Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SHMRPEPRLITILFSDIVGFTRMSNALQSQGVAELLNEYLGEMTRAVFENQGTVDKFVGDAIMALYGAPEEMSPSEQVRR
AIATARQMLVALEKLNQGWQERGLVGRNEVPPVRFRCGIHQGMAVVGLFGSQERSDFTAIGPSVNIAARLQEATAPNSIM
VSAMVAQYVPDEEIIKREFLELKGIDEPVMTCVINPNM

The query sequence (length=198) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1wc4:A 199 198 1.0000 0.9950 1.0000 2.69e-147 2bw7:A, 2bw7:B, 2bw7:C, 2bw7:D, 1wc0:A, 1wc0:B, 1wc1:A, 1wc1:C, 1wc1:B, 1wc3:A, 1wc3:B, 1wc4:B, 1wc5:A, 1wc5:D, 1wc5:B, 1wc5:C, 1wc6:A, 1wc6:C, 1wc6:B
2 6fht:B 735 184 0.3232 0.0871 0.3478 2.13e-26 5ajg:A, 8avv:A, 8avv:B, 8avx:A, 8avx:B, 8bor:A, 8bor:B, 8bor:C, 8bor:D, 8c3i:B, 8c3i:A, 5c5k:A, 5c5k:B, 5c5k:C, 5c5k:D, 4cqh:A, 6fht:A, 6ftd:A, 6ftd:B, 4ijg:A, 5k5b:A, 5l8m:A, 5lbr:A, 5mg0:A, 5mg1:A, 5nfx:A, 5nm3:A, 5nm3:B, 5nm3:C, 5nm3:D, 5nwn:A, 5nwn:B, 5nwn:C, 5nwn:D, 4o01:A, 4o01:B, 4o01:C, 4o01:D, 4o0p:A, 4o0p:B, 4o8g:A, 2o9b:A, 2o9c:A, 4q0h:A, 4q0i:A, 4q0j:A, 3s7n:A, 3s7o:A, 3s7p:A, 3s7q:A, 8sgk:A, 8sgk:B, 6t3l:B, 6t3l:A, 6t3u:B, 6t3u:A, 4y3i:A, 4y5f:A, 4z1w:A, 7z9d:A, 7z9e:A, 4zrr:A, 1ztu:A
3 5m2a:A 346 151 0.2374 0.1358 0.3113 2.85e-13 5m27:A, 5m27:B, 5m2a:B, 5mbb:A, 5mbb:B, 5mbc:A, 5mbc:B, 5mbd:A, 5mbd:B, 5mbe:A, 5mbe:B, 5mbh:A, 5mbj:A, 5mbk:A, 5nby:A
4 6r4o:A 841 175 0.2424 0.0571 0.2743 4.07e-12
5 4yut:A 351 159 0.2374 0.1339 0.2956 2.05e-11 8qfe:A, 8qff:A, 8qfg:A, 8qfh:A, 8qfi:A, 8qfj:A, 5x4t:A, 5x4u:A, 5x4v:A, 4yus:A, 4yut:B
6 8bv5:A 437 153 0.1919 0.0870 0.2484 5.18e-10
7 8buz:A 890 153 0.2020 0.0449 0.2614 7.15e-10
8 4oyz:A 469 205 0.2576 0.1087 0.2488 1.26e-09 8b75:A, 4clk:A, 4cll:A, 4clp:A, 4cls:A, 4clt:A, 4clu:A, 4clw:A, 4cly:A, 4clz:A, 4cm0:A, 4cm2:A, 8cnh:A, 8co7:A, 8coj:A, 8cot:A, 5d0r:A, 5iv3:A, 5iv4:A, 7ovd:A, 4oya:A, 4oyb:A, 4oyi:A, 4oym:A, 4oyo:A, 4oyp:A, 4oyx:A, 4oz2:A, 4oz3:A, 4ust:A, 4usu:A, 4usv:A, 4usw:A
9 4oyz:A 469 149 0.1566 0.0661 0.2081 0.047 8b75:A, 4clk:A, 4cll:A, 4clp:A, 4cls:A, 4clt:A, 4clu:A, 4clw:A, 4cly:A, 4clz:A, 4cm0:A, 4cm2:A, 8cnh:A, 8co7:A, 8coj:A, 8cot:A, 5d0r:A, 5iv3:A, 5iv4:A, 7ovd:A, 4oya:A, 4oyb:A, 4oyi:A, 4oym:A, 4oyo:A, 4oyp:A, 4oyx:A, 4oz2:A, 4oz3:A, 4ust:A, 4usu:A, 4usv:A, 4usw:A
