Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SHYTDNRYKMMECIKDAGRPFYPHKFKISMSLPAYALKYGNVENGYIDKDTTLSLSGRVTSIRSSSSKLIFYDIFCEEQK
VQIIANIMEHDISTGEFSVSHSEIRRGDVVGFTGFPGKSKRGELSLFSKSVVLLSPCYHMLPTAIQEVRYRQRYLDLMLN
EESRKVFKLRSRAIKYIRNYFDRLGFLEVETPMLNMIYGGAAARPFITYHNELETQLYMRIATELYLKQLIVGGLDKVYE
IGKVFRNEGIDLTHNPEFTSMEFYMAYADYYDLMDLTEELISGLVLEIHGSLKIPYHPDGPEGKCIEIDFTTPWKRFSFV
EEIESGLGEKLKRPLDSQENIDFMVEMCEKHEIELPHPRTAAKLLDKLAGHFVETKCTNPSFIIDHPQTMSPLAKWHREK
PEMTERFELFVLGKELCNAYTELNEPLQQRKFFEQQADAKASGDVEACPIDETFCLALEHGLPPTGGWGLGIDRLIMFLA
DKNNIKEVILFPAMR

The query sequence (length=495) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6bni:A 502 500 0.9939 0.9801 0.9840 0.0 6bni:B, 6c86:A, 6c86:B, 5eln:A, 5eln:B, 5eln:C, 5eln:D, 5elo:A, 5elo:B, 5elo:C, 5elo:D, 6hcw:A, 6hcw:B, 7zog:A, 7zog:B, 7zog:C, 7zog:D
2 6chd:A 506 502 0.5697 0.5573 0.5618 0.0 3bju:A, 3bju:B, 3bju:C, 3bju:D, 6chd:B, 4dpg:A, 4dpg:B, 4dpg:C, 4dpg:D, 4dpg:E, 4dpg:F, 4dpg:G, 4dpg:H, 7ea9:A, 7ea9:B, 7ea9:C, 7ea9:D, 6ild:A, 6ild:B, 6ilh:A, 6ilh:B, 4ycu:A, 4ycu:B, 4ycw:A, 4ycw:B, 4ycw:E, 4ycw:F
3 6agt:B 506 498 0.5556 0.5435 0.5522 0.0 6agt:A, 6agt:C, 6agt:D, 7bt5:A, 7bt5:B, 6hcu:A, 6hcu:B, 6hcv:A, 6hcv:B, 8k9s:A, 8k9s:B, 8k9u:A, 8k9u:B, 8k9v:A, 8k9v:B, 8k9w:A, 8k9w:B, 8k9x:A, 8k9x:B, 6ka6:A, 6ka6:B, 6ka6:C, 6ka6:D, 6kab:A, 6kab:B, 6kab:C, 6kab:D, 6kbf:A, 6kbf:B, 6kcn:A, 6kcn:B, 6kcn:C, 6kcn:D, 6kct:A, 6kct:B, 6kct:C, 6kct:D, 6l3y:B, 6l3y:A, 6l4q:B, 6l4q:A, 6m0t:A, 6m0t:B, 6m0t:C, 6m0t:D, 4pg3:A, 4pg3:B, 4pg3:C, 4pg3:D, 4ycv:A, 4ycv:B, 4ycv:C, 4ycv:D, 5zh2:B, 5zh3:A, 5zh3:B, 5zh4:A, 5zh4:B, 5zh5:A, 5zh5:B
4 4up7:A 529 498 0.5273 0.4934 0.5241 0.0 4up9:A, 4upa:A
5 5zh2:A 464 494 0.5253 0.5603 0.5263 0.0
6 5hgq:B 482 478 0.5071 0.5207 0.5251 1.84e-176 5hgq:A, 5hgq:D, 5hgq:C
7 7f6w:A 506 505 0.5071 0.4960 0.4970 6.83e-176
8 3a74:A 484 389 0.3778 0.3864 0.4807 9.43e-122 3a74:B, 3a74:C, 3a74:D, 3e9h:A, 3e9h:B, 3e9h:C, 3e9h:D, 3e9i:A, 3e9i:B, 3e9i:C, 3e9i:D
9 1e1t:A 485 491 0.3818 0.3897 0.3849 1.76e-112 1e1o:A, 1e22:A, 1e24:A, 1lyl:A, 1lyl:B, 1lyl:C, 5yzx:A, 5yzx:B, 5yzx:C
10 1bbu:A 486 490 0.3818 0.3889 0.3857 1.55e-110
