Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SINDSKILSLQNKKNTLMDTSGYNAEVRVEGNVQLNPIFPFDFKLGSSGDDRGKVIVTQNENIVYNAMYESFSISFWIRI
NKWVSNLPGYTIIDSVKNNSGWSIGIISNFLVFTLKQNENSEQDINFSYDISKNAAGYNKWFFVTITTNMMGNMMIYING
KLIDTIKVKELTGINFSKTITFQMNKIPNDNINMWIRDFYIFAKELDDKDINILFNSLQYTNVVKDYWGNDLRYDKEYYM
INVNYMNRYMSKKGNGIVFNTRKNNNDFNEGYKIIIKRIRGNTNDTRVRGENVLYFNTTIDNKQYSLGMYKPSRNLGTDL
VPLGALDQPMDEIRKYGSFIIQPCNTFDYYASQLFLSSNATTNRLGILSIGSYSFKLGDDYWFNHEYLIPVIKIEHYASL
LESTSTHWVFVPAS

The query sequence (length=414) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4fvv:B 415 417 0.9855 0.9831 0.9784 0.0 4isq:C, 4isq:A, 4isq:B, 4isr:A, 4isr:B, 4isr:C, 5lr0:A, 5lr0:B
2 3r4s:A 424 421 0.7705 0.7524 0.7577 0.0 3r4s:B
3 3pme:A 415 420 0.3986 0.3976 0.3929 8.96e-81 4f83:A, 3obt:A
4 2np0:A 1289 436 0.3430 0.1102 0.3257 3.64e-47 1epw:A, 2etf:A, 2etf:B, 1f31:A, 1f82:A, 6g5f:B, 6g5g:B, 6g5k:A, 6g5k:B, 1g9a:A, 1g9b:A, 1g9c:A, 1g9d:A, 1i1e:A, 4kbb:A, 4kbb:B, 7na9:A, 2nm1:A, 6qns:A, 1s0b:A, 1s0c:A, 1s0d:A, 1s0e:A, 1s0f:A, 7t5f:A, 7t5f:D, 2xhl:A, 3zuq:A, 6zvm:AAA
5 8jlf:B 420 343 0.2850 0.2810 0.3440 4.83e-47 8js9:B, 6thy:AAA, 7z5s:BBB
6 3v0a:A 1280 343 0.2802 0.0906 0.3382 5.94e-47 8agk:AAA, 3bon:A, 3boo:A, 3bta:A, 3bwi:A, 3c88:A, 3c89:A, 3c8a:A, 3c8b:A, 3dda:A, 3ddb:A, 3ds9:A, 1e1h:A, 1e1h:C, 4ej5:A, 4el4:A, 4elc:A, 2g7n:A, 2g7p:A, 2g7p:B, 2g7q:A, 2g7q:B, 8hkh:A, 8hkh:B, 2ilp:A, 2ilp:B, 2ise:A, 2ise:B, 2isg:A, 2isg:B, 2ish:A, 2ish:B, 3k3q:B, 4ks6:A, 4ktx:A, 4kuf:A, 7kyf:C, 7l6v:A, 7lzp:A, 7lzp:D, 7m1h:A, 2nyy:A, 2nz9:A, 2nz9:B, 7qpt:A, 7qpu:A, 3qw5:A, 3qw6:A, 3qw7:A, 3qw8:A, 5tpb:B, 5tpc:A, 3v0b:A, 3v0c:A, 5vgv:A, 2vu9:A, 2w2d:A, 2w2d:C, 6xcb:A, 6xcc:A, 6xcd:A, 6xce:A, 6xcf:A, 1xtf:A, 1xtf:B, 1xtg:A, 4zjx:A, 3zus:A, 3zus:B, 3zus:C, 3zus:D
7 3ffz:A 1246 310 0.2778 0.0923 0.3710 6.13e-43 3d3x:A, 3d3x:B, 3ffz:B, 7ovw:AAA, 7ovw:BBB, 1t3a:A, 1t3a:B, 1t3c:A, 1t3c:B, 7uib:D, 7uib:A, 1zkw:A, 1zkw:B, 1zkx:A, 4zkt:A, 4zkt:C, 4zkt:E, 1zl6:A, 1zn3:A
8 3rsj:A 406 331 0.2681 0.2734 0.3353 1.74e-41 3rsj:B, 3rsj:C, 3rsj:D
9 6zvn:AAA 404 425 0.3188 0.3267 0.3106 5.63e-41
10 7qpt:B 390 345 0.2729 0.2897 0.3275 1.79e-34
11 5n0c:A 1293 256 0.2150 0.0688 0.3477 1.04e-32 1dfq:A, 1diw:A, 1dll:A, 1fv2:A, 1fv3:A, 1fv3:B, 3hmy:A, 3hn1:A, 5n0b:A, 5n0c:B, 1yxw:A, 1yyn:A, 1z7h:A
12 7qv7:S 571 54 0.0290 0.0210 0.2222 4.4 7qv7:Y
13 2y7i:A 228 70 0.0531 0.0965 0.3143 5.1 2y7i:B
14 7lt5:B 576 44 0.0386 0.0278 0.3636 8.3 8cxs:A, 8cxs:B, 8cxs:C, 8cxt:A, 8cxt:B, 8cxt:C, 8cxu:A, 8cxu:B, 8cxu:C, 8cxv:A, 8cxv:B, 8cxv:C, 8cxw:A, 8cxw:B, 8cxw:C, 8cxx:A, 8cxx:B, 8cxx:C, 8cxy:A, 8cxy:B, 8cxy:C, 8cxz:A, 8cxz:B, 8cxz:C, 8cy0:A, 8cy0:B, 8cy0:C, 8cy1:A, 8cy1:B, 8cy1:C, 8cy2:A, 8cy2:B, 8cy2:C, 8cy3:A, 8cy3:B, 8cy3:C, 8cy4:A, 8cy4:B, 8cy4:C, 8cy5:A, 8cy5:B, 8cy5:C, 8fs1:A, 8fs1:B, 8fs1:C, 8fs2:A, 8fs2:B, 8fs2:C, 7lni:A, 7lni:B, 7lni:C, 7lnj:A, 7lnj:B, 7lnj:C, 7lt5:A, 7lt5:C, 7rfk:A, 7rfk:B, 7rfk:C, 7rfl:A, 7rfl:B, 7rfl:C, 7rfm:A, 7rfm:B, 7rfm:C, 7rfn:A, 7rfn:B, 7rfn:C, 8vpg:A, 8vpg:B, 8vpg:C, 8vph:A, 8vph:B, 8vph:C, 8vpi:A, 8vpi:B, 8vpi:C
15 5ecd:A 132 38 0.0290 0.0909 0.3158 8.6 5ecd:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218