Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SMELITVHIVKGPMGFGFTIADSPGGGGQRVKQIVDRSRGLKEGDLIVEVNKKNVQALTHNQVVDMLVESPKGSEVTLLV
QRQTRL

The query sequence (length=86) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3bpu:A 86 86 1.0000 1.0000 1.0000 4.62e-58
2 2m0u:A 117 58 0.2907 0.2137 0.4310 3.26e-06
3 7pcb:A 415 92 0.3605 0.0747 0.3370 1.58e-05 7e0b:A, 5elq:A, 5elq:B, 5em9:A, 5ema:A, 5emb:A, 7p72:A, 3qgl:A, 3qgl:B, 3qgl:C, 3qgl:D, 3qgl:E, 4z8j:A
4 6x23:A 89 86 0.3140 0.3034 0.3140 3.82e-05
5 3tsz:A 341 44 0.2093 0.0528 0.4091 1.94e-04 3shw:A
6 2r4h:C 98 91 0.2791 0.2449 0.2637 3.95e-04
7 2kpl:A 129 90 0.3488 0.2326 0.3333 4.21e-04
8 5n7d:A 423 86 0.3372 0.0686 0.3372 7.00e-04 2i04:A, 2i04:B, 5n7d:B, 5n7f:A, 5n7f:B, 5n7g:A, 7p71:A, 7p71:B, 6twq:B, 6twq:A, 6twu:B, 6twu:A, 6twx:B, 6twx:A, 6twy:B, 6twy:A
9 6ezi:A 86 79 0.3256 0.3256 0.3544 0.001 3tmh:A, 3tmh:E, 3tmh:I
10 2kqf:A 96 31 0.1628 0.1458 0.4516 0.001 2kyl:A
11 2m0v:A 128 79 0.3140 0.2109 0.3418 0.002
12 7pc3:A 405 78 0.2558 0.0543 0.2821 0.002 2awu:B, 2aww:A, 2awx:B, 8cn3:A, 8cn3:B, 2g2l:A, 2g2l:B, 4g69:A, 2i0l:A, 2i0l:B, 2m3m:A, 4oaj:A, 2oqs:A, 3rl8:B
13 8cn1:H 101 93 0.3256 0.2772 0.3011 0.003 8cn1:C, 8cn1:G, 8cn1:J, 8cn1:L, 8cn1:F, 8cn1:K, 8cn1:I, 3rl7:B
14 7p73:A 420 94 0.3140 0.0643 0.2872 0.004 8ael:A, 7p74:A, 7pc9:A, 7pc9:B, 7r2m:A, 7r2m:D, 7r2t:A
15 6yx0:B 112 28 0.1628 0.1250 0.5000 0.005 7a00:A, 7a00:B, 1q3p:A, 1q3p:B, 3qjm:A, 3qjm:B, 3qjn:A, 3qjn:B, 3qjn:C, 3qjn:D, 3qjn:E, 3qjn:F, 3qjn:G, 3qjn:H, 8s1r:AAA, 8s1r:BBB, 8s1r:CCC, 8s1r:DDD, 6ywz:B, 6ywz:A, 6yx0:A, 6yx1:A, 6yx1:B, 6yx2:A, 6yx2:B
16 3jxt:A 96 76 0.3023 0.2708 0.3421 0.005 3jxt:B
17 6hks:B 94 81 0.2907 0.2660 0.3086 0.006 8cqy:A, 6hks:A, 6hks:C, 6hks:D, 6hks:E, 6hks:F, 8oep:A, 8oep:C, 6t36:A
18 4gvc:A 94 77 0.2558 0.2340 0.2857 0.025 4gvd:A, 4gvd:B, 3kze:A, 3kze:B, 3kze:C, 4nxq:A, 4nxq:B, 4nxq:C, 4nxr:A
