Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
SIRTVGIVGAGTMGNGIAQACAVVGLNVVMVDISDAAVQKGVATVASSLDRLIKKEKLTEADKASALARIKGSTSYDDLK
ATDIVIEAATENYDLKVKILKQIDGIVGENVIIASNTSSISITKLAAVTSRADRFIGMHFFNPVPVMALVELIRGLQTSD
TTHAAVEALSKQLGKYPITVKNSPGFVVNRILCPMINEAFCVLGEGLASPEEIDEGMKLGCNHPIGPLALADMIGLDTML
AVMEVLYTEFADPKYRPAMLMREMVAAGYLGRKTGRGVYVYSK

The query sequence (length=283) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 4pzd:A 283 283 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 4pzd:B, 4pzd:C, 4pzd:D, 4pzd:E, 4pzd:F, 4pzd:G, 4pzd:H, 4pzd:I, 4pze:A, 4pze:B, 4pze:C, 4pze:D, 4pze:G, 4pze:E, 4pze:F, 4pze:H, 4pze:I
2 4kug:A 282 282 0.5512 0.5532 0.5532 1.06e-109 4kug:B, 4kug:C, 4kug:D, 4kuh:A, 4kuh:B, 4kuh:C, 4kuh:D, 4kuh:E, 4kuh:F, 4kuh:G, 4kuh:H
3 6aa8:E 281 281 0.5336 0.5374 0.5374 7.07e-104 6aa8:F
4 1f12:A 293 288 0.4170 0.4027 0.4097 3.16e-71 1f0y:A, 1f0y:B, 1f17:A, 1f17:B, 3had:A, 3had:B, 2hdh:A, 2hdh:B, 3hdh:A, 3hdh:B, 3hdh:C, 1il0:A, 1il0:B, 1lsj:A, 1lsj:B, 1lso:A, 1lso:B, 1m75:A, 1m75:B, 1m76:A, 1m76:B
5 8oqs:B 735 287 0.3887 0.1497 0.3833 1.51e-49 4b3i:A, 4b3i:B, 4b3j:A, 4b3j:B, 7o4s:A, 7o4s:B, 7o4t:A, 7o4t:B, 7o4u:A, 7o4u:B, 7o4v:B, 7o4v:A, 8opu:A, 8opu:B, 8opv:A, 8opv:B, 8oql:A, 8oql:B, 8oqn:A, 8oqn:B, 8oqo:A, 8oqo:B, 8oqp:A, 8oqp:B, 8oqq:A, 8oqq:B, 8oqr:A, 8oqr:B, 8oqs:A, 8oqt:B, 8oqt:A, 8oqu:A, 8oqu:B, 8oqv:A, 8oqv:B, 8pf8:A, 8pf8:B
6 4om8:A 309 286 0.3392 0.3107 0.3357 1.55e-46 4om8:B
7 1wdl:A 715 263 0.3604 0.1427 0.3878 5.11e-46 2d3t:A, 2d3t:B, 1wdk:A, 1wdk:B, 1wdl:B, 1wdm:A, 1wdm:B
8 6ysw:A 707 265 0.3357 0.1344 0.3585 6.03e-45
9 6ysw:A 707 92 0.0989 0.0396 0.3043 0.21
10 6tnm:A 719 266 0.3392 0.1335 0.3609 6.18e-44
11 6tnm:A 719 54 0.0636 0.0250 0.3333 1.3
12 3zwa:A 727 294 0.3357 0.1307 0.3231 1.61e-42 5mgb:A, 5mgb:B, 5omo:A, 5omo:B, 2x58:A, 2x58:B, 6z5f:AAA, 6z5f:BBB, 6z5o:AAA, 6z5v:AAA, 6z5v:BBB, 6zib:AAA, 6zib:BBB, 6zic:AAA, 6zic:BBB, 3zw9:A, 3zw9:B, 3zwa:B, 3zwb:A, 3zwb:B, 3zwc:A, 3zwc:B
