Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SMSYTWTGALITPCYATTSRSASLRQKKVTFDRLQVLDDHYRDVLKEMKAKASTVKAKLLSVEEACKLTPPHSARSKFGY
GAKDVRNLSSKAVNHIRSVWKDLLEDTETPIDTTIMAKNEVFCVQPEKGGRKPARLIVFPDLGVRVCEKMALYDVVSTLP
QAVMGSSYGFQYSPGQRVEFLVNAWKAKKCPMGFAYDTRCFDSTVTENDIRVEESIYQCCDLAPEARQAIRSLTERLYIG
GPLTNSKGQNCGYRRCRASGVLTTSCGNTLTCYLKAAAACRAAKLQDCTMLVCGDDLVVICESAGTQEDEASLRAFTEAM
TRYSAPPGDPPKPEYDLELITSCSSNVSVAHDASGKRVYYLTRDPTTPLARAAWETARHTPVNSWLGNIIMYAPTLWARM
ILMTHFFSILLAQEQLEKALDCQIYGACYSIEPLDLPQIIQRLHGLSAFSLHSYSPGEINRVASCLRKLGVPPLRVWRHR
ARSVRARLLSQGGRAATCGKYLFNWAVRTKLKLTPIPAADLSSWFVAGYSGGD

The query sequence (length=533) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3gnw:B 568 559 0.9531 0.8944 0.9088 0.0 2awz:A, 2awz:B, 2ax0:A, 2ax0:B, 2ax1:A, 2ax1:B, 2brk:A, 2brl:A, 3br9:A, 3br9:B, 3bsa:A, 3bsa:B, 3bsc:A, 3bsc:B, 3cde:A, 3cde:B, 3ciz:B, 3cj0:A, 3cj0:B, 3cj2:A, 3cj2:B, 3cj3:A, 3cj3:B, 3cj4:A, 3cj4:B, 3cj5:A, 3cj5:B, 3co9:A, 3co9:B, 3cso:A, 3cso:B, 3cvk:A, 3cvk:B, 3cwj:A, 3cwj:B, 5czb:A, 5czb:B, 3d28:A, 3d28:B, 2d3u:A, 2d3u:B, 2d3z:A, 2d3z:B, 2d41:A, 2d41:B, 3d5m:A, 3d5m:B, 4dru:A, 2dxs:A, 2dxs:B, 3e51:A, 3e51:B, 4eaw:A, 4eaw:B, 4eo6:A, 4eo6:B, 4eo8:A, 4eo8:B, 3fqk:A, 3fqk:B, 3fql:A, 3frz:A, 2fvc:A, 2fvc:B, 3g86:A, 3g86:B, 2gc8:A, 2gc8:B, 2giq:A, 2giq:B, 2gir:A, 2gir:B, 4gmc:B, 3gnv:A, 3gnv:B, 3gnw:A, 3gol:A, 3gol:B, 1gx5:A, 1gx6:A, 3gyn:A, 3gyn:B, 3h2l:A, 3h2l:B, 3h59:A, 3h59:B, 3h5s:A, 3h5s:B, 3h5u:A, 3h5u:B, 3h98:A, 3h98:B, 2hai:A, 3hhk:A, 3hhk:B, 3hky:A, 3hky:B, 2hwh:A, 2hwh:B, 2hwi:A, 2hwi:B, 2i1r:A, 2i1r:B, 3igv:A, 3igv:B, 4ih5:A, 4ih5:B, 4ih6:A, 4ih6:B, 4ih7:A, 4ih7:B, 2ijn:A, 2ijn:B, 4iz0:A, 4j02:A, 4j02:B, 4j04:A, 4j04:B, 4j06:A, 4j06:B, 4j08:A, 4j0a:A, 2jc0:A, 2jc0:B, 2jc1:A, 2jc1:B, 4jjs:A, 4jjs:B, 4jju:A, 4jju:B, 4jtw:A, 4jtw:B, 4jty:A, 4jty:B, 4jtz:A, 4jtz:B, 4ju1:A, 4ju1:B, 4ju2:A, 4ju2:B, 4ju3:A, 4ju3:B, 4ju4:A, 4ju4:B, 4ju6:A, 4ju7:A, 4jvq:A, 4jvq:B, 4jy0:A, 4jy0:B, 4jy1:A, 4kai:A, 4kai:B, 4kb7:A, 4kb7:B, 4kbi:A, 4kbi:B, 4ke5:A, 4ke5:B, 3lkh:A, 3lkh:B, 3mf5:A, 3mf5:B, 4mia:A, 4mia:B, 4mib:A, 4mib:B, 4mk7:A, 4mk7:B, 4mk8:A, 4mk8:B, 4mk9:A, 4mk9:B, 4mka:A, 