Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SHMLDRRSDKRNNSDWLQAKESHPTTVYLLFSDLNPLVTLGGNKESSQQPEVRLCQLNYPDVKGYLAQPEKITLVFLGVE
LDGLVAWFALGIEPGAAENCYFLHPPMPALLQLKEKEAGVVAQARSVLAWHSRYKFCPTCGSATKIEEGGYKRVCVRETC
PSLQGVHNTSYPRVDPVVIMQVIHPDGTKCLLGRQKRFPPGMFTCLAGFIEPGETIEDAVRREVEEESGVKVGHVQYVSC
QPWPMPSSLMIGCLAVAVSTEIKVDKNEIEDARWFTREQVVDVLTKGQAFFVPPSRAIAHQLIKHWVG

The query sequence (length=308) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6o3p:B 320 320 0.9870 0.9500 0.9500 0.0
2 6scx:A 328 317 0.9058 0.8506 0.8801 0.0 6o3p:A, 6scx:B, 6scx:C
3 2gb5:A 265 174 0.1851 0.2151 0.3276 2.96e-24 7e44:A, 7e44:B, 7e44:E, 7e44:F, 2gb5:B, 5isy:A, 5isy:C, 5iw4:A, 5iw4:B, 5iw5:B, 5iw5:A, 1vk6:A
4 5mzg:A 155 95 0.0942 0.1871 0.3053 6.18e-06 6ehh:A, 6ehh:B, 6ehh:C, 6ehh:D, 5mze:A, 5mze:B, 5mze:C, 5mze:D, 5mzg:B
5 6aa3:A 162 106 0.1039 0.1975 0.3019 1.39e-05 8a07:A, 8a07:B, 8a0s:A, 8a0t:A, 8a0t:B, 8a34:A, 8a34:B, 8a3a:A, 6aa4:A, 6aa5:A, 5ans:A, 5ant:A, 5ant:B, 5ant:C, 5anu:A, 5anv:A, 5anw:A, 4c9w:A, 4c9x:A, 6eq2:A, 6eq3:A, 6eq4:A, 6eq5:A, 6eq6:A, 6eq7:A, 6f1x:A, 6f1x:B, 6f20:A, 6f20:B, 6f22:A, 6f22:B, 6f23:A, 6f23:B, 5fsi:A, 5fsk:A, 5fsl:A, 5fsm:A, 5fsn:A, 5fso:A, 5ghi:A, 5ghi:B, 5ghj:A, 5ghj:B, 5ghm:A, 5ghm:B, 5ghn:A, 5ghn:B, 5gho:B, 5ghq:A, 5ghq:B, 6gle:A, 6glg:A, 6glh:A, 6gli:A, 6glj:A, 6gll:A, 6gll:B, 6glm:A, 6gln:A, 6glp:A, 6glp:B, 6glq:A, 6glq:B, 6glr:A, 6glr:B, 6gls:A, 6gls:B, 6glu:A, 6glv:A, 8i18:A, 8i18:B, 8i19:A, 8i19:B, 8i1a:A, 8i1a:B, 8i1d:A, 8i1d:B, 8i1e:A, 8i1e:B, 8i1f:A, 8i1f:B, 8i1g:A, 8i1i:A, 8i1i:B, 8i1j:A, 8i1j:B, 8i8s:A, 8i8s:B, 8i8t:A, 8i8t:B, 6ijy:A, 6ijy:B, 6ili:A, 6ili:B, 6imz:A, 6jvg:A, 6jvg:B, 6jvh:A, 6jvh:B, 6jvi:A, 6jvi:B, 6jvj:A, 6jvj:B, 6jvk:A, 6jvl:A, 6jvm:A, 6jvn:A, 6jvn:B, 6jvo:A, 6jvo:B, 6jvp:A, 6jvp:B, 6jvq:A, 6jvq:B, 6jvr:A, 6jvs:A, 6jvt:A, 6jvt:B, 7n03:A, 4n1t:A, 4n1u:A, 4n1u:B, 7n13:A, 7n13:B, 5ngr:A, 5ngr:B, 5ngs:A, 5ngs:B, 5ngt:A, 5nhy:A, 5nhy:B, 5otm:A, 5otm:B, 6qvo:A, 6qvo:B, 6qvo:C, 6qvo:D, 6us2:A, 6us3:A, 6us4:A, 3whw:A, 3whw:B, 5ws7:A, 5ws7:B, 3zr0:A, 3zr0:B