13 3zwa:A 727 87 0.1131 0.0440 0.3678 5.38e-07 5mgb:A, 5mgb:B, 5omo:A, 5omo:B, 2x58:A, 2x58:B, 6z5f:AAA, 6z5f:BBB, 6z5o:AAA, 6z5v:AAA, 6z5v:BBB, 6zib:AAA, 6zib:BBB, 6zic:AAA, 6zic:BBB, 3zw9:A, 3zw9:B, 3zwa:B, 3zwb:A, 3zwb:B, 3zwc:A, 3zwc:B
14 6iun:B 692 282 0.3322 0.1358 0.3333 2.54e-42 6iun:A
15 6iun:B 692 86 0.0813 0.0332 0.2674 0.18 6iun:A
16 4dyd:A 283 295 0.3428 0.3428 0.3288 3.26e-34 4e13:A
17 3k6j:A 430 285 0.2862 0.1884 0.2842 7.77e-31
18 3k6j:A 430 93 0.1060 0.0698 0.3226 0.071
19 3f3s:A 312 231 0.2544 0.2308 0.3117 1.05e-21 3f3s:B
20 3adp:A 310 228 0.2509 0.2290 0.3114 4.22e-17
21 3kb6:B 334 52 0.0565 0.0479 0.3077 0.27 3kb6:A, 3kb6:C, 3kb6:D
22 4xr9:A 456 80 0.1025 0.0636 0.3625 0.34
23 4plf:B 330 85 0.0742 0.0636 0.2471 0.53 4plc:A, 4plc:B, 4plc:C, 4plc:D, 4plf:A, 4plg:A, 4plg:B, 6vdj:A
24 1jbw:A 410 87 0.0954 0.0659 0.3103 0.54 1fgs:A, 1jbv:A
25 5dt9:A 379 53 0.0601 0.0449 0.3208 0.65
26 7cu1:A 535 38 0.0530 0.0280 0.3947 0.75 8ad7:A, 8ad8:A, 7aqu:A, 7aqu:B, 7cu0:A, 7cu0:B, 7cu1:B, 7cu2:A, 7cu2:B, 6h44:A, 6h44:B, 6sls:A, 6sls:B, 6slt:A, 6slt:B
27 6ihd:B 304 85 0.0813 0.0757 0.2706 1.0 6ihd:A, 6ihe:A, 6ihe:B
28 1kwf:A 363 84 0.0883 0.0689 0.2976 1.1
29 4plt:B 319 85 0.0742 0.0658 0.2471 1.6 4plh:A, 4plh:B, 4plh:C, 4plh:D, 4plt:A, 4plt:C, 4plt:D, 4plv:A, 4plv:B, 4plv:C, 4plv:D, 4plw:A, 4plw:B, 4plw:C, 4plw:D, 4ply:B, 4ply:A, 4ply:C, 4ply:D, 4ply:F, 4ply:E, 4ply:G, 4ply:H
30 2a92:C 318 85 0.0954 0.0849 0.3176 1.7 2a92:A, 2a92:B, 2a92:D, 2a94:A, 2aa3:A, 2aa3:B, 2aa3:C, 2aa3:D, 4b7u:A, 5hru:A, 5hru:B, 5hto:A, 5hto:B, 5hto:D, 5hto:E, 1oc4:A, 1oc4:B, 4plz:A, 1t24:A, 1t25:A, 1t26:A, 1t2c:A, 1t2d:A, 6txr:A, 6txr:B, 6txr:C, 6txr:D, 3zh2:A, 3zh2:B, 3zh2:C, 3zh2:D
31 6vpb:B 324 58 0.0742 0.0648 0.3621 1.9
32 5bqf:A 317 53 0.0636 0.0568 0.3396 2.3 5tsd:A, 5tsd:B, 4xcv:A
