Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SMSEVERALDVLLQEAEELCIGSSVVELDRIPTALEFCREFYSKNQPVVIRKALNWPAIGKWTPKYLIEALGDRSVDVAI
TPNGYADGLATQNGQEYFVLPLETKMKLSEVVRRLDDPTGAVHYIQKQNSDLPELAADLRVSDLDFAQQSFNKPPDAVNF
WLGDERAVTSMHKDPYENVYCVISGHKDFVLIPPHQLSCVPRGIYPTGVYKTSDSGQFYIEPLRDEEGSDQFTEWVSVDP
LSPDLAKYPEYARAKPLKVRVHAGDILYLPNYWFHHVSQSHKCIAVNFWYDLDYDSRYCYYRMLEQMTS

The query sequence (length=309) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7yxg:A 313 312 0.9968 0.9840 0.9872 0.0 7yxg:B, 7yxh:A, 7yxh:B, 7yxi:A, 7yxi:B, 7yxj:A, 7yxj:B, 7yxj:C, 7yxj:D, 7yxk:A, 7yxk:B, 7yxl:A, 7yxl:B
2 5nfn:B 318 315 0.4369 0.4245 0.4286 1.22e-84 5nfn:A, 5nfn:C, 5nfn:D, 5nfo:A, 5nfo:B
3 4qsz:A 686 310 0.4337 0.1953 0.4323 1.17e-79 8j25:A, 8j2p:E, 8j2p:A, 4kyc:A, 4qsz:B, 4qu2:A, 4qu2:B
4 6f4n:B 243 267 0.2104 0.2675 0.2434 1.91e-18 4aap:A, 4aap:B, 6avs:A, 6ax3:A, 7dyt:A, 7dyu:A, 7dyv:A, 7dyw:A, 7dyx:A, 6f4n:A, 6f4o:A, 6f4p:A, 6f4q:A, 6f4r:A, 6f4s:A, 6f4t:A, 5fbj:A, 4gjy:A, 4gjz:A, 6i9l:A, 6i9m:A, 6i9n:A, 4qu1:A, 7uq3:A, 3uyj:A, 3uyj:B
5 4b7e:A 349 270 0.2395 0.2120 0.2741 3.91e-15 7a1j:A, 7a1k:A, 7a1l:A, 7a1m:A, 7a1n:A, 7a1o:A, 7a1p:A, 7a1q:A, 7a1s:A, 4ai8:A, 4b7k:A, 4bio:A, 2cgn:A, 2cgo:A, 3d8c:A, 1h2k:A, 1h2l:A, 1h2m:A, 1h2n:A, 6h9j:A, 6ha6:A, 6hc8:A, 6hkp:A, 6hl5:A, 6hl6:A, 8ihz:A, 8ii0:A, 2ilm:A, 4jaa:A, 5jwk:A, 5jwl:A, 5jwp:A, 8k71:A, 8k72:A, 8k73:A, 3kcx:A, 3kcy:A, 1mze:A, 1mzf:A, 4nr1:A, 3od4:A, 5op6:A, 5op8:A, 5opc:A, 3p3n:A, 3p3p:A, 6ruj:A, 2w0x:A, 2wa3:A, 2wa4:A, 2xum:A, 2y0i:A, 1yci:A, 2yc0:A, 2yde:A, 4z1v:A, 4z2w:A
6 3al5:B 311 281 0.2136 0.2122 0.2349 6.25e-13 3al5:D, 3al6:B, 3al6:D
7 6mev:A 341 261 0.1942 0.1760 0.2299 3.04e-05 6gdy:A, 6gdy:B, 3ld8:A, 3ldb:A, 6mev:B, 6mev:C, 6mev:D, 6mev:E, 6mev:F, 6mev:G, 6mev:H
8 8a82:A 354 246 0.1845 0.1610 0.2317 0.19
9 3kv6:D 448 87 0.0680 0.0469 0.2414 0.42 3kv5:D, 3kv5:A, 3kv6:A, 3kv9:A, 3kva:A, 3u78:A
10 1wg8:A 281 73 0.0647 0.0712 0.2740 1.7 1wg8:B
11 7jrj:I 327 70 0.0647 0.0612 0.2857 3.0
12 2iwz:A 426 76 0.0712 0.0516 0.2895 4.0 2iwz:B
13 6da0:A 378 57 0.0583 0.0476 0.3158 4.0
14 3kv4:A 432 57 0.0485 0.0347 0.2632 4.1 4do0:A, 3k3n:A, 3k3o:A, 2wwu:A
15 5ux5:A 963 189 0.1456 0.0467 0.2381 6.9 5ux5:B, 5ux5:C, 5ux5:D
16 1gqi:A 708 72 0.0712 0.0311 0.3056 9.9 1gqi:B, 1gqj:A, 1gqj:B, 1gqk:A, 1gqk:B, 1gql:A, 1gql:B, 1h41:A, 1h41:B
17 6jjm:A 452 53 0.0453 0.0310 0.2642 9.9 5b2d:A, 5b2d:B, 6jjm:B, 6jjn:A, 6jjn:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218