6 2o1c:A 147 68 0.0812 0.1701 0.3676 1.92e-05 2o1c:B, 2o1c:C, 2o5w:A, 2o5w:C, 5u7e:A, 5u7f:A, 5u7h:A
7 5otn:A 156 68 0.0812 0.1603 0.3676 3.73e-05 5hzx:A, 5hzx:B
8 9b21:A 205 97 0.1006 0.1512 0.3196 5.04e-05 9b20:A, 9b20:B, 9b21:B, 9b22:A, 9b22:B
9 1g9q:A 205 94 0.1006 0.1512 0.3298 7.00e-04 1g9q:B, 1khz:B, 1khz:A
10 3cng:C 178 101 0.1071 0.1854 0.3267 0.002 3cng:A, 3cng:B, 3cng:D
11 5gp0:I 139 121 0.1136 0.2518 0.2893 0.003 6dbz:A, 6dbz:B, 6fl4:A, 6fl4:B, 5gp0:E, 5gp0:F, 5gp0:A, 5wwd:A, 5wwd:B
12 6ypf:A 129 53 0.0552 0.1318 0.3208 0.004
13 4nfw:F 153 109 0.0812 0.1634 0.2294 0.015 4nfw:A, 4nfw:B, 4nfw:C, 4nfw:D, 4nfw:E, 4nfw:G, 4nfw:H, 4nfw:J, 4nfw:K, 3shd:A, 3shd:B, 3shd:C, 3shd:D, 3shd:E, 3shd:F, 3shd:G, 3shd:H, 3shd:I, 3shd:J, 3shd:K, 3shd:L
14 4zbp:C 262 81 0.0779 0.0916 0.2963 0.021
15 3r03:A 131 61 0.0779 0.1832 0.3934 0.032
16 2yvm:A 182 44 0.0682 0.1154 0.4773 0.037 2yvo:A, 2yvp:A
17 3i7v:A 134 58 0.0682 0.1567 0.3621 0.050 3i7v:B
18 1su2:A 159 100 0.0844 0.1635 0.2600 0.056 1su2:B, 1sz3:A, 1sz3:B
19 1k26:A 150 83 0.0812 0.1667 0.3012 0.060
20 3bm4:A 197 99 0.0942 0.1472 0.2929 0.067 3ac9:A, 3ac9:B, 3aca:A, 3aca:B, 3bm4:B, 2dsc:A, 2dsc:B, 2dsd:A, 2dsd:B, 6gru:A, 6gru:B, 6gru:C, 6gru:D, 3l85:A, 3l85:B, 5nqr:A, 5nqr:B, 5nwh:A, 5nwh:B, 8ptt:A, 8ptt:B, 8ptt:C, 8ptt:D, 5qj4:A, 5qj4:B, 5qj4:C, 5qj4:D, 5qj5:A, 5qj5:B, 5qj5:C, 5qj5:D, 5qj6:A, 5qj6:B, 5qj6:C, 5qj6:D, 5qj7:A, 5qj7:B, 5qj7:C, 5qj7:D, 5qj8:A, 5qj8:B, 5qj8:C, 5qj9:A, 5qj9:B, 5qj9:C, 5qj9:D, 5qja:A, 5qja:B, 5qja:C, 5qja:D, 5qjb:A, 5qjb:B, 