33 3oet:H 378 53 0.0565 0.0423 0.3019 2.3 3oet:A, 3oet:B, 3oet:C, 3oet:D, 3oet:E, 3oet:F, 3oet:G
34 4prl:A 330 31 0.0353 0.0303 0.3226 2.5 4prl:B
35 4ffl:A 353 62 0.0636 0.0510 0.2903 2.6 4ffm:A, 4ffn:A, 4ffo:A, 4ffp:A, 4ffr:A
36 6lsv:A 338 50 0.0530 0.0444 0.3000 2.7 6lsv:B
37 6iqd:A 336 33 0.0565 0.0476 0.4848 3.0 6iqd:B, 6iqd:C, 6iqd:D, 6iqd:E, 6iqd:F, 6iqd:G, 6iqd:H
38 6ih6:A 330 55 0.0636 0.0545 0.3273 3.2 6ih3:A, 6ih5:B, 6ih6:B
39 2wll:B 266 107 0.0954 0.1015 0.2523 3.4
40 4y5q:A 449 83 0.0636 0.0401 0.2169 3.6 9d8s:A, 3igo:A, 3mwu:A, 3ncg:A, 2wei:A
41 1rjw:A 339 37 0.0530 0.0442 0.4054 4.1 3pii:A, 3pii:C, 3pii:B, 3pii:D, 1rjw:B, 1rjw:C, 1rjw:D
42 3dc2:A 526 56 0.0813 0.0437 0.4107 4.5 3dc2:B, 3ddn:B
43 5xtb:J 337 47 0.0601 0.0504 0.3617 4.6 5xtd:J, 5xth:J, 5xti:J, 5xti:BJ
44 6xov:A 966 33 0.0424 0.0124 0.3636 5.0
45 4rpu:A 988 33 0.0424 0.0121 0.3636 5.0 4l3t:A, 4l3t:B, 4nge:A, 4nge:D, 4rpu:B
46 2bc0:A 473 38 0.0495 0.0296 0.3684 5.2 2bc0:B, 2bc1:A, 2bc1:B, 2bcp:A, 2bcp:B
47 7a7e:B 176 52 0.0601 0.0966 0.3269 5.3 7a7e:A, 7a7e:C
48 2e37:C 310 37 0.0565 0.0516 0.4324 5.8 2e37:A, 2e37:E, 2e37:G, 2v7p:A, 2v7p:B, 2v7p:C, 2v7p:D, 3vph:A, 3vph:D, 3vph:B, 3vph:C, 2xxb:A, 2xxb:B, 2xxj:B, 2xxj:D, 3zzn:A, 3zzn:D
49 2ekl:A 312 53 0.0601 0.0545 0.3208 6.7
50 3dtc:A 245 29 0.0495 0.0571 0.4828 7.0
51 6cdf:A 333 59 0.0636 0.0541 0.3051 8.2 8ari:A, 8ari:G, 8ari:D, 8ari:F, 8ari:E, 8ari:J, 8ari:H, 8ari:K, 8ari:I, 8ari:P, 8ari:L, 8ari:M, 8ari:N, 8ari:T, 8ari:O, 8ari:Q, 8ari:R, 8ari:U, 8ari:S, 8ari:X, 8ari:B, 8ari:C, 8ari:V, 8ari:W, 6cdr:A, 1hku:A, 1hl3:A, 2hu2:A, 7kwm:A, 4lce:A, 1mx3:A, 4u6q:A, 4u6s:A, 6v89:A, 6v8a:A
52 2yq5:C 331 31 0.0353 0.0302 0.3226 8.3 2yq5:A, 2yq5:B, 2yq5:D
53 8fky:SW 448 40 0.0495 0.0312 0.3500 8.6 8fkp:SW, 8fkq:SW, 8fkr:SW, 8fks:SW, 8fkt:SW, 8fku:SW, 8fkv:SW, 8fkw:SW, 8fkx:SW, 3ly5:A

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218