Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SLFELGKMILQETGKNPAKSYGVYGCNCGVGGRGKPKDATDRCCYVHKCCYKKLTGCDPKKDRYSYSWKDKTIVCGENNS
CLKELCECDKAVAICLRENLDTYNKKYRYNYLKPACKKADPC

The query sequence (length=122) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6b81:B 122 122 0.9918 0.9918 0.9918 8.10e-85 6b81:A, 6b83:B, 3cxi:A, 3cxi:B, 3cyl:A, 3cyl:B, 4dcf:A, 4dcf:B, 6dik:A, 8dnd:B, 8dnd:A, 3hzw:A, 3hzw:B, 3i03:A, 3mlm:A, 3mlm:B, 6mqd:A, 6mqd:B, 6mqf:A, 6mqf:B, 2ok9:A, 2ok9:B, 6pwh:A, 6pwh:B, 1qll:A, 1qll:B, 3qnl:A, 7rox:A, 5vfj:A, 5vfn:A, 1xxs:A, 1xxs:B, 1y4l:A, 1y4l:B, 4yu7:B, 4yu7:A, 4yv5:B, 4yv5:A, 4yz7:A, 4yz7:B
2 7lye:A 122 122 0.8852 0.8852 0.8852 1.30e-74 7lye:B, 7lye:C, 7lye:D
3 6ce2:A 121 122 0.8279 0.8347 0.8279 1.30e-65 6ce2:B
4 1ppa:A 121 122 0.7623 0.7686 0.7623 3.10e-62
5 6al3:B 122 123 0.7787 0.7787 0.7724 3.61e-61 6al3:C
6 1b4w:A 122 106 0.5820 0.5820 0.6698 2.77e-48 1b4w:D, 4hg9:A, 4hg9:B, 4hg9:C, 4hg9:D, 1jia:A, 1jia:B
7 3jr8:A 122 106 0.5492 0.5492 0.6321 1.07e-45 3jr8:B
8 3bjw:A 122 109 0.5574 0.5574 0.6239 7.99e-44 3bjw:E, 3bjw:G, 3bjw:B, 3bjw:F, 3bjw:C, 3bjw:D, 3bjw:H, 2qhd:A, 2qhd:B
9 2arm:A 121 107 0.5410 0.5455 0.6168 2.78e-42 2b17:A, 3cbi:A, 3cbi:B, 3cbi:C, 3cbi:D, 2do2:A, 2dpz:A, 4eix:A, 3fg5:A, 4fga:A, 2fnx:A, 3fo7:A, 1fv0:A, 2g58:A, 3g8f:A, 4gfy:A, 4gld:A, 2gns:A, 3h1x:A, 4hmb:A, 1jq8:A, 1jq8:B, 1jq9:A, 1jq9:B, 1kpm:A, 1kpm:B, 2o1n:A, 2oli:A, 2otf:A, 2oth:A, 2oub:A, 1oxl:A, 1oyf:A, 1oyf:B, 2oyf:A, 2pb8:A, 2pmj:A, 2pws:A, 1q7a:A, 4qer:A, 4qf7:A, 4qf8:A, 4qgd:A, 2qhw:A, 4qmc:A, 2qu9:A, 2que:A, 2qvd:A, 1skg:A, 1sqz:A, 1sv3:A, 1sv9:A, 1sxk:A, 1tdv:A, 1tg1:A, 1tg4:A, 1tgm:A, 1th6:A, 1tj9:A, 1tjk:A, 1tk4:A, 1tp2:A, 1tp2:B, 1y38:A, 1y38:B, 2zbh:A, 1zr8:A, 1zwp:A, 1zyx:A
10 1umv:X 122 122 0.5082 0.5082 0.5082 1.71e-40 1z76:A, 1z76:B, 1zl7:A
11 1ijl:A 123 123 0.4918 0.4878 0.4878 8.62e-40 1ijl:B
12 1bjj:A 122 109 0.4836 0.4836 0.5413 1.65e-39 1bjj:E, 1bjj:B, 1bjj:C, 1bjj:D, 1bjj:F
13 2i0u:E 122 109 0.4672 0.4672 0.5229 5.43e-39 2i0u:A, 1rgb:A, 1rgb:B, 1rgb:K, 1rgb:L
14 1bk9:A 124 124 0.5000 0.4919 0.4919 1.14e-38 1m8r:A, 1m8s:A, 1psj:A
15 1oz6:A 120 108 0.4672 0.4750 0.5278 8.68e-38
16 5g3n:A 127 123 0.5246 0.5039 0.5203 5.45e-37 1ayp:A, 1ayp:B, 1ayp:C, 1ayp:D, 1ayp:E, 1ayp:F, 1db4:A, 1db5:A, 1dcy:A, 5g3n:B, 1j1a:A, 1j1a:B, 1kqu:A, 1kvo:A, 1kvo:B, 1kvo:C, 1kvo:D, 1kvo:E, 1kvo:F, 1n28:B, 1n28:A, 1n29:A, 1pod:A, 1poe:A, 1poe:B, 3u8b:A, 3u8d:A, 3u8d:B, 3u8h:A, 3u8h:B, 3u8i:A, 3u8i:B
17 2qog:B 122 108 0.4672 0.4672 0.5278 9.61e-35 2qog:C, 3r0l:D
