Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SMIAAYQARCQARVDAALDALFVAPREELQRLYEAMRYSVMNGGKRVRPLLAYAACEALGGAPQRADAAACAVELIHAYS
LVHDDLPAMDDDDLRRGQPTTHRAFDEATAILAADGLQALAFEVLADTRRNPQEHAVCLEMLTRLARAAGSAGMVGGQAI
DLGSVGVALDQAALEVMHRHKTGALIEASVRLGALASGRAEPASLAALERYAEAIGLAFQVQDDILDVPTYPALLGLEAA
KGYALELRDLALAALDGFPPSADPLRQLARYIV

The query sequence (length=273) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3zmb:A 275 274 0.9927 0.9855 0.9891 0.0 4umj:A, 4umj:B, 3zl6:A, 3zl6:B, 3zmb:B, 3zmc:A, 3zmc:B, 3zou:A, 3zou:B
2 3p41:A 283 277 0.7656 0.7385 0.7545 1.19e-128 3lsn:A
3 7my0:B 288 282 0.5055 0.4792 0.4894 9.40e-78 7my0:A, 7my1:AAA
4 7my6:A 287 276 0.4762 0.4530 0.4710 6.56e-68 7my6:B
5 3krf:D 295 292 0.5018 0.4644 0.4692 2.26e-67 3kra:A, 3kra:D, 3krc:A, 3krc:D, 3krf:A, 3kro:A, 3kro:D, 3krp:A, 3krp:D, 3oab:A, 3oab:D, 3oac:D
6 2j1p:A 276 275 0.4542 0.4493 0.4509 8.98e-67
7 4kkm:B 280 267 0.4505 0.4393 0.4607 1.93e-65
8 1rqi:A 300 287 0.5055 0.4600 0.4808 3.72e-61 2for:A, 2for:B, 1rqi:B, 1rqj:A, 1rqj:B
9 3pde:D 291 271 0.4249 0.3986 0.4280 9.46e-54 3pde:A, 3pde:B, 3pde:C
10 4lls:A 300 268 0.4176 0.3800 0.4254 9.61e-52 4lls:B, 4llt:A, 4llt:B
11 4lfg:A 290 248 0.3736 0.3517 0.4113 2.50e-49 4lfe:A, 4lfe:B, 4lfg:B
12 3q1o:A 303 251 0.3443 0.3102 0.3745 5.37e-46 3q1o:B, 3q1o:C, 3q1o:D
13 6kd7:A 327 209 0.2527 0.2110 0.3301 1.92e-24
14 4gp2:A 342 217 0.3040 0.2427 0.3825 1.55e-23 4gp1:A, 4gp2:B
15 3aqb:D 325 238 0.2747 0.2308 0.3151 7.10e-22 3aqb:B, 3aqc:B, 3aqc:D
16 3qqv:A 357 227 0.2821 0.2157 0.3392 6.95e-20
17 5h9d:A 318 210 0.2381 0.2044 0.3095 7.60e-19 5h9d:B
18 5zlf:A 293 202 0.2125 0.1980 0.2871 1.35e-18
19 3oyr:B 328 202 0.2564 0.2134 0.3465 1.44e-18
20 5ze6:A 315 204 0.2125 0.1841 0.2843 5.41e-17 3wjn:A, 3wjo:A, 5ze6:C, 5ze6:B, 5ze6:D
21 3oyr:A 292 196 0.2381 0.2226 0.3316 9.14e-16
22 3q2q:A 314 234 0.2674 0.2325 0.3120 1.41e-12
23 4jxy:A 311 212 0.1978 0.1736 0.2547 1.72e-12
24 3aq0:C 327 253 0.2711 0.2263 0.2925 5.34e-11 3aq0:A, 3aq0:B, 3aq0:E, 3aq0:F, 3aq0:G, 3aq0:H
25 8f8k:A 353 220 0.2344 0.1813 0.2909 1.46e-10 8f8l:A
26 5zlf:B 259 263 0.2454 0.2587 0.2548 1.39e-09
27 4dxj:A 362 222 0.2161 0.1630 0.2658 1.01e-08 4dwb:A, 4dwg:A, 4dxj:B, 4dxj:C, 4dzw:A, 4e1e:A, 3iba:A, 3ick:A, 3icm:A, 3icn:A, 3icz:A, 3id0:A, 5qpd:A, 5qpe:A, 5qpf:A, 5qpg:A, 5qph:A, 5qpi:A, 5qpj:A, 5qpk:A, 5qpl:A, 5qpm:A, 5qpn:A, 5qpo:A, 5qpp:A, 5qpq:A, 5qpr:A, 5qps:A, 5qpt:A, 5qpu:A, 5qpv:A, 5qpw:A, 5qpx:A, 5qpy:A, 5qpz:A, 5qq0:A, 5qq1:A, 5qq2:A, 5qq3:A, 5qq4:A, 5qq5:A, 5qq6:A, 5qq7:A, 5qq8:A, 5qq9:A, 5qqa:A, 5qqb:A, 6r05:A, 6r06:A, 6r07:A, 6r08:A, 6r09:A, 6r0a:A, 6r0b:A, 6sdn:A, 6sdo:A, 6sdp:A, 6sdq:A, 6se2:A, 6sf8:A, 6sf9:A, 6sfa:A, 6shv:A, 6si5:A, 6t7n:AAAA, 1yhl:A, 1yhm:A, 1yhm:B, 1yhm:C
