Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
SKYVDRVIAEVEKKYADEPEFVQTVEEVLSSLGPVVDAHPEYEEVALLERMVIPERVIEFRVPWEDDNGKVHVNTGYRVQ
FNGAIGPYKGGLRFAPSVNLSIMKFLGFEQAFKDSLTTLPMGGAKGGSDFDPNGKSDREVMRFCQAFMTELYRHIGPDID
VPAGDLGVGAREIGYMYGQYRKIVGGFYNGVLTGKARSFGGSLVRPEATGYGSVYYVEAVMKHENDTLVGKTVALAGFGN
VAWGAAKKLAELGAKAVTLSGPDGYIYDPEGITTEEKINYMLEMRASGRNKVQDYADKFGVQFFPGEKPWGQKVDIIMPC
ATQNDVDLEQAKKIVANNVKYYIEVANMPTTNEALRFLMQQPNMVVAPSKAVNAGGVLVSGFEMSQNSERLSWTAEEVDS
KLHQVMTDIHDGSAAAAERYGLGYNLVAGANIVGFQKIADAMMAQGIAW

The query sequence (length=449) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 1bgv:A 449 449 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 5gud:E 460 448 0.5011 0.4891 0.5022 2.50e-150 5gud:A, 5gud:B, 5gud:C, 5gud:D, 5gud:F, 5ijz:A, 5ijz:B, 5ijz:C, 5ijz:D, 5ijz:E, 5ijz:F, 5ijz:G, 5ijz:H, 5ijz:J
3 7ecr:A 460 460 0.5100 0.4978 0.4978 1.34e-136 7ecr:B, 7ecr:C, 7ecs:A, 7ecs:B, 7ecs:C, 7ect:A, 7ect:B, 7ect:C
4 5xvv:B 459 457 0.5011 0.4902 0.4923 1.09e-135 5xvv:A, 5xvv:C, 5xvx:A, 5xw0:A, 5xwc:A
5 7f79:C 458 454 0.4744 0.4651 0.4692 3.04e-132 7f79:A, 7f79:B, 7f79:D, 7f79:E, 7f79:F
6 8xd5:A 419 363 0.3007 0.3222 0.3719 2.51e-58 8hho:A, 8hiq:A, 8hiz:A, 8hj9:A, 8xco:A, 8xcp:A, 8xcq:A, 8xcr:A, 8xcs:A, 8xct:A, 8xcu:A, 8xcv:A, 8xcw:A, 8xcx:A, 8xcy:A, 8xcz:A, 8xd0:A, 8xd1:A, 8xd2:A, 8xd3:A, 8xd4:A, 8xd6:A, 8znb:A, 8znc:A, 8znd:A, 8zne:A, 8zng:A
7 4xgi:A 416 400 0.2984 0.3221 0.3350 2.99e-55 4xgi:B, 4xgi:C, 4xgi:D, 4xgi:E, 4xgi:F
8 8s38:B 414 400 0.2873 0.3116 0.3225 2.22e-54 8s38:A, 8s38:C, 8s39:A, 8s39:B, 8s39:C, 8s3a:A, 8s3a:B, 8s3a:C, 8s3a:D, 8s3a:E, 8s3a:F, 8s3b:A, 8s3b:B, 8s3b:C, 8s3b:D, 8s3b:E, 8s3b:F, 8s3b:G, 8s3b:H, 8s3b:I, 8s3b:J, 8s3b:K, 8s3b:L, 8s3c:B, 8s3d:A, 8s3d:B, 8s3d:C, 8s3d:D, 8s3d:E, 8s3d:F
9 6yeh:A 410 406 0.2895 0.3171 0.3202 2.77e-54 6yeh:B, 6yeh:C, 6yeh:D, 6yeh:E, 6yeh:F, 6yei:A, 6yei:B, 6yei:C, 6yei:D, 6yei:E, 6yei:F