10 1azs:A 190 160 0.1919 0.2000 0.2375 3.49e-08 3c14:A, 3c15:A, 3c16:A, 1cjk:A, 1cjt:A, 1cju:A, 1cjv:A, 1cs4:A, 1cul:A, 3g82:A, 2gvd:A, 2gvz:A, 3maa:A, 1tl7:A, 1u0h:A
11 5oyh:D 185 181 0.2121 0.2270 0.2320 6.21e-08 6aob:B, 5oyh:A, 5oyh:B, 5oyh:C, 5oyh:E, 5oyh:F, 5oyh:G, 5oyh:H, 5oyh:I, 5oyh:J, 5oyh:K, 5oyh:L, 5oyh:M, 5oyh:N, 5oyh:O, 5oyh:P, 6sir:A, 6sir:B, 6sir:D, 6sir:C
12 6pas:B 576 209 0.3030 0.1042 0.2871 6.97e-08 6pat:B
13 8hbf:A 522 167 0.2222 0.0843 0.2635 4.06e-07 7d9r:A, 7d9s:A, 7d9u:A, 8hbh:A, 6jt2:A
14 5o5l:A 224 176 0.2374 0.2098 0.2670 4.44e-07 5o5k:A, 5o5k:B, 5o5k:D, 5o5k:C, 5o5k:E, 5o5k:F, 5o5k:I, 5o5k:J, 5o5k:H, 5o5k:G, 5o5k:K, 5o5l:B, 5o5l:C, 5o5l:D, 5o5l:E, 5o5l:F, 5o5l:G, 5o5l:H, 5o5l:I, 5o5l:J, 5o5l:K
15 7yzi:A 378 166 0.2172 0.1138 0.2590 5.18e-07 4p2x:A, 7yz9:A, 7yzi:B, 7yzk:A, 7yzk:B
16 1ybu:A 166 193 0.2525 0.3012 0.2591 1.85e-05 1ybu:D
17 1y10:C 363 184 0.2121 0.1157 0.2283 1.26e-04 2ev1:A, 2ev1:B, 2ev2:A, 2ev2:B, 2ev3:A, 2ev3:B, 2ev4:A, 2ev4:B, 1y10:A, 1y10:B, 1y10:D
18 8hbh:B 577 208 0.2778 0.0953 0.2644 1.74e-04 7d9r:B, 7d9s:B, 7d9t:B, 7d9u:B, 8hbe:B, 8hbf:B, 6jt0:B, 6jt1:B, 6jt2:B, 5mnw:A
19 6yii:A 473 142 0.2071 0.0867 0.2887 0.009
20 6yii:A 473 159 0.1768 0.0740 0.2201 0.37
21 1cjk:B 190 58 0.0707 0.0737 0.2414 0.19 1ab8:A, 1ab8:B, 3c14:B, 3c15:B, 3c16:B, 1cjt:B, 1cju:B, 1cjv:B, 1cs4:B, 1cul:B, 3g82:B, 2gvd:B, 2gvz:B, 3maa:B, 1tl7:B, 1u0h:B
22 4wp8:B 166 116 0.1465 0.1747 0.2500 0.23 5d0e:A, 5d0e:B, 5d0g:A, 5d0g:B, 5d0h:A, 5d0h:B, 5d15:A, 5d15:B, 4wp8:A, 4wp9:A, 4wp9:B, 4wpa:A, 4wpa:B
23 6sga:F6 456 77 0.0960 0.0417 0.2468 0.40 6sgb:F6
24 7x0f:C 458 89 0.1414 0.0611 0.3146 3.3 7x0e:A, 7x0f:A, 7x0f:B, 7x0f:D, 7x17:A, 7x17:B, 7x17:C, 7x17:D
25 4b4d:A 256 84 0.1212 0.0938 0.2857 5.0
26 1tvc:A 250 85 0.1111 0.0880 0.2588 6.8
27 4nf9:A 216 36 0.0657 0.0602 0.3611 9.4 4nf9:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218