19 4xh7:A 110 89 0.2907 0.2273 0.2809 0.035
20 2ka9:A 189 93 0.3372 0.1534 0.3118 0.036 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
21 2ka9:A 189 76 0.2442 0.1111 0.2763 0.054 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
22 4wyu:A 201 43 0.1977 0.0846 0.3953 0.057 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
23 4wyu:A 201 27 0.1163 0.0498 0.3704 8.6 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
24 5ez0:D 95 78 0.2907 0.2632 0.3205 0.067 5eyz:A, 5eyz:B, 5eyz:C, 5eyz:D, 5ez0:A, 5ez0:C, 5ez0:B, 3nfk:A, 3nfk:B, 3nfl:A, 3nfl:B, 3nfl:C, 3nfl:D, 7vze:A, 7vze:B, 7vze:C, 7vze:D
25 2egn:A 83 31 0.1512 0.1566 0.4194 0.083
26 5heb:A 119 84 0.2907 0.2101 0.2976 0.13 1be9:A, 5d13:B, 5d13:A, 5d13:C, 5d13:D, 5hed:A, 5hey:A, 5hf1:A, 5hfb:A, 5hfc:A, 5hfe:A, 5hff:A, 1tp3:A, 1tp5:A
27 5wou:A 95 93 0.3023 0.2737 0.2796 0.20
28 2pdz:A 86 47 0.1860 0.1860 0.3404 0.28
29 4e34:A 87 35 0.1628 0.1609 0.4000 0.41 4e34:B, 4e35:A, 4e35:B, 5ic3:A, 5ic3:B, 4joe:A, 4joe:B, 4jof:A, 4jof:B, 4jog:A, 4jog:B, 4joh:A, 4joh:B, 4joj:A, 4joj:B, 4jok:A, 4jok:B, 4jop:A, 4jop:B, 4jor:A, 4jor:B, 7jzo:A, 7jzo:B, 7jzp:A, 7jzp:B, 7jzq:A, 7jzr:A, 7jzr:B, 5k4f:A, 5k4f:B, 4k6y:A, 4k6y:B, 4k72:A, 4k72:B, 4k75:A, 4k76:A, 4k76:B, 4k76:C, 4k76:D, 4k78:A, 2lob:A, 4nmo:A, 4nmo:B, 4nmp:A, 4nmp:B, 4nmq:A, 4nmq:B, 4nmr:A, 4nmr:B, 4nms:A, 4nms:B, 4nmt:A, 4nmt:B, 4nmv:A, 4nmv:B, 6ov7:A, 6ov7:B, 4q6h:A, 4q6s:A, 4q6s:B, 6v84:A, 6v84:B, 6xnj:A
30 3sl2:A 145 40 0.1512 0.0897 0.3250 0.42
31 7qqn:C 414 37 0.1860 0.0386 0.4324 0.51 7pc7:A, 7pc7:B, 7pc8:A, 7pc8:B, 7qql:C, 7qql:B, 7qqn:A
32 7p70:A 407 46 0.1860 0.0393 0.3478 1.1 7pc4:A, 7qql:A
33 2l4t:A 124 47 0.2326 0.1613 0.4255 1.2 3diw:A, 3diw:B, 4e3b:A, 4e3b:B, 3gj9:A, 3gj9:B, 4nnl:A, 4nnl:B, 4nnm:A, 4nnm:B, 3sfj:A, 3sfj:C, 2vz5:A
