Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SMLWVGVVSIFPEMFRAISDYGITSRAVKQGLLTLTCWNPRVYTEDRHQTVDDRPFGGGPGMVMKIKPLEGALADARQAA
GGRKAKVIYLSPQGRQLTQAGVRELAEEEALILIAGRYEGIDERFIEEHVDEEWSIGDYVLSGGELPAMVLVDAVTRLLP
GALGHADSAEEDSFTDGLLDCPHYTRPEVYADKRVPEVLLSGNHEHIRRWRLQQALGRTWERRADLLDSRSLSGEEQKLL
AEYIRQRD

The query sequence (length=248) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5wyr:B 248 248 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 6afk:A, 6afk:B, 6jki:A, 6jki:B, 6joe:A, 6joe:B, 5wyq:A, 5wyq:B, 5wyr:A, 5zhm:A, 5zhm:B, 5zhn:A, 5zhn:B
2 8apw:A 250 242 0.6129 0.6080 0.6281 1.58e-108 8apt:A, 8apu:A, 8apv:A, 3axz:A, 5d9f:A, 4mcb:A, 4mcb:B, 4mcc:A, 4mcc:B, 4mcd:A, 1uak:A, 1ual:A, 1uam:A, 4ypw:A, 4ypx:A, 4ypy:A, 4ypz:A, 4yq0:A, 4yq1:A, 4yq2:A, 4yq3:A, 4yq4:A, 4yq5:A, 4yq6:A, 4yq7:A, 4yq8:A, 4yq9:A, 4yqa:A, 4yqb:A, 4yqc:A, 4yqd:A, 4yqg:A, 4yqi:A, 4yqj:A, 4yqk:A, 4yql:A, 4yqn:A, 4yqo:A, 4yqp:A, 4yqq:A, 4yqr:A, 4yqs:A, 4yqt:A, 4yvg:A, 4yvh:A, 4yvi:A, 4yvi:B, 4yvj:A, 4yvj:B, 4yvk:A, 4yvk:B
3 1p9p:A 235 241 0.6129 0.6468 0.6307 1.91e-105
4 4h3z:B 256 240 0.5323 0.5156 0.5500 1.18e-85 4h3y:A, 4h3y:B, 4h3z:A
5 7mys:A 239 243 0.4758 0.4937 0.4856 5.30e-85 7mys:B
6 8b1n:B 410 235 0.4476 0.2707 0.4723 2.90e-75
7 8b1n:A 433 235 0.4476 0.2564 0.4723 6.48e-75 8byh:A, 8byh:B, 8ri0:A, 8ri0:B
8 7kff:A 249 237 0.4234 0.4217 0.4430 2.35e-59
9 4ig6:A 223 227 0.3790 0.4215 0.4141 8.30e-58
10 6qrb:A 220 227 0.3750 0.4227 0.4097 1.67e-48 6nw6:A, 6nw6:B, 6nw7:A, 6nw7:B, 6qo2:A, 6qo2:B, 6qo3:A, 6qo3:B, 6qo4:A, 6qo4:B, 6qo6:A, 6qo6:B, 6qoa:A, 6qoa:B, 6qoc:A, 6qoc:B, 6qod:A, 6qod:B, 6qoe:B, 6qof:A, 6qof:B, 6qog:A, 6qoh:A, 6qoh:B, 6qoi:A, 6qoi:B, 6qoj:A, 6qoj:B, 6qok:A, 6qok:B, 6qol:A, 6qol:B, 6qom:A, 6qon:A, 6qon:B, 6qoo:A, 6qoo:B, 6qop:A, 6qop:B, 6qoq:A, 6qoq:B, 6qor:A, 6qor:B, 6qos:A, 6qos:B, 6qot:A, 6qot:B, 6qou:A, 6qou:B, 6qov:A, 6qov:B, 6qow:A, 6qow:B, 6qox:B, 6qqq:A, 6qqq:B, 6qqr:B, 6qqs:A, 6qqt:A, 6qqt:B, 6qqu:A, 6qqu:B, 6qqv:A, 6qqv:B, 6qqw:A, 6qqx:A, 6qqx:B, 6qqy:A, 6qqy:B, 6qqz:A, 6qr0:A, 6qr1:A, 6qr2:A, 6qr3:A, 6qr3:B, 6qr4:A, 6qr4:B, 6qr5:A, 6qr6:A, 6qr6:B, 6qr7:A, 6qr7:B, 6qr8:A, 6qr8:B, 6qr9:A, 6qr9:B, 6qra:A, 6qra:B, 6qrb:B, 6qrc:A, 6qrc:B, 6qrd:A, 6qrd:B, 6qre:A, 6qre:B, 6qrf:A, 6qrg:A, 6qrg:B, 7rez:A, 7rez:B, 7rf0:A, 7rf0:B
11 6w15:A 202 231 0.3790 0.4653 0.4069 1.14e-45
12 5zhk:A 208 226 0.3710 0.4423 0.4071 3.89e-43 6jof:A, 5zhj:A, 5zhl:A
13 6qqs:B 204 227 0.3468 0.4216 0.3789 1.23e-38 6qqw:B, 6qqz:B, 6qr0:B, 6qr1:B, 6qr2:B, 6qr5:B, 6qrf:B
14 8fci:A 197 227 0.3629 0.4569 0.3965 1.79e-38 8fci:B
15 3gv6:A 56 48 0.0565 0.2500 0.2917 2.3 3i90:A, 3i90:B
16 7ajt:JG 230 62 0.0645 0.0696 0.2581 2.7 7aju:JG, 7d4i:RG, 7d4i:RH, 7d5s:RG, 7d5s:RH, 7d63:RG, 7d63:RH, 5jpq:f, 6ke6:RG, 6ke6:RH, 6lqp:RG, 6lqp:RH, 6lqq:RG, 6lqq:RH, 6lqr:RG, 6lqr:RH, 6lqs:RG, 6lqs:RH, 6lqt:RH, 6lqu:RG, 6lqu:RH, 6lqv:RG, 6lqv:RH, 3oii:A, 3oii:B, 3oij:A, 3oij:B, 3oin:A, 3oin:B, 7suk:SJ, 7suk:SK, 2v3k:A, 5wlc:SJ, 5wlc:SK, 5wyj:E1, 5wyj:E2, 5wyk:E1, 5wyk:E2, 6zqa:JG, 6zqb:JG, 6zqc:JG, 6zqd:JG, 6zqe:JG, 6zqg:JG
17 7bxo:E 125 36 0.0565 0.1120 0.3889 5.2 7aer:A, 7bxo:A, 6m6v:A
18 4v8m:A6 186 42 0.0605 0.0806 0.3571 7.2 8a3w:SD, 8a98:SD, 7ase:B, 6az1:D, 5opt:b, 8ova:A6, 8ove:A6, 8ovj:SD, 8rxh:SD, 8rxx:SD, 5t2a:6
19 5epk:A 54 40 0.0484 0.2222 0.3000 8.6 3h91:A, 3h91:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218