Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SIEKIWAREILDSRGNPTVEVDLYTAKGLFRAAVPSGASTGIYEALELRDGDKQRYLGKGVLKAVDHINSTIAPALISSG
LSVVEQEKLDNLMLELDGTENKSKFGANAILGVSLAVCKAGAAERELPLYRHIAQLAGNSDLILPVPAFNVINGGSHAGN
KLAMQEFMILPVGAESFRDAMRLGAEVYHTLKGVIKDKYGKDATNVGDEGGFAPNILENSEALELVKEAIDKAGYTEKIV
IGMDVAASEFYRDGKYDLDFKSPTDPSRYITGDQLGALYQDFVRDYPVVSIEDPFDQDDWAAWSKFTANVGIQIVGDDLT
VTNPKRIERAVEEKACNCLLLKVNQIGSVTEAIQACKLAQENGWGVMVSHRSGETEDTFIADLVVGLCTGQIKTGAPCRS
ERLAKYNQLMRIEEELGDEARFAGHNFRNPSVL

The query sequence (length=433) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5eu9:C 436 433 1.0000 0.9931 1.0000 0.0 2akm:A, 2akm:B, 2akz:A, 2akz:B, 5eu9:A, 5eu9:B, 5eu9:D, 5eu9:E, 5eu9:F, 5eu9:G, 5eu9:H, 5idz:A, 5idz:B, 7mbh:A, 7mbh:B, 5td9:A, 5td9:B, 1te6:A, 1te6:B, 5tij:A, 5tij:B, 3ucc:A, 3ucc:B, 3ucd:A, 3ucd:B, 3uje:A, 3uje:B, 3ujf:A, 3ujf:B, 3ujr:A, 3ujr:B, 3ujs:A, 3ujs:B, 4za0:A, 4za0:B, 4zcw:A, 4zcw:B
2 3b97:C 433 430 0.8337 0.8337 0.8395 0.0 3b97:A, 3b97:B, 3b97:D, 2psn:A, 2psn:B, 2psn:C, 2psn:D
3 2xsx:B 435 430 0.8337 0.8299 0.8395 0.0 2xsx:A
4 1pdz:A 433 433 0.7321 0.7321 0.7321 0.0 8uel:A, 8uel:B
5 3qtp:B 439 437 0.6443 0.6355 0.6384 0.0 3qtp:A
6 7vrd:A 439 435 0.6513 0.6424 0.6483 0.0 7vrd:B, 7vrd:C, 7vrd:D
7 2xgz:A 437 432 0.6189 0.6133 0.6204 0.0 2al1:A, 2al1:B, 2al2:A, 2al2:B, 1ebg:A, 1ebg:B, 1ebh:A, 1ebh:B, 1els:A, 4enl:A, 5enl:A, 6enl:A, 7enl:A, 1l8p:A, 1l8p:B, 1l8p:C, 1l8p:D, 1nel:A, 1one:A, 1one:B, 2one:A, 2one:B, 1p43:A, 1p43:B, 1p48:A, 1p48:B, 2xgz:B, 2xh0:A, 2xh0:B, 2xh0:C, 2xh0:D, 2xh2:A, 2xh2:D, 2xh2:B, 2xh2:C, 2xh4:A, 2xh4:B, 2xh4:C, 2xh4:D, 2xh7:A, 2xh7:B
8 7rhw:A 437 431 0.6374 0.6316 0.6404 0.0 7rhv:A, 7rhv:B, 7rhw:B, 7ri0:A, 7ri0:B
9 2ptx:A 431 426 0.6189 0.6218 0.6291 0.0 1oep:A, 2pty:A, 2ptz:A, 2pu0:A, 2pu1:A
10 2ptw:A 406 424 0.5958 0.6355 0.6085 7.13e-180
11 4g7f:A 419 424 0.5843 0.6038 0.5967 1.02e-178
12 4z17:A 424 430 0.5543 0.5660 0.5581 5.51e-154 4yws:A, 4z17:B, 4z1y:A, 4z1y:B
13 1iyx:A 431 436 0.5173 0.5197 0.5138 1.69e-149 1iyx:B
14 5j04:A 424 428 0.5289 0.5401 0.5350 6.04e-145 5j04:B, 4rop:A
15 5bof:A 434 434 0.4988 0.4977 0.4977 4.88e-144 5boe:A, 5boe:B, 5bof:B
16 6bfy:A 439 430 0.5242 0.5171 0.5279 1.95e-143 6bfy:B, 6bfy:C, 6bfy:F, 6bfy:D, 6bfy:E, 6bfz:A, 6bfz:B, 6bfz:E, 6bfz:F, 6bfz:D, 6bfz:C, 6d3q:A, 6d3q:C, 6d3q:B, 6d3q:E, 6d3q:F, 6d3q:D, 1e9i:A, 1e9i:B, 1e9i:C, 1e9i:D, 2fym:A, 2fym:C, 2fym:D, 2fym:F, 3h8a:A, 3h8a:B, 3h8a:C, 3h8a:D, 6npf:A, 6npf:B, 6npf:C, 6npf:D, 6npf:F, 6npf:E, 5ohg:A, 5ohg:B, 5ohg:H, 5ohg:I
17 4mks:A 400 434 0.5150 0.5575 0.5138 1.66e-142 4mks:B
18 6nb2:B 424 416 0.5012 0.5118 0.5216 5.46e-142 6nb2:A, 6nbm:A, 6nbm:B