34 4ynn:A 400 47 0.1744 0.0375 0.3191 1.3 4ynn:B, 4ynn:C, 4ynn:D, 4ynn:E, 4ynn:F, 4ynn:G, 4ynn:H
35 2os6:A 89 77 0.3140 0.3034 0.3506 1.5
36 7w02:A 1566 34 0.1047 0.0057 0.2647 1.7
37 8sxg:A 366 43 0.1628 0.0383 0.3256 2.2 8sxe:A, 8sxe:B, 8sxf:A, 8sxh:A, 8sxh:E, 8sxh:I
38 8bq8:C 93 79 0.2442 0.2258 0.2658 2.2 8bq8:A, 8bq8:B
39 9gbv:B 782 59 0.2209 0.0243 0.3220 2.3 1aj6:A, 7c7n:A, 7c7o:A, 7dor:A, 7dor:B, 7dpr:A, 7dpr:B, 7dps:A, 7dps:B, 7dqf:A, 7dqf:B, 7dqh:A, 7dqh:B, 7dqi:A, 7dqi:B, 7dqj:A, 7dqj:B, 7dql:A, 7dql:B, 7dqm:A, 7dqm:B, 7dqs:A, 7dqs:B, 7dqu:A, 7dqu:B, 7dqw:A, 7dqw:B, 4duh:A, 4duh:B, 1ei1:A, 1ei1:B, 6eng:A, 6eng:B, 6f86:A, 6f8j:A, 6f94:A, 6f96:A, 3g7e:A, 9gbv:D, 9ggq:D, 9ggq:B, 4hyp:A, 4hyp:B, 4hyp:C, 4hyp:D, 6j90:A, 4kfg:A, 4kfg:B, 1kzn:A, 6kzv:A, 6kzx:A, 6kzz:A, 6l01:A, 5l3j:A, 5mmn:A, 5mmo:A, 5mmp:A, 7p2m:A, 7p2n:A, 7p2w:A, 7p2x:A, 4prv:A, 4prx:A, 4pu9:A, 8qdx:B, 8qdx:D, 8qqi:D, 8qqi:B, 8qqs:B, 8qqs:D, 8qqu:D, 6rku:D, 6rku:B, 6rkv:D, 6rkv:B, 6rkw:D, 6rkw:B, 4wub:A, 4wuc:A, 4wud:A, 4xtj:A, 6yd9:A, 5z4h:A, 5z4h:B, 5z4o:A, 5z4o:B, 5z9b:A, 5z9b:B, 5z9e:A, 5z9e:B, 5z9f:A, 5z9f:B, 5z9l:A, 5z9l:B, 5z9m:A, 5z9m:B, 5z9n:A, 5z9q:A, 5z9q:B, 7z9c:D, 7z9c:B, 7z9g:D, 7z9g:B, 7z9k:B, 7z9k:D, 7z9m:B, 7z9m:D, 4zvi:A, 5zxm:A, 5zxm:B
40 4ex4:A 684 39 0.1860 0.0234 0.4103 2.3
41 4ex4:B 721 39 0.1860 0.0222 0.4103 2.5
42 8blu:B 195 55 0.2093 0.0923 0.3273 2.6 5a2p:A, 5a2p:B, 5a2p:D, 5a2p:C, 8aai:A, 8aai:B, 8aai:C, 8aai:D, 8aak:A, 8aak:B, 8aao:A, 8aao:B, 8aap:A, 8aap:B, 6ak2:A, 6ak2:B, 8blu:C, 8blu:D, 8blv:A, 8blv:B, 7fsg:B, 7fsg:C, 7fsg:D, 7fsh:B, 7fsh:C, 7fsh:D, 7fsi:B, 7fsi:C, 7fsi:D, 7fsj:A, 7fsj:B, 7fsj:C, 7fsj:D, 7fsk:B, 7fsk:C, 7fsk:D, 7fsl:A, 7fsl:B, 7fsl:C, 7fsl:D, 7fsm:A, 7fsm:B, 7fsm:C, 7fsm:D, 7fsn:A, 7fsn:B, 7fsn:C, 7fsn:D, 7fso:B, 7fso:C, 7fso:D, 7fsp:B, 7fsp:C, 7fsp:D, 7fsq:B, 