11 6nrz:A 517 513 0.3960 0.3791 0.3821 2.74e-105 6nrz:B, 6ns0:A, 6ns0:B, 6o3f:A, 6o3f:B
12 6wbd:B 485 392 0.3434 0.3505 0.4337 2.36e-103 6wbd:A
13 4ex5:A 486 495 0.3657 0.3724 0.3657 3.88e-100 4ex5:B
14 6aqg:C 490 479 0.3576 0.3612 0.3695 1.28e-90 6aqg:A, 6aqg:B, 6aqg:D, 5vl1:A, 5vl1:B, 5vl1:C, 5vl1:D
15 6aqh:B 490 449 0.3515 0.3551 0.3875 4.52e-89 6aqh:A, 6aqh:C, 6aqh:D
16 7qh8:A 471 443 0.3253 0.3418 0.3634 2.55e-77 7qhn:A, 7qi8:A
17 3a5z:C 324 331 0.1859 0.2840 0.2779 1.19e-31 3a5y:B, 3a5y:C, 3a5y:D, 3a5z:A, 3a5z:E, 3a5z:G, 3g1z:A, 3g1z:B
18 3a5y:A 297 333 0.1798 0.2997 0.2673 4.29e-29
19 1b8a:A 438 419 0.2283 0.2580 0.2697 1.86e-20 1b8a:B, 3nel:A, 3nem:A, 3nem:B
20 1asy:A 490 369 0.1899 0.1918 0.2547 7.88e-19 1asy:B, 1asz:A, 1asz:B
21 4wj3:M 589 144 0.0949 0.0798 0.3264 5.73e-16 4wj3:N, 4wj3:O, 4wj3:P, 4wj4:A
22 4wj3:M 589 93 0.0505 0.0424 0.2688 4.25e-05 4wj3:N, 4wj3:O, 4wj3:P, 4wj4:A
23 6sjc:B 581 131 0.0808 0.0688 0.3053 7.01e-15 7ap4:A, 7ap4:B, 1efw:A, 1efw:B, 1g51:A, 1g51:B, 6hhv:A, 6hhv:B, 6hhw:A, 6hhw:B, 6hhx:A, 6hhx:B, 6sjc:A
24 6sjc:B 581 86 0.0545 0.0465 0.3140 2.36e-04 7ap4:A, 7ap4:B, 1efw:A, 1efw:B, 1g51:A, 1g51:B, 6hhv:A, 6hhv:B, 6hhw:A, 6hhw:B, 6hhx:A, 6hhx:B, 6sjc:A
25 5w25:A 583 168 0.0929 0.0789 0.2738 1.92e-14 5w25:B
26 5w25:A 583 93 0.0525 0.0446 0.2796 0.021 5w25:B
27 1c0a:A 585 253 0.1333 0.1128 0.2609 1.12e-13 1il2:A, 1il2:B
28 1c0a:A 585 36 0.0364 0.0308 0.5000 1.52e-04 1il2:A, 1il2:B
29 3kfu:C 377 382 0.1838 0.2414 0.2382 7.07e-12 3kfu:A, 3kfu:D, 3kfu:B
30 4o2d:B 515 174 0.0929 0.0893 0.2644 1.50e-11
31 4o2d:B 515 36 0.0343 0.0330 0.4722 0.004
32 4o2d:A 580 174 0.0929 0.0793 0.2644 1.64e-11 4rmf:A
33 4o2d:A 580 36 0.0343 0.0293 0.4722 0.005 4rmf:A
34 3m4p:A 435 351 0.1576 0.1793 0.2222 2.81e-09 3m4p:B, 3m4p:C, 3m4p:D
35 1x54:A 434 346 0.1576 0.1797 0.2254 1.50e-05 1x55:A
36 8tc8:A 435 177 0.0909 0.1034 0.2542 5.80e-04 8h53:A, 8h53:B, 8h53:C, 8h53:D, 8tc8:B, 8tc8:C, 8tc8:D, 8tc9:A, 8tc9:B, 8tc9:C, 8tc9:D
37 8tc8:A 435 34 0.0242 0.0276 0.3529 0.052 8h53:A, 8h53:B, 8h53:C, 8h53:D, 8tc8:B, 8tc8:C, 8tc8:D, 8tc9:A, 8tc9:B, 8tc9:C, 8tc9:D
