Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SMSYTWTGALITPCAAEESKLPINALSNSLLRHHNMVYATTSRSAGLRQKKVTFDRLQVLDDHYRDVLKEMKAKASTVKA
KLLSVEEACKLTPPHSAKSKFGYGAKDVRNLSSKAVNHIHSVWKDLLEDTVTPIDTTIMAKNEVFCVQRKPARLIVFPDL
GVRVCEKMALYDVVSTLPQVVMGSSYGFQYSPGQRVEFLVNTWKSKKNPMGFSYDTRCFDSTVTENDIRVEESIYQCCDL
APEARQAIKSLTERLYIGGPLTNSKGQNCGYRRCRASGVLTTSCGNTLTCYLKASAACRAAKLQDCTMLVNGDDLVVICE
SAGTQEDAASLRVFTEAMTRYSAPPGDPPQPEYDLELITSCSSNVSVAHDASGKRVYYLTRDPTTPLARAAWETARHTPV
NSWLGNIIMYAPTLWARMILMTHFFSILLAQEQLEKALDCQIYGACYSIEPLDLPQIIERLHGLSAFSLHSYSPGEINRV
ASCLRKLGVPPLRVWRHRARSVRARLLSQGGRAATCGKYLFNWAVKTKLKLTPIPAASQLDLSGWFVAGYSGGDIYH

The query sequence (length=557) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3gnw:B 568 559 0.9605 0.9419 0.9571 0.0 2awz:A, 2awz:B, 2ax0:A, 2ax0:B, 2ax1:A, 2ax1:B, 2brk:A, 2brl:A, 3br9:A, 3br9:B, 3bsa:A, 3bsa:B, 3bsc:A, 3bsc:B, 3cde:A, 3cde:B, 3ciz:B, 3cj0:A, 3cj0:B, 3cj2:A, 3cj2:B, 3cj3:A, 3cj3:B, 3cj4:A, 3cj4:B, 3cj5:A, 3cj5:B, 3co9:A, 3co9:B, 3cso:A, 3cso:B, 3cvk:A, 3cvk:B, 3cwj:A, 3cwj:B, 5czb:A, 5czb:B, 3d28:A, 3d28:B, 2d3u:A, 2d3u:B, 2d3z:A, 2d3z:B, 2d41:A, 2d41:B, 3d5m:A, 3d5m:B, 4dru:A, 2dxs:A, 2dxs:B, 3e51:A, 3e51:B, 4eaw:A, 4eaw:B, 4eo6:A, 4eo6:B, 4eo8:A, 4eo8:B, 3fqk:A, 3fqk:B, 3fql:A, 3frz:A, 2fvc:A, 2fvc:B, 3g86:A, 3g86:B, 2gc8:A, 2gc8:B, 2giq:A, 2giq:B, 2gir:A, 2gir:B, 4gmc:B, 3gnv:A, 3gnv:B, 3gnw:A, 3gol:A, 3gol:B, 1gx5:A, 1gx6:A, 3gyn:A, 3gyn:B, 3h2l:A, 3h2l:B, 3h59:A, 3h59:B, 3h5s:A, 3h5s:B, 3h5u:A, 3h5u:B, 3h98:A, 3h98:B, 2hai:A, 3hhk:A, 3hhk:B, 3hky:A, 3hky:B, 2hwh:A, 2hwh:B, 2hwi:A, 2hwi:B, 2i1r:A, 2i1r:B, 3igv:A, 3igv:B, 4ih5:A, 4ih5:B, 4ih6:A, 4ih6:B, 4ih7:A, 4ih7:B, 2ijn:A, 2ijn:B, 4iz0:A, 4j02:A, 4j02:B, 4j04:A, 4j04:B, 4j06:A, 4j06:B, 4j08:A, 4j0a:A, 2jc0:A, 2jc0:B, 2jc1:A, 2jc1:B, 4jjs:A, 4jjs:B, 4jju:A, 4jju:B, 4jtw:A, 4jtw:B, 4jty:A, 4jty:B, 4jtz:A, 4jtz:B, 4ju1:A, 4ju1:B, 4ju2:A, 4ju2:B, 4ju3:A, 4ju3:B, 4ju4:A, 4ju4:B, 4ju6:A, 4ju7:A, 4jvq:A, 4jvq:B, 4jy0:A, 4jy0:B, 4jy1:A, 4kai:A, 4kai:B, 4kb7:A, 4kb7:B, 4kbi:A, 4kbi:B, 4ke5:A, 4ke5:B, 3lkh:A, 3lkh:B, 3mf5:A, 3mf5:B, 4mia:A, 4mia:B, 4mib:A, 4mib:B, 4mk7:A, 4mk7:B, 4mk8:A, 4mk8:B, 4mk9:A, 4mk9:B, 