Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SHRYVETMLVADQSMAEFHGSGLKHYLLTLFSVAARLYKHPSIRNSVSLVVVKILVIHDEQKGPEVTSNAALTLRNFCNW
QKQHNPPSDRDAEHYDTAILFTRQDLCGSQTCDTLGMADVGTVCDPSRSCSVIEDDGLQAAFTTAHELGHVFNMPHDDAK
QCASLNQDSHMMASMLSNLDHSQPWSPCSAYMITSFLDNGHGECLMDKPQNPIQLPGDLPGTSYDANRQCQFTFGEDSKH
CPTCSTLWCTGTLVCQTKHFPWADGTSCGEGKWCINGKCVNKLVPR

The query sequence (length=286) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2jih:B 286 286 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 2jih:A, 3q2g:A, 3q2g:B, 3q2h:A, 3q2h:B, 2v4b:A, 2v4b:B
2 3b2z:F 293 290 0.6049 0.5904 0.5966 1.07e-132 3b2z:A, 3b2z:B, 3b2z:C, 3b2z:D, 3b2z:E, 3b2z:G, 3b2z:H, 2rjp:A, 2rjp:B, 2rjp:C, 2rjp:D, 4wk7:A, 4wke:A, 4wki:A
3 2rjq:A 292 289 0.5559 0.5445 0.5502 2.45e-117 3b8z:A, 3b8z:B, 3hy7:A, 3hy7:B, 3hy9:A, 3hy9:B, 3hyg:A, 3hyg:B, 3ljt:A, 6yjm:A, 6yjm:B
4 6qig:A 581 292 0.3077 0.1515 0.3014 1.68e-39 3ghm:A, 3ghn:A, 3vn4:A
5 6x5x:A 200 221 0.2203 0.3150 0.2851 5.59e-15
6 3hdb:A 417 276 0.2517 0.1727 0.2609 2.21e-14
7 1nd1:A 202 216 0.2098 0.2970 0.2778 5.92e-14 2w12:A, 2w13:A, 2w14:A, 2w15:A
8 1kuf:A 201 216 0.1958 0.2786 0.2593 1.08e-13 1kug:A, 1kui:A, 1kuk:A
9 3dsl:A 416 220 0.2168 0.1490 0.2818 1.40e-13 3dsl:B
10 4q1l:A 202 216 0.2203 0.3119 0.2917 4.17e-13
11 4dd8:D 208 216 0.2238 0.3077 0.2963 9.52e-13 4dd8:A, 4dd8:B, 4dd8:C
12 2dw1:A 415 213 0.2098 0.1446 0.2817 7.67e-12 2dw0:A, 2dw0:B, 2dw1:B, 2dw2:B, 2dw2:A
13 4j4m:B 200 214 0.2133 0.3050 0.2850 7.82e-12 4j4m:A
14 1r54:A 206 217 0.2098 0.2913 0.2765 2.10e-11 1r55:A
15 3gbo:A 200 213 0.2063 0.2950 0.2770 3.74e-11
16 1bsw:A 197 167 0.1678 0.2437 0.2874 1.21e-10 1bud:A
17 3k7n:A 396 211 0.1748 0.1263 0.2370 1.43e-10
18 1dth:A 202 213 0.2098 0.2970 0.2817 4.11e-10 1atl:A, 1atl:B, 1dth:B, 1htd:A, 1htd:B
19 1yp1:A 199 205 0.2063 0.2965 0.2878 6.27e-10
20 2e3x:A 416 213 0.2063 0.1418 0.2770 9.07e-10
21 1qua:A 197 208 0.2098 0.3046 0.2885 1.41e-09
22 1wni:A 198 217 0.1923 0.2778 0.2535 2.25e-09
23 2aig:P 201 214 0.1923 0.2736 0.2570 3.61e-09 3aig:A, 4aig:A, 1iag:A
24 3k7l:A 409 277 0.2133 0.1491 0.2202 3.94e-09
25 9clp:A 420 286 0.2413 0.1643 0.2413 7.05e-08
26 2ero:A 426 215 0.2028 0.1362 0.2698 1.94e-07 2ero:B, 2erp:A, 2erp:B, 2erq:A, 2erq:B
27 3g5c:A 486 221 0.1713 0.1008 0.2217 7.24e-06 3g5c:B, 8hpy:A, 8hpy:B, 8hq0:A, 8hq0:B, 8hq0:C, 8hq1:A, 8hq1:B, 8hq1:C, 8hq2:A, 8hq2:B, 5y2z:A, 5y2z:C, 5y2z:E, 5y2z:I, 5y2z:K, 5y31:A, 5y31:C, 8y6b:A, 8y6b:B, 8y6b:C
28 5y2z:G 462 221 0.1713 0.1061 0.2217 7.54e-06