5qjb:C, 5qjb:D, 5qjc:A, 5qjc:B, 5qjc:C, 5qjc:D, 5qjd:A, 5qjd:B, 5qjd:C, 5qjd:D, 5qje:A, 5qje:B, 5qje:C, 5qje:D, 5qjf:A, 5qjf:B, 5qjf:C, 5qjf:D, 5qjg:A, 5qjg:B, 5qjg:C, 5qjg:D, 5qjh:A, 5qjh:B, 5qjh:C, 5qji:A, 5qji:B, 5qji:C, 5qji:D, 5qjj:A, 5qjj:B, 5qjj:C, 5qjj:D, 5qjk:A, 5qjk:B, 5qjk:C, 5qjk:D, 5qjl:A, 5qjl:B, 5qjl:C, 5qjl:D, 5qjm:A, 5qjm:B, 5qjm:C, 5qjm:D, 5qjn:A, 5qjn:B, 5qjn:C, 5qjo:A, 5qjo:B, 5qjo:C, 5qjo:D, 5qjp:A, 5qjp:B, 5qjp:C, 5qjp:D, 5qjq:A, 5qjq:B, 5qjq:C, 5qjq:D, 5qjr:A, 5qjr:B, 5qjr:C, 5qjr:D, 5qjs:A, 5qjs:B, 5qjs:C, 5qjs:D, 5qjt:A, 5qjt:B, 5qjt:C, 5qjt:D, 5qju:A, 5qju:B, 5qju:C, 5qju:D, 5qjv:A, 5qjv:B, 5qjv:C, 5qjv:D, 5qjw:A, 5qjw:B, 5qjw:C, 5qjw:D, 5qjx:A, 5qjx:B, 5qjx:C, 5qjx:D, 5qjy:A, 5qjy:B, 5qjy:C, 5qjy:D, 5qjz:A, 5qjz:B, 5qjz:C, 5qjz:D, 5qk0:A, 5qk0:B, 5qk0:C, 5qk0:D, 5qk1:A, 5qk1:B, 5qk1:C, 5qk1:D, 5qk2:A, 5qk2:B, 5qk2:C, 5qk2:D, 5qk3:A, 5qk3:B, 5qk3:C, 5qk3:D, 5qk4:A, 5qk4:B, 5qk4:C, 5qk4:D, 5qk5:A, 5qk5:B, 5qk5:C, 5qk5:D, 5qk6:A, 5qk6:B, 5qk6:C, 5qk6:D, 5qk7:A, 5qk7:B, 5qk7:C, 5qk7:D, 5qk8:A, 5qk8:B, 5qk8:C, 5qk8:D, 5qk9:A, 5qk9:B, 5qk9:C, 5qk9:D, 5qka:A, 5qka:B, 5qka:C, 5qka:D, 5qkb:A, 5qkb:B, 5qkb:C, 5qkb:D, 5qtl:A, 5qtl:B, 5qtl:C, 5qtl:D, 5qtm:A, 5qtm:B, 5qtm:C, 5qtm:D, 5qtn:A, 5qtn:B, 5qtn:C, 5qtn:D, 5qto:A, 5qto:B, 5qto:C, 5qto:D, 5qtp:A, 5qtp:B, 5qtp:C, 5qtp:D, 5qtq:A, 5qtq:B, 5qtq:C, 5qtq:D, 5qtr:A, 5qtr:B, 5qtr:C, 5qtr:D, 5qts:A, 5qts:B, 5qts:C, 5qts:D, 8rdz:A, 8rdz:C, 8rdz:B, 8rdz:D, 8riy:AAA, 8riy:BBB
21 4hvy:A 135 40 0.0584 0.1333 0.4500 0.085
22 1v8m:A 159 108 0.0942 0.1824 0.2685 0.14 1v8l:A, 1v8r:A, 1v8s:A, 1v8t:A, 1v8v:A, 1v8y:A, 3x0k:A, 3x0l:A, 3x0m:A, 3x0n:A, 3x0o:A, 3x0p:A, 3x0q:A, 3x0r:A
23 5ddg:A 226 57 0.0487 0.0664 0.2632 0.15 5ddg:B, 5deq:A, 5deq:B