10 8owm:C 413 400 0.2851 0.3099 0.3200 2.13e-53 8owm:A, 8owm:B, 8owm:D, 8owm:E, 8owm:F, 8own:A, 8own:B, 8own:C, 8own:D, 8own:E, 8own:F
11 1v9l:A 418 396 0.2895 0.3110 0.3283 2.51e-52 1v9l:B, 1v9l:C, 1v9l:D, 1v9l:E, 1v9l:F
12 3aoe:B 424 433 0.3096 0.3278 0.3210 1.13e-51 3aoe:A, 3aog:A, 3aog:E, 3aog:B, 3aog:D, 3aog:C, 3aog:F, 3aog:G, 3aog:I, 3aog:H, 3aog:J, 3aog:L, 3aog:K
13 3aoe:F 417 431 0.2918 0.3141 0.3039 6.11e-48 3aoe:E, 3aoe:C, 3aoe:D
14 8kar:A 414 394 0.2628 0.2850 0.2995 1.42e-44 8kao:C, 8kar:B, 8kar:C
15 6dhd:A 501 427 0.2829 0.2535 0.2974 1.57e-42 8ar7:A, 8ar7:B, 8ar7:C, 8ar7:E, 8ar7:D, 8ar7:F, 8ar8:A, 8ar8:B, 8ar8:C, 8ar8:D, 8ar8:E, 8ar8:F, 6dhd:B, 6dhd:C, 6dhd:D, 6dhd:F, 6dhd:E, 6dhk:A, 6dhk:B, 6dhk:F, 6dhk:C, 6dhk:D, 6dhk:E, 6dhk:G, 6dhk:H, 6dhk:L, 6dhk:I, 6dhk:J, 6dhk:K, 6dhl:A, 6dhl:F, 6dhl:B, 6dhl:C, 6dhl:D, 6dhl:E, 6dhl:G, 6dhl:L, 6dhl:H, 6dhl:I, 6dhl:J, 6dhl:K, 6dhm:A, 6dhm:B, 6dhm:C, 6dhm:D, 6dhm:E, 6dhm:F, 6dhn:A, 6dhn:B, 6dhn:C, 6dhn:D, 6dhn:E, 6dhn:F, 6dhq:A, 6dhq:B, 6dhq:C, 6dhq:D, 6dhq:E, 6dhq:F, 3etd:A, 3etd:E, 3etd:B, 3etd:C, 3etd:D, 3etd:F, 3ete:A, 3ete:E, 3ete:B, 3ete:C, 3ete:F, 3ete:D, 3etg:A, 3etg:B, 3etg:C, 3etg:D, 3etg:E, 3etg:F, 1hwy:A, 1hwy:B, 1hwy:F, 1hwy:C, 1hwy:E, 1hwy:D, 3jd0:A, 3jd0:B, 3jd0:C, 3jd0:D, 3jd0:E, 3jd0:F, 3jd1:A, 3jd1:C, 3jd1:B, 3jd1:D, 3jd1:F, 3jd1:E, 3jd2:A, 3jd2:B, 3jd2:C, 3jd2:D, 3jd2:E, 3jd2:F, 3jd3:A, 3jd3:B, 3jd3:C, 3jd3:D, 3jd3:E, 3jd3:F, 3jd4:A, 3jd4:C, 3jd4:B, 3jd4:D, 3jd4:F, 3jd4:E, 1nqt:A, 1nqt:B, 1nqt:F, 1nqt:C, 1nqt:D, 1nqt:E, 1nqt:G, 1nqt:H, 1nqt:L, 1nqt:I, 1nqt:J, 1nqt:K
16 6ach:A 364 340 0.1871 0.2308 0.2471 5.36e-08 6ach:B, 6ach:C, 6ach:D, 6ach:E, 6ach:F, 6ach:G, 6ach:H
17 8gxd:A 366 333 0.1826 0.2240 0.2462 1.92e-07
18 8hr6:A 359 335 0.1826 0.2284 0.2448 9.05e-07 8hr6:B
19 1bw9:A 350 308 0.1425 0.1829 0.2078 0.025 1bw9:B, 1bxg:A, 1bxg:B, 1c1d:A, 1c1d:B, 1c1x:A, 1c1x:B
