Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SHRYVETMLVADQSMAEFHGSGLKHYLLTLFSVAARLYKHPSIRNSVSLVVVKILVIHDEQKGPEVTSNAALTLRNFCNW
QKQHNPPSDRDAEHYDTAILFTRQDLCGSQTCDTLGMADVGTVCDPSRSCSVIEDDGLQAAFTTAHELGHVFNMPHDDAK
QCASLNSHMMASMLSNLDHSQPWSPCSAYMITSFLDNGHGECLMDKPQNPIQLPGDLPGTSYDANRQCQFTFGEDSKHCP
TCSTLWCTGLVCQTKHFPWADGTSCGEGKWCINGKCVNKLVP

The query sequence (length=282) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2jih:B 286 285 1.0000 0.9860 0.9895 0.0 2jih:A, 3q2g:A, 3q2g:B, 3q2h:A, 3q2h:B, 2v4b:A, 2v4b:B
2 3b2z:F 293 290 0.6099 0.5870 0.5931 4.81e-132 3b2z:A, 3b2z:B, 3b2z:C, 3b2z:D, 3b2z:E, 3b2z:G, 3b2z:H, 2rjp:A, 2rjp:B, 2rjp:C, 2rjp:D, 4wk7:A, 4wke:A, 4wki:A
3 2rjq:A 292 289 0.5567 0.5377 0.5433 3.00e-115 3b8z:A, 3b8z:B, 3hy7:A, 3hy7:B, 3hy9:A, 3hy9:B, 3hyg:A, 3hyg:B, 3ljt:A, 6yjm:A, 6yjm:B
4 6qig:A 581 291 0.3050 0.1480 0.2955 3.86e-39 3ghm:A, 3ghn:A, 3vn4:A
5 3hdb:A 417 273 0.2553 0.1727 0.2637 1.15e-15
6 6x5x:A 200 217 0.2199 0.3100 0.2857 2.90e-15
7 1nd1:A 202 214 0.2092 0.2921 0.2757 5.77e-15 2w12:A, 2w13:A, 2w14:A, 2w15:A
8 3dsl:A 416 282 0.2624 0.1779 0.2624 1.44e-14 3dsl:B
9 1kuf:A 201 214 0.1950 0.2736 0.2570 2.61e-13 1kug:A, 1kui:A, 1kuk:A
10 4dd8:D 208 216 0.2270 0.3077 0.2963 4.21e-13 4dd8:A, 4dd8:B, 4dd8:C
11 2dw1:A 415 275 0.2518 0.1711 0.2582 6.41e-13 2dw0:A, 2dw0:B, 2dw1:B, 2dw2:B, 2dw2:A
12 4q1l:A 202 212 0.2092 0.2921 0.2783 8.44e-13
13 4j4m:B 200 212 0.2163 0.3050 0.2877 3.70e-12 4j4m:A
14 3gbo:A 200 211 0.2021 0.2850 0.2701 2.29e-11
15 1r54:A 206 216 0.2092 0.2864 0.2731 3.55e-11 1r55:A
16 1bsw:A 197 213 0.1950 0.2792 0.2582 7.88e-11 1bud:A
17 1dth:A 202 209 0.2021 0.2822 0.2727 1.71e-10 1atl:A, 1atl:B, 1dth:B, 1htd:A, 1htd:B
18 2e3x:A 416 279 0.2482 0.1683 0.2509 1.89e-10
19 3k7n:A 396 209 0.1773 0.1263 0.2392 2.80e-10
20 2aig:P 201 214 0.2021 0.2836 0.2664 7.05e-10 3aig:A, 4aig:A, 1iag:A
21 1qua:A 197 206 0.2128 0.3046 0.2913 8.03e-10
22 3k7l:A 409 274 0.2128 0.1467 0.2190 1.34e-09
23 1yp1:A 199 203 0.2057 0.2915 0.2857 2.02e-09
24 1wni:A 198 215 0.1950 0.2778 0.2558 2.42e-09
25 2ero:A 426 277 0.2518 0.1667 0.2563 6.12e-09 2ero:B, 2erp:A, 2erp:B, 2erq:A, 2erq:B
26 9clp:A 420 276 0.2411 0.1619 0.2464 1.86e-08
27 3g5c:A 486 222 0.1773 0.1029 0.2252 7.66e-06 3g5c:B, 8hpy:A, 8hpy:B, 8hq0:A, 8hq0:B, 8hq0:C, 8hq1:A, 8hq1:B, 8hq1:C, 8hq2:A, 8hq2:B, 5y2z:A, 5y2z:C, 5y2z:E, 5y2z:I, 5y2z:K, 5y31:A, 5y31:C, 8y6b:A, 8y6b:B, 8y6b:C
28 5y2z:G 462 222 0.1773 0.1082 0.2252 7.90e-06