19 7cll:C 426 428 0.5335 0.5423 0.5397 2.00e-141 7ckp:A, 7clk:A, 7cll:A, 7cll:B, 7cll:D, 7dlr:A, 7e4f:A, 7e51:A, 7e51:B, 7e51:C, 7e51:D, 7e51:E, 7e51:F, 7e51:G, 7e51:H, 6l7d:A
20 3uj2:A 423 430 0.5127 0.5248 0.5163 1.71e-137 3uj2:B, 3uj2:C, 3uj2:D, 3uj2:E, 3uj2:F, 3uj2:G, 3uj2:H
21 1w6t:B 430 436 0.4850 0.4884 0.4817 6.28e-134 1w6t:A
22 6o4n:A 422 430 0.4988 0.5118 0.5023 5.95e-133 6o4n:B, 8w21:A, 8w21:B, 8w21:C, 8w21:E, 8w21:G, 8w21:H
23 4yws:B 393 430 0.5173 0.5700 0.5209 1.74e-128
24 3tqp:A 418 429 0.4734 0.4904 0.4779 6.67e-124 3tqp:B
25 3qn3:A 415 417 0.4642 0.4843 0.4820 1.19e-122 3qn3:B, 3qn3:C, 3qn3:D
26 7ugh:A 436 432 0.4688 0.4656 0.4699 1.34e-121 7ugh:B
27 3r11:B 364 78 0.0624 0.0742 0.3462 8.20e-05 3r0u:A, 3r10:A, 3r11:A, 3r1z:A, 3r1z:B
28 4hcd:A 384 73 0.0439 0.0495 0.2603 0.009 4hch:A, 4hch:B, 4hcl:A, 4hcl:B, 4mmw:A, 4mmw:B, 1rvk:A
29 4mgg:A 369 97 0.0624 0.0732 0.2784 0.037 4mgg:B, 4mgg:C, 4mgg:D, 4mgg:E, 4mgg:F, 4mgg:G, 4mgg:H
30 7mqx:E 358 95 0.0600 0.0726 0.2737 0.36 1dtn:A, 4fp1:A, 4fp1:B, 4hnc:A, 4hnc:B, 4m6u:A, 4m6u:B, 1mdl:A, 1mdr:A, 1mns:A, 2mnr:A, 7mqx:A, 7mqx:B, 7mqx:C, 7mqx:D, 7mqx:F, 7mqx:G, 7mqx:H, 1mra:A, 3uxk:A, 3uxk:B, 3uxk:C, 3uxk:D, 3uxl:A, 3uxl:B, 3uxl:C, 3uxl:D, 6vim:A, 6vim:B, 6vim:C, 6vim:D, 6vim:E, 6vim:F, 6vim:G, 6vim:H, 4x2p:A
31 8ijy:A 501 34 0.0323 0.0279 0.4118 1.00
32 3d19:A 264 117 0.0739 0.1212 0.2735 1.5 3d19:B, 3d19:C, 3d19:D, 3d19:E, 3d19:F
33 3a6z:C 616 94 0.0600 0.0422 0.2766 1.6 3a6z:A, 3a70:A, 3a70:C, 2z8x:A, 2z8z:A, 2zj6:A, 2zj7:A, 2zvd:A, 2zvd:C
34 2ved:B 254 50 0.0416 0.0709 0.3600 1.9 3bfv:A, 3bfv:B, 2ved:A
35 1jpm:A 359 78 0.0416 0.0501 0.2308 2.1 1jpm:B, 1jpm:C, 1jpm:D, 1tkk:A, 1tkk:B, 1tkk:C, 1tkk:D, 1tkk:E, 1tkk:F, 1tkk:G, 1tkk:H
36 3jva:B 354 167 0.0878 0.1073 0.2275 2.2 3jva:A, 3jva:C, 3jva:D, 3jva:E, 3jva:F, 3jva:G, 3jva:H, 3jw7:A, 3jw7:B, 3jw7:C, 3jw7:D, 3jw7:E, 3jw7:F, 3jw7:G, 3jw7:H, 3jzu:A, 3jzu:B, 3jzu:C, 3jzu:D, 3jzu:E, 3jzu:F, 3jzu:G, 3jzu:H, 3k1g:A, 3k1g:B, 3k1g:C, 3k1g:D, 3k1g:E, 3k1g:F, 3k1g:G, 3k1g:H, 3kum:A, 3kum:B, 3kum:C, 3kum:D, 3kum:E, 3kum:F, 3kum:G, 3kum:H
37 5fdn:A 914 49 0.0393 0.0186 0.3469 4.4 5fdn:B
38 3ugv:F 364 80 0.0393 0.0467 0.2125 4.5 3ugv:A, 3ugv:B, 3ugv:C, 3ugv:D, 3ugv:E, 3ugv:G, 3ugv:H
39 6me9:B 395 81 0.0531 0.0582 0.2840 4.9 6me6:B, 6me7:B, 6me8:B, 7vh0:A
40 2i62:B 261 92 0.0577 0.0958 0.2717 5.2 2i62:A, 2i62:C, 2i62:D, 5xvk:A, 5xvk:B, 5yji:A, 5yji:B
41 4r83:A 474 43 0.0370 0.0338 0.3721 5.4 4r83:B, 4r83:C, 4r83:D, 4r84:A, 4r84:B, 4r84:C, 4r84:D, 4r9v:A
42 1x9r:A 105 49 0.0393 0.1619 0.3469 5.5 1x9r:B, 1x9u:A, 1x9u:B
43 6qxp:E 344 73 0.0485 0.0610 0.2877 6.9
44 2e2o:A 299 90 0.0647 0.0936 0.3111 9.2 2e2p:A, 2e2p:B, 2e2q:A, 2e2q:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218