4mka:A, 4mka:B, 4mkb:A, 4mkb:B, 6mvk:A, 6mvk:B, 6mvp:A, 6mvp:B, 6mvq:A, 6mvq:B, 3mww:B, 4mz4:A, 4mz4:B, 1nb6:A, 1nb6:B, 1nb7:A, 1nb7:B, 1nhu:A, 1nhu:B, 1nhv:A, 1nhv:B, 4nld:A, 2o5d:A, 2o5d:B, 4oow:A, 1os5:A, 3phe:A, 3phe:B, 3phe:C, 3phe:D, 5pzk:A, 5pzk:B, 5pzl:A, 5pzl:B, 5pzm:A, 5pzm:B, 5pzn:A, 5pzn:B, 5pzo:A, 5pzo:B, 5pzp:A, 5pzp:B, 3q0z:A, 3q0z:B, 2qe2:A, 2qe2:B, 2qe5:A, 3qgd:A, 3qgd:B, 3qge:A, 3qge:B, 3qgf:A, 3qgf:B, 3qgg:A, 3qgg:B, 4ry5:A, 4ry5:B, 3ska:A, 3ska:B, 3ske:A, 3ske:B, 3skh:A, 3skh:B, 4tlr:A, 4tn2:A, 5trh:A, 5trh:B, 5tri:A, 5tri:B, 5trj:A, 5trj:B, 5trk:A, 5trk:B, 5twn:A, 5twn:B, 4txs:C, 3tyq:A, 3tyq:B, 3tyv:A, 3tyv:B, 4ty8:A, 4ty8:B, 4ty9:A, 4tya:A, 4tya:B, 4tya:C, 4tya:D, 4tyb:A, 4tyb:B, 4tyb:C, 4tyb:D, 3u4o:A, 3u4o:B, 3u4r:A, 3u4r:B, 3udl:A, 3udl:B, 3udl:C, 3udl:D, 3uph:A, 3uph:B, 3upi:A, 3upi:B, 3vqs:A, 3vqs:B, 3vqs:C, 3vqs:D, 5w2e:A, 5w2e:B, 6w4g:A, 6w4g:B, 2wcx:A, 2who:A, 2who:B, 2wrm:A, 2xhv:A, 2xwy:A, 2yoj:A, 2yoj:B, 1yvf:A, 1z4u:A
2 4khm:A 562 562 0.8869 0.8790 0.8790 0.0 3hkw:A, 3hkw:B, 3hkw:C, 4khm:B, 4khr:A, 6mvo:A, 6mvo:B, 3qgh:A, 3qgi:A, 2xi3:A, 2xi3:B
3 3hvo:A 559 558 0.7451 0.7424 0.7437 0.0 3hvo:B
4 5qj0:A 559 559 0.7343 0.7317 0.7317 0.0 4e78:A, 4e7a:A, 5qj1:A, 5twm:A, 5uj2:A, 4wta:A, 4wtc:A, 4wtd:A, 4wte:A, 4wtf:A, 4wtg:A, 4wti:A, 4wtj:A, 4wtk:A, 4wtl:A, 4wtm:A, 1yvx:A, 1yvz:A
5 1s49:A 588 231 0.0987 0.0935 0.2381 1.93e-07
6 1ei6:A 404 56 0.0305 0.0421 0.3036 1.1 1ei6:B, 1ei6:C, 1ei6:D
7 8dzz:A 2363 55 0.0341 0.0080 0.3455 1.7 8dzz:D, 8e00:A
8 7v00:F 695 97 0.0485 0.0388 0.2784 2.6 7v01:F
9 7v02:F 650 97 0.0485 0.0415 0.2784 2.8
10 4w8f:B 2609 55 0.0323 0.0069 0.3273 4.5 220l:A, 223l:A, 225l:A, 227l:A, 148l:E, 258l:A, 259l:A, 260l:A, 182l:A, 183l:A, 184l:A, 185l:A, 186l:A, 187l:A, 188l:A, 2a4t:A, 1c61:A, 1c62:A, 1c65:A, 1c66:A, 1c67:A, 1c68:A, 1c6a:A, 1c6b:A, 1c6d:A, 1c6e:A, 1c6g:A, 1c6h:A, 1c6j:A, 1c6k:A, 1c6m:A, 1c6n:A, 1c6q:A, 1c6t:A, 2cuu:A, 3dmx:A, 3dmz:A, 3dn0:A, 3dn1:A, 3dn2:A, 3dn3:A, 3dn4:A, 3dn6:A, 3dn8:A, 3dna:A, 1epy:A, 5g27:A, 3g3v:A, 3g3w:A, 3g3x:A, 3guj:A, 3guk:A, 3gul:A, 3gul:B, 3gum:A, 3gum:B, 3gun:A, 3gun:B, 3guo:A, 3guo:B, 3gup:A, 3gup:B, 