29 8snl:A 656 254 0.2168 0.0945 0.2441 0.003 2a8h:A, 2a8h:B, 3b92:A, 1bkc:A, 1bkc:C, 1bkc:E, 1bkc:I, 3cki:A, 2ddf:A, 2ddf:B, 3e8r:A, 3e8r:B, 3edz:A, 3edz:B, 3ewj:A, 3ewj:B, 2fv5:A, 2fv5:B, 2fv9:A, 2fv9:B, 3g42:A, 3g42:B, 3g42:C, 3g42:D, 2i47:A, 2i47:B, 2i47:C, 2i47:D, 3kmc:A, 3kmc:B, 3kme:A, 3kme:B, 3l0t:A, 3l0t:B, 3l0v:A, 3l0v:B, 3le9:A, 3le9:B, 3lea:A, 3lea:B, 3lgp:A, 3lgp:B, 3o64:A, 3o64:B, 2oi0:A, 8snm:B, 8snn:A, 8sno:A, 1zxc:A, 1zxc:B
30 8esv:A 446 82 0.0839 0.0538 0.2927 0.066 6bdz:A, 6be6:B, 6be6:A, 6be6:C, 6be6:D
31 1k83:A 1366 61 0.0629 0.0132 0.2951 0.58 1twa:A, 1twc:A, 1twg:A, 1twh:A
32 6zwf:A 352 60 0.0664 0.0540 0.3167 1.4
33 6o77:A 872 52 0.0699 0.0229 0.3846 3.5 9b6i:A, 9b6i:B, 9b6i:C, 9b6i:D, 6o77:D, 6o77:B, 6o77:C
34 5vvs:A 1455 44 0.0490 0.0096 0.3182 4.5 5c4j:A, 3gtg:A, 3gtk:A, 8tvy:A, 5vvr:A
35 8cen:A 1508 44 0.0490 0.0093 0.3182 4.8 4a3b:A, 4a3c:A, 4a3d:A, 4a3e:A, 4a3f:A, 4a3g:A, 4a3i:A, 4a3j:A, 4a3k:A, 4a3l:A, 4a3m:A, 4a93:A, 2b63:A, 2b8k:A, 4bbr:A, 4bbs:A, 4bxx:A, 4bxz:A, 4by1:A, 4by7:A, 5c3e:A, 5c44:A, 5c4a:A, 5c4x:A, 8ceo:A, 2e2h:A, 2e2i:A, 2e2j:A, 3fki:A, 5fmf:A, 5fyw:A, 5fz5:A, 3gtj:A, 3gtl:A, 3gtm:A, 3gto:A, 3gtp:A, 3gtq:A, 6gyk:A, 6gyl:A, 6gym:A, 3h3v:B, 3hou:A, 3hou:M, 3hov:A, 3how:A, 3hox:A, 3hoy:A, 3hoz:A, 1i3q:A, 3i4m:A, 3i4n:A, 1i50:A, 6i84:A, 5ip7:A, 5ip9:A, 3j0k:A, 2ja5:A, 2ja6:A, 2ja7:A, 2ja7:M, 2ja8:A, 8jch:A, 3k1f:A, 8k5p:A, 3k7a:A, 7kee:A, 7kef:A, 3m3y:A, 3m4o:A, 7mei:a, 7mei:A, 7mk9:A, 7mka:a, 7ml0:A, 7ml1:A, 7ml2:A, 7ml4:A, 7nkx:A, 7nky:A, 2nvq:A, 2nvt:A, 2nvx:A, 2nvy:A, 2nvz:A, 7o4i:A, 7o4j:A, 6o6c:A, 7o72:A, 7o73:A, 7o75:A, 5oqj:A, 5oqm:A, 5ot2:A, 3po2:A, 3po3:A, 3qt1:A, 2r7z:A, 1r9t:A, 2r92:A, 2r93:A, 7riq:A, 3rzd:A, 3rzo:A, 3s14:A, 3s15:A, 3s16:A, 3s17:A, 3s1m:A, 3s1n:A, 3s1q:A, 3s1r:A, 3s2d:A, 3s2h:A, 1sfo:A, 5sva:A, 1twf:A, 5u5q:A, 4v1m:A, 4v1n:A, 4v1o:A, 2vum:A, 1wcm:A, 4x67:A, 4x6a:A, 1y1v:A, 1y1w:A, 4y52:A, 1y77:A, 4y7n:A, 2yu9:A, 7zs9:A, 7zsa:A, 7zsb:A
36 7fse:A 1040 19 0.0315 0.0087 0.4737 5.0 8ofb:A, 3oiy:A, 3p4x:A
37 4ddt:A 1102 19 0.0315 0.0082 0.4737 5.0 4ddu:A, 4ddv:A, 4ddv:B, 4ddw:A, 4ddx:A, 4ddx:B, 7fsf:A
38 3cqz:A 1349 44 0.0490 0.0104 0.3182 5.1
39 3aiq:A 491 131 0.1189 0.0692 0.2595 6.7 3air:A, 3ais:A, 3aiv:A, 3aiw:A
40 8dek:B 441 13 0.0350 0.0227 0.7692 7.5 8dek:A, 8df2:A, 8df2:B, 8df2:C, 8df2:D
41 4a2c:A 346 37 0.0490 0.0405 0.3784 9.9 4a2c:B, 4uej:A, 4uej:B, 4uek:A, 4uek:B, 4ueo:A, 4ueo:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218