Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SKVLVLKSSILAGYSQSNQLSDYFVEQWREKHSADEITVRDLAANPIPVLDGELVGALRPSDAPLTPRQQEALALSDELI
AELKAHDVIVIAAPMYNFNISTQLKNYFDLVARAGVTFRYTENGPEGLVTGKKAIVITSRGGIHKDGPTDLVTPYLSTFL
GFIGITDVKFVFAEGIAYGPEMAAKAQSDAKAAIDSIVSA

The query sequence (length=200) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7n2x:A 201 200 0.9900 0.9851 0.9900 1.31e-145 2d5i:A, 1v4b:A, 2z98:A, 2z9b:A, 2z9c:A, 2z9d:A, 2z9d:B
2 1t5b:A 199 200 0.8650 0.8693 0.8650 6.13e-121 1t5b:B
3 4ese:A 193 199 0.7700 0.7979 0.7739 9.06e-111
4 6dxp:A 206 194 0.4850 0.4709 0.5000 2.93e-57 6dxp:C, 6dxp:B, 6dxp:D, 8h4j:A, 8h4j:B, 8h4j:C, 8h4j:D, 8h4j:E, 8h4j:F, 8h4j:G, 8h4j:H, 7n2w:A, 7n2w:B, 7n2w:C, 7n2w:D
5 4c0w:A 200 182 0.4300 0.4300 0.4725 4.80e-45 4c0x:A, 4c14:A
6 2hpv:A 207 191 0.3650 0.3527 0.3822 6.09e-32 2hpv:B, 2hpv:C, 2hpv:D
7 3w78:A 210 183 0.3250 0.3095 0.3552 1.52e-30 3w78:B, 3w78:D, 3w78:C, 3w79:A, 3w79:B, 3w79:C, 3w79:D, 3w7a:A, 3w7a:B, 3w7a:C, 3w7a:D
8 3r6w:A 211 188 0.3250 0.3081 0.3457 1.26e-28 3keg:A, 3keg:B, 3lt5:A, 3lt5:B, 4n65:A, 4n65:B, 4n9q:A, 4n9q:B, 3r6w:B, 2v9c:A, 2v9c:B
9 3w77:A 207 188 0.2850 0.2754 0.3032 5.02e-25 3w77:B
10 6qu0:A 211 177 0.2900 0.2749 0.3277 1.19e-23 6qu0:B
11 6jxn:B 212 186 0.3000 0.2830 0.3226 2.02e-22 6jxn:A, 6jxn:C, 6jxn:D, 6jxs:A, 6jxs:B, 6jxs:C, 6jxs:D
12 4m0c:A 212 163 0.2700 0.2547 0.3313 6.19e-21 4m0c:B
13 7awv:A 210 208 0.2550 0.2429 0.2452 1.62e-10 7awv:B
14 4gi5:B 261 132 0.1400 0.1073 0.2121 0.001 4gi5:A
15 4fgl:D 233 135 0.1700 0.1459 0.2519 0.002 5buc:A, 5buc:B, 2bzs:A, 2bzs:B, 4fgj:A, 4fgj:B, 4fgk:A, 4fgk:B, 4fgl:A, 4fgl:B, 4fgl:C, 3fw1:A, 3g5m:A, 3g5m:B, 3gam:A, 3gam:B, 4gqi:A, 4gqi:B, 4gr9:A, 4gr9:B, 5lbt:A, 5lbt:B, 5lbu:A, 5lbu:B, 5lbw:A, 5lbw:B, 5lby:A, 5lby:B, 5lbz:A, 5lbz:B, 3nfr:A, 3nfr:B, 3nhf:A, 3nhf:B, 3nhj:A, 3nhj:B, 3nhk:A, 3nhk:B, 3nhl:A, 3nhl:B, 3nhp:A, 3nhp:B, 3nhr:A, 3nhr:B, 3nhs:A, 3nhs:B, 3nhu:A, 3nhu:B, 3nhw:A, 3nhw:B, 3nhy:A, 3nhy:B, 3o2n:A, 3o2n:B, 7o4d:A, 7o4d:B, 3o73:A, 3o73:B, 3ovm:A, 3ovm:B, 3owh:A, 3owh:B, 3owx:A, 3owx:B, 3ox1:A, 3ox1:B, 3ox2:A, 3ox2:B, 3ox3:A, 3ox3:B, 