Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SLSNKLTLDKLDVKGKRVVMRVDFNVPMKNNQITNNQRIKAAIPSIKFCLDNGAKSVVLMSHLGRPDGIPMPDKYSLEPV
AVELKSLLGKDVLFLKDCVGPEVEKACADPAAGSVILLENLRFHVEEEGKGKDASGSKVKADPAKIEAFRASLSKLGDVY
VNDAFGTAHRAHSSMVGVNLPKKAGGFLMKKELNYFAKALESPERPFLAILGGAKVADKIQLINNMLDKVNEMIIGGGMA
FTFLKVLNNMEIGTSLFDEEGSKIVKDLMSKAEKNGVKITLPVDFVTADKFDENAKTGQATVASGIPAGWMGLDCGPESS
KKYSEAVARAKQIVWNGPVGVFEWEAFAQGTKALMDEVVKATSRGCITIIGGGDTATCCAKWNTEDKVSHVSTGGGASLE
LLEGKVLPGVDALSNV

The query sequence (length=416) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4o33:A 417 416 0.9712 0.9688 0.9712 0.0 4axx:A, 3c3a:B, 3c3b:A, 3c3b:B, 3c3c:A, 1hdi:A, 1kf0:A, 5m1r:A, 5m3u:A, 5m6z:A, 5mxm:A, 5np8:A, 4o3f:A, 5o7d:A, 1vjc:A, 1vjd:A, 2wzb:A, 2wzc:A, 2wzd:A, 2x13:A, 2x14:A, 2x15:A, 2xe7:A, 2xe8:A, 2y3i:A, 2y3i:D, 2ybe:A, 2zgv:A, 3zoz:A
2 2paa:A 413 412 0.8486 0.8547 0.8568 0.0
3 3pgk:A 415 414 0.6370 0.6386 0.6401 0.0 1qpg:A
4 1ltk:C 424 415 0.6082 0.5967 0.6096 1.84e-179 1ltk:A, 1ltk:B
5 6yje:A 416 416 0.5913 0.5913 0.5913 2.21e-173 6yjf:A
6 1vpe:A 398 411 0.4808 0.5025 0.4866 1.72e-133
7 1php:A 394 414 0.4712 0.4975 0.4734 1.31e-119
8 13pk:A 415 429 0.4543 0.4554 0.4406 5.38e-113 13pk:B, 13pk:C, 13pk:D, 16pk:A
9 3zlb:A 398 413 0.4591 0.4799 0.4625 4.08e-111
10 4fey:A 392 412 0.4207 0.4464 0.4248 2.92e-101
11 4ng4:B 389 414 0.4038 0.4319 0.4058 2.96e-93 4ng4:A, 4ng4:C
12 1zmr:A 386 412 0.3606 0.3886 0.3641 4.44e-75
13 3fwn:A 467 133 0.0793 0.0707 0.2481 0.056 3fwn:B, 2zya:A, 2zya:B, 2zyd:A, 2zyd:B
14 6hqv:A 1555 38 0.0361 0.0096 0.3947 1.2 6hqv:B
15 1nvm:B 312 60 0.0409 0.0545 0.2833 3.2 1nvm:D, 1nvm:H
16 4ha3:A 489 37 0.0361 0.0307 0.4054 3.2 4ha4:A
17 4fl2:A 555 203 0.1058 0.0793 0.2167 6.3 1a81:A, 1a81:C, 1a81:I, 8bi2:A, 5c26:A, 5c27:A, 1csy:A, 1csz:A, 5cxh:A, 5cxz:A, 5cy3:A, 4dfl:A, 4dfn:A, 3emg:A, 4f4p:A, 4fl1:A, 4fl3:A, 3fqe:A, 3fqh:A, 3fqh:B, 3fqs:A, 4fyn:A, 4fyo:A, 4fz6:A, 4fz7:A, 4gfg:A, 5ghv:A, 5ghv:B, 6hm6:A, 6hm7:A, 4i0r:A, 4i0s:A, 4i0t:A, 5lma:A, 5lmb:A, 5lmb:B, 4puz:A, 4puz:B, 4pv0:A, 4px6:A, 7q5t:EEE, 7q5t:CCC, 7q5t:DDD, 7q5t:AAA, 7q5t:BBB, 7q5t:FFF, 7q5u:FFF, 7q5u:DDD, 7q5u:BBB, 7q5u:CCC, 7q5u:EEE, 7q5u:AAA, 7q5w:BBB, 7q5w:DDD, 7q5w:FFF, 7q5w:EEE, 7q5w:AAA, 7q5w:CCC, 8rrq:A, 8rrz:A, 4rss:A, 4rx7:A, 4rx8:A, 4rx9:A, 3srv:A, 3srv:B, 6ssb:A, 5t68:A, 5t68:B, 5tiu:A, 5tr6:A, 5tt7:A, 3tub:A, 3tuc:A, 3tud:A, 3vf8:A, 3vf9:A, 6vov:A, 6vov:B, 4wnm:A, 8x5k:A, 1xbb:A, 1xbc:A, 4xg3:A, 4xg3:B, 4xg4:A, 4xg6:A, 4xg7:A, 4xg8:A, 4xg8:C, 4xg9:A, 4xg9:B, 5y5t:A, 5y5u:A, 5y5u:B, 4yjo:A, 4yjp:A, 4yjq:A, 4yjr:A, 4yjs:A, 4yjt:A, 4yju:A, 4yjv:A, 6zc0:A, 6zcp:A, 6zcq:A, 6zcr:A, 6zcs:A, 6zcu:A, 6zcx:A, 6zcy:A
18 3m84:A 348 64 0.0433 0.0517 0.2812 7.4 3qty:A, 3qty:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218