAVIPDHWLDPSAVWEVKCADLSLSPIYPAARGLVDSDKGISLRFPRFIRVREDKQPEQATTSAQVACLYRK
QS

The query sequence (length=642) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8vzl:A 646 640 0.9938 0.9876 0.9969 0.0 9bs3:A, 9bs3:E, 9bs4:A, 9bs4:E, 7kr3:A, 7kr4:A, 7l34:A, 7l35:A, 6p09:A, 6p0a:A, 6p0b:A, 6p0c:A, 6p0d:A, 6p0e:A, 6q1v:A, 7qnz:A, 7qo1:A, 7sum:A, 7sx5:A, 7sxe:A, 8vdn:A, 8vds:A, 8vdt:A, 8vzm:A, 1x9n:A
2 7rpx:E 590 623 0.3209 0.3492 0.3307 1.27e-104 2hix:A, 7rpo:E, 7rpw:E
3 6wbo:A 555 617 0.3006 0.3477 0.3128 1.31e-74
4 2cfm:A 561 617 0.2960 0.3387 0.3079 5.03e-74
5 3gde:A 551 618 0.2804 0.3267 0.2913 1.23e-61
6 4eq5:A 516 616 0.2773 0.3450 0.2890 3.48e-57
7 3l2p:A 535 380 0.1900 0.2280 0.3211 1.90e-47
8 7lsy:Y 855 638 0.2368 0.1778 0.2382 3.32e-33 6bkg:A, 4htp:A, 4htp:B, 3w1b:A, 3w1g:A, 3w5o:A, 3w5o:B
9 6bkf:A 562 365 0.1636 0.1868 0.2877 2.78e-27
10 1vs0:B 305 281 0.1277 0.2689 0.2918 3.17e-12 6nhx:A, 6nhz:A, 1vs0:A
11 6ras:I 433 266 0.1199 0.1778 0.2895 3.73e-07 6rar:I, 6rau:I, 6rce:I
12 4d05:A 258 96 0.0514 0.1279 0.3438 0.005 4d05:B
13 8kgn:A 1190 116 0.0467 0.0252 0.2586 0.085 8j9v:A, 8j9v:B, 8j9w:B, 8j9w:A, 8j9x:A, 8j9x:B, 8ja1:A, 8ja2:A, 8kgm:A, 8kgm:B, 8kgn:B, 8kgq:A, 8kgq:B, 8kgr:A, 8kgr:B, 8kgs:A, 8kgt:A, 8wwo:A, 8wwo:B, 8wwo:C, 8wwo:D, 8xrf:A, 8xrf:B, 8xrg:A, 8xrh:A, 8xri:A, 8xri:B, 8yge:A, 8yge:B
14 5d4v:B 260 125 0.0592 0.1462 0.3040 0.25 5d4u:A, 5d4u:B, 5d4u:C, 5d4u:D, 5d4v:A, 5d4v:C, 5d4v:D
15 1nbw:A 606 51 0.0312 0.0330 0.3922 0.36 1nbw:C
16 6gdr:A 256 112 0.0483 0.1211 0.2768 1.3
17 4bxc:A 929 112 0.0467 0.0323 0.2679 3.1 4bxc:B, 3zgb:A, 3zgb:B, 3zge:A, 3zge:B
18 5acn:A 754 69 0.0374 0.0318 0.3478 4.4 1aco:A, 6acn:A, 7acn:A, 8acn:A, 1ami:A, 1amj:A, 1b0j:A, 1b0k:A, 1b0m:A, 1c96:A, 1c97:A, 1fgh:A, 1nis:A, 1nit:A
19 7wzf:A 243 61 0.0296 0.0782 0.3115 5.3
20 4e2x:A 405 70 0.0327 0.0519 0.3000 6.2 4e2w:A, 4e2y:A, 4e2z:A, 4e30:A, 4e31:A, 4e32:A, 4e33:A, 3ndi:A, 3ndj:A
21 7qrd:C 364 51 0.0234 0.0412 0.2941 6.5 6arj:A, 6arj:B, 6arj:C, 6arj:D, 6arv:A, 6arv:B, 6arv:C, 6arv:D, 3b3f:A, 3b3f:B, 3b3f:C, 3b3f:D, 6d2l:A, 6d2l:B, 6d2l:C, 6d2l:D, 6d2l:E, 6d2l:F, 6dvr:A, 6dvr:B, 5dwq:B, 5dwq:D, 5dwq:A, 5dwq:C, 5dx0:A, 5dx0:B, 5dx0:C, 5dx0:D, 5dx1:A, 5dx1:B, 5dx1:C, 5dx1:D, 5dx8:A, 5dx8:B, 5dx8:C, 5dx8:D, 5dxa:A, 5dxa:B, 5dxa:D, 5dxa:C, 5dxj:A, 5dxj:B, 5dxj:C, 5dxj:D, 7fai:A, 7fai:B, 7fai:C, 7fai:D, 7faj:A, 7faj:B, 7faj:C, 7faj:D, 8g2h:A, 8g2i:A, 5ih3:A, 5ih3:B, 5ih3:C, 5ih3:D, 4ikp:A, 4ikp:B, 