18 5wzo:A 123 124 0.4426 0.4390 0.4355 5.20e-29 6kqu:A, 5wzm:A, 5wzs:A, 5wzt:A, 5wzu:A, 5wzv:A, 5wzw:A, 5y5e:A
19 5g3m:A 123 112 0.3689 0.3659 0.4018 1.76e-21 5g3m:B, 6g5j:A, 6g5j:B, 1le6:A, 1le6:B, 1le6:C, 1le7:A, 1le7:B, 5ow8:A, 5ow8:B, 5owc:A, 5owc:B, 4uy1:A, 4uy1:B
20 1fe5:A 118 100 0.3361 0.3475 0.4100 2.75e-19 1dpy:A
21 1po8:A 118 100 0.3443 0.3559 0.4200 5.22e-19 1tc8:A
22 1yxh:A 119 100 0.3197 0.3277 0.3900 1.01e-18
23 3gci:A 119 100 0.3197 0.3277 0.3900 1.45e-18 3jq5:A, 3jql:A, 3jti:A, 1ln8:A, 1mf4:A, 3nju:A, 3osh:A, 1oxr:A, 1psh:A, 1psh:B, 1psh:C, 3q4y:A, 1sz8:A, 1t37:A, 1td7:A, 1yxl:A, 1zm6:A
24 2rd4:B 119 98 0.3197 0.3277 0.3980 2.65e-18 1s6b:B
25 1y6o:A 131 127 0.3852 0.3588 0.3701 2.28e-17 2azy:A, 2azz:A, 2b00:A, 2b01:A, 2b03:A, 2b04:A, 4dbk:A, 3fvi:A, 3fvi:B, 3fvi:C, 3fvi:D, 3fvj:A, 1fx9:A, 1fx9:B, 1fxf:A, 1fxf:B, 4g5i:A, 1hn4:A, 1hn4:B, 3hsw:A, 3l30:A, 1l8s:A, 1l8s:B, 4o1y:A, 3o4m:A, 1p2p:A, 3p2p:A, 3p2p:B, 4p2p:A, 5p2p:A, 5p2p:B, 2phi:A, 2phi:B, 1pir:A, 1pis:A, 3qlm:A, 1sfv:A, 1sfw:A, 1y6o:B, 1y6p:A, 1y6p:B
26 1mh2:A 119 100 0.3197 0.3277 0.3900 6.51e-17 2rd4:A, 1s6b:A, 1xxw:A
27 2b96:A 123 118 0.3607 0.3577 0.3729 2.13e-16 2bax:A, 2bch:A, 2bd1:A, 2bd1:B, 1bp2:A, 1bpq:A, 2bpp:A, 3bp2:A, 4bp2:A, 1c74:A, 1ceh:A, 1fdk:A, 1g4i:A, 1gh4:A, 1irb:A, 1kvw:A, 1kvx:A, 1kvy:A, 1mks:A, 1mkt:A, 1mku:A, 1mkv:A, 1o2e:A, 1o3w:A, 1une:A, 1vkq:A, 1vl9:A, 2zp4:A
28 2wq5:A 119 100 0.3197 0.3277 0.3900 2.16e-16 1poa:A, 1pob:A, 1pob:B
29 1gp7:A 124 105 0.3279 0.3226 0.3810 2.54e-14 1gp7:B, 1gp7:C
30 3v9m:A 118 84 0.2705 0.2797 0.3929 3.21e-11 3v9m:B
31 3r0l:A 33 33 0.1885 0.6970 0.6970 5.33e-11
32 1m8t:A 119 65 0.2295 0.2353 0.4308 2.01e-10 1m8t:B, 1m8t:C, 1m8t:D, 1m8t:E, 1m8t:F
33 1u4j:A 118 65 0.2213 0.2288 0.4154 4.10e-10 1u4j:B
34 1y0l:H 226 59 0.1639 0.0885 0.3390 0.24 1y0l:B, 1y0l:D, 1y0l:F, 1y18:H, 1y18:B, 1y18:D
35 1pz1:A 333 57 0.1230 0.0450 0.2632 1.1 1pz1:B
36 2mas:A 313 74 0.1639 0.0639 0.2703 2.7 2mas:B, 2mas:C, 2mas:D
37 3tdi:A 202 81 0.1803 0.1089 0.2716 2.7 3tdi:B
38 6jex:A 172 29 0.0820 0.0581 0.3448 3.0 6jer:A, 6jer:B, 6jet:A, 6jet:B, 6jeu:A, 6jeu:B, 6jev:A, 6jev:B, 6jew:A, 6jew:B, 6jex:B
39 5fl7:D 470 32 0.1066 0.0277 0.4062 7.3 5fl7:F
40 5z74:A 441 22 0.0902 0.0249 0.5000 7.4 5z74:B
41 3wqt:B 334 62 0.1475 0.0539 0.2903 8.0
42 4pz3:B 151 35 0.0984 0.0795 0.3429 8.5
43 4g9i:A 766 27 0.0902 0.0144 0.4074 8.8 4g9i:B, 4g9i:C, 4g9i:D, 4g9i:E, 4g9i:F

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218