38 3p8v:A 294 133 0.0808 0.1361 0.3008 0.001 3p8v:B, 3p8y:A, 3p8y:B, 3reu:A, 3reu:B, 3rex:A, 3rex:B, 3rl6:A, 3rl6:B
39 3p8v:A 294 37 0.0283 0.0476 0.3784 0.71 3p8v:B, 3p8y:A, 3p8y:B, 3reu:A, 3reu:B, 3rex:A, 3rex:B, 3rl6:A, 3rl6:B
40 2xgt:B 433 327 0.1556 0.1778 0.2355 0.001 2xgt:A, 2xti:A, 2xti:B
41 7zqy:B 177 67 0.0485 0.1356 0.3582 0.60 7zqy:A, 7zqy:C, 7zqy:D
42 6lrg:B 681 147 0.0747 0.0543 0.2517 0.81 6lrg:A, 6lrh:A, 6lrh:B
43 2hdx:A 108 34 0.0343 0.1574 0.5000 1.1 2hdx:B, 2hdx:C, 2hdx:D, 2hdx:E, 2hdx:F
44 5mgu:A 407 44 0.0303 0.0369 0.3409 1.1 3cmq:A, 3hfv:A, 5mgh:A, 5mgw:A, 8p8x:A, 3teg:A, 3tup:A
45 4cs3:A 270 103 0.0566 0.1037 0.2718 1.2 6aac:A, 6aad:A, 6aan:A, 6aao:A, 6aap:A, 6aaq:A, 6aaz:A, 6ab0:A, 6ab1:A, 6ab2:A, 6ab8:A, 6abk:A, 6abl:A, 6abm:A, 4bw9:A, 4bwa:A, 4ch3:A, 4ch4:A, 4ch5:A, 4ch6:A, 4cs4:A, 5k1p:A, 5k1x:A, 8ke1:A, 8ke2:A, 8ke3:A, 8ke4:A, 8ke5:A, 8ke6:A, 6ly3:A, 6ly6:A, 6ly7:A, 6lya:A, 6lyb:A, 4q6g:A, 2q7e:A, 2q7g:A, 2q7h:A, 3qtc:A, 7rsm:A, 7rsm:B, 7rsm:C, 7rsm:D, 4tqd:A, 4tqf:A, 3vqv:A, 3vqw:A, 3vqx:A, 3vqx:B, 3vqx:C, 3vqx:D, 3vqy:A, 2zce:A, 2zim:A, 2zin:A, 2zio:A, 4zib:A
46 7dic:A 646 83 0.0525 0.0402 0.3133 1.5 7dcy:A, 7did:A, 7dol:A
47 6ci9:D 259 74 0.0364 0.0695 0.2432 1.9 6ci9:A, 6ci9:B, 6ci9:C, 6ci9:E, 6ci9:F, 6ci9:G, 6ci9:H, 6ci9:I, 6ci9:J, 6ci9:K, 6ci9:L, 6ci9:M, 6ci9:N, 6ci9:O, 6ci9:P
48 3l4g:C 508 30 0.0283 0.0276 0.4667 1.9 3l4g:A, 3l4g:E, 3l4g:G, 3l4g:I, 3l4g:K, 3l4g:M, 3l4g:O
49 7u0r:B 278 109 0.0727 0.1295 0.3303 2.2 8c49:A, 8c49:B, 8dqg:D, 8dqg:A, 8dqh:D, 8dqh:A, 8dqi:D, 8dqi:A, 8dqj:D, 7u0r:A
50 7by6:A 299 26 0.0263 0.0435 0.5000 2.9
51 7dpi:C 292 26 0.0263 0.0445 0.5000 3.6 7dpi:A
52 5jil:A 369 54 0.0283 0.0379 0.2593 4.6 4zxn:A
53 4urw:S 453 95 0.0566 0.0618 0.2947 5.8 8be6:S, 8be7:S, 8be8:S, 8be9:S, 8bea:S, 7ukr:A, 7ukr:B, 4uru:S, 4urv:S, 4urx:S, 4ury:S
54 3pk0:B 262 45 0.0242 0.0458 0.2667 6.0 3pk0:A, 3pk0:C, 3pk0:D
55 1jpl:A 161 45 0.0303 0.0932 0.3333 8.2 1jpl:B, 1jpl:C, 1jpl:D, 1juq:A, 1juq:B, 1juq:C, 1juq:D, 1lf8:A, 1lf8:B, 1lf8:C, 1lf8:D
56 4o1k:A 211 121 0.0545 0.1280 0.2231 8.4
57 11as:A 327 36 0.0222 0.0336 0.3056 8.9 11as:B, 12as:A, 12as:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218