24 7b66:A 161 99 0.0909 0.1739 0.2828 0.17 7aom:A, 7aom:B, 7aop:A, 7b63:A, 7b63:B, 7b64:A, 7b65:A, 7b65:B, 7b66:B, 7b66:C, 7b66:D, 7b67:A, 7b67:B, 7b7v:A, 7b7v:B, 5bon:A, 5bon:B, 5bon:C, 5bon:D, 5bon:E, 5bon:F, 5bon:G, 5bon:H, 5lpg:A, 5lpg:B, 7nr6:A, 7nr6:B, 7r0d:AAA, 7r0d:BBB, 6t5j:A, 6t5j:B
25 2b06:A 150 41 0.0422 0.0867 0.3171 0.21
26 2r5w:B 345 69 0.0682 0.0609 0.3043 0.28 2qjt:B, 2qjt:A, 2r5w:A
27 4z8n:B 284 99 0.0877 0.0951 0.2727 0.35
28 1vc8:A 126 31 0.0487 0.1190 0.4839 0.45 1vc8:B, 1vc9:A, 1vc9:B
29 5zrk:A 129 59 0.0682 0.1628 0.3559 0.48 5zrg:A, 5zrh:A, 5zri:A, 5zrk:B, 5zrl:A, 5zrl:B, 5zro:A, 5zro:B
30 2qjo:B 336 46 0.0487 0.0446 0.3261 1.0 2qjo:A, 2qjo:C
31 3ffu:A 133 57 0.0649 0.1504 0.3509 1.5 3ef5:A, 3ef5:B, 3ffu:B
32 3hhj:B 131 47 0.0617 0.1450 0.4043 1.7 3hhj:A
33 1ktg:A 137 36 0.0422 0.0949 0.3611 1.7 1ktg:B
34 1vhz:A 186 31 0.0357 0.0591 0.3548 1.7 1vhz:B
35 4cw0:A 301 78 0.0779 0.0797 0.3077 2.1 7a0l:A, 3bjp:A, 3bk8:A, 3cks:A, 3cku:A, 4cw2:A, 4cw3:A, 4cw6:A, 4d12:A, 4d13:A, 4d17:A, 4d19:A, 3f2m:A, 5frc:A, 4fsk:A, 2fub:A, 2fxl:A, 3gko:A, 6i9x:A, 6i9z:A, 6ia1:A, 6ia3:A, 6ia9:aaa, 6ia9:aba, 2iba:A, 2ic0:A, 2icq:A, 6ic1:A, 3l8w:A, 3l9g:A, 3lbg:A, 3ld4:A, 4n3m:A, 4n9m:A, 4n9s:A, 4n9v:A, 3obp:A, 4op6:A, 4op9:A, 4oqc:A, 7p0c:A, 7p0d:A, 7p0g:A, 3p9f:A, 3p9o:A, 2pes:A, 3pjk:A, 3pk3:A, 3pk4:A, 3pk5:A, 3pk6:A, 3pk8:A, 3pkf:A, 3pkg:A, 3pkh:A, 3pkk:A, 3pkl:A, 3pks:A, 3pkt:A, 3pku:A, 3ple:A, 3plg:A, 3plh:A, 3pli:A, 3plj:A, 3plm:A, 4poe:A, 4pr8:A, 4puv:A, 7puf:A, 7puf:B, 7pwn:A, 7pwn:B, 7q09:A, 7q09:B, 7qar:AAA, 1r4s:A, 1r4u:A, 1r51:A, 6rgm:A, 6rgt:A, 1wrr:A, 1ws2:A, 1ws2:B, 1ws2:C, 1ws2:D, 1ws3:A, 1ws3:B, 1ws3:C, 1ws3:D, 1xt4:A, 1xxj:A, 1xxj:B, 1xxj:C, 1xxj:D, 1xy3:A, 1xy3:B, 1xy3:C, 1xy3:D, 1xy3:E, 1xy3:F, 1xy3:G, 1xy3:H, 2zka:A, 2zkb:A