2qmy:A, 2qmy:B, 2qmz:A, 2qmz:B, 4qod:A, 4qod:B, 4qoe:A, 4qoe:B, 4qof:A, 4qof:B, 4qog:A, 4qog:B, 4qoh:A, 4qoh:B, 4qoi:A, 4qoi:B, 4qoj:A, 4qoj:B, 1qr2:A, 1qr2:B, 2qr2:A, 2qr2:B, 2qwx:A, 2qwx:B, 2qx4:A, 2qx4:B, 2qx6:A, 2qx6:B, 2qx8:A, 2qx8:B, 2qx9:A, 2qx9:B, 1sg0:A, 1sg0:B, 3te7:A, 3te7:B, 3tem:A, 3tem:B, 3tzb:A, 3tzb:B, 3tzb:C, 3tzb:D, 4u7f:A, 4u7f:B, 4u7g:A, 4u7g:B, 4u7h:A, 4u7h:B, 3uxe:A, 3uxe:B, 3uxh:A, 3uxh:B, 4xdg:A, 4xdg:B, 4xdh:A, 4xdh:B, 1xi2:A, 1xi2:B, 4zvk:A, 4zvk:B, 4zvl:A, 4zvl:B, 4zvm:A, 4zvm:B, 4zvn:A, 4zvn:B, 1zx1:A, 1zx1:B
16 3svl:B 182 77 0.1100 0.1209 0.2857 0.012 3svl:A
17 5ea2:C 276 167 0.2050 0.1486 0.2455 0.020 5a4k:A, 5a4k:B, 5a4k:C, 5a4k:D, 8c9j:A, 8c9j:B, 8c9j:C, 8c9j:D, 4cet:A, 4cf6:A, 4cf6:B, 1d4a:A, 1d4a:B, 1d4a:D, 1d4a:C, 1dxo:A, 1dxo:C, 1dxo:B, 1dxo:D, 5ea2:A, 5ea2:E, 5ea2:G, 5eai:A, 5eai:B, 5eai:C, 5eai:D, 5eai:E, 5eai:F, 5eai:G, 5eai:H, 5eai:I, 5eai:J, 5eai:K, 5eai:L, 5eai:M, 5eai:N, 2f1o:A, 2f1o:C, 2f1o:B, 2f1o:D, 2f1o:E, 2f1o:F, 2f1o:G, 2f1o:H, 5fuq:A, 5fuq:B, 6fy4:A, 6fy4:B, 6fy4:C, 6fy4:D, 1gg5:A, 1gg5:C, 1gg5:B, 1gg5:D, 1h66:A, 1h66:C, 1h66:B, 1h66:D, 1h69:A, 1h69:C, 1h69:B, 1h69:D, 3jsx:A, 3jsx:B, 3jsx:C, 3jsx:D, 3jsx:E, 3jsx:G, 3jsx:F, 3jsx:H, 1kbo:A, 1kbo:C, 1kbo:B, 1kbo:D, 1kbq:A, 1kbq:C, 1kbq:B, 1kbq:D, 6llc:A, 6llc:D, 6llc:B, 6llc:F, 6llc:C, 6llc:E, 6llc:G, 6llc:H, 6llc:I, 6llc:J, 6llc:K, 6llc:L, 8ok0:A, 8ok0:D, 8ok0:B, 8ok0:C, 8pqn:A, 8pqn:B, 8pqn:C, 8pqn:D, 1qbg:A, 1qbg:B, 1qbg:C, 1qbg:D, 8rfm:A, 8rfm:B, 8rfm:C, 8rfm:D, 8rfn:A, 8rfn:B, 8rfn:C, 8rfn:D
18 1x77:A 174 61 0.0850 0.0977 0.2787 0.053 1x77:B
19 2oys:A 230 83 0.1000 0.0870 0.2410 0.17 2oys:B
20 4h6p:A 184 63 0.0850 0.0924 0.2698 0.31 4h6p:B, 4h6p:C, 4h6p:D, 4h6p:E, 4h6p:F, 4h6p:G, 4h6p:L, 4h6p:H, 4h6p:I, 4h6p:J, 4h6p:K, 4hs4:B, 4hs4:C, 4hs4:D, 4hs4:G, 4hs4:H, 3s2y:A, 3s2y:B, 3s2y:C, 3s2y:D
21 4f8y:A 196 55 0.0800 0.0816 0.2909 0.35 4f8y:B, 4f8y:C, 4f8y:D, 3lcm:A, 3lcm:B, 3lcm:C, 3lcm:D
22 5lva:A 174 126 0.1750 0.2011 0.2778 0.45 5lva:B
23 3f2v:A 174 61 0.0900 0.1034 0.2951 1.3
24 5vol:C 268 77 0.1150 0.0858 0.2987 1.3 5vol:A, 5vol:B, 5vol:D, 5vol:E, 5vol:F, 5vol:G, 5vol:H