4ikp:C, 4ikp:D, 5is6:A, 5is6:B, 5is6:C, 5is6:D, 5is7:A, 5is7:B, 5is7:C, 5is7:D, 5is8:A, 5is8:B, 5is8:D, 5is8:C, 5is9:A, 5is9:B, 5is9:C, 5is9:D, 5isa:C, 5isa:D, 5isa:A, 5isa:B, 5isb:A, 5isb:B, 5isb:C, 5isb:D, 5isc:A, 5isc:B, 5isc:C, 5isc:D, 5isd:A, 5isd:B, 5isd:C, 5isd:D, 5ise:A, 5ise:B, 5ise:C, 5ise:D, 5isf:A, 5isf:B, 5isf:C, 5isf:D, 5isg:A, 5isg:B, 5isg:C, 5isg:D, 5ish:A, 5ish:B, 5ish:C, 5ish:D, 5isi:A, 5isi:B, 5isi:C, 5isi:D, 6izq:A, 5k8v:A, 5k8v:B, 5k8v:C, 5k8v:D, 5k8w:A, 5k8w:B, 5k8w:C, 5k8w:D, 5k8x:A, 5k8x:B, 5k8x:C, 5k8x:D, 5lgp:A, 5lgp:B, 5lgp:C, 5lgp:D, 5lgq:B, 5lgq:A, 5lgq:C, 5lgq:D, 5lgr:A, 5lgr:B, 5lgr:C, 5lgr:D, 5lgs:A, 5lgs:B, 5lgs:C, 5lgs:D, 5lkj:A, 5lkj:B, 5lkj:C, 5lkj:D, 5lv2:A, 5lv2:B, 5lv2:C, 5lv2:D, 5lv2:E, 5lv2:F, 5lv2:G, 5lv2:H, 5lv3:A, 5lv3:B, 5lv3:C, 5lv3:D, 5ntc:A, 5ntc:B, 5ntc:C, 5ntc:D, 7okp:A, 7okp:B, 7okp:C, 7okp:D, 7os4:A, 7os4:B, 7os4:C, 7os4:D, 7ppq:A, 7ppq:B, 7ppq:C, 7ppq:D, 7ppy:A, 7ppy:B, 7ppy:C, 7ppy:D, 7pu8:A, 7pu8:B, 7pu8:C, 7pu8:D, 7puc:A, 7puc:B, 7puc:C, 7puc:D, 7puq:A, 7puq:B, 7puq:C, 7puq:D, 7pv6:A, 7pv6:B, 7pv6:C, 7pv6:D, 7qph:A, 7qph:D, 7qph:C, 7qph:B, 7qrd:A, 7qrd:B, 7qrd:D, 6s70:A, 6s70:B, 6s70:C, 6s70:D, 6s71:A, 6s71:B, 6s71:C, 6s71:D, 6s74:A, 6s74:B, 6s74:C, 6s74:D, 6s77:A, 6s77:B, 6s77:C, 6s77:D, 6s79:A, 6s79:B, 6s79:C, 6s79:D, 6s7a:A, 6s7a:B, 6s7a:C, 6s7a:D, 6s7b:A, 6s7b:B, 6s7b:C, 6s7b:D, 6s7c:A, 6s7c:B, 6s7c:C, 6s7c:D, 8sig:A, 8sih:A, 5tbh:A, 5tbh:B, 5tbh:C, 5tbh:D, 5tbi:A, 5tbi:B, 5tbi:C, 5tbi:D, 5tbj:A, 5tbj:B, 5tbj:C, 5tbj:D, 5u4x:A, 5u4x:B, 5u4x:C, 5u4x:D, 7u9i:A, 7u9i:B, 2v74:B, 2v74:D, 2v74:F, 2v74:H, 2y1w:A, 2y1w:B, 2y1w:C, 2y1w:D, 2y1x:A, 2y1x:D, 2y1x:B, 2y1x:C
22 5hol:A 167 59 0.0312 0.1198 0.3390 6.8 5dus:A, 5zu7:A, 5zu9:A, 5zua:A, 5zub:A
23 6smr:A 473 80 0.0389 0.0529 0.3125 7.4 6smr:B, 6smr:C, 6smr:D
24 4lwp:B 342 50 0.0218 0.0409 0.2800 8.6 4lwp:A
25 3b55:A 408 44 0.0234 0.0368 0.3409 9.4
26 7oro:A 2008 78 0.0296 0.0095 0.2436 9.7 7ori:A
27 6z6b:PPP 2036 78 0.0296 0.0093 0.2436 9.7 6z6b:EEE
28 7orj:A 2129 78 0.0296 0.0089 0.2436 9.7
29 6z6g:A 2142 78 0.0296 0.0089 0.2436 9.7 5amr:A
30 7orm:A 2145 78 0.0296 0.0089 0.2436 9.8
31 6z8k:A 2158 78 0.0296 0.0088 0.2436 9.8 5amq:A, 7orn:A
32 7orl:A 2183 78 0.0296 0.0087 0.2436 9.8 7oa4:AAA, 7oa4:BBB, 7oa4:DDD, 7oa4:GGG, 7ork:A, 7plr:AAA, 7plr:BBB, 7plr:DDD, 7plr:GGG, 2xi5:A, 2xi5:B, 2xi5:C, 2xi5:D, 2xi7:A, 2xi7:B, 2xi7:C, 2xi7:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218