29 8snl:A 656 253 0.2128 0.0915 0.2372 0.013 2a8h:A, 2a8h:B, 3b92:A, 1bkc:A, 1bkc:C, 1bkc:E, 1bkc:I, 3cki:A, 2ddf:A, 2ddf:B, 3e8r:A, 3e8r:B, 3edz:A, 3edz:B, 3ewj:A, 3ewj:B, 2fv5:A, 2fv5:B, 2fv9:A, 2fv9:B, 3g42:A, 3g42:B, 3g42:C, 3g42:D, 2i47:A, 2i47:B, 2i47:C, 2i47:D, 3kmc:A, 3kmc:B, 3kme:A, 3kme:B, 3l0t:A, 3l0t:B, 3l0v:A, 3l0v:B, 3le9:A, 3le9:B, 3lea:A, 3lea:B, 3lgp:A, 3lgp:B, 3o64:A, 3o64:B, 2oi0:A, 8snm:B, 8snn:A, 8sno:A, 1zxc:A, 1zxc:B
30 8esv:A 446 82 0.0816 0.0516 0.2805 0.10 6bdz:A, 6be6:B, 6be6:A, 6be6:C, 6be6:D
31 1k83:A 1366 61 0.0638 0.0132 0.2951 0.51 1twa:A, 1twc:A, 1twg:A, 1twh:A
32 6zwf:A 352 60 0.0674 0.0540 0.3167 1.4
33 5vvs:A 1455 44 0.0496 0.0096 0.3182 4.1 5c4j:A, 3gtg:A, 3gtk:A, 8tvy:A, 5vvr:A
34 8cen:A 1508 44 0.0496 0.0093 0.3182 4.3 4a3b:A, 4a3c:A, 4a3d:A, 4a3e:A, 4a3f:A, 4a3g:A, 4a3i:A, 4a3j:A, 4a3k:A, 4a3l:A, 4a3m:A, 4a93:A, 2b63:A, 2b8k:A, 4bbr:A, 4bbs:A, 4bxx:A, 4bxz:A, 4by1:A, 4by7:A, 5c3e:A, 5c44:A, 5c4a:A, 5c4x:A, 8ceo:A, 2e2h:A, 2e2i:A, 2e2j:A, 3fki:A, 5fmf:A, 5fyw:A, 5fz5:A, 3gtj:A, 3gtl:A, 3gtm:A, 3gto:A, 3gtp:A, 3gtq:A, 6gyk:A, 6gyl:A, 6gym:A, 3h3v:B, 3hou:A, 3hou:M, 3hov:A, 3how:A, 3hox:A, 3hoy:A, 3hoz:A, 1i3q:A, 3i4m:A, 3i4n:A, 1i50:A, 6i84:A, 5ip7:A, 5ip9:A, 3j0k:A, 2ja5:A, 2ja6:A, 2ja7:A, 2ja7:M, 2ja8:A, 8jch:A, 3k1f:A, 8k5p:A, 3k7a:A, 7kee:A, 7kef:A, 3m3y:A, 3m4o:A, 7mei:a, 7mei:A, 7mk9:A, 7mka:a, 7ml0:A, 7ml1:A, 7ml2:A, 7ml4:A, 7nkx:A, 7nky:A, 2nvq:A, 2nvt:A, 2nvx:A, 2nvy:A, 2nvz:A, 7o4i:A, 7o4j:A, 6o6c:A, 7o72:A, 7o73:A, 7o75:A, 5oqj:A, 5oqm:A, 5ot2:A, 3po2:A, 3po3:A, 3qt1:A, 2r7z:A, 1r9t:A, 2r92:A, 2r93:A, 7riq:A, 3rzd:A, 3rzo:A, 3s14:A, 3s15:A, 3s16:A, 3s17:A, 3s1m:A, 3s1n:A, 3s1q:A, 3s1r:A, 3s2d:A, 3s2h:A, 1sfo:A, 5sva:A, 1twf:A, 5u5q:A, 4v1m:A, 4v1n:A, 4v1o:A, 2vum:A, 1wcm:A, 4x67:A, 4x6a:A, 1y1v:A, 1y1w:A, 4y52:A, 1y77:A, 4y7n:A, 2yu9:A, 7zs9:A, 7zsa:A, 7zsb:A
35 3cqz:A 1349 44 0.0496 0.0104 0.3182 4.5
36 7fse:A 1040 19 0.0319 0.0087 0.4737 4.9 8ofb:A, 3oiy:A, 3p4x:A
37 4ddt:A 1102 19 0.0319 0.0082 0.4737 4.9 4ddu:A, 4ddv:A, 4ddv:B, 4ddw:A, 4ddx:A, 4ddx:B, 7fsf:A
38 3t7l:A 74 31 0.0426 0.1622 0.3871 6.1
39 2d8q:A 70 31 0.0390 0.1571 0.3548 7.3 2dan:A
40 3aiq:A 491 143 0.1312 0.0754 0.2587 7.5 3air:A, 3ais:A, 3aiv:A, 3aiw:A
41 8dek:B 441 13 0.0355 0.0227 0.7692 7.7 8dek:A, 8df2:A, 8df2:B, 8df2:C, 8df2:D
42 4a2c:A 346 37 0.0496 0.0405 0.3784 9.2 4a2c:B, 4uej:A, 4uej:B, 4uek:A, 4uek:B, 4ueo:A, 4ueo:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218