28 2dh4:A 326 249 0.2161 0.1810 0.2369 2.03e-08 2dh4:B, 2e8t:A, 2e8t:B, 2e8u:A, 2e8u:B, 2e8v:A, 2e8v:B, 2e8w:A, 2e8w:B, 2e8x:A, 2e8x:B, 2e90:A, 2e90:B, 2e91:A, 2e91:B, 2e92:A, 2e92:B, 2e93:A, 2e93:B, 2e94:A, 2e94:B, 2e95:A, 2e95:B, 2z4v:A, 2z4v:B, 2z4w:A, 2z4w:B, 2z4x:A, 2z4x:B, 2z4y:A, 2z4y:B, 2z4z:A, 2z4z:B, 2z50:A, 2z52:A, 2z52:B, 2z78:A, 2z78:B, 2z7h:A, 2z7h:B, 2z7i:A, 2z7i:B, 2zeu:A, 2zeu:B, 2zev:A, 2zev:B
29 4jzb:A 362 225 0.2234 0.1685 0.2711 1.09e-06 4jzb:B, 4jzx:A, 4jzx:B, 4k10:A, 4k10:B, 4k10:D, 4k10:C, 6vjc:A, 6vjc:B, 6w7i:A, 6w7i:B, 6ww1:A, 6ww1:B
30 2z50:B 280 171 0.1722 0.1679 0.2749 1.09e-06
31 7s0m:B 305 191 0.1795 0.1607 0.2565 6.49e-06 7s0m:A
32 4fp4:A 243 154 0.1832 0.2058 0.3247 1.33e-05
33 2ewg:A 367 196 0.1832 0.1362 0.2551 1.53e-05 5ael:A, 5ael:B, 5afx:A, 5afx:B, 5ahu:B, 5ahu:D, 3dyf:A, 3dyf:B, 3dyg:A, 3dyg:B, 3dyh:A, 3dyh:B, 3efq:A, 3efq:B, 3egt:A, 3egt:B, 2ewg:B, 2i19:A, 2i19:B, 2ogd:A, 2ogd:B, 2p1c:A, 2p1c:B, 4rxc:A, 4rxc:B, 4rxd:A, 4rxd:B, 4rxd:C, 4rxe:A, 4rxe:B
34 1ubw:A 348 228 0.2381 0.1868 0.2851 1.54e-05 1ubx:A, 1uby:A
35 4dem:F 346 228 0.2271 0.1792 0.2719 1.57e-04 3b7l:A, 5cg5:A, 5cg6:A, 3cp6:A, 5dgm:F, 5dgn:F, 5dgs:F, 5diq:F, 5djp:F, 5djr:F, 5djv:F, 2f7m:F, 2f89:F, 2f8c:F, 2f8z:F, 2f92:F, 2f94:F, 2f9k:F, 4ga3:A, 4h5c:F, 4h5d:F, 4h5e:F, 5ja0:F, 5juz:F, 4jvj:F, 5jv0:F, 5jv1:F, 5jv2:F, 4kfa:A, 4kpd:A, 4kpj:A, 4kq5:A, 4kqs:A, 4kqu:A, 5ksx:F, 4l2x:F, 4lfv:F, 4lpg:F, 4lph:F, 3n1v:F, 3n1w:F, 4n1z:F, 3n3l:F, 3n45:F, 3n46:F, 3n49:F, 3n5h:F, 3n5j:F, 3n6k:F, 6n7y:F, 6n7z:F, 6n82:F, 6n83:F, 4n9u:A, 4nfi:F, 4nfj:F, 4nfk:F, 4ng6:A, 4nke:A, 4nkf:A, 4nua:A, 6oag:F, 6oah:F, 4ogu:A, 2opm:A, 2opn:A, 4p0v:A, 4p0w:A, 4p0x:A, 4pvx:F, 4pvy:F, 4q23:A, 2qis:A, 4qpf:A, 4qxs:F, 2rah:A, 4rxa:A, 3rye:A, 3s4j:A, 2vf6:A, 5ygi:A, 1yq7:A, 1yv5:A, 1zw5:A
36 8a7l:A 346 217 0.2051 0.1618 0.2581 1.58e-04 8a6v:A, 8a6v:B, 8a6z:A, 8a6z:B, 8a6z:C, 8a6z:D, 8a6z:E, 8a6z:F, 8a70:A, 8a73:A, 8a73:B, 8a74:A, 8a74:B, 8a78:A, 8a7a:A, 8a7b:A, 8a7c:A, 8a7c:B, 8a7j:A, 8a7j:B, 8a7k:A, 8a7k:B, 8a7r:A, 8a7u:A
37 5ero:A 301 157 0.1612 0.1462 0.2803 0.002 5ero:B, 5ero:C
38 6r38:A 331 209 0.1905 0.1571 0.2488 0.002 5qt4:A, 5qt5:A, 5qt6:A, 5qt7:A, 5qt8:A, 5qt9:A, 5qta:A, 5qte:A, 5qtf:A, 5qtg:A, 5qth:A, 5qti:A, 5qtj:A, 5qtk:A, 6r37:A, 6r39:A, 6sii:A
39 6b04:A 341 203 0.1832 0.1466 0.2463 0.68 6b04:B, 6b04:C, 6b06:A, 6b06:B, 6b06:C, 6b07:A, 6b07:B, 6b07:C
40 7wae:B 877 166 0.1502 0.0468 0.2470 2.3 7wad:A, 7wad:B, 7wad:C, 7wad:D, 7wae:D, 7wae:A, 7wae:C, 7waf:A, 7waf:C, 7waf:D, 7waf:B
41 4xru:B 394 42 0.0476 0.0330 0.3095 4.4 4xru:E
42 6j17:A 254 54 0.0659 0.0709 0.3333 9.3

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218