3hh3:A, 3hh5:A, 3hh6:A, 3ht6:A, 3ht7:A, 3ht8:A, 3ht9:A, 3htb:A, 3htd:A, 3htf:A, 3htg:A, 3hu8:A, 3hu9:A, 3hua:A, 3huk:A, 3huq:A, 3hwl:A, 2igc:A, 5jdt:A, 5jgn:A, 5jgr:A, 5jgv:A, 5jgz:A, 5jws:A, 5jwt:A, 5jwu:A, 5jwv:A, 5jww:A, 3k2r:A, 3l2x:A, 7l3b:A, 7l3c:A, 7l3d:A, 7l3e:A, 7l3f:A, 7l3g:A, 7l3h:A, 7l3i:A, 7l3j:A, 7l3k:A, 1l83:A, 1l84:A, 1lgw:A, 1lgx:A, 1li3:A, 1li6:A, 7loa:A, 7lob:A, 7loc:A, 7lod:A, 7loe:A, 7lof:A, 7log:A, 7loj:A, 5lwo:A, 7lx6:A, 7lx7:A, 7lx8:A, 7lx9:A, 7lxa:A, 4lzm:A, 5lzm:A, 6lzm:A, 7lzm:A, 1nhb:A, 2ntg:A, 2nth:A, 2oty:X, 2otz:X, 2ou0:X, 2ou8:A, 2ou9:A, 1ov5:A, 1ov7:A, 1ovh:A, 1ovj:A, 1ovk:A, 1owy:A, 1owz:A, 6pgy:A, 6pgz:A, 6pgz:B, 4pjz:A, 4pk0:A, 2q9d:A, 2q9e:B, 2q9e:C, 2ray:X, 2raz:X, 2rb0:X, 2rb1:X, 2rb2:X, 2rbn:A, 2rbo:A, 2rbp:A, 2rbq:A, 2rbr:A, 2rbs:A, 3run:A, 3sb5:B, 3sb5:A, 3sb5:C, 3sb5:D, 3sb6:A, 3sb6:B, 3sb8:A, 3sb8:B, 3sb9:A, 3sb9:B, 3sba:B, 3sba:C, 3sba:F, 8tat:A, 6v51:A, 4w52:A, 4w53:A, 4w54:A, 4w55:A, 4w56:A, 4w57:A, 4w58:A, 4w59:A, 4w8f:A, 1xep:A, 1zur:A, 1zwn:A, 1zyt:A
11 4ai6:A 2650 55 0.0323 0.0068 0.3273 4.7 4ai6:B, 4akg:A, 4akg:B, 4akh:A, 4akh:B, 4aki:A, 4aki:B, 3crt:A, 3cru:A, 3d0z:A, 1dug:A, 1dug:B, 1gne:A, 1gtb:A, 8gyd:A, 8gyd:B, 5gzz:B, 5gzz:C, 5gzz:D, 5gzz:E, 5gzz:F, 5gzz:G, 6ji6:A, 1m99:A, 1m9a:A, 1m9b:A, 7mi3:A, 7mi6:A, 6rwd:A, 6rwd:B, 1u87:A, 1u88:A, 1ua5:A, 4wr4:A, 4wr5:A
12 5x1n:A 460 49 0.0269 0.0326 0.3061 5.5 5x1j:A, 5x1j:B, 5x1j:C, 5x1k:A, 5x1k:B, 5x1k:C, 5x1l:B, 5x1l:C, 5x1m:B, 5x1m:C, 5x1n:B
13 4r7y:A 591 69 0.0323 0.0305 0.2609 5.7 4r7y:B, 4r7z:A, 4r7z:B, 4r7z:C, 4r7z:D, 4r7z:E, 4r7z:F, 4r7z:G, 4r7z:H, 4r7z:I, 4r7z:P, 4r7z:J, 4r7z:K, 4r7z:L, 4r7z:M, 4r7z:N, 4r7z:O
14 6b03:A 896 41 0.0287 0.0179 0.3902 6.0 6b05:A, 6brs:A
15 1qnf:A 475 92 0.0359 0.0421 0.2174 7.9 1owl:A, 1owm:A, 1own:A, 1owo:A, 1owp:A, 1tez:A, 1tez:B, 1tez:C, 1tez:D
16 3hi7:A 715 57 0.0341 0.0266 0.3333 8.0 3hi7:B, 3hig:A, 3hig:B, 3hii:A, 3hii:B, 3k5t:A, 3mph:A, 3mph:B
17 1cf2:P 336 84 0.0341 0.0565 0.2262 8.2 1cf2:R, 1cf2:O, 1cf2:Q
18 3icj:A 468 53 0.0359 0.0427 0.3774 8.4
19 7mgm:A 2274 43 0.0269 0.0066 0.3488 10.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218