25 3gfr:D 172 80 0.1100 0.1279 0.2750 2.8 3gfq:A, 3gfq:B, 3gfq:C, 3gfq:D, 3gfr:A, 3gfr:B, 3gfr:C, 3gfs:A, 3gfs:B, 3gfs:C, 3gfs:D, 3gfs:E, 3gfs:F, 3gfs:G, 3gfs:H, 3gfs:I, 3gfs:J, 3gfs:K, 3gfs:L, 2gsw:A, 2gsw:B, 2gsw:C, 2gsw:D, 1nni:1
26 5ks8:D 580 39 0.0800 0.0276 0.4103 3.2
27 5ks8:F 482 39 0.0800 0.0332 0.4103 3.3
28 5ks8:C 603 39 0.0800 0.0265 0.4103 3.4
29 1zb7:A 414 84 0.1200 0.0580 0.2857 3.4
30 3g4f:A 515 63 0.1050 0.0408 0.3333 4.2 3g4f:B
31 7kw7:C 511 25 0.0500 0.0196 0.4000 4.9
32 3fe1:B 387 25 0.0500 0.0258 0.4000 5.2 3fe1:A, 3fe1:C
33 8tcw:A 282 49 0.0950 0.0674 0.3878 6.5 8dkg:A, 8dkg:B, 8dkg:C, 8dkg:D, 8dkg:E, 2gr9:A, 2gr9:B, 2gr9:C, 2gr9:D, 2gr9:E, 2gra:A, 2gra:B, 2gra:C, 2gra:D, 2gra:E, 2izz:A, 2izz:B, 2izz:C, 2izz:D, 2izz:E, 8tcu:A, 8tcu:B, 8tcu:C, 8tcu:D, 8tcu:E, 8tcv:B, 8tcw:B, 8tcw:C, 8tcw:D, 8tcw:E, 8tcx:A, 8tcx:B, 8tcx:C, 8tcx:D, 8tcy:A, 8tcy:B, 8tcy:C, 8tcy:D, 8tcz:A, 8tcz:B, 8td0:A, 8td0:B, 8td0:C, 8td0:D, 8td1:A, 8td1:B, 8td1:C, 8td1:D, 8td1:E, 8td2:A, 8td2:B, 8td2:C, 8td2:D, 8td2:E, 8td3:A, 8td3:B, 8td3:C, 8td3:D, 8td3:E, 8td4:A, 8td4:B, 8td4:C, 8td4:D, 8td4:E, 8td5:A, 8td5:B, 8td5:C, 8td5:D, 8td5:E, 8td6:A, 8td6:B, 8td6:C, 8td6:D, 8td6:E, 8td7:A, 8td7:B, 8td7:C, 8td7:D, 8td7:E, 8td8:A, 8td8:B, 8td8:C, 8td8:D, 8td8:E, 8td9:A, 8td9:B, 8td9:C, 8td9:D, 8td9:E, 8tdb:A, 8tdb:B, 8tdb:C, 8tdb:D, 8tdb:E, 8tdc:A, 8tdc:B, 8tdc:C, 8tdc:D, 8tdc:E, 8tdd:A, 8tdd:B, 8tdd:C, 8tdd:D, 5uat:C, 5uat:E, 5uau:A, 5uau:B, 5uau:C, 5uau:D, 5uau:E, 5uav:A, 5uav:B, 5uav:C, 5uav:D, 5uav:E, 8vre:A, 8vre:B, 8vre:C, 8vre:D, 8vre:E, 6xoz:A, 6xoz:B, 6xoz:C, 6xoz:D, 6xoz:E, 6xp0:A, 6xp0:B, 6xp0:C, 6xp0:D, 6xp0:E, 6xp1:A, 6xp1:B, 6xp2:A, 6xp2:E, 6xp3:A, 6xp3:B, 6xp3:C, 6xp3:D
34 4j8f:A 551 25 0.0500 0.0181 0.4000 8.4 5aqw:A, 5aqx:A, 5aqy:A, 5aqz:A, 5ar0:A, 3atu:A, 3atv:A, 3ay9:A, 5bn8:A, 5bn9:A, 5bpl:A, 5bpm:A, 3d2f:B, 3d2f:D, 2e88:A, 2e8a:A, 7f4x:A, 7f4z:A, 7f50:A, 7fgm:A, 6fhk:A, 6fhk:B, 6g3r:A, 6g3s:A, 3gdq:A, 1hjo:A, 4io8:A, 3jxu:A, 7kw7:D, 5mkr:A, 5mks:A, 7q4r:A, 1s3x:A, 1xqs:C, 1xqs:D, 6zyi:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218