36 7d59:I 108 49 0.0552 0.1574 0.3469 2.2 7a6h:I, 7ae1:I, 7ae3:I, 7aea:I, 7dn3:I, 7du2:I, 7fji:I, 7fjj:I, 8ity:I, 8iue:I, 8iuh:I
37 2b2k:B 180 87 0.0649 0.1111 0.2299 2.3 2b2k:A, 2g73:A, 2g73:B, 2g74:A, 2g74:B, 1hx3:A, 1hx3:B, 1i9a:A, 1i9a:B, 1nfs:A, 1nfs:B, 1nfz:A, 1nfz:B, 1ow2:A, 1ow2:B, 1ppv:A, 1ppv:B, 1ppw:A, 1ppw:B, 1pvf:A, 1pvf:B, 1q54:A, 1q54:B, 1r67:A, 2vnp:A, 2vnp:B, 2vnq:A, 2vnq:B, 1x83:A, 1x83:B, 1x84:A, 1x84:B
38 4jzt:A 158 32 0.0422 0.0823 0.4062 2.3 4jzu:A, 4jzv:A, 4jzv:B
39 5ykf:B 1309 67 0.0682 0.0160 0.3134 2.8 5ykf:D, 5ykf:F, 5ykf:H, 5ykg:B, 5ykg:D, 5ykg:F, 5ykg:H, 5yw8:B, 5yw8:D, 5yw8:F, 5yw8:H, 5yw9:B, 5yw9:D, 5yw9:F, 5yw9:H, 5ywa:B, 5ywa:D, 5ywa:F, 5ywa:H
40 6jb1:B 1366 67 0.0682 0.0154 0.3134 3.0 6jb1:D, 6jb1:F, 6jb1:H, 7wit:A, 5yw7:B, 5ywd:B
41 6h2t:A 288 79 0.0779 0.0833 0.3038 4.1 6h1u:A, 6h20:A
42 1ppx:A 129 41 0.0519 0.1240 0.3902 4.2 3a6t:A, 3a6u:A, 3a6v:A, 3a6v:B, 1pun:A, 1puq:A, 1pus:A, 1tum:A, 7ww5:A, 7ww6:A, 7ww7:A, 7ww8:A, 7ww9:A, 7wwa:A, 7x9h:A, 7x9i:A, 7x9j:A, 7x9k:A, 7x9l:A, 7x9n:A, 7x9o:A
43 4s2v:A 139 44 0.0487 0.1079 0.3409 5.3
44 7oqy:Y 92 23 0.0357 0.1196 0.4783 5.5
45 6vcr:A 161 45 0.0487 0.0932 0.3333 5.6 6d1v:B, 4s2x:A, 4s2y:A, 7sp3:A, 6vck:B, 6vcl:B, 6vcm:B, 6vcn:A, 6vco:A, 6vcp:A, 6vcq:A
46 7sez:A 210 27 0.0357 0.0524 0.4074 5.9 7sf0:A, 7t7h:A, 7t7h:B
47 6c3o:E 1290 69 0.0649 0.0155 0.2899 6.7 6c3o:H, 6c3o:G, 6c3o:F
48 6c3p:E 1359 69 0.0649 0.0147 0.2899 6.9 6c3p:H, 6c3p:G, 6c3p:F, 5ywb:B, 5ywb:D, 5ywb:F, 5ywb:H, 5ywc:B, 5ywc:D, 5ywc:F, 5ywc:H
49 7s5x:E 1412 69 0.0649 0.0142 0.2899 7.4 6pz9:C, 7s5v:E, 7s5y:E, 7s5z:E, 7s60:E, 7s61:E, 8ti1:E, 8ti1:H, 8ti1:G, 8ti1:F, 8ti2:E, 8ti2:H, 8ti2:G, 8ti2:F, 7w4o:B, 7w4o:D, 7w4o:F, 7w4o:H, 7w4p:B, 7w4p:D, 7w4p:F, 7w4p:H
50 1q33:A 292 50 0.0519 0.0548 0.3200 9.0 1qvj:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218