7fsq:A, 7fsq:C, 7fsq:D, 7fsr:B, 7fsr:C, 7fsr:D, 7fss:A, 7fss:B, 7fss:C, 7fss:D, 7fst:B, 7fst:C, 7fst:D, 7fsu:B, 7fsu:C, 7fsu:D, 7fsv:A, 7fsv:B, 7fsv:C, 7fsv:D, 7fsw:A, 7fsw:B, 7fsw:C, 7fsw:D, 7fsx:B, 7fsx:C, 7fsx:D, 7fsy:A, 7fsy:B, 7fsy:C, 7fsy:D, 7fsz:B, 7fsz:C, 7fsz:D, 7ft0:B, 7ft0:C, 7ft0:D, 7ft1:B, 7ft1:C, 7ft1:D, 7ft2:B, 7ft2:C, 7ft2:D, 7ft3:B, 7ft3:A, 7ft3:C, 7ft3:D, 7ft4:A, 7ft4:B, 7ft4:C, 7ft4:D, 7ft5:A, 7ft5:B, 7ft5:C, 7ft5:D, 7ft6:B, 7ft6:C, 7ft6:D, 7ft7:A, 7ft7:B, 7ft7:C, 7ft7:D, 7ft8:B, 7ft8:C, 7ft8:D, 7ft9:B, 7ft9:C, 7ft9:D, 7fta:B, 7fta:C, 7fta:D, 7ftb:B, 7ftb:C, 7ftb:D, 7ftc:B, 7ftc:C, 7ftc:D, 7ftd:A, 7ftd:C, 7ftd:B, 7ftd:D, 5g1d:B, 5g1d:A, 8hck:A, 8hu2:A, 1obx:A, 1oby:A, 1oby:B, 1obz:A, 6r9h:A, 6r9h:C, 6rlc:A, 6rlc:B, 6rlc:C, 6rlc:D, 1v1t:B, 1v1t:A, 1w9e:A, 1w9e:B, 1w9o:B, 1w9o:A, 1w9q:B, 1ybo:A, 1ybo:B, 4z33:A, 4z33:B
43 7x2e:A 163 31 0.1628 0.0859 0.4516 2.7 2kbs:A
44 8b82:A 108 92 0.3023 0.2407 0.2826 2.9 8b82:B, 8b87:A, 8b87:B, 8bia:A, 8cd3:B, 6ms1:A, 6ms1:B, 6mtu:B, 6mtu:A, 6mtv:A, 6mtv:B, 6mye:A, 7qrs:B, 7qrs:A, 7qs9:A, 7qs9:B, 7qto:A, 7qto:B, 7qtp:A, 5vwk:D, 5vwk:C, 5vwk:B, 5vwk:A, 6xa8:B, 6xa8:A
45 3o5n:E 92 57 0.2209 0.2065 0.3333 3.7
46 8bv7:A 95 49 0.1744 0.1579 0.3061 4.1 8buw:A, 8buw:B
47 2qt5:A 194 34 0.1395 0.0619 0.3529 4.4 2qt5:B
48 2qt5:A 194 47 0.1628 0.0722 0.2979 5.9 2qt5:B
49 1n7t:A 103 75 0.2558 0.2136 0.2933 4.8 7lul:A, 1mfg:A, 1mfl:A, 6q0m:A, 6q0n:A, 6q0n:B, 6q0u:A, 6q0u:B, 6ubh:A, 6ubh:B, 6ubh:C, 6ubh:D
50 6bxg:A 98 48 0.2209 0.1939 0.3958 5.5
51 2joa:A 105 63 0.2093 0.1714 0.2857 7.4
52 7alp:U 1935 40 0.1860 0.0083 0.4000 7.6
53 3pv3:A 392 46 0.1628 0.0357 0.3043 7.6 3pv3:B, 3pv3:C, 3pv3:D
54 3ch8:A 190 64 0.2093 0.0947 0.2812 8.7 2qbw:A
55 4fln:B 464 27 0.1395 0.0259 0.4444 9.8 4fln:A, 4fln:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218