4mka:B, 4mkb:A, 4mkb:B, 6mvk:A, 6mvk:B, 6mvp:A, 6mvp:B, 6mvq:A, 6mvq:B, 3mww:B, 4mz4:A, 4mz4:B, 1nb6:A, 1nb6:B, 1nb7:A, 1nb7:B, 1nhu:A, 1nhu:B, 1nhv:A, 1nhv:B, 4nld:A, 2o5d:A, 2o5d:B, 4oow:A, 1os5:A, 3phe:A, 3phe:B, 3phe:C, 3phe:D, 5pzk:A, 5pzk:B, 5pzl:A, 5pzl:B, 5pzm:A, 5pzm:B, 5pzn:A, 5pzn:B, 5pzo:A, 5pzo:B, 5pzp:A, 5pzp:B, 3q0z:A, 3q0z:B, 2qe2:A, 2qe2:B, 2qe5:A, 3qgd:A, 3qgd:B, 3qge:A, 3qge:B, 3qgf:A, 3qgf:B, 3qgg:A, 3qgg:B, 4ry5:A, 4ry5:B, 3ska:A, 3ska:B, 3ske:A, 3ske:B, 3skh:A, 3skh:B, 4tlr:A, 4tn2:A, 5trh:A, 5trh:B, 5tri:A, 5tri:B, 5trj:A, 5trj:B, 5trk:A, 5trk:B, 5twn:A, 5twn:B, 4txs:C, 3tyq:A, 3tyq:B, 3tyv:A, 3tyv:B, 4ty8:A, 4ty8:B, 4ty9:A, 4tya:A, 4tya:B, 4tya:C, 4tya:D, 4tyb:A, 4tyb:B, 4tyb:C, 4tyb:D, 3u4o:A, 3u4o:B, 3u4r:A, 3u4r:B, 3udl:A, 3udl:B, 3udl:C, 3udl:D, 3uph:A, 3uph:B, 3upi:A, 3upi:B, 3vqs:A, 3vqs:B, 3vqs:C, 3vqs:D, 5w2e:A, 5w2e:B, 6w4g:A, 6w4g:B, 2wcx:A, 2who:A, 2who:B, 2wrm:A, 2xhv:A, 2xwy:A, 2yoj:A, 2yoj:B, 1yvf:A, 1z4u:A
2 4khm:A 562 559 0.8837 0.8381 0.8426 0.0 3hkw:A, 3hkw:B, 3hkw:C, 4khm:B, 4khr:A, 6mvo:A, 6mvo:B, 3qgh:A, 3qgi:A, 2xi3:A, 2xi3:B
3 3hvo:A 559 559 0.7430 0.7084 0.7084 0.0 3hvo:B
4 5qj0:A 559 554 0.7523 0.7174 0.7238 0.0 4e78:A, 4e7a:A, 5qj1:A, 5twm:A, 5uj2:A, 4wta:A, 4wtc:A, 4wtd:A, 4wte:A, 4wtf:A, 4wtg:A, 4wti:A, 4wtj:A, 4wtk:A, 4wtl:A, 4wtm:A, 1yvx:A, 1yvz:A
5 1s49:A 588 221 0.0976 0.0884 0.2353 1.57e-06
6 1ei6:A 404 56 0.0319 0.0421 0.3036 0.99 1ei6:B, 1ei6:C, 1ei6:D
7 7v02:F 650 57 0.0356 0.0292 0.3333 1.8
8 7v00:F 695 57 0.0356 0.0273 0.3333 1.9 7v01:F
9 8u4j:B 600 79 0.0375 0.0333 0.2532 2.3
10 2art:A 247 107 0.0544 0.1174 0.2710 2.4 2ars:A, 2aru:A, 2c8m:A, 2c8m:B, 2c8m:C, 2c8m:D
11 8dzz:A 2363 55 0.0319 0.0072 0.3091 5.3 8dzz:D, 8e00:A
12 1qnf:A 475 92 0.0413 0.0463 0.2391 7.0 1owl:A, 1owm:A, 1own:A, 1owo:A, 1owp:A, 1tez:A, 1tez:B, 1tez:C, 1tez:D
13 3mte:A 219 103 0.0469 0.1142 0.2427 7.3 3mte:B, 4ox9:Y, 3p2e:A, 3p2e:B, 3p2k:A, 3p2k:B, 3p2k:C, 3p2k:D, 3pb3:A, 3pb3:B
14 1cf2:P 336 32 0.0206 0.0327 0.3438 7.9 1cf2:R, 1cf2:O, 1cf2:Q
15 3icj:A 468 53 0.0375 0.0427 0.3774 9.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218