20 2ch4:A 320 100 0.0668 0.0938 0.3000 0.30 2ch4:B, 1i58:A, 1i58:B, 1i59:A, 1i59:B, 1i5a:A, 1i5a:B, 1i5b:A, 1i5b:B, 1i5c:A, 1i5c:B, 1i5d:A, 6mi6:A, 6mi6:B, 6mi6:C, 6mi6:D, 8oyq:B, 8oyq:A, 8oyz:B, 8oyz:A, 8oz9:B, 8oz9:A, 8p3n:B, 8p3n:A, 8p3r:A, 8p3r:B, 8p59:A, 8p59:B, 8pf2:B, 8pf2:A
21 6gbn:B 435 82 0.0535 0.0552 0.2927 0.67 6gbn:A, 6gbn:C, 6gbn:D
22 3x2f:A 406 40 0.0334 0.0369 0.3750 1.1 5tov:B, 5tow:B, 3x2e:A, 3x2e:B, 3x2e:C, 3x2e:D, 3x2f:B
23 6uk3:A 475 48 0.0379 0.0358 0.3542 1.6 6uk3:C, 6uk3:B, 6uk3:D
24 7a19:A 339 74 0.0468 0.0619 0.2838 1.6 7a19:B, 7a1a:A, 7a1a:B, 7wjr:A, 7wjr:B, 7wjr:C, 7wjr:D, 7wkl:A, 7wkl:B, 7wkl:C, 7wkl:D, 7wkm:A, 7wkm:B, 7wmb:A, 7wmb:B
25 6itd:A 328 67 0.0423 0.0579 0.2836 1.9 6k36:A, 6k37:A, 6k38:A
26 4cv1:H 263 84 0.0535 0.0913 0.2857 2.6 4ali:A, 4ali:B, 4ali:C, 4ali:D, 4ali:E, 4ali:F, 4ali:G, 4ali:H, 4alj:A, 4alj:B, 4alj:C, 4alj:D, 4alj:E, 4alj:F, 4alj:G, 4alj:H, 4alk:A, 4alk:B, 4alk:C, 4alk:D, 4alk:E, 4alk:F, 4alk:G, 4alk:H, 4all:A, 4all:B, 4all:C, 4all:D, 4bnf:A, 4bnf:B, 4bnf:C, 4bnf:D, 4bnf:E, 4bnf:F, 4bnf:G, 4bnf:H, 4bng:A, 4bng:B, 4bng:C, 4bng:D, 4bng:E, 4bng:F, 4bng:G, 4bng:H, 4bnh:A, 4bnh:B, 4bnh:C, 4bnh:D, 4bnh:F, 4bnh:E, 4bnh:G, 4bnh:H, 4bni:E, 4bni:A, 4bni:B, 4bni:C, 4bni:D, 4bni:F, 4bni:G, 4bni:H, 4bnj:A, 4bnj:B, 4bnj:C, 4bnj:D, 4bnj:E, 4bnj:F, 4bnj:G, 4bnj:H, 4bnk:A, 4bnk:F, 4bnk:B, 4bnk:C, 4bnk:D, 4bnk:E, 4bnk:G, 4bnk:H, 4bnl:A, 4bnl:B, 4bnl:C, 4bnl:D, 4bnl:E, 4bnl:F, 4bnl:G, 4bnl:H, 4bnm:A, 4bnm:B, 4bnm:C, 4bnm:D, 4bnm:E, 4bnm:F, 4bnm:G, 4bnm:H, 4bnn:A, 4bnn:B, 4bnn:C, 4bnn:D, 4bnn:E, 4bnn:F, 4bnn:G, 4bnn:H, 4cuz:A, 4cuz:B, 4cuz:C, 4cuz:D, 4cuz:E, 4cuz:F, 4cuz:G, 4cuz:H, 4cv0:A, 4cv0:B, 4cv0:C, 4cv0:D, 4cv1:A, 4cv1:B, 4cv1:C, 4cv1:D, 4cv1:E, 4cv1:F, 4cv1:G, 4d41:A, 4d41:B, 4d41:C, 4d41:D, 4d41:E, 4d41:F, 4d41:G, 4d41:H, 4d42:A, 4d42:B, 4d42:F, 4d42:C, 4d42:D, 4d42:E, 4d42:G, 4d42:H, 4d43:A, 4d43:B, 4d43:C, 4d43:D, 4d43:E, 4d43:F, 4d43:G, 4d43:H, 4d44:A, 4d44:B, 4d44:C, 4d44:D, 4d44:E, 4d44:F, 4d44:G, 4d44:H, 4d45:A, 4d45:B, 4d45:C, 4d45:D, 4d45:E, 4d45:F, 4d45:G, 4d45:H, 4fs3:A, 3gr6:A, 3gr6:D, 3gr6:G, 3gr6:J, 4nz9:A, 4nz9:B, 6tbb:A, 6tbb:B, 6tbb:C, 6tbb:D, 6tbb:E, 6tbb:F, 6tbb:G, 6tbb:H, 6tbc:A, 6tbc:B, 6tbc:C, 6tbc:D, 6tbc:E, 6tbc:F, 6tbc:G, 6tbc:H, 6yur:A, 6yur:B, 6yur:C, 6yur:D, 6yur:E, 6yur:F, 6yur:G, 6yur:H
27 4lnj:A 332 49 0.0334 0.0452 0.3061 4.4 4lnj:B, 4lnl:A, 4lnl:B, 4lnm:B, 4lnm:A, 4rjy:A, 4rjy:C, 4rjy:D, 3wlx:B, 3wlx:A
28 3g1u:C 424 41 0.0290 0.0307 0.3171 4.9 3g1u:A, 3g1u:B, 3g1u:D
29 3ond:B 488 71 0.0423 0.0389 0.2676 5.4 3ond:A, 3one:A, 3one:B, 3onf:A, 3onf:B
30 3sn0:A 401 47 0.0356 0.0399 0.3404 6.2 3go2:A, 3sn1:A, 3sn4:A
31 3h9u:C 435 93 0.0579 0.0598 0.2796 7.0 3h9u:A, 3h9u:B, 3h9u:D
32 1a7a:A 431 71 0.0445 0.0464 0.2817 7.3 1a7a:B, 5axa:A, 5axa:C, 5axb:A, 5axb:C, 5axc:A, 5axc:C, 5axd:A, 5axd:C, 1b3r:A, 1b3r:B, 1b3r:C, 1b3r:D, 8cod:A, 8cod:B, 1d4f:A, 1d4f:B, 1d4f:C, 1d4f:D, 2h5l:A, 2h5l:B, 2h5l:C, 2h5l:D, 2h5l:E, 2h5l:F, 2h5l:G, 2h5l:H, 1k0u:A, 1k0u:B, 1k0u:C, 1k0u:D, 1k0u:E, 1k0u:F, 1k0u:G, 1k0u:H, 1ky4:A, 1ky4:B, 1ky4:C, 1ky4:D, 1ky5:A, 1ky5:B, 1ky5:C, 1ky5:D, 1li4:A, 3nj4:A, 3nj4:B, 3nj4:C, 3nj4:D, 4pfj:A, 4pfj:B, 4pgf:A, 4pgf:B, 5w49:A, 5w49:B, 5w4b:A, 5w4b:B, 5w4b:C, 5w4b:D, 5w4b:E, 5w4b:F, 1xwf:A, 1xwf:B, 1xwf:C, 1xwf:D, 4yvf:A, 4yvf:B
33 1aox:A 201 81 0.0535 0.1194 0.2963 7.7 1aox:B, 4bj3:B, 4bj3:A, 1dzi:A, 5hj2:C, 5hj2:A, 5hj2:B, 5hj2:D, 5hj2:E, 6nd9:C, 6nd9:F, 6nd9:I, 6nd9:L, 6nd9:O, 6nd9:R, 6ndb:C, 6ndb:F, 6ndb:I, 6ndb:L, 6ndb:O, 6ndb:R, 6ndd:C, 6ndd:F, 6ndd:I, 6ndd:L, 6ndd:O, 6ndd:R, 6ndh:C, 6ndh:L, 6ndh:O, 6ndh:R, 5thp:C, 5thp:F, 5thp:I, 5thp:L, 5thp:O, 5thp:R, 1v7p:C
34 7k0y:A 3669 73 0.0423 0.0052 0.2603 8.4
35 7z87:A 3689 73 0.0423 0.0052 0.2603 8.4
36 4ylf:B 468 48 0.0445 0.0427 0.4167 9.4 4ylf:D